Биомодели
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Репозиторий для хранения, обмена и извлечения вычислительных моделей, представляющих биологический интерес. |
| Типы данных захвачен | вычислительные модели |
| Организмы | все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI , BI , Калифорнийский технологический институт |
| Первичное цитирование | ПМИД 20587024 |
| Дата выпуска | 2005 |
| Доступ | |
| Стандарты | МИРИАМ |
| Формат данных | SBML , BioPAX , SciLab , Octave , XPP, VCML, RDF/XML |
| Веб-сайт | Главный экземпляр EBI , зеркало Калифорнийского технологического института |
| URL-адрес загрузки | ЭБИ FTP |
| веб-службы URL-адрес | МЫЛО |
| Инструменты | |
| Интернет | Отображение модели, несколько стратегий просмотра, расширенный поиск, массовая загрузка, модель месяца |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC0 Посвящение общественному достоянию |
| Версия | 28 (сентябрь 2014 г.) |
| Политика курирования | да (ручной) |
| Добавить в закладки сущности | да |
BioModels — это бесплатный репозиторий с открытым исходным кодом для хранения, обмена и поиска количественных моделей, представляющих биологический интерес, созданный в 2006 году. [1] [2] [3] Все модели в курируемом разделе базы данных BioModels были описаны в рецензируемой научной литературе.
Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют MIRIAM , стандарту курирования и аннотирования моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы проверить, что при их запуске они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов.
Разработчики моделей могут отправлять модели в форматах SBML и CellML . Модели впоследствии можно будет загрузить в форматах SBML , VCML, архивировано 9 декабря 2006 г. на Wayback Machine , XPP , SciLab , Octave , BioPAX и RDF/XML . Реакционные сети моделей представлены в некоторых графических форматах, таких как PNG , SVG и графическом Java- апплете , в котором некоторые сети были представлены в следующей графической нотации системной биологии . Удобочитаемое описание каждой модели доступно в формате PDF .
Содержание
[ редактировать ]
BioModels состоит из нескольких ветвей. В курируемой ветке представлены хорошо продуманные и аннотированные модели. Некурируемая ветвь предоставляет модели, которые еще не курированы, не поддаются курированию (пространственные модели, стационарные модели и т. д.) или слишком велики, чтобы их можно было курировать. Некурируемые модели позже можно переместить в курируемую ветку. В репозитории также хранятся модели, автоматически сгенерированные из баз данных путей.
Все модели находятся в свободном доступе в рамках лицензии Creative Commons CC0 Public Domain Decision , и к ним можно легко получить доступ через веб-сайт или веб-службы . [4] Также можно скачать архивы всех моделей с FTP-сервера EBI .
BioModels объявила о своем 31-м выпуске 26 июня 2017 года. [5] Сейчас компания публично предоставляет 144 710 моделей. Это соответствует 1640 моделям, опубликованным в литературе, и 143 070 моделям, автоматически созданным на основе ресурсов путей.
Размещение моделей в BioModels поддерживается многими научными журналами, включая Molecular Systems Biology , всеми журналами Публичной научной библиотеки , всеми журналами BioMed Central и всеми журналами, издаваемыми Королевским химическим обществом .
Разработка
[ редактировать ]BioModels разработан командой BioModels.net в EMBL - EBI , Великобритания, лабораторией Ле Новер в Институте Бабрахама , Великобритания, и командой SBML в Калифорнийском технологическом институте , США. [6]
Финансирование
[ редактировать ]Разработка биомоделей осуществлялась за счет средств Европейской лаборатории молекулярной биологии , Исследовательского совета по биотехнологиям и биологическим наукам , Инициативы по инновационным лекарственным средствам , Седьмой рамочной программы (FP7) , Национального института общих медицинских наук , DARPA и Национального центра. для исследовательских ресурсов .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ле Новер Н. , Борнштейн Б., Бройшер А., Курто М., Донизелли М., Дхарури Х., Ли Л., Сауро Х., Шилстра М., Шапиро Б., Сноп Дж. Л., Хука М. База данных биомоделей : Бесплатная централизованная база данных тщательно подобранных, опубликованных количественных кинетических моделей биохимических и клеточных систем. Исследования нуклеиновых кислот (2006), 34: D689-D691.
- ^ Ли, Чен; Донизелли, Марко; Родригес, Николас; Дхарури, Хариш; Эндлер, Лукас; Челлия, Виджаялакшми; Ли, Лу; Он, Энуо; Анри, Арно; Стефан, Мелани I; Снуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя ; Лайбе, Камилла (2010). «База данных биомоделей: расширенный, курируемый и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей» . Системная биология BMC . 4 (1): 92. дои : 10.1186/1752-0509-4-92 . ПМК 2909940 . ПМИД 20587024 .
- ^ Челлия В., Джути Н., Аджмера И., Раза А., Дюмуссо М., Глонт М., Хука М., Яловицки Г., Китинг С., Найт-Шрайвер В., Льорет-Виллас А., Натараджан К., Петтит Ж.-Б., Родригес Н., Шуберт М., Вималаратне С., Чжоу Ю., Хермякоб Х., Ле Новер Н., Лайбе Ж. Биомодели: десятилетний юбилей. Исследования нуклеиновых кислот (2015) 43 (D1): D542-D548
- ^ Ли К., Курто М., Ле Новер Н. и Лайбе С. (2009) Веб-службы BioModels.net, бесплатный и интегрированный набор инструментов для программного обеспечения для компьютерного моделирования, Брифинги по биоинформатике, дои : 10.1093/нагрудник/bbp056
- ^ База данных биомоделей: Хинкстон, 26 июня 2017 г.
- ^ Спонсоры и сотрудники BioModels