Стрептомицеты альбидофлавус

Стрептомицеты альбидофлавус
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Актиномицетота
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Стрептомицеталы
Семья:	Стрептомицетовые
Род:	Стрептомицеты
Разновидность:	С. альбидофлавус
Биномиальное имя
	Стрептомицеты альбидофлавус ; (Росси Дориа, 1891 г.) Ваксман и Хенрици, 1948 г. (Утвержденные списки, 1980 г.)
Тип штамма
	AS 4.1291, ATCC 25422, BCRC 13699, CBS 416.34, CBS 920.69, CCRC 13699, CGMCC 4.1291, CIP 105122, DSM 40455, ETH 10209, ICMP 12537, ICSSB 1006, IFO 13010 , ИМРУ 850, ИМСНУ 20133, ИМСУ 21006, ИСП 5455 , JCM 4446, KCC S-0446, KCC S-0466, KCC S-1072, KCCS 0466, KCTC 9202, Lanoot R-8660, LMG 19300, MTCC 932, NBIMCC 2386, NBRC 13010, NCIB 10043, NCIMB 10043 N, rL Б -1271, NRRL B-2663, NRRL BB-2663, NRRL-ISP 5455, RIA 1202, штамм ATCC 25422, VKM Ac-746, VTT E-991429
Синонимы
	« Actinomyces albidoflavus » (Росси Дориа 1891) Гасперини 1894 ; « Actinomyces globisporus subsp. caucasicus » Кудрина 1957 г. ; « Actinomyces sampsonii » Миллард и Берр, 1926 г. ; « Cladothrix albido-flava » [ так в оригинале ] (Росси Дориа, 1891 г.), Булава, 1901 г. ; Streptomyces canescens Waksman 1957 (Утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces champavatii Uma и Narasimha Rao 1959 (утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces coelicolor (Müller 1908) Waksman and Henrici 1948 (утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces Felleus Lindenbein 1952 (Утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces globisporus subsp. caucasicus (Кудрина 1957) Pridham et al . 1958 г. (утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces griseus subsp. solvifaciens Pridham 1970 (Утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces limosus Lindenbein 1952 (утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces odorifer (Rullmann 1895) Waksman 1953 (утвержденные списки 1980 г.) ; Streptomyces sampsonii (Миллард и Берр, 1926 г.) Ваксман, 1953 г. (утвержденные списки, 1980 г.) ; " Streptothrix albidoflava " Росси Дориа 1891 г. ; « Streptotrix albidoflava » [ так в оригинале ] Росси Дориа 1891 г. ; " Streptothrix coelicolor " Мюллер 1908 г. ;

Streptomyces albidoflavus — вид бактерий из рода Streptomyces , выделенный из почвы в Польше . ^[1]^[3]^[4]^[5] Streptomyces albidoflavus продуцирует дибутилфталат и стрептотрицины . ^[6]^[7]

Малая некодирующая РНК

Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. С помощью глубокого секвенирования транскриптом S. albidoflavus анализировали в конце экспоненциального роста. Идентифицировано 63 малые РНК. Экспрессия 11 из них была подтверждена Нозерн-блоттингом. Было показано, что мРНК присутствуют только у видов Streptomyces . ^[8]

мРНК scr4677 ( sRNA 4677 Streptomyces coelicolor ) расположена в межгенной области между геном антисигма-фактора SCO4677 и предполагаемым геном регуляторного белка SCO4676 . Экспрессия scr4677 требует активности SCO4677 , и сама мРНК scr4677, по-видимому, влияет на уровни SCO4676 -ассоциированных транскриптов. ^[9]

мишени двух некодирующих РНК S. albidoflavus Идентифицированы . Было показано, что некодирующая РНК глутаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков. ^[10] Малая РНК scr5239 ( мРНК Streptomyces coelicolor выше SCO5239) имеет две мишени. Он ингибирует экспрессию агаразы DagA путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA и подавляет трансляцию метионинсинтазы metE (SCO0985) на 5'-конце ее открытой рамки считывания . ^[11]^[12]

