БАли-Фи
| Разработчик(и) | Бенджамин Ределингс и Марк Сушард |
|---|---|
| Стабильная версия | 3.6.0
/ 5 21 февраля |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Windows , macOS , UNIX , Linux |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | лицензия GPLv2 |
| Веб-сайт | Бали-Фи |
BAli-Phy — это бесплатная программа для одновременной оценки выравнивания множественных последовательностей и их филогенетического дерева . BAli-Phy достигает высокой точности оценки выравнивания за счет использования информации из совместно оцененной филогении. BAli-Phy учитывает неопределенность выравнивания при оценке филогении путем усреднения возможных совпадений. В отличие от большинства программ для вывода филогении, входные последовательности не требуют предварительного выравнивания. Это отличается от традиционных подходов к