Молекулярная графика

Молекулярная графика — это дисциплина и философия изучения молекул и их свойств посредством графического представления. [1] ИЮПАК ограничивает определение представлениями на «устройстве графического отображения». [2] Со времен бензола атомов Дальтона и существует Кекуле . богатая история нарисованных от руки атомов и молекул, и эти изображения оказали важное влияние на современную молекулярную графику

Цветная молекулярная графика часто художественно используется на обложках химических журналов. [3]

История [ править ]

До использования компьютерной графики для представления молекулярной структуры Роберт Кори и Лайнус Полинг разработали систему представления атомов или групп атомов твердой древесины в масштабе 1 дюйм = 1 ангстрем, соединенных зажимным устройством для поддержания молекулярной конфигурации. [4] Эти ранние модели также установили цветовую схему CPK , которая до сих пор используется для различения различных типов атомов в молекулярных моделях (например, углерод = черный, кислород = красный, азот = синий и т. д.). Эта ранняя модель была улучшена в 1966 году В.Л. Колтуном и теперь известна как модели Кори-Полинга-Колтуна (CPK). [5]

Самые ранние попытки создать модели молекулярной структуры были предприняты в рамках проекта MAC с использованием каркасных моделей, отображаемых на электронно-лучевой трубке, в середине 1960-х годов. В 1965 году Кэрролл Джонсон распространил диаграмму теплового эллипсоида Ок-Риджа (ORTEP) , которая визуализировала молекулы как шаростержневую модель с линиями, представляющими связи между атомами и эллипсоидами, чтобы представить вероятность теплового движения. [6] Графики теплового эллипсоида быстро стали стандартом де-факто, используемым для отображения данных рентгеновской кристаллографии , и широко используются до сих пор. [6] Первым практическим применением молекулярной графики было простое отображение белка миоглобина с использованием каркасного представления в 1966 году Сайрусом Левинталем и Робертом Лэнгриджем, работавшими в Project MAC. [7]

Среди вех в высокопроизводительной молекулярной графике была работа Нельсона Макса по «реалистичной» визуализации макромолекул с использованием отражающих сфер .

Пара очков с затвором CrystalEyes.

Первоначально большая часть технологий была сосредоточена на высокопроизводительной 3D-графике . [8] В 1970-е годы были разработаны методы отображения 3D-графики с использованием электронно-лучевых трубок с использованием непрерывной компьютерной графики в сочетании с устройствами просмотра с электрооптическим затвором. [9] Первые устройства использовали 3D-систему с активным затвором , генерирующую разные виды в перспективе для левого и правого канала, чтобы создать иллюзию трехмерного просмотра. Стереоскопические очки для просмотра были разработаны с использованием керамики из цирконата и титаната свинца-лантана (PLZT) в качестве элементов затвора с электронным управлением. [10] Для активных 3D-очков требуются батарейки, и они работают совместно с дисплеем, активно изменяя представление линз для глаз пользователя. Во многих современных 3D-очках используется пассивная поляризационная 3D-система , которая позволяет пользователю визуализировать 3D-эффекты на основе собственного восприятия. Пассивные 3D-очки сегодня более распространены, поскольку они дешевле. [11]

Требования макромолекулярной кристаллографии также стимулировали создание молекулярной графики, поскольку традиционные методы построения физических моделей не поддавались масштабированию. Первые две белковые структуры, решенные с помощью молекулярной графики без помощи ящика Ричардса, были построены с помощью программы Стэна Свенсона FIT на графическом дисплее Vector General в лаборатории Эдгара Мейера в Техасском университете A&M: первая Мардж Легг в лаборатории Эла Коттона в A&M расшифровал вторую структуру стафилококка с более высоким разрешением. нуклеазы (1975), а затем Джим Хогл решил структуру моноклинного лизоцима в 1976 году. Прошел целый год, прежде чем другие графические системы были использованы вместо ящика Ричардса для моделирования плотности в 3-D. Программа FRODO Элвина Джонса (а позже «O») была разработана для наложения молекулярной электронной плотности , определенной с помощью рентгеновской кристаллографии, и гипотетической молекулярной структуры.