Синтез жирных кислот

кристаллическая структура Известна S. albidoflavus [ацил-белка-носителя] S -малонилтрансферазы . albidoflavus -MT S. ACP S участвует как в синтезе жирных кислот II, так и в поликетидсинтазе и структурно подобен аналогу Escherichia coli . ^[13]

Использование в биотехнологии

Штаммы S. albidoflavus продуцируют различные антибиотики , в том числе актинородин , метиленомицин , ундецилпродигиозин , ^[14] и перимицин . ^[15]^[16] Некоторые штаммы S. albidoflavus можно использовать для экспрессии гетерологичных белков . ^[17]

восстановление ДНК

Гомолог Ku — SCF55.25c . Он содержит домен, подобный щелочной фосфатазе креветок (SAP-подобный), на С-конце . S. albidoflavus продуцирует (предположительно) однодоменный белок SC9H11.09c , который гомологичен LigD NucDom, который является общим для многих бактериальных LigD. ( LigD — это подсемейство ДНК-лигаз . У бактерий многие, но не все LigD, имеют дополнительные нуклеазные домены, разветвленные от повсеместно присутствующего центрального домена лигазы . Если они присутствуют — как в этом случае — нуклеазный домен представляет собой N-концевое расширение.) ^[18]

Генетика

Геном состоит из одной линейной молекулы, и хотя можно было бы ожидать, что Ku будет осуществлять поддержание концов, до сих пор ничего не наблюдалось. ^[18]

См. также

Список Streptomyces видов

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б LPSN бактерио.нет
^ Информация о штамме Streptomyces albidoflavus.
^ Jump up to: ^а ^б ЮниПрот
^ Jump up to: ^а ^б Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур [1]
^ Свионтек Бжезинска, М.; Янкевич, У.; Бурковска, А. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Прикладная биохимия и микробиология . 49 (5): 451. дои : 10.1134/S0003683813050025 . S2CID 17097515 .
^ Рой, Р.Н.; Ласкар, С.; Сен, СК (2006). «Дибутилфталат, биоактивное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2» . Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. doi : 10.1016/j.micres.2005.06.007 . ПМИД 16427514 .
^ Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма у актиномицетов . ЦРК Пресс. ISBN 0-8493-6927-4 .
^ Вокенхубер М.П., Шарма К.М., Стат М.Г., Шмидт Д., Сюй З., Дитрих С. и др. (май 2011 г.). «Идентификация малых некодирующих РНК у Streptomyces coelicolor на основе глубокого секвенирования» . Биология РНК . 8 (3): 468–77. дои : 10.4161/rna.8.3.14421 . ПМЦ 3218513 . ПМИД 21521948 .
^ Муди М.Дж., Джонс С.Э., Эллиот М.А. (1 января 2014 г.). «Сложная внутриопероническая динамика, опосредованная малой РНК у Streptomyces coelicolor » . ПЛОС ОДИН . 9 (1): e85856. Бибкод : 2014PLoSO...985856H . дои : 10.1371/journal.pone.0085856 . ПМЦ 3896431 . ПМИД 24465751 .
^ Д'Алия Д., Низельт К., Стейгеле С., Мюллер Дж., Вербург И., Такано Э. (февраль 2010 г.). «Некодирующая РНК глютаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков у Streptomyces coelicolor A3 (2)» . Журнал бактериологии . 192 (4): 1160–4. дои : 10.1128/JB.01374-09 . ПМК 2812974 . ПМИД 19966003 .
^ Член парламента Вокенхубера, Зюсс Б (февраль 2012 г.). « СРНК scr5239 Streptomyces coelicolor ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA ». Микробиология . 158 (Часть 2): 424–435. дои : 10.1099/mic.0.054205-0 . ПМИД 22075028 .
^ Фокенхубер, член парламента, Хойайс Н, Зюсс Б (01 января 2015 г.). «Идентификация metE как второй мишени мРНК scr5239 в Streptomyces coelicolor» . ПЛОС ОДИН . 10 (3): e0120147. Бибкод : 2015PLoSO..1020147V . дои : 10.1371/journal.pone.0120147 . ПМК 4365011 . ПМИД 25785836 .
^ Уайт, Стивен В.; Чжэн, Цзе; Чжан, Юн-Мэй; Рок, Чарльз О. (2005). «Структурная биология биосинтеза жирных кислот типа II». Ежегодный обзор биохимии . 74 (1). Годовые обзоры : 791–831. doi : 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524 . ISSN 0066-4154 . ПМИД 15952903 .
^ Брайан П., Риггл П.Дж., Сантос Р.А., Champness WC (июнь 1996 г.). «Глобальная негативная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor , опосредованная absA предполагаемой системой передачи сигнала, кодируемой » . Журнал бактериологии . 178 (11): 3221–31. дои : 10.1128/jb.178.11.3221-3231.1996 . ПМК 178074 . ПМИД 8655502 .
^ Лю CM, Макдэниел LE, Шаффнер CP (март 1972 г.). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части» . Журнал антибиотиков . 25 (3): 187–8. дои : 10.7164/антибиотики.25.187 . ПМИД 5034814 .
^ Ли Ч., Шаффнер К. П. (май 1969 г.). «Перимицин. Строение некоторых продуктов распада». Тетраэдр . 25 (10): 2229–32. дои : 10.1016/S0040-4020(01)82770-8 . ПМИД 5788396 .
^ «Стрептомицеты целиколор» . Центр Джона Иннеса. Архивировано из оригинала 19 октября 2005 года . Проверено 25 января 2010 г.
^ Jump up to: ^а ^б Питчер, Роберт С.; Бриссетт, Найджел С.; Доэрти, Эйдан Дж. (2007). «Ногомологическое соединение концов у бактерий: микробная перспектива». Ежегодный обзор микробиологии . 61 (1). Годовые обзоры : 259–282. дои : 10.1146/annurev.micro.61.080706.093354 . ISSN 0066-4227 . ПМИД 17506672 .

