Пептидилпролилизомераза D

ППИД
Идентификаторы
Псевдонимы	PPID , CYP-40, CYPD, пептидилпролилизомераза D
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 601753 ; МГИ : 1914988 ; Гомологен : 31283 ; GeneCards : PPID ; OMA : PPID — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	158,723,396 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	79,510,957 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right lobe of liver; ; muscle of thigh; ; gastrocnemius muscle; ; mucosa of transverse colon; ; gonad; ; Skeletal muscle tissue of rectus abdominis; ; right adrenal cortex; ; rectum; ; body of tongue; ; left ventricle;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; epiblast; ; cingulate gyrus; ; embryo; ; embryo; ; genital tubercle; ; neural tube; ; ventricular zone; ; amygdala; ; otic vesicle;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	Hsp90 protein binding; heat shock protein binding; transcription factor binding; isomerase activity; peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; Hsp70 protein binding; protein binding; estrogen receptor binding; cyclosporin A binding; unfolded protein binding;
Cellular component	cytoplasm; nucleolus; nucleus; cytosol; nucleoplasm; mitochondrion;
Biological process	chaperone-mediated protein folding; cellular response to UV-A; viral release from host cell; lipid droplet organization; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; protein folding; positive regulation of protein secretion; positive regulation of apoptotic process; protein transport; positive regulation of viral genome replication; apoptotic process; protein-containing complex assembly; protein peptidyl-prolyl isomerization; protein refolding; negative regulation of apoptotic process; regulation of mitochondrial membrane potential;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	5481
	67738
	ENSG00000171497
	ENSMUSG00000027804
	Q08752
	Q9CR16
	НМ_005038
	НМ_026352 ; НМ_001356326
	НП_005029
	НП_080628 ; НП_001343255
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Пептидилпролилизомераза D (циклофилин D) , также известная как PPID , представляет собой фермент , который у человека кодируется PPID геном на хромосоме 4. Являясь членом семейства пептидилпролил-цис-транс-изомеразы (PPIase), этот белок катализирует цис-транс- изомеризация имидных пептидных связей пролина , что позволяет облегчить сворачивание или репарацию белки. ^{[ 5 ]} Кроме того, PPID участвует во многих биологических процессах, включая митохондриальный метаболизм , апоптоз , окислительно-восстановительный процесс и воспаление , а также в сопутствующих заболеваниях и состояниях, таких как ишемически-реперфузионное повреждение , СПИД и рак . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

Структура

Как и другие циклофилины, PPID образует структуру β-цилиндра с гидрофобным ядром. Этот β-цилиндр состоит из восьми антипараллельных β-нитей и увенчан двумя α-спиралями сверху и снизу. Кроме того, гибкости ствола способствуют β-витки и петли в прядях. ^{[ 8 ]} PPID, в частности, состоит из 370 остатков и имеет структурную гомологию с PPIF , FKBP4 и FKBP5 , включая N-концевой иммунофилиноподобный домен и C-концевой домен тетратрикопептидного повтора (TPR) . ^{[ 10 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства пептидил-пролил-цис-транс-изомеразы ( PPIase ). PPIазы катализируют цис-транс-изомеризацию имидных пептидных связей пролина в олигопептидах и ускоряют сворачивание белков. ^{[ 5 ]} Как правило, PPIазы обнаруживаются у всех эубактерий и эукариот, а также у некоторых архей и, следовательно, являются высококонсервативными. ^{[ 6 ]}^{[ 11 ]} Семейство PPIase далее делится на три структурно различных подсемейства: циклофилин (CyP), FK506-связывающий белок ( FKBP ) и парвулин (Pvn). ^{[ 6 ]}^{[ 8 ]} Как циклофилин, PPID связывает циклоспорин А (CsA) и может находиться внутри клетки или секретироваться клеткой. ^{[ 7 ]} У эукариот циклофилины локализуются повсеместно во многих типах клеток и тканей. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Помимо активности PPIазы и белков-шаперонов, циклофилины также участвуют в митохондриальном метаболизме, апоптозе, иммунологическом ответе, воспалении, а также росте и пролиферации клеток. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} PPID, в частности, помогает сопровождать сборку белка теплового шока Hsp90 , а также ядерную локализацию рецепторов глюкокортикоидов, эстрогена и прогестерона. Наряду с PPIF, PPID регулирует апоптоз митохондрий. В ответ на повышенные уровни активных форм кислорода (АФК) и ионов кальция PPID взаимодействует с Bax , способствуя образованию митохондриальных пор, тем самым высвобождая проапоптотические факторы, такие как цитохром C и AIF . ^{[ 10 ]}

Клиническое значение

Как циклофилин, PPID связывает иммунодепрессивный препарат CsA с образованием комплекса CsA-циклофилин, который затем нацеливается на кальциневрин, ингибируя сигнальный путь активации Т-клеток.