Хронология [ править ]

Разработчик(и) Приблизительная дата Технология Комментарии
Кристаллографы < 1960 г. Рисованной Кристаллические структуры с удалением скрытых атомов и связей. Часто клинографические проекции.
Джонсон, Мазервелл в. 1970 год Перьевой плоттер ОРТЕП, ПЛУТОН. Очень широко применяется для публикации кристаллических структур.
Сайрус Левинталь , Боб Лэнгридж, Уорд, Стотс [12] 1966 Система отображения Project MAC, две степени свободы, джойстик скорости с пружинным возвратом для поворота изображения. Первое отображение белка на экране. Система интерактивного построения белковых структур.
Барри [13] 1969 Компьютер LINC 300 с дисплеем осциллографа с двумя кривыми. Интерактивная система просмотра молекулярной структуры. Ранние примеры динамического вращения, настройки глубины глубины и параллельного стерео. Раннее использование аппроксимации малых углов (a = sin a, 1 = cos a) для ускорения графических вычислений вращения.
Ортони 1971 Разработал стереопросмотр (заявка на патент Великобритании 13844/70) для молекулярной компьютерной графики. Горизонтальное двустороннее (полупосеребренное) зеркало объединяет изображения, нарисованные на верхней и нижней половинах ЭЛТ. Скрещенные поляризаторы изолируют изображения для каждого глаза.
Ортони [14] 1971 Световая ручка, ручка. Интерактивная система просмотра молекулярной структуры. Выберите соединение, поворачивая другую ручку до тех пор, пока последовательно не загорится желаемое соединение, метод, который позже будет использован в системе MMS-4 ниже, или путем выбора световым пером. Точки в пространстве задаются с помощью трехмерной «ошибки» под динамическим контролем.
Барри, Грассер, Маршалл [15] 1971 CHEMAST: компьютер LINC 300, управляющий осциллографом. Двухосный джойстик, аналогичный тому, который позже использовался в GRIP-75 (ниже). Интерактивная система просмотра молекулярной структуры. Конструкции динамически вращаются с помощью джойстика.
Таунтас и Кац [16] 1971 Дисплей Adage AGT/50 Интерактивная система просмотра молекулярной структуры. Математика вложенного вращения и вращения в лабораторном пространстве.
Перкинс, Пайпер, Таттам, Уайт [17] 1971 Компьютер Honeywell DDP 516, аналоговый компьютер EAL TR48, осциллограф Lanelec, 7 линейных потенциометров. Стерео. Интерактивная система просмотра молекулярной структуры.
Райт [18] [19] [20] 1972 GRIP-71 в UNC-CH: компьютер с разделением времени IBM System / 360 Model 40, дисплей IBM 2250, кнопки, световое перо, клавиатура. Дискретное манипулирование и энергетическая релаксация белковых структур. Программный код стал основой системы GRIP-75, представленной ниже.
Барри и Норт [21] 1972 Оксфордский университет : компьютер Ferranti Argus 500, дисплей Ferranti model 30, клавиатура, трекбол, одна ручка. Стерео. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Трекбол вращает связь, ручка увеличивает яркость карты молекулы и электронной плотности.
Норт, Форд, Ватсон Начало 1970-х годов Университет Лидса : компьютер DEC PDP·11/40, дисплей Hewlett-Packard. 16 ручек, клавиатура, джойстик с пружинным возвратом. Стерео. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Шесть ручек вращают и переводят небольшую молекулу.
Барри, Боссхард, Эллис, Маршалл, Фрич, Якоби 1974 ММС-4: [22] [23] Вашингтонский университет в Сент-Луисе , компьютер LINC 300 и дисплей LDS-1/LINC 300, специальные модули дисплея. Джойстик вращения, ручки. Стерео. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Выберите связку для вращения, поворачивая другую ручку, пока последовательно не загорится нужная связка.
Коэн и Фельдманн [24] 1974 Компьютер DEC PDP-10, дисплей Adage, кнопки, клавиатура, ручки Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул.
Стеллман [25] 1975 Принстонский университет : компьютер PDP-10, дисплей LDS-1, ручки. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Карта электронной плотности не показана; вместо этого показатель качества «H-фактора» обновляется по мере манипулирования молекулярной структурой.
