Ю-Шань Линь

Ю-Шань Линь
Ю-Шань Линь
Альма-матер	Национальный Тайваньский университет (BS) ; Университет Висконсина, Мэдисон (доктор философии) ;
	Научная карьера
Поля	Вычислительная химия
Учреждения	Университет Тафтса
Докторантура	Джеймс Л. Скиннер
Другие научные консультанты	Виджей С. Панде (постдокторант)
Веб-сайт	https://ase.tufts.edu/chemistry/lin/index.html

Ю-Шань Линь — компьютерный химик. Она является профессором и заведующим кафедрой химии Университета Тафтса в США. ^{[ 1 ]} Ее исследовательская лаборатория использует вычислительную химию для понимания и проектирования биомолекул , а темы посвящены циклическим пептидам . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} сворачивание белка , ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} и коллаген . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Образование

Линь получила степень бакалавра химии в Национальном Тайваньском университете в 2004 году. ^{[ 8 ]} Лин получила докторскую степень по химии в 2009 году в Университете Висконсина, Мэдисон , под руководством Джеймса Л. Скиннера . ^{[ 9 ]} Затем она переехала в Стэнфорд , где работала научным сотрудником Bio-X в лаборатории Виджая С. Панде . ^{[ 10 ]} В 2012 году Лин поступил на химический факультет Университета Тафтса и получил должность в 2018 году. ^{[ 8 ]} В 2024 году Линь был назначен на должность профессора и стал заведующим кафедрой. ^{[ 11 ]}

Исследовать

Циклические пептиды

Лин и ее лаборатория используют компьютерную химию для получения информации о структурах растворов циклических пептидов . ^{[ 2 ]} Недавно они успешно использовали моделирование молекулярной динамики с улучшенными методами отбора проб для разработки хорошо структурированных циклических пептидов. ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Складывание белка

Лин и ее лаборатория заинтересованы в понимании того, как ко- и посттрансляционные модификации и неприродные аминокислоты влияют на сворачивание белков. ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]} Они также работают над пониманием влияния аминокислотных замен в ходе эволюции на стабильность, сворачивание и взаимодействие белков. ^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Коллаген

Лин и ее лаборатория используют моделирование молекулярной динамики, чтобы понять, как структура, стабильность и взаимодействие коллагена нарушаются заменами Gly на Ser, очень распространенным типом миссенс-мутаций Gly у пациентов с несовершенным остеогенезом (OI). ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]} и фосфорилирование Ser. ^{[ 21 ]} Их результаты предполагают новый возможный механизм, лежащий в основе патологии НО, а именно, что мутации могут значительно разрушить трехспиральную структуру коллагена и сделать ее восприимчивой к неколлагеназным протеолитическим ферментам. ^{[ 19 ]}

Награды и почести

Премия «Машинное обучение в области химических наук и техники», Фонд Камиллы и Генри Дрейфусов, 2020 г. ^{[ 22 ]}
2015: Премия OpenEye за выдающиеся достижения младших преподавателей в области вычислительной химии, ^{[ 23 ]} Американское химическое общество