Было обнаружено, что в миогенных клетках сердца циклофилины активируются при тепловом шоке и гипоксии-реоксигенации, а также образуют комплекс с белками теплового шока. Таким образом, циклофилины могут выполнять кардиозащитную функцию при ишемически-реперфузионном повреждении .

В настоящее время экспрессия циклофилина тесно коррелирует с патогенезом рака, но конкретные механизмы еще предстоит выяснить. ^{[ 7 ]} Исследования показали, что PPID защищает кератиноциты человека от апоптоза, вызванного UVA, поэтому лекарства и методы лечения, ингибирующие PPID, такие как CsA, могут непреднамеренно способствовать развитию рака кожи. И наоборот, лечение, способствующее активности PPID, может улучшить результаты лечения пациентов в сочетании с терапией UVA против рака. ^{[ 10 ]}

Взаимодействия

Было показано, что PPID взаимодействует с:

ЦСА ^{[ 7 ]}
Смотреть ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000171497 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027804 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: пептидилпролилизомераза D PPID (циклофилин D)» .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Кадзуи Т., Иноуэ Н., Ямада О., Комацу С. (январь 1992 г.). «Селективная перфузия головного мозга во время операции по поводу аневризмы дуги аорты: переоценка» . Анналы торакальной хирургии . 53 (1): 109–14. дои : 10.1016/0003-4975(92)90767-x . ПМИД 1530810 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Яо Q, Ли М, Ян Х, Чай Х, Фишер В, Чен С (март 2005 г.). «Роль циклофилинов при раке и других системах органов». Всемирный журнал хирургии . 29 (3): 276–80. дои : 10.1007/s00268-004-7812-7 . ПМИД 15706440 . S2CID 11678319 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ван Т, Юн Ч., Гу С.Ю., Чанг В.Р., Лян, округ Колумбия (август 2005 г.). «1.88 Кристаллическая структура домена C hCyP33: новый домен пептидил-пролил-цис-транс-изомеразы». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 333 (3): 845–9. дои : 10.1016/j.bbrc.2005.06.006 . ПМИД 15963461 .
^ Стоки П., Чепмен, округ Колумбия, Бич, Лос-Анджелес, Уильямс Д.Б. (август 2014 г.). «Истощение циклофилинов B и C приводит к нарушению регуляции окислительно-восстановительного гомеостаза эндоплазматического ретикулума» . Журнал биологической химии . 289 (33): 23086–96. дои : 10.1074/jbc.M114.570911 . ПМК 4132807 . ПМИД 24990953 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джандова Дж., Джанда Дж., Слай Дж.Э. (март 2013 г.). «Циклофилин 40 изменяет апоптоз, индуцированный UVA, и генерацию митохондриальных АФК в кератиноцитах» . Экспериментальные исследования клеток . 319 (5): 750–60. дои : 10.1016/j.yexcr.2012.11.016 . ПМЦ 3577976 . ПМИД 23220213 .
^ Хоффманн Х., Шине-Фишер К. (июль 2014 г.). «Функциональные аспекты внеклеточных циклофилинов». Биологическая химия . 395 (7–8): 721–35. дои : 10.1515/hsz-2014-0125 . ПМИД 24713575 . S2CID 32395688 .