Коллинз, Коттон, Хейзен, Мейер, Моримото 1975 КРИСНЕТ, [26] Техасский университет A&M. Компьютер DEC PDP-11/40, дисплей Vector General Series 3, ручки управления, клавиатура. Стерео. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Разнообразие режимов просмотра: покачивание, вращение и несколько режимов стереоизображения.
Корнелиус и Краут 1976 (ок.) Калифорнийский университет в Сан-Диего : эмулятор DEC PDP-11/40 (CalData 135), дисплей Evans and Sutherland Picture System, клавиатура, 6 ручек. Стерео. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул.
(Йельский университет) 1976 (ок.) СВИНЬИ: компьютер DEC PDP-11/70, дисплей Evans and Sutherland Picture System 2, планшет с данными, ручки. Прототип системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Планшет использовался для большинства взаимодействий.
Фельдманн и Портер 1976 НИЗ: DEC PDP — компьютер 11/70. Дисплей Evans and Sutherland Picture System 2, ручки. Стерео. Интерактивная система просмотра молекулярной структуры. Предназначен для интерактивного отображения молекулярных данных из AMSOM – Атласа макромолекулярной структуры на микрофишах. [27]
Розенбергер и др. 1976 ММС-Х: [28] Вашингтонский университет в Сент-Луисе , компьютер TI 980B, дисплей Hewlett-Packard 1321A, видеотерминал Beehive, специальные модули дисплея, пара трехмерных джойстиков с пружинным возвратом, ручки. Прототип (а позже и успешный) системы решения кристаллографической структуры крупных молекул. Преемник системы MMS-4, описанной выше. Трехмерные джойстики с пружинным возвратом либо перемещают и вращают молекулярную структуру для просмотра, либо молекулярную субструктуру для установки, режим контролируется тумблером.
Бриттон, Липскомб, Пике, Райт, Брукс 1977 ГРИП-75 [20] [29] [30] [31] [32] в UNC-CH : компьютер IBM System/360 Model 75 с разделением времени, компьютер DEC PDP 11/45, дисплей Vector General Series 3, трехмерный блок перемещения от AM Noll и трехмерный джойстик с пружинным возвратом для манипулирования основанием, измерительные системы. вложенный джойстик, ручки, ползунки, кнопки, клавиатура, световое перо. Первое решение кристаллографической структуры крупных молекул. [33]
Джонс 1978 ФРОДО и РИНГ [34] [35] Институт Макса Планка, Германия, RING: компьютеры DEC PDP-11/40 и Siemens 4004, дисплей Vector General 3404, 6 ручек. Раствор кристаллографической структуры крупных молекул. FRODO, возможно, работал на DEC VAX-780 как продолжение RING.
Алмаз 1978 Картинки [36] Кембридж, Англия, компьютер DEC PDP-11/50, дисплей Evans and Sutherland Picture System, планшет. Раствор кристаллографической структуры крупных молекул. Все данные вводятся с помощью планшета. Молекулярные структуры, построенные в режиме онлайн с идеальной геометрией. Позже проходит натяжение связей с идеализацией.
Лэнгридж, Уайт, Маршалл Конец 1970-х годов Ведомственные системы ( PDP-11 , дисплеи Tektronix или DEC-VT11, например MMS-X) Смесь обычных компьютеров с ранними дисплеями.
Дэвис, Хаббард Середина 1980-х ХЕМ-X, ГИДРА Лабораторные системы с многоцветными, растровыми и векторными приборами (Sigmex, PS300).
Биосим, ​​Трипос, Полиген Середина 1980-х PS300 и более дешевые тупые терминалы (VT200, SIGMEX) Коммерческие интегрированные пакеты моделирования и отображения.
Кремниевая графика , Солнце Конец 1980-х годов Рабочие станции IRIS GL (UNIX) Недорогие однопользовательские рабочие станции со стереоскопическим дисплеем.
ЭМБЛ – А ЧТО ЕСЛИ 1989, 2000 Машинно-независимый Почти бесплатный, многофункциональный, до сих пор полностью поддерживается, множество бесплатных серверов на его основе.
Сэйл, Ричардсон 1992, 1993 РасМол , Кинемаг Платформонезависимый MG.
MDL (ван Влит, Маффетт, Адлер, Холт) 1995–1998 перезвон собственный C++; бесплатный плагин браузера для Mac (OS9) и ПК
МолСофт 1997 – настоящее время ICM-браузер собственный; бесплатная загрузка для Windows, Mac и Linux. [37] [38]
1998- МарвинСкетч и МарвинВью. МарвинПространство (2005) собственный Java- апплет или автономное приложение.