Ссылки

^ «Факультет | Кафедра химии» . chem.tufts.edu . Проверено 13 июля 2021 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Дамьянович, Йован; Мяо, Цзяюань; Хуан, Хэ; Линь, Юй-Шань (24 февраля 2021 г.). «Выяснение структуры растворов циклических пептидов с использованием молекулярно-динамического моделирования» . Химические обзоры . 121 (4): 2292–2324. doi : 10.1021/acs.chemrev.0c01087 . ISSN 0009-2665 . ПМК 8340081 . PMID 33426882 .
^ «c&en: Метод перекрестных связей может дополнить сшивание пептидов, 29 апреля 2013 г.» .
^ Монг, Сурин К.; Кокран, Фрэнк В.; Ю, Хунтао; Грациано, Закари; Линь, Ю-Шань; Кокран, Дженнифер Р .; Пентелюта, Брэдли Л. (31 октября 2017 г.). «Гетерохиральный белок-ноттин: структура сворачивания и раствора» . Биохимия . 56 (43): 5720–5725. doi : 10.1021/acs.biochem.7b00722 . ISSN 0006-2960 . ПМЦ 5818992 . ПМИД 28952732 .
^ «Биохимики открыли механизм, который помогает вирусам гриппа развиваться» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . Проверено 13 июля 2021 г.
^ Ан, Бо; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 февраля 2016 г.). «Взаимодействие с коллагеном: разработка и доставка лекарств» . Обзоры расширенной доставки лекарств . 97 : 69–84. дои : 10.1016/j.addr.2015.11.013 . ISSN 0169-409X . ПМИД 26631222 .
^ Чен, Эрик А.; Линь, Юй-Шань (1 ноября 2019 г.). «Использование синтетических пептидов и рекомбинантного коллагена для понимания взаимодействия DDR-коллагена» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1866 (11): 118458. doi : 10.1016/j.bbamcr.2019.03.005 . ISSN 0167-4889 . ПМИД 30880148 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ю-Шань Линь | YSL в Тафтсе» . ase.tufts.edu . Проверено 13 июля 2021 г.
^ «Химическое древо - Генеалогическое древо Джеймса Л. Скиннера» . Academictree.org . Проверено 13 июля 2021 г.
^ Университет, © Стэнфорд; Стэнфорд; Калифорния 94305 (7 марта 2014 г.). «Ю-Шань Линь — постдокторант Bio-X» . Добро пожаловать в Био-Х . Проверено 11 июля 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ «Ю-Шань Линь | Профиль факультета» . факультетпрофили.tufts.edu . Проверено 2 августа 2024 г.
^ Слау, Диана П.; МакХью, Шон М.; Каммингс, Эшли Э.; Дай, Пэн; Пентелюта, Брэдли Л.; Критцер, Джошуа А.; Линь, Юй-Шань (28 марта 2018 г.). «Проектирование хорошо структурированных циклических пентапептидов на основе взаимосвязей последовательность-структура» . Журнал физической химии Б. 122 (14): 3908–3919. дои : 10.1021/acs.jpcb.8b01747 . ISSN 1520-6106 . ПМК 6071411 . ПМИД 29589926 .
^ Каммингс, Эшли Э.; Мяо, Цзяюань; Слау, Диана П.; МакХью, Шон М.; Критцер, Джошуа А.; Линь, Юй-Шань (5 февраля 2019 г.). «β-Разветвленные аминокислоты стабилизируют специфические конформации циклических гексапептидов» . Биофизический журнал . 116 (3): 433–444. Бибкод : 2019BpJ...116..433C . дои : 10.1016/j.bpj.2018.12.015 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6369414 . ПМИД 30661666 .
^ Роджерс, Джулия Р.; МакХью, Шон М.; Линь, Юй-Шань (27 сентября 2017 г.). «Прогнозы дизайна α-спиральных гликопептидов на основе структурного биоинформационного анализа» . Журнал химической информации и моделирования . 57 (10): 2598–2611. дои : 10.1021/acs.jcim.7b00123 . ISSN 1549-9596 . ПМИД 28953376 .
