ДИАЛАЙН-TX

DIALIGN-TX — это программа множественного выравнивания последовательностей, написанная Амарендраном Р. Субраманианом, которая представляет собой существенное улучшение DIALIGN-T за счет объединения стратегий жадного и прогрессивного выравнивания в новом алгоритме.

Оригинальная версия DIALIGN-T представляет собой новую реализацию программы множественного выравнивания DIALIGN. Благодаря нескольким алгоритмическим улучшениям он обеспечивает значительно лучшее выравнивание локальных и глобальных наборов последовательностей, чем предыдущие версии DIALIGN. Однако, как и в исходной реализации программы, DIALIGN-T использует простой жадный подход для сборки множественных выравниваний из локальных сходств попарных последовательностей. Такие жадные подходы могут быть уязвимы к ложным случайным сходствам и, следовательно, могут привести к неоптимальным результатам. DIALIGN-TX — это существенное усовершенствование DIALIGN-T, которое сочетает в себе предыдущий жадный алгоритм с подходом прогрессивного выравнивания.

См. также

• ДИАЛАЙН-Т
• Программное обеспечение для выравнивания последовательностей
• Кластал

Ссылки

• Субраманиан А.Р., Кауфманн М., Моргенштерн Б. DIALIGN-TX: Жадные и прогрессивные подходы к выравниванию множественных последовательностей на основе сегментов. Алгоритмы молекулярной биологии 2008, 3:6
• Субраманиан А.Р., Вейер-Менхофф Дж., Кауфманн М., Моргенштерн Б. DIALIGN-T: улучшенный алгоритм сегментного выравнивания множественных последовательностей. БМЦ Биоинформатика 2005, 6:66

Внешние ссылки

• Официальный сайт. Архивировано 28 октября 2011 г. на Wayback Machine.