Типы [ править ]

Шаровидные модели [ править ]

Основная статья: Шариковая модель
Молекула памидроновой кислоты , нарисованная программой Jmol . Водород — белый, углерод — серый, азот — синий, кислород — красный, фосфор — оранжевый.

В модели шара и стержня атомы изображаются в виде небольших сфер, соединенных стержнями, представляющими химические связи между ними.

пространство заполняющие , Модели

Основная статья: Модель заполнения пространства
Модель заполнения пространства муравьиной кислотой . Водород белый, углерод черный, кислород красный.

В модели заполнения пространства атомы изображаются в виде твердых сфер, чтобы обозначить занимаемое ими пространство, пропорциональное их радиусам Ван-дер-Ваальса . Атомы, имеющие общую связь, перекрываются друг с другом.

Поверхности [ править ]

Молекула воды , нарисованная с заштрихованной изоповерхностью электростатического потенциала . Области, выделенные красным, имеют суммарную плотность положительного заряда , а синие области — отрицательный заряд.

В некоторых моделях поверхность молекулы аппроксимируется и заштриховывается, чтобы представить физическое свойство молекулы, такое как плотность электронного заряда. [39] [40]

Ленточные диаграммы [ править ]

Основная статья: Ленточная диаграмма
Изображение гемагглютинина с альфа-спиралями, изображенными в виде цилиндров, а остальная часть полипептида - в виде серебряных спиралей. Отдельные атомы полипептида скрыты. Все неводородные атомы в двух лигандах показаны в верхней части диаграммы.

Ленточные диаграммы представляют собой схематическое изображение структуры белка и являются одним из наиболее распространенных методов изображения белков, используемых сегодня. Лента показывает общий путь и организацию основной цепи белка в 3D и служит визуальной основой, на которой можно повесить детали полной атомной структуры, такие как шарики для атомов кислорода, связанных с активным центром миоглобина в соседнем изображение. Ленточные диаграммы создаются путем интерполяции плавной кривой, проходящей через основную цепь полипептида . α-спирали показаны в виде скрученных лент или толстых трубок, β-нити — в виде стрелок, а неповторяющиеся витки или петли — в виде линий или тонких трубок. Направление полипептидной цепи показано локально стрелками и в целом может быть указано цветовой шкалой по длине ленты. [41]