^ Саймон, Марк Д.; Маки, Юта; Виноградов Александр Александрович; Чжан, Чи; Ю, Хунтао; Линь, Ю-Шань; Кадзихара, Ясухиро; Пентелюта, Брэдли Л. (21 сентября 2016 г.). «Сканирование d-аминокислот двух небольших белков» . Журнал Американского химического общества . 138 (37): 12099–12111. дои : 10.1021/jacs.6b03765 . ISSN 0002-7863 . ПМИД 27494078 .
^ Филлипс, Анджела М; Гонсалес, Луна О; Неконго, Эммануэль Э; Пономаренко Анна I; МакХью, Шон М.; Батти, Винсент Л; Левин, Стюарт С; Линь, Ю-Шань; Мирный Леонид А; Плечи, Мэтью Д. (26 сентября 2017 г.). Палезе, Питер (ред.). «Протеостаз хозяина модулирует эволюцию гриппа» . электронная жизнь . 6 : е28652. дои : 10.7554/eLife.28652 . ISSN 2050-084X . ПМК 5614556 . ПМИД 28949290 .
^ Филлипс, Анджела М.; Пономаренко Анна Ивановна; Чен, Кенни; Ашенберг, Орр; Мяо, Цзяюань; МакХью, Шон М.; Батти, Винсент Л.; Уиттакер, Чарльз А.; Мур, Кристофер Л.; Блум, Джесси Д.; Линь, Юй-Шань (17 сентября 2018 г.). «Дестабилизированные адаптивные варианты гриппа, имеющие решающее значение для ускользания врожденной иммунной системы, усиливаются шаперонами хозяина» . ПЛОС Биология . 16 (9): e3000008. doi : 10.1371/journal.pbio.3000008 . ISSN 1545-7885 . ПМК 6160216 . ПМИД 30222731 .
^ Йигит, Сезин; Ю, Хунтао; Ан, Бо; Хамайя, Самир; Фарндейл, Ричард В.; Каплан, Дэвид Л.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (2 сентября 2016 г.). «Картирование влияния мутаций Gly в коллагене на связывание интегрина α2β1 *» . Журнал биологической химии . 291 (36): 19196–19207. дои : 10.1074/jbc.M116.726182 . ISSN 0021-9258 . ПМК 5009287 . ПМИД 27432884 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Чхум, Панарит; Ю, Хунтао; Ан, Бо; Дойон, Брайан Р.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 декабря 2016 г.). «Последствия мутаций глицина в фибронектин-связывающей последовательности коллагена *» . Журнал биологической химии . 291 (53): 27073–27086. дои : 10.1074/jbc.M116.753566 . ISSN 0021-9258 . ПМК 5207138 . ПМИД 27799304 .
^ Цю, Имин; Меккат, Арья; Ю, Хунтао; Йигит, Сезин; Хамайя, Самир; Фарндейл, Ричард В.; Каплан, Дэвид Л .; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 сентября 2018 г.). «Миссенс-мутации коллагена Gly: влияние идентичности остатков на структуру коллагена и связывание интегрина» . Журнал структурной биологии . 203 (3): 255–262. дои : 10.1016/j.jsb.2018.05.003 . ISSN 1047-8477 . ПМК 6089640 . ПМИД 29758270 .
^ Цю, Имин; Попплтон, Эрик; Мекка, Арья; Ю, Хунтао; Банерджи, Сурав; Уайли, Сандра Э.; Диксон, Джек Э.; Каплан, Дэвид Л.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (18 декабря 2018 г.). «Ферментативное фосфорилирование сера в пептиде коллагена I типа» . Биофизический журнал . 115 (12): 2327–2335. Бибкод : 2018BpJ... 115.2327Q дои : 10.1016/j.bpj.2018.11.012 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6302033 . ПМИД 30527445 .
^ Модератор (27 июля 2020 г.). «Программа Дрейфуса по машинному обучению в рамках премии в области химических наук и техники» . Фонд Дрейфуса . Проверено 15 августа 2023 г.
^ «Награда OpenEye за выдающиеся достижения младших преподавателей в области вычислительной химии» . www.acscomp.org . Проверено 11 июля 2021 г.