Дальнейшее чтение

Августин, СК; Бхавсар, СП; Кападнис, Б.П. (2005). «Неполиеновый противогрибковый антибиотик из Streptomyces albidoflavus PU 23». Журнал биологических наук . 30 (2): 201–11. дои : 10.1007/bf02703700 . ПМИД 15886456 . S2CID 9722766 .
Хейн, Т; Уорд-Рейни, Н.; Кроппенштедт, РМ; Штакебрандт, Э; Рейни, Ф.А. (1997). «Дискриминация штаммов Streptomyces albidoflavus по размеру и количеству межгенных спейсеров рибосомальной ДНК 16S-23S» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (1): 202–6. дои : 10.1099/00207713-47-1-202 . ПМИД 8995823 .
Ченг, Кун; Ронг, Сяоин; Пинто-Томас, Адриан А.; Фернандес-Вильялобос, Марсела; Мурильо-Крус, Каталина; Хуан, Ин (2015). «Популяционно-генетический анализ Streptomyces albidoflavus выявляет барьеры среды обитания для гомологичной рекомбинации при диверсификации стрептомицетов» . Прикладная и экологическая микробиология . 81 (3): 966–75. дои : 10.1128/АЕМ.02925-14 . ПМЦ 4292468 . ПМИД 25416769 .
Скиннер, Ф.А. (1953). «Ингибирование Fusarium culmorum Streptomyces albidoflavus» . Природа . 172 (4391): 1191. Бибкод : 1953Natur.172.1191S . дои : 10.1038/1721191a0 . ПМИД 13111286 . S2CID 4195458 .
Вопрос: Эштон Эктон (2013). Достижения в области исследований и применения стрептомицетов: издание 2013 г.: ScholarlyBrief . Научные издания. ISBN 978-1-4816-7198-9 .

Внешние ссылки

Типовой штамм Streptomyces albidoflavus в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию

Эта Streptomyces статья, связанная со , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[Streptomyces-albidoflavus-1] Jump up to: ^а ^б LPSN бактерио.нет

[2] Информация о штамме Streptomyces albidoflavus.

[UniProt-3] Jump up to: ^а ^б ЮниПрот

[DSM-4] Jump up to: ^а ^б Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур [1]

[5] Свионтек Бжезинска, М.; Янкевич, У.; Бурковска, А. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Прикладная биохимия и микробиология . 49 (5): 451. дои : 10.1134/S0003683813050025 . S2CID 17097515 .