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Дикерсон, Р.Э.; Гейс, И. (1969). Строение и действие белков . Менло-Парк, Калифорния: Вашингтон Бенджамин.
  2. ^ ИЮПАК , Сборник химической терминологии , 2-е изд. («Золотая книга») (1997). Интернет-исправленная версия: (1997) « Молекулярная графика ». дои : 10.1351/goldbook.MT06970
  3. ^ Харрисон, Карл; Боуэн, Джонатан П .; Боуэн, Элис М. (2013). Нг, Киа; Боуэн, Джонатан П.; Макдэйд, Сара (ред.). «Электронная визуализация в химии: от алхимии к искусству» . Материалы конференции EVA в Лондоне 2013 . Электронные семинары по информатике. Британское компьютерное общество . стр. 267–274.
  4. ^ Кори, Роберт Б.; Полинг, Лайнус (1953). «Молекулярные модели аминокислот, пептидов и белков» . Обзор научных инструментов . 24 (8): 621. Бибкод : 1953RScI...24..621C . дои : 10.1063/1.1770803 . Проверено 13 июня 2022 г.
  5. ^ Колтун, Уолтер Л. (декабрь 1965 г.). «Точные модели атомов, заполняющие пространство». Биополимеры . 3 (6): 665–679. дои : 10.1002/bip.360030606 . ПМИД   4158989 . S2CID   38806627 .
  6. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Этвуд, Джерри Л.; Барбур, Леонард Дж. (2003). «Молекулярная графика: от науки к искусству» . Рост и дизайн кристаллов . 3 (1): 3–8. дои : 10.1021/cg020063o . Проверено 13 июня 2022 г.
  7. ^ Франкёр, Эрик (2002). «Сайрус Левинталь, Клюге и истоки интерактивной молекулярной графики» . Стараться . 26 (4): 127–131. дои : 10.1016/S0160-9327(02)01468-0 . ПМИД   12535918 . Проверено 13 июня 2022 г.
  8. ^ Портер Т.К. (август 1978 г.). «Сферическая штриховка» . ACM SIGGRAPH Компьютерная графика . 12 (3): 282–5. дои : 10.1145/965139.639789 .
  9. ^ Ортони, А. (май 1971 г.). «Система стереопросмотра» . Компьютерный журнал . 14 (2): 140–4. дои : 10.1093/comjnl/14.2.140 . Также появляется в: Конференция по дисплеям , Конференция Института инженеров-электриков. Паб. № 80 (7–10 сентября 1971 г.), C. Baldwin Ltd., 225–232.
  10. ^ Роуз, Джон А.; Макклири, Лоуренс Э. (август 1979 г.). «Стереоскопическая компьютерная графика для моделирования и моделирования» . ACM SIGGRAPH Компьютерная графика . 13 (2): 41–47. дои : 10.1145/965103.807423 . Проверено 14 июня 2022 г.
  11. ^ Уайли, Сюзанна С. (12 мая 2022 г.). «Что такое пассивные 3D-очки?» . EasyTechJunkie . Проверено 14 июня 2022 г.
  12. ^ Левинталь, К. (июнь 1966 г.). «Построение молекулярной модели с помощью компьютера». Научный американец . 214 (6): 42–52. Бибкод : 1966SciAm.214f..42L . doi : 10.1038/scientificamerican0666-42 . ПМИД   5930597 .
  13. ^ Барри, К.Д., Эллис, Р.А., Грассер, С.М. и Маршалл, Г.Р. 1969. Отображение и манипулирование в трех измерениях. Соответствующие понятия в компьютерной графике , Univ. Иллинойс Пресс, 104–153.
  14. ^ Ортони, А. 1971b. по интерактивной стереографике Конференция на дисплеях , Конференция Института инженеров-электриков. Паб. № 80 (7–10 сентября), C. Baldwin Ltd., 185–193.
  15. ^ Барри, К.Д., Эллис, Р.А., Грассер, С.М. и Маршалл, Г.Р. 1971. CHEMAST: Компьютерная программа для моделирования молекулярных структур. Учеб. 1971 ИФИП , 1552-1558.
  16. ^ Тунтас, К. и Кац, Л. 1971. Интерактивная графика в молекулярной биологии. Трехмерное вращение изображений и фрагментов изображений в реальном времени. Учеб. Летняя конференция по компьютерному моделированию, 1 , 241-247.
  17. ^ Перкинс, В.Дж.; Пайпер, Э.А.; Таттам, ФГ; Уайт, Джей Си (июнь 1971 г.). «Интерактивные стереоскопические компьютерные дисплеи для биомедицинских исследований». Компьютеры и биомедицинские исследования . 4 (3): 249–261. дои : 10.1016/0010-4809(71)90030-9 . ПМИД   5562569 .
  18. ^ Райт, Западная Вирджиния, 1972a. Интерактивная компьютерная графическая система для молекулярных исследований . Докторская диссертация, Университет Северной Каролины, Чапел-Хилл, Северная Каролина.
  19. ^ Райт, Западная Вирджиния (октябрь 1972 г.). «Двумерный интерфейс интерактивной системы молекулярных исследований» . Уведомления ACM SIGPLAN . 7 (10): 76–85. дои : 10.1145/942576.807017 .
  20. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Брукс Ф. П. младший. Компьютерный «ученый» в роли слесаря-инструментальщика: исследования интерактивной компьютерной графики. Учеб. ИФИП , 625-634 (1977).