Внешние ссылки

Официальный сайт
Публикации Ю-Шань Линя , проиндексированные Google Scholar

[1] «Факультет | Кафедра химии» . chem.tufts.edu . Проверено 13 июля 2021 г.

[:0-2] Перейти обратно: ^а ^б Дамьянович, Йован; Мяо, Цзяюань; Хуан, Хэ; Линь, Юй-Шань (24 февраля 2021 г.). «Выяснение структуры растворов циклических пептидов с использованием молекулярно-динамического моделирования» . Химические обзоры . 121 (4): 2292–2324. doi : 10.1021/acs.chemrev.0c01087 . ISSN 0009-2665 . ПМК 8340081 . PMID 33426882 .

[3] «c&en: Метод перекрестных связей может дополнить сшивание пептидов, 29 апреля 2013 г.» .

[4] Монг, Сурин К.; Кокран, Фрэнк В.; Ю, Хунтао; Грациано, Закари; Линь, Ю-Шань; Кокран, Дженнифер Р .; Пентелюта, Брэдли Л. (31 октября 2017 г.). «Гетерохиральный белок-ноттин: структура сворачивания и раствора» . Биохимия . 56 (43): 5720–5725. doi : 10.1021/acs.biochem.7b00722 . ISSN 0006-2960 . ПМЦ 5818992 . ПМИД 28952732 .

[5] «Биохимики открыли механизм, который помогает вирусам гриппа развиваться» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . Проверено 13 июля 2021 г.

[6] Ан, Бо; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 февраля 2016 г.). «Взаимодействие с коллагеном: разработка и доставка лекарств» . Обзоры расширенной доставки лекарств . 97 : 69–84. дои : 10.1016/j.addr.2015.11.013 . ISSN 0169-409X . ПМИД 26631222 .

[7] Чен, Эрик А.; Линь, Юй-Шань (1 ноября 2019 г.). «Использование синтетических пептидов и рекомбинантного коллагена для понимания взаимодействия DDR-коллагена» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1866 (11): 118458. doi : 10.1016/j.bbamcr.2019.03.005 . ISSN 0167-4889 . ПМИД 30880148 .

[:2-8] Перейти обратно: ^а ^б «Ю-Шань Линь | YSL в Тафтсе» . ase.tufts.edu . Проверено 13 июля 2021 г.

[9] «Химическое древо - Генеалогическое древо Джеймса Л. Скиннера» . Academictree.org . Проверено 13 июля 2021 г.

[:3-10] Университет, © Стэнфорд; Стэнфорд; Калифорния 94305 (7 марта 2014 г.). «Ю-Шань Линь — постдокторант Bio-X» . Добро пожаловать в Био-Х . Проверено 11 июля 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[11] «Ю-Шань Линь | Профиль факультета» . факультетпрофили.tufts.edu . Проверено 2 августа 2024 г.

[12] Слау, Диана П.; МакХью, Шон М.; Каммингс, Эшли Э.; Дай, Пэн; Пентелюта, Брэдли Л.; Критцер, Джошуа А.; Линь, Юй-Шань (28 марта 2018 г.). «Проектирование хорошо структурированных циклических пентапептидов на основе взаимосвязей последовательность-структура» . Журнал физической химии Б. 122 (14): 3908–3919. дои : 10.1021/acs.jpcb.8b01747 . ISSN 1520-6106 . ПМК 6071411 . ПМИД 29589926 .

[13] Каммингс, Эшли Э.; Мяо, Цзяюань; Слау, Диана П.; МакХью, Шон М.; Критцер, Джошуа А.; Линь, Юй-Шань (5 февраля 2019 г.). «β-Разветвленные аминокислоты стабилизируют специфические конформации циклических гексапептидов» . Биофизический журнал . 116 (3): 433–444. Бибкод : 2019BpJ...116..433C . дои : 10.1016/j.bpj.2018.12.015 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6369414 . ПМИД 30661666 .

[14] Роджерс, Джулия Р.; МакХью, Шон М.; Линь, Юй-Шань (27 сентября 2017 г.). «Прогнозы дизайна α-спиральных гликопептидов на основе структурного биоинформационного анализа» . Журнал химической информации и моделирования . 57 (10): 2598–2611. дои : 10.1021/acs.jcim.7b00123 . ISSN 1549-9596 . ПМИД 28953376 .

[15] Саймон, Марк Д.; Маки, Юта; Виноградов Александр Александрович; Чжан, Чи; Ю, Хунтао; Линь, Ю-Шань; Кадзихара, Ясухиро; Пентелюта, Брэдли Л. (21 сентября 2016 г.). «Сканирование d-аминокислот двух небольших белков» . Журнал Американского химического общества . 138 (37): 12099–12111. дои : 10.1021/jacs.6b03765 . ISSN 0002-7863 . ПМИД 27494078 .

