Уникальный молекулярный идентификатор

Уникальные молекулярные идентификаторы ( UMI ) или молекулярные штрих-коды ( MBC ) представляют собой короткие последовательности или молекулярные «теги», добавляемые к фрагментам ДНК в некоторых протоколах подготовки библиотеки секвенирования следующего поколения для идентификации входной молекулы ДНК. Эти метки добавляются перед амплификацией ПЦР и могут использоваться для уменьшения ошибок и количественной систематической ошибки, вносимой амплификацией.

Приложения включают анализ уникальных кДНК, чтобы избежать ошибок ПЦР в iCLIP . ^{[ 1 ]} вызов варианта в ctDNA , экспрессия гена в одноклеточной РНК-seq (scRNA-seq) ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} и гаплотипирование посредством связанных чтений ^{[ нужны разъяснения ]}.

См. также

Ссылки

^ Кениг, Джулиан; Зарнак, Кэти; Рот, Грегор; Курк, Томаз; Кайикчи, Мелис; Жупан, Блаз; Тернер, Дэниел Дж.; Ласкомб, Николас М.; Уле, Джерней (июль 2010 г.). «iCLIP раскрывает функцию частиц hnRNP при сплайсинге с разрешением отдельных нуклеотидов» . Структурная и молекулярная биология природы . 17 (7): 909–915. дои : 10.1038/nsmb.1838 . ISSN 1545-9985 . ПМЦ 3000544 . ПМИД 20601959 .
^ Кивиоя Т., Вяхараутио А., Карлссон К., Бонке М., Энге М., Линнарссон С., Тайпале Дж. (2012). «Подсчет абсолютного числа молекул с использованием уникальных молекулярных идентификаторов». Нат. Методы . 9 (1): 72–4. дои : 10.1038/nmeth.1778 . ПМИД 22101854 . S2CID 39225091 .
^ Ислам С., Зейзель А., Йост С., Ла Манно Г., Заяк П., Каспер М., Лённерберг П., Линнарссон С. (2014). «Количественный секвенирование одноклеточной РНК с уникальными молекулярными идентификаторами». Нат. Методы . 11 (2): 163–6. дои : 10.1038/nmeth.2772 . ПМИД 24363023 . S2CID 6765530 .

Эта о генетике статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Кениг, Джулиан; Зарнак, Кэти; Рот, Грегор; Курк, Томаз; Кайикчи, Мелис; Жупан, Блаз; Тернер, Дэниел Дж.; Ласкомб, Николас М.; Уле, Джерней (июль 2010 г.). «iCLIP раскрывает функцию частиц hnRNP при сплайсинге с разрешением отдельных нуклеотидов» . Структурная и молекулярная биология природы . 17 (7): 909–915. дои : 10.1038/nsmb.1838 . ISSN 1545-9985 . ПМЦ 3000544 . ПМИД 20601959 .

[nature-counting-2] Кивиоя Т., Вяхараутио А., Карлссон К., Бонке М., Энге М., Линнарссон С., Тайпале Дж. (2012). «Подсчет абсолютного числа молекул с использованием уникальных молекулярных идентификаторов». Нат. Методы . 9 (1): 72–4. дои : 10.1038/nmeth.1778 . ПМИД 22101854 . S2CID 39225091 .

[nature-quantitative-3] Ислам С., Зейзель А., Йост С., Ла Манно Г., Заяк П., Каспер М., Лённерберг П., Линнарссон С. (2014). «Количественный секвенирование одноклеточной РНК с уникальными молекулярными идентификаторами». Нат. Методы . 11 (2): 163–6. дои : 10.1038/nmeth.2772 . ПМИД 24363023 . S2CID 6765530 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]