  21. ^ Барри CD, Северный AC (1972). «Использование системы отображения с компьютерным управлением при изучении молекулярных конформаций». Холодный источник Харб. Симп. Квант. Биол . 36 : 577–84. дои : 10.1101/SQB.1972.036.01.072 . ПМИД   4508170 .
  22. ^ Барри К.Д., Босхард Х.Э., Эллис Р.А., Маршалл Г.Р. (декабрь 1974 г.). «Развивающаяся макромодульная система молекулярного моделирования». Фед. Проц . 33 (12): 2368–72. ПМИД   4435239 .
  23. ^ Фрич, Дж. М., Эллис, Р. А., Якоби Т. Х. и Маршалл, Г. Р. 1975. Система макромолекулярной графики для исследования структуры белка. Компьютеры и графика, 1 , №2/3 (сентябрь), 271-278.
  24. ^ Коэн, Г.Х. и Фельдманн, Р.Дж., 1974. MAP - компьютерная программа с интерактивной графикой для манипулирования и сопоставления белковых молекул с картами электронной плотности. Являюсь. Кристаллография. доц. Весна 23 , (Тезисы).
  25. ^ Стеллман, SD (сентябрь 1975 г.). «Применение трехмерной интерактивной графики в рентгеноструктурном анализе». Компьютеры и графика . 1 (2–3): 279–288. дои : 10.1016/0097-8493(75)90019-9 .
  26. ^ Коллинз Д.М., Коттон Ф.А., Хейзен Э.Э., Мейер Э.Ф., Моримото К.Н. (декабрь 1975 г.). «Кристаллические структуры белка: более быстрые и дешевые подходы». Наука . 190 (4219): 1047–53. Бибкод : 1975Sci...190.1047C . дои : 10.1126/science.1188383 . ПМИД   1188383 . S2CID   44583219 .
  27. ^ Фельдманн, Р.Дж. 1976. AMSOM - Атлас макромолекулярной структуры на микрофишах . Мэриленд: Tracor Jitco Inc.
  28. ^ Розенбергер, Ф.У. и др. 1976. Выдержки из годового отчета НИЗ за 1976 год . Технический меморандум № 230, Лаборатория компьютерных систем, Вашингтонский университет в Сент-Луисе, штат Миссури.
  29. ^ Липскомб, Дж.С. Трехмерные сигналы для системы молекулярной компьютерной графики. Докторская диссертация, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл, Северная Каролина. (1981)
  30. ^ Бриттон Э., Липскомб Дж.С., Пике М.Э., Райт, Западная Вирджиния, Брукс Ф.П.-младший, Пике М.Э. Человеко-машинный интерфейс GRIP-75. Видеообзор ACM SIGGRAPH , (4), (август 1981 г.).
  31. ^ Бриттон, Э.Г. 1977. Методология эргономического проектирования систем интерактивной компьютерной графики и ее применение к кристаллографии . Докторская диссертация, Университет Северной Каролины, Чапел-Хилл, Северная Каролина.
  32. ^ Пике, М.Э. 1980. Вложенные динамические вращения для компьютерной графики . Магистерская диссертация, Университет Северной Каролины, Чапел-Хилл, Северная Каролина.
  33. ^ Церноглу Д, Пецко Г.А., Ту А.Т. (апрель 1977 г.). «Секвенирование белков с помощью компьютерной графики». Биохим. Биофиз. Акта . 491 (2): 605–8. дои : 10.1016/0005-2795(77)90309-9 . ПМИД   857910 .
  34. ^ Джонс, Т. А. (август 1978 г.). «Система построения и уточнения графических моделей макромолекул». Журнал прикладной кристаллографии . 11 (4): 268–272. дои : 10.1107/S0021889878013308 .
  35. ^ Джонс, Т.А. 1978b. РИНГ [руководство пользователя]. Институт биохимии Макса Планка, 8033 Мартинсрид, бай-Мухен, Германия.
  36. ^ Даймонд, Р. 1978. Билдер. Программа компьютерной графики для биполимеров и ее применение для интерпретации структуры белковых дисков вируса табачной мозаики с разрешением 2-А. Учеб. Международный союз чистой и прикладной биохимии: Международный симпозиум по структуре, конформации, функциям и эволюции . Мадрас, Индия, (4 января), Pergamon Press.
  37. ^ Абагян Р., Ли В.Х., Рауш Э. и др. (февраль 2006 г.). «Распространение данных структурной геномики среди общественности: от дампа данных до анимированного рассказа». Тенденции биохимии. Наука . 31 (2): 76–8. дои : 10.1016/j.tibs.2005.12.006 . ПМИД   16406633 .
  38. ^ Рауш Э., Тотров М., Марсден Б.Д., Абагян Р. (2009). «Новый метод публикации трехмерного контента» . ПЛОС ОДИН . 4 (10): е7394. Бибкод : 2009PLoSO...4.7394R . дои : 10.1371/journal.pone.0007394 . ПМК   2754609 . ПМИД   19841676 .
  39. ^ Вольфсон, Хаим; Духовный, Дина; Черняк, Авиад. «Представление молекулярной поверхности» . www.cs.tau.ac.il. ​Проверено 14 июня 2022 г.
  40. ^ О'Доннелл, Ти Джей. «Наука и искусство молекулярных поверхностей» . www.cs.uic.edu . Проверено 14 июня 2022 г.
  41. ^ Смит, Томас Дж. (27 октября 2005 г.). «Отображение и анализ атомных структур на Macintosh» . Центр науки о растениях Дэнфорта. Архивировано из оригинала 28 марта 2002 года.

Внешние ссылки [ править ]

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Molecular_graphics&oldid=1213767380"