[16] Филлипс, Анджела М; Гонсалес, Луна О; Неконго, Эммануэль Э; Пономаренко Анна I; МакХью, Шон М.; Батти, Винсент Л; Левин, Стюарт С; Линь, Ю-Шань; Мирный Леонид А; Плечи, Мэтью Д. (26 сентября 2017 г.). Палезе, Питер (ред.). «Протеостаз хозяина модулирует эволюцию гриппа» . электронная жизнь . 6 : е28652. дои : 10.7554/eLife.28652 . ISSN 2050-084X . ПМК 5614556 . ПМИД 28949290 .

[17] Филлипс, Анджела М.; Пономаренко Анна Ивановна; Чен, Кенни; Ашенберг, Орр; Мяо, Цзяюань; МакХью, Шон М.; Батти, Винсент Л.; Уиттакер, Чарльз А.; Мур, Кристофер Л.; Блум, Джесси Д.; Линь, Юй-Шань (17 сентября 2018 г.). «Дестабилизированные адаптивные варианты гриппа, имеющие решающее значение для ускользания врожденной иммунной системы, усиливаются шаперонами хозяина» . ПЛОС Биология . 16 (9): e3000008. doi : 10.1371/journal.pbio.3000008 . ISSN 1545-7885 . ПМК 6160216 . ПМИД 30222731 .

[18] Йигит, Сезин; Ю, Хунтао; Ан, Бо; Хамайя, Самир; Фарндейл, Ричард В.; Каплан, Дэвид Л.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (2 сентября 2016 г.). «Картирование влияния мутаций Gly в коллагене на связывание интегрина α2β1 *» . Журнал биологической химии . 291 (36): 19196–19207. дои : 10.1074/jbc.M116.726182 . ISSN 0021-9258 . ПМК 5009287 . ПМИД 27432884 .

[:1-19] Перейти обратно: ^а ^б Чхум, Панарит; Ю, Хунтао; Ан, Бо; Дойон, Брайан Р.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 декабря 2016 г.). «Последствия мутаций глицина в фибронектин-связывающей последовательности коллагена *» . Журнал биологической химии . 291 (53): 27073–27086. дои : 10.1074/jbc.M116.753566 . ISSN 0021-9258 . ПМК 5207138 . ПМИД 27799304 .

[20] Цю, Имин; Меккат, Арья; Ю, Хунтао; Йигит, Сезин; Хамайя, Самир; Фарндейл, Ричард В.; Каплан, Дэвид Л .; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (1 сентября 2018 г.). «Миссенс-мутации коллагена Gly: влияние идентичности остатков на структуру коллагена и связывание интегрина» . Журнал структурной биологии . 203 (3): 255–262. дои : 10.1016/j.jsb.2018.05.003 . ISSN 1047-8477 . ПМК 6089640 . ПМИД 29758270 .

[21] Цю, Имин; Попплтон, Эрик; Мекка, Арья; Ю, Хунтао; Банерджи, Сурав; Уайли, Сандра Э.; Диксон, Джек Э.; Каплан, Дэвид Л.; Линь, Ю-Шань; Бродский, Варвара (18 декабря 2018 г.). «Ферментативное фосфорилирование сера в пептиде коллагена I типа» . Биофизический журнал . 115 (12): 2327–2335. Бибкод : 2018BpJ... 115.2327Q дои : 10.1016/j.bpj.2018.11.012 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6302033 . ПМИД 30527445 .

[22] Модератор (27 июля 2020 г.). «Программа Дрейфуса по машинному обучению в рамках премии в области химических наук и техники» . Фонд Дрейфуса . Проверено 15 августа 2023 г.

[:4-23] «Награда OpenEye за выдающиеся достижения младших преподавателей в области вычислительной химии» . www.acscomp.org . Проверено 11 июля 2021 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]