XPLOR-NIH

Xplor-NIH — это сложная и гибкая программа определения биомолекулярной структуры, которая включает в себя интерфейс к устаревшей программе X-PLOR . Основными разработчиками являются Чарльз Швитерс и Мариус Клор из Национального института здравоохранения . Xplor-NIH основан на платформе C++ с обширным интерфейсом Python, позволяющим создавать очень мощные и простые сценарии для сложных протоколов определения и уточнения структуры. Ограничения, полученные на основе всех текущих решений и многих твердотельных ядерных магнитных резонансов ( ЯМР ) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} и эксперименты по рассеянию рентгеновских лучей ^{[ 3 ]} могут быть учтены при расчете конструкции. Обширные возможности также доступны для многих типов ансамблевых расчетов, где экспериментальные данные не могут быть объяснены уникальной структурой. ^{[ 4 ]} Многие протоколы расчета структур включают использование моделирования отжига, предназначенного для преодоления локальных минимумов на пути области глобального минимума целевой функции. Эти расчеты могут быть выполнены с использованием любой комбинации декартовой динамики, угла кручения, динамики твердого тела и минимизации. В настоящее время Xplor-NIH является наиболее универсальным, комплексным и широко используемым пакетом для определения/уточнения структуры при определении структуры методом ЯМР.

Ссылки

^ Швитерс CD; [ PubMed ] Кушевски Дж. Дж.; Тяндра Н; Clore GM (январь 2003 г.). «Пакет Xplor-NIH для определения молекулярной структуры ЯМР» . Дж. Магн. Причина 160 (1): 65–73. Бибкод : 2003JMagR.160...65S . дои : 10.1016/S1090-7807(02) 00014-9 ПМИД 12565051 .
^ Швитерс, CD; Кушевский, Джей Джей; Клор, генеральный директор (2006). «Использование Xplor-NIH для определения молекулярной структуры ЯМР». Прогресс в спектроскопии ядерного магнитного резонанса . 48 (1): 47–62. дои : 10.1016/j.pnmrs.2005.10.001 .
^ Швитерс, CD; Клор, генеральный директор (2014). «Использование данных рассеяния растворов на малые углы в расчетах структуры Xplor-NIH» . Прогресс в спектроскопии ядерного магнитного резонанса . 80 : 1–11. дои : 10.1016/j.pnmrs.2014.03.001 . ПМК 4057650 . ПМИД 24924264 .
^ Дешмух, Л; Швитерс, CD; Гришаев А; Гирландо, Р; Бабер, Дж.Л.; Клор, генеральный директор (2013). «Структура и динамика полноразмерного капсидного белка ВИЧ-1 в растворе» . Журнал Американского химического общества . 135 (43): 16133–16147. дои : 10.1021/ja406246z . ПМЦ 3946434 . ПМИД 24066695 .

Внешние ссылки

Домашняя страница программного пакета.

Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[Xplor-NIH-1] Швитерс CD; [ PubMed ] Кушевски Дж. Дж.; Тяндра Н; Clore GM (январь 2003 г.). «Пакет Xplor-NIH для определения молекулярной структуры ЯМР» . Дж. Магн. Причина 160 (1): 65–73. Бибкод : 2003JMagR.160...65S . дои : 10.1016/S1090-7807(02) 00014-9 ПМИД 12565051 .

[2] Швитерс, CD; Кушевский, Джей Джей; Клор, генеральный директор (2006). «Использование Xplor-NIH для определения молекулярной структуры ЯМР». Прогресс в спектроскопии ядерного магнитного резонанса . 48 (1): 47–62. дои : 10.1016/j.pnmrs.2005.10.001 .

[3] Швитерс, CD; Клор, генеральный директор (2014). «Использование данных рассеяния растворов на малые углы в расчетах структуры Xplor-NIH» . Прогресс в спектроскопии ядерного магнитного резонанса . 80 : 1–11. дои : 10.1016/j.pnmrs.2014.03.001 . ПМК 4057650 . ПМИД 24924264 .

[4] Дешмух, Л; Швитерс, CD; Гришаев А; Гирландо, Р; Бабер, Дж.Л.; Клор, генеральный директор (2013). «Структура и динамика полноразмерного капсидного белка ВИЧ-1 в растворе» . Журнал Американского химического общества . 135 (43): 16133–16147. дои : 10.1021/ja406246z . ПМЦ 3946434 . ПМИД 24066695 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]