КЭБ

Химические соединения биологического интереса (ХЭБИ)
Содержание
Описание	Химическая база данных
Типы данных ; захвачен	Малые химические соединения
Контакт
Исследовательский центр	Европейская лаборатория молекулярной биологии
Лаборатория	Европейский институт биоинформатики
Первичное цитирование	Матос и др.
Доступ
Веб-сайт	www .семья .и .uk /чеби
URL-адрес загрузки	FTP .семья .и .uk /паб /базы данных /чеби
веб-службы URL-адрес	www .семья .и .uk /чеби /вебсервисы .делать
Sparql Конечная точка	БИО2РДФ
Инструменты
Интернет	www .семья .и .uk /чеби
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	ежемесячно
Политика курирования	Курируется вручную

Химические соединения, представляющие биологический интерес , также известные как ChEBI . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} представляет собой химическую базу данных и онтологию молекулярных объектов , ориентированную на «маленькие» химические соединения, которая является частью проекта «Открытые биомедицинские онтологии » (OBO) Европейского института биоинформатики (EBI). Термин «молекулярный объект» относится к любому «конституционно или изотопически отличному атому , молекуле , иону , ионной паре , радикалу , ион-радикалу , комплексу , конформеру и т. д., которые можно идентифицировать как отдельно различимый объект». ^{[ 3 ]} Молекулярные соединения, о которых идет речь, представляют собой либо продукты природы, либо синтетические продукты, обладающие потенциальной биологической активностью. Молекулы, непосредственно кодируемые геномом, такие как нуклеиновые кислоты , белки и пептиды, полученные из белков путем протеолитического расщепления, как правило, не включаются в ChEBI.

ChEBI использует номенклатуру , символику и терминологию, одобренную Международным союзом теоретической и прикладной химии (IUPAC) и номенклатурным комитетом Международного союза биохимии и молекулярной биологии (NC-IUBMB).

Объем и доступ

Все данные в базе данных не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Таким образом, он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, каждый элемент данных полностью отслеживается и имеет явную ссылку на первоначальный источник. По объему она связана с другими базами данных, такими как ChEMBL , ChemSpider , DrugBank , MetaboLights и PubChem .

Данные ChEBI доступны через общедоступное веб-приложение , веб-сервисы , конечную точку SPARQL и файлы для загрузки. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с де Матос П., Алькантара Р., Деккер А., Эннис М., Гастингс Дж., Хауг К., Спитери И., Тернер С., Стейнбек С. (2010). «Химические соединения, представляющие биологический интерес: обновленная информация» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D249-54. дои : 10.1093/nar/gkp886 . ПМК 2808869 . ПМИД 19854951 .
^ Jump up to: ^а ^б Дегтяренко К., де Матос П., Эннис М., Гастингс Дж., Збинден М., Макнот А., Алькантара Р., Дарсов М., Гудж М., Эшбернер М. (2008). «ChEBI: база данных и онтология химических веществ, представляющих биологический интерес» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D344-50. дои : 10.1093/nar/gkm791 . ПМК 2238832 . ПМИД 17932057 .
^ ИЮПАК , Сборник химической терминологии , 2-е изд. («Золотая книга») (1997). Исправленная онлайн-версия: (2006–) « Молекулярная сущность ». два : 10.1351/goldbook.M03986

[pmid19854951-1] Jump up to: ^а ^б ^с де Матос П., Алькантара Р., Деккер А., Эннис М., Гастингс Дж., Хауг К., Спитери И., Тернер С., Стейнбек С. (2010). «Химические соединения, представляющие биологический интерес: обновленная информация» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D249-54. дои : 10.1093/nar/gkp886 . ПМК 2808869 . ПМИД 19854951 .

[pmid17932057-2] Jump up to: ^а ^б Дегтяренко К., де Матос П., Эннис М., Гастингс Дж., Збинден М., Макнот А., Алькантара Р., Дарсов М., Гудж М., Эшбернер М. (2008). «ChEBI: база данных и онтология химических веществ, представляющих биологический интерес» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D344-50. дои : 10.1093/nar/gkm791 . ПМК 2238832 . ПМИД 17932057 .

[3] ИЮПАК , Сборник химической терминологии , 2-е изд. («Золотая книга») (1997). Исправленная онлайн-версия: (2006–) « Молекулярная сущность ». два : 10.1351/goldbook.M03986

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]