Инструментарий молекулярного моделирования

ММТК
Оригинальный автор(ы)	Конрад Хинсен
Первоначальный выпуск	4 января 2000 г .; 24 года назад
Стабильная версия	2.7.4 / 28 апреля 2011 г .; 13 лет назад
Написано в	Питон , С
Операционная система	Кросс-платформенный
Тип	Биоинформатика
Веб-сайт	Дирак .cnrs-Орлеан .fr /ММТК /

Molecular Modeling Toolkit ( MMTK ) — это программный пакет с открытым исходным кодом, написанный на Python , который выполняет общие задачи молекулярного моделирования . ^{[ 1 ]}

Molecular Modeling Toolkit — это библиотека, реализующая общие методы молекулярного моделирования с упором на биомолекулярное моделирование. Он использует современные методы разработки программного обеспечения (объектно-ориентированное проектирование, язык высокого уровня), чтобы преодолеть ограничения, связанные с большими монолитными программами моделирования, которые обычно используются для биомолекул. Его основными преимуществами являются (1) простота расширения и комбинирования с другими библиотеками благодаря модульной конструкции библиотеки, (2) для реализации библиотеки, а также для сценариев приложений используется один язык программирования общего назначения высокого уровня (Python), (3 ) использование документированных и машинно-независимых форматов для всех файлов данных и (4) интерфейсов с другими программами моделирования и визуализации.
- Конрад Хинсен, Набор инструментов для молекулярного моделирования: новый подход к молекулярному моделированию ^{[ 1 ]}

По состоянию на 28 апреля 2011 г. ^[update]MMTK состоит примерно из 18 000 строк кода Python, 12 000 строк рукописного кода C и некоторого количества машинно-генерируемого кода C.

Функции

построение молекулярных систем со специальной поддержкой белков и нуклеиновых кислот
бесконечные системы или периодические граничные условия (орторомбические элементарные ячейки)
общие геометрические операции с координатами
подходит для жесткого корпуса
визуализация с использованием внешних просмотрщиков PDB и VRML; анимация динамики траекторий и нормальных режимов
силовое поле AMBER 94 с несколькими вариантами управления электростатическими взаимодействиями
поле сил деформации для быстрых расчетов белков в нормальном режиме
минимизация энергии (крутейший спуск и сопряженный градиент)
молекулярная динамика (с дополнительным термостатом, баростатом и ограничениями по расстоянию)
анализ нормального режима
траекторные операции
точечный заряд подходит
расчеты молекулярной поверхности
интерфейсы к другим программам

См. также

Программное обеспечение для моделирования молекулярной механики

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Хинсен К. (2000). «Набор инструментов молекулярного моделирования: новый подход к молекулярному моделированию». Дж. Компьютер. Хим . 21 (2): 79–85. doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<79::AID-JCC1>3.0.CO;2-B .

Внешние ссылки

Эта статья, связанная с биоинформатикой, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

Эта статья о обеспечении для молекулярного моделирования незавершена . программном Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[Hinsen2000-1] Jump up to: ^а ^б Хинсен К. (2000). «Набор инструментов молекулярного моделирования: новый подход к молекулярному моделированию». Дж. Компьютер. Хим . 21 (2): 79–85. doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<79::AID-JCC1>3.0.CO;2-B .

[ 1 ]