[6] Рой, Р.Н.; Ласкар, С.; Сен, СК (2006). «Дибутилфталат, биоактивное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2» . Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. doi : 10.1016/j.micres.2005.06.007 . ПМИД 16427514 .

[7] Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма у актиномицетов . ЦРК Пресс. ISBN 0-8493-6927-4 .

[8] Вокенхубер М.П., Шарма К.М., Стат М.Г., Шмидт Д., Сюй З., Дитрих С. и др. (май 2011 г.). «Идентификация малых некодирующих РНК у Streptomyces coelicolor на основе глубокого секвенирования» . Биология РНК . 8 (3): 468–77. дои : 10.4161/rna.8.3.14421 . ПМЦ 3218513 . ПМИД 21521948 .

[9] Муди М.Дж., Джонс С.Э., Эллиот М.А. (1 января 2014 г.). «Сложная внутриопероническая динамика, опосредованная малой РНК у Streptomyces coelicolor » . ПЛОС ОДИН . 9 (1): e85856. Бибкод : 2014PLoSO...985856H . дои : 10.1371/journal.pone.0085856 . ПМЦ 3896431 . ПМИД 24465751 .

[10] Д'Алия Д., Низельт К., Стейгеле С., Мюллер Дж., Вербург И., Такано Э. (февраль 2010 г.). «Некодирующая РНК глютаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков у Streptomyces coelicolor A3 (2)» . Журнал бактериологии . 192 (4): 1160–4. дои : 10.1128/JB.01374-09 . ПМК 2812974 . ПМИД 19966003 .

[11] Член парламента Вокенхубера, Зюсс Б (февраль 2012 г.). « СРНК scr5239 Streptomyces coelicolor ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA ». Микробиология . 158 (Часть 2): 424–435. дои : 10.1099/mic.0.054205-0 . ПМИД 22075028 .

[12] Фокенхубер, член парламента, Хойайс Н, Зюсс Б (01 января 2015 г.). «Идентификация metE как второй мишени мРНК scr5239 в Streptomyces coelicolor» . ПЛОС ОДИН . 10 (3): e0120147. Бибкод : 2015PLoSO..1020147V . дои : 10.1371/journal.pone.0120147 . ПМК 4365011 . ПМИД 25785836 .

[White-et-al-2005-13] Уайт, Стивен В.; Чжэн, Цзе; Чжан, Юн-Мэй; Рок, Чарльз О. (2005). «Структурная биология биосинтеза жирных кислот типа II». Ежегодный обзор биохимии . 74 (1). Годовые обзоры : 791–831. doi : 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524 . ISSN 0066-4154 . ПМИД 15952903 .

[pmid8655502-14] Брайан П., Риггл П.Дж., Сантос Р.А., Champness WC (июнь 1996 г.). «Глобальная негативная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor , опосредованная absA предполагаемой системой передачи сигнала, кодируемой » . Журнал бактериологии . 178 (11): 3221–31. дои : 10.1128/jb.178.11.3221-3231.1996 . ПМК 178074 . ПМИД 8655502 .

[aromatic-15] Лю CM, Макдэниел LE, Шаффнер CP (март 1972 г.). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части» . Журнал антибиотиков . 25 (3): 187–8. дои : 10.7164/антибиотики.25.187 . ПМИД 5034814 .

[Lee-16] Ли Ч., Шаффнер К. П. (май 1969 г.). «Перимицин. Строение некоторых продуктов распада». Тетраэдр . 25 (10): 2229–32. дои : 10.1016/S0040-4020(01)82770-8 . ПМИД 5788396 .

[JIC-17] «Стрептомицеты целиколор» . Центр Джона Иннеса. Архивировано из оригинала 19 октября 2005 года . Проверено 25 января 2010 г.

[Pitcher-et-al-2007-18] Jump up to: ^а ^б Питчер, Роберт С.; Бриссетт, Найджел С.; Доэрти, Эйдан Дж. (2007). «Ногомологическое соединение концов у бактерий: микробная перспектива». Ежегодный обзор микробиологии . 61 (1). Годовые обзоры : 259–282. дои : 10.1146/annurev.micro.61.080706.093354 . ISSN 0066-4227 . ПМИД 17506672 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]