Корпорация Генных Кодов
| Тип компании | Частный |
|---|---|
| Промышленность | Биоинформатика и инженерия |
| Основан | 1988 |
| Штаб-квартира | Анн-Арбор, Мичиган, США |
Ключевые люди | Говард Кэш Президент и генеральный директор [ 1 ] |
| Продукты | Инструменты анализа последовательностей ДНК |
| Веб-сайт | www |
Gene Codes Corporation — частная международная фирма, базирующаяся в Анн-Арборе, штат Мичиган , которая специализируется на биоинформатическом программном обеспечении для анализа генетических последовательностей . Ее флагманский программный продукт Sequencher представляет собой программное обеспечение для секвенирования, используемое во всем мире. Его целевое использование осуществляется исследователями академических и государственных лабораторий, а также биотехнологическими и фармацевтическими компаниями для сборки последовательностей ДНК.
История
[ редактировать ]Корпорация Gene Codes была основана в 1988 году в Анн-Арборе, штат Мичиган. В 1991 году было выпущено программное обеспечение для сборки и анализа последовательностей ДНК Sequencher. К 1997 году почти каждая крупная фармацевтическая компания и коммерческая геномная компания в мире стандартизировали секвенчер, а также большинство лабораторий в крупных академических центрах. Sequencher 5.4 был выпущен в 2015 году. [ 2 ]
секвенсор
[ редактировать ] |
Sequencher 5.1 имеет возможность выполнять секвенирование по Сэнгеру и секвенирование следующего поколения. Он имеет расширенные инструменты, которые помогают проводить общий анализ последовательностей и создавать отчеты, представляющие собой углубленный анализ набора данных о клиентах.
- Общий анализ
- Выравнивание эталонной последовательности
- Таблица отклонений
- Широкие возможности импорта и экспорта.
- NCBI ВЗРЫВ Поиск
- Секвенирование по Сэнгеру
- Импортируйте данные из любого из основных инструментов CE.
- Очистите необработанные данные, обрезав векторные базы низкого качества.
- Выполняйте выравнивание заново или сборку на основе эталона с помощью гибких
- Легко перемещайтесь между согласованными файлами данных, анализируйте трассы локально или глобально, чтобы найти вторичные или необоснованные пики.
- Мгновенно переключайтесь между многокадровой трансляцией необработанной последовательности и картами ограничений.
- Создавайте шаблоны многократного использования для общих проектов, позволяющие использовать базовую нумерацию и элементы из ссылочной последовательности для аннотирования новых трасс.
- Сравните похожие проекты, используя таблицу отклонений.
- Передовые мощные инструменты для обнаружения мутаций и SNP и обращения к необработанным данным для устранения артефактов секвенирования.
- Создавайте отчеты, которые быстро и четко документируют результаты исследований.
- Секвенирование нового поколения
- Легко импортировать чтения NGS
- Выберите Maq или GSNAP в качестве алгоритма выравнивания.
- Просмотр результатов с помощью планшета
- Анализ SNP и исследования метилирования
Награды
[ редактировать ] |
- Международное общество вычислительной биологии признает Говарда Кэша и криминалистику генных кодов за уникальное применение вычислительной биологии для помощи в идентификации жертв стихийных бедствий. Президент ISCB Михаил Грибсков назвал вклад Gene Codes «уникальным, ценным и превосходящим все ожидания».
- Ann Arbor IT Zone награждает Gene Codes Corporation премией Indestructible Award за рост и достижения.
- Gene Codes удостоена премии Мерланти за лучшие практики в области деловой этики.
- Компания Genome Technology назвала Говарда Кэша «Человеком года» по версии All-Star Awards.
- Корпорация Gene Codes включена в число 50 будущих компаний Большого Детройта: «В знак признания вашего выдающегося вклада в развитие столичного Детройта посредством роста продаж и занятости».
- Ernst & Young и The New Enterprise Forum называют Говарда Кэша, президента, генерального директора и основателя Gene Codes, Предпринимателем года.
- Генные коды получают награду за ускоренный процесс округа Уоштено.
- Секвенчер получил награду «Лучший продукт для сборки последовательностей ДНК» от журнала «Биотехнологическое программное обеспечение и Интернет-журнал».
- Компания Gene Codes получает награду штата Мичиган за передовые технологии в категории биотехнологий. Награда присуждается за инновации, представленные в Sequencher версии 3.0, при этом особое внимание уделяется усовершенствованиям, позволившим повысить автоматизацию процессов.
- Компания Gene Codes получает награду «Лучшая презентация года» от Мичиганского отделения Форума новых предприятий: «В знак признания инновационного предприятия, которое помогло сделать Gene Codes Corporation образцовой предпринимательской фирмой».
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Страница признательности генным кодам , веб-сайт Джонатана Хойла
- ^ Gene Codes выпускает Sequencher 5.4, программное обеспечение для анализа последовательностей ДНК , 10 ноября 2015 г., 10:00 по восточному поясному времени, BUSINESS WIRE
- Томас Д. Ву и Сербан Наку, Быстрое и SNP-толерантное обнаружение сложных вариантов и сплайсинга в коротких чтениях, Биоинформатика 2010 26: 873-881
- Хэн Ли, Цзюэ Жуан и Ричард Дурбин, Картирование коротких чтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования, Genome Research 2008 18:1851-1858
- Ян Милн, Миша Байер, Линда Кардл, Пол Шоу, Гордон Стивен, Фрэнк Райт и Дэвид Маршалл, Визуализация сборки последовательности планшетов следующего поколения, Биоинформатика 2010 26: 40-402
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- Демо-версия секвенчера
- Обучение/руководства . Для ученых, которым нужна помощь в изучении различных функций Sequencher, доступен ряд полезных учебных пособий.