Дальнейшее чтение

Берардини Т.З., Боллман К., Сан Х., Поетиг Р.С. (март 2001 г.). «Регуляция изменения вегетативной фазы у Arabidopsis thaliana с помощью циклофилина 40». Наука . 291 (5512): 2405–7. Бибкод : 2001Sci...291.2405B . дои : 10.1126/science.1057144 . ПМИД 11264535 . S2CID 31121128 .
Киффер Л.Дж., Талхаммер Т., Хандшумахер Р.Э. (март 1992 г.). «Выделение и характеристика белка, родственного циклофилину, массой 40 кДа» . Журнал биологической химии . 267 (8): 5503–7. дои : 10.1016/S0021-9258(18)42795-0 . ПМИД 1544925 .
Хоффманн К., Какалис Л.Т., Андерсон К.С., Армитидж И.М., Хандшумахер Р.Э. (апрель 1995 г.). «Экспрессия человеческого циклофилина-40 и влияние мутации His141 -> Trp на катализ и связывание циклоспорина А». Европейский журнал биохимии . 229 (1): 188–93. doi : 10.1111/j.1432-1033.1995.tb20454.x (неактивен 7 мая 2024 г.). ПМИД 7744028 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на май 2024 г. ( ссылка )
Киффер Л.Дж., Сенг Т.В., Ли В., Остерман Д.Г., Хандшумахер Р.Э., Бэйни Р.М. (июнь 1993 г.). «Циклофилин-40, белок, гомологичный компоненту P59 комплекса стероидных рецепторов. Клонирование кДНК и дальнейшая характеристика» . Журнал биологической химии . 268 (17): 12303–10. дои : 10.1016/S0021-9258(18)31389-9 . ПМИД 8509368 .
Ёкои Х., Симидзу Ю., Аназава Х., Лефевр К.А., Корнелюк Р.Г., Икеда Дж.Э. (август 1996 г.). «Структура и полная нуклеотидная последовательность гена циклофилина 40 человека (PPID)». Геномика . 35 (3): 448–55. дои : 10.1006/geno.1996.0384 . ПМИД 8812478 .
Бональдо М.Ф., Леннон Дж., Соарес М.Б. (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к открытию генов» . Геномные исследования . 6 (9): 791–806. дои : 10.1101/гр.6.9.791 . ПМИД 8889548 .
Сильверстайн А.М., Галиньиана М.Д., Чен М.С., Оуэнс-Грилло Дж.К., Чинкерс М., Пратт В.Б. (июнь 1997 г.). «Протеинфосфатаза 5 является основным компонентом комплексов глюкокортикоидного рецептора.hsp90 со свойствами FK506-связывающего иммунофилина» . Журнал биологической химии . 272 (26): 16224–30. дои : 10.1074/jbc.272.26.16224 . ПМИД 9195923 .
Янг Дж.К., Оберманн В.М., Хартл Ф.У. (июль 1998 г.). «Специфическое связывание повторяющихся тетратрикопептидных белков с С-концевым доменом массой 12 кДа hsp90» . Журнал биологической химии . 273 (29): 18007–10. дои : 10.1074/jbc.273.29.18007 . ПМИД 9660753 .
Марк П.Дж., Уорд Б.К., Кумар П., Лахути Х., Минчин Р.Ф., Ратайчак Т. (январь 2001 г.). «Человеческий циклофилин 40 представляет собой белок теплового шока, который демонстрирует измененную внутриклеточную локализацию после теплового шока» . Клеточные стрессы и шапероны . 6 (1): 59–70. doi : 10.1379/1466-1268(2001)006<0059:hciahs>2.0.co;2 (неактивен 12 апреля 2024 г.). ПМК 434384 . ПМИД 11525244 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )
Уорд Б.К., Аллан Р.К., Мок Д., Темпл С.Э., Тейлор П., Дорнан Дж., Марк П.Дж., Шоу Дж., Кумар П., Уолкиншоу М.Д., Ратайчак Т. (октябрь 2002 г.). «Структурный мутационный анализ циклофилина 40 идентифицирует ключевые остатки в центральном повторяющемся домене тетратрикопептида, которые опосредуют связывание с Hsp90» . Журнал биологической химии . 277 (43): 40799–809. дои : 10.1074/jbc.M207097200 . ПМИД 12145316 .
McStay GP, Clarke SJ, Halestrap AP (октябрь 2002 г.). «Роль критических тиоловых групп на поверхности матрикса адениннуклеотид-транслоказы в механизме перехода проницаемости митохондрий» . Биохимический журнал . 367 (Часть 2): 541–8. дои : 10.1042/BJ20011672 . ПМЦ 1222909 . ПМИД 12149099 .
Геверт К., Готалс М., Мартенс Л., Ван Дамм Дж., Стас А., Томас Г.Р., Вандекеркхове Дж. (май 2003 г.). «Изучение протеомов и анализ обработки белков путем масс-спектрометрической идентификации отсортированных N-концевых пептидов». Природная биотехнология . 21 (5): 566–9. дои : 10.1038/nbt810 . ПМИД 12665801 . S2CID 23783563 .
Шуберт А., Гримм С. (январь 2004 г.). «Циклофилин D, компонент проницаемости переходной поры, является репрессором апоптоза» . Исследования рака . 64 (1): 85–93. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-03-0476 . ПМИД 14729611 .
Мачида К., Осада Х (декабрь 2003 г.). «Молекулярное взаимодействие между циклофилином D и адениннуклеотид-транслоказой при высвобождении цитохрома с: определяет ли оно, зависит ли высвобождение цитохрома с от перехода проницаемости или нет?». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1010 (1): 182–5. Бибкод : 2003NYASA1010..182M . дои : 10.1196/анналы.1299.031 . ПМИД 15033717 . S2CID 1034903 .
Каррелло А., Аллан Р.К., Морган С.Л., Оуэн Б.А., Мок Д., Уорд Б.К., Минчин Р.Ф., Тофт Д.О., Ратайчак Т. (2005). «Взаимодействие кошаперона циклофилина 40 Hsp90 с Hsc70» . Клеточные стрессы и шапероны . 9 (2): 167–81. doi : 10.1379/CSC-26R.1 (неактивен 12 апреля 2024 г.). ПМЦ 1065296 . ПМИД 15497503 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )
Барриос-Родилес М, Браун КР, Оздамар Б, Бозе Р, Лю З, Донован Р.С., Синдзё Ф, Лю Ю, Дембови Дж, Тейлор И.В., Луга В., Прзуль Н., Робинсон М., Сузуки Х., Хаяшизаки Ю., Юришица И., Врана Дж.Л. (март 2005 г.). «Высокопроизводительное картирование динамической сигнальной сети в клетках млекопитающих». Наука . 307 (5715): 1621–5. Бибкод : 2005Sci...307.1621B . дои : 10.1126/science.1105776 . ПМИД 15761153 . S2CID 39457788 .
Мачида К., Охта Ю., Осада Х. (май 2006 г.). «Подавление апоптоза циклофилином D посредством стабилизации связывания митохондрий гексокиназы II в раковых клетках» . Журнал биологической химии . 281 (20): 14314–20. дои : 10.1074/jbc.M513297200 . ПМИД 16551620 .
Мок Д., Аллан Р.К., Каррелло А., Вангу К., Уолкиншоу М.Д., Ратайчак Т. (май 2006 г.). «Шаперонная функция циклофилина 40 соответствует расщелине между повторяющимися доменами пролилиизомеразы и тетратрикопептида» . Письма ФЭБС . 580 (11): 2761–8. дои : 10.1016/j.febslet.2006.04.039 . ПМИД 16650407 . S2CID 26811748 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000171497 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027804 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: пептидилпролилизомераза D PPID (циклофилин D)» .

[pmid1530810-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Кадзуи Т., Иноуэ Н., Ямада О., Комацу С. (январь 1992 г.). «Селективная перфузия головного мозга во время операции по поводу аневризмы дуги аорты: переоценка» . Анналы торакальной хирургии . 53 (1): 109–14. дои : 10.1016/0003-4975(92)90767-x . ПМИД 1530810 .

[pmid15706440-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Яо Q, Ли М, Ян Х, Чай Х, Фишер В, Чен С (март 2005 г.). «Роль циклофилинов при раке и других системах органов». Всемирный журнал хирургии . 29 (3): 276–80. дои : 10.1007/s00268-004-7812-7 . ПМИД 15706440 . S2CID 11678319 .

[pmid15963461-8] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ван Т, Юн Ч., Гу С.Ю., Чанг В.Р., Лян, округ Колумбия (август 2005 г.). «1.88 Кристаллическая структура домена C hCyP33: новый домен пептидил-пролил-цис-транс-изомеразы». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 333 (3): 845–9. дои : 10.1016/j.bbrc.2005.06.006 . ПМИД 15963461 .

[pmid24990953-9] Стоки П., Чепмен, округ Колумбия, Бич, Лос-Анджелес, Уильямс Д.Б. (август 2014 г.). «Истощение циклофилинов B и C приводит к нарушению регуляции окислительно-восстановительного гомеостаза эндоплазматического ретикулума» . Журнал биологической химии . 289 (33): 23086–96. дои : 10.1074/jbc.M114.570911 . ПМК 4132807 . ПМИД 24990953 .

[pmid23220213-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джандова Дж., Джанда Дж., Слай Дж.Э. (март 2013 г.). «Циклофилин 40 изменяет апоптоз, индуцированный UVA, и генерацию митохондриальных АФК в кератиноцитах» . Экспериментальные исследования клеток . 319 (5): 750–60. дои : 10.1016/j.yexcr.2012.11.016 . ПМЦ 3577976 . ПМИД 23220213 .

[pmid24713575-11] Хоффманн Х., Шине-Фишер К. (июль 2014 г.). «Функциональные аспекты внеклеточных циклофилинов». Биологическая химия . 395 (7–8): 721–35. дои : 10.1515/hsz-2014-0125 . ПМИД 24713575 . S2CID 32395688 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]