Мельбурн биоинформатика

Мельбурн биоинформатика
Бывшие имена	Викторианская инициатива по вычислениям в области наук о жизни (VLSCI)
Учредил	2008
Расположение	Университет Мельбурна ; Уровень 1, 21 Бедфорд -стрит Север Мельбурн , Виктория , Австралия
Принадлежность	Университет Мельбурна
Веб -сайт	mdhs.unimelb.edu.au/melbournebioinformatics

Melbourne Bioinformatics (ранее Инициатива по вычислениям в области наук о виктории, VLSCI) - это центр вычислительных наук о жизни. Он обеспечивает поддержку биоинформатики для всех исследователей и студентов в широком спектре проектов и услуг местного и национального значения. Исследователи могут взаимодействовать с Мельбурнской биоинформатикой посредством обучения и консультации с экспертами, которые могут привести к сотрудничеству с академическим персоналом в Университете Мельбурна.

История

VLSCI был создан в рамках планов правительства Виктории по поддержке биотехнологии и был указан в качестве ключевого инфраструктурного проекта в Викторианском плане действий по биотехнологии на 2011 год. ^{[ 1 ]} Это была инициатива правительства Виктории в партнерстве с Мельбурнским университетом и сотрудником по исследованиям в области наук о жизни IBM , Мельбурн. ^{[ 2 ]} Другими основными заинтересованными сторонами были ключевые викторианские медицинские и медицинские научно -исследовательские институты, крупные университеты и общественные исследовательские организации. ^{[ 1 ]}

В 2015 году VLSCI перешел на новую модель управления после получения еще 6,65 млн. Долл. США от правительства штата Виктория. Первый исследовательский соревнователь IBM для наук о жизни был совместным в VLSCI в течение 5 лет. После переезда в близлежащие офисы IBM Research Australia сотрудники сотрудники продолжали работать над целым рядом проектов в рамках более широкого партнерства Университета Мельбурна/IBM под новым названием Мельбурнской биоинформатики. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Melbourne Bioinformatics в Petascale High Performance Engilation была доступна для исследователей в Виктории , работая в различных университетах и исследовательских институтах в Мельбурне. Кластеры были в первых 500 по всему миру в 2017 году. ^{[ 5 ]} Технические эксперты были в штате, чтобы максимизировать пользовательский опыт, соответствовать пробелам навыков в исследовательских группах, создать необходимое междисциплинарное сотрудничество в исследованиях и обеспечить навыки для масштабирования проектов для эффективного использования поставляемой обработки. Продолжающаяся развитие и обучение навыков была предоставлена в вычислительной биологии , молекулярном моделировании и биоинформатике.

Компьютеры

На своем пике пиковое вычислительное средство VLSCI работало при 855 терафлопах. Системы включали «Barcoo», IBM Idataplex X86, «Merri», IBM Idataplex X86 и «Avoca», включающие 4 стойки IBM Blue Gene/Q .

Пиковая вычислительная установка

Вычислительный завод VLSCI Peak Computing (PCF) предоставил высокоэффективную вычислительную инфраструктуру и вычислительные экспертизы для исследователей наук о жизни по всей Виктории. У PCF были плотно связанные кластеры с очень быстрыми дисковыми подсистемами, которые в настоящее время работают с пиковой емкостью 855 терафлопов. Чтобы помочь исследователям максимально использовать их время вычисления и получить максимальную отдачу от своих выделенных ресурсов, PCF имела команду системных администраторов, программистов и специалистов по приложениям, доступной через систему запроса справки.

Центр вычислительных наук о жизни

Центр вычислений VLSCI Life Science Science (LSCC) был физически размещен в Университете Мельбурн и университете La Trobe , и многие сотрудники работали в различных исследовательских институтах, включая Институт инфекции и иммунитета Питера Доэрти (Институт Доэрти). Полем LSCC был распределенным пулом знаний и инфраструктуры для вычислительных исследований в области наук о жизни, обслуживающих научные научные научные институты по всей Виктории. Он направлен на развитие научно -исследовательского сотрудничества и поддержки относительно небольшого числа конкретных внешних проектов; действовать в качестве источника общих ресурсов, программных платформ и опыта для поддержки исследователей в области науки о жизни; предложить исследовательскую подготовку, образование и развитие карьеры для биоинформатиков и вычислительных биологов, чтобы поддержать развитие викторианского исследовательского сообщества наук о вычислительных науках; и поддерживать развитие вычислений науки о жизни в целом в Виктории.

Galaxy Australia

Melbourne Bioinformatics вместе с QFAB Bioinformatics , QCIF и Квинсленда Квинсленда совместно исследовательским центром исследований построил и эксплуатирует Galaxy Australia, которая является основной особенностью виртуальной лаборатории геномики.

Смотрите также

Национальная вычислительная инфраструктура

Ссылки

^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «Викторианский биотехнологический план действий 2011» . Подъемник Виктория. Департамент инноваций, промышленности и регионального развития. 2011 год Получено 2 августа 2018 года .
^ Лим, Джейсон. «Правительство Виктории Австралии - это модель инноваций» . Форбс . Получено 3 августа 2018 года .
^ «VLSCI повторно запускается как Мельбурнская биоинформатика» . Emblaustralia.org . Embl Australia . Получено 3 августа 2018 года .
^ Лони, Эндрю (20 февраля 2017 г.). «VLSCI становится биоинформатикой Мельбурна: письмо от директора» (PDF) . Emblaustralia.org . Embl Australia . Получено 3 августа 2018 года .
^ «Австралийские облака штурмовывают в топ -500 вычислительных кластеров» . itnews . Получено 3 августа 2018 года .

[:0-1] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «Викторианский биотехнологический план действий 2011» . Подъемник Виктория. Департамент инноваций, промышленности и регионального развития. 2011 год Получено 2 августа 2018 года .

[2] Лим, Джейсон. «Правительство Виктории Австралии - это модель инноваций» . Форбс . Получено 3 августа 2018 года .

[3] «VLSCI повторно запускается как Мельбурнская биоинформатика» . Emblaustralia.org . Embl Australia . Получено 3 августа 2018 года .

[4] Лони, Эндрю (20 февраля 2017 г.). «VLSCI становится биоинформатикой Мельбурна: письмо от директора» (PDF) . Emblaustralia.org . Embl Australia . Получено 3 августа 2018 года .

[5] «Австралийские облака штурмовывают в топ -500 вычислительных кластеров» . itnews . Получено 3 августа 2018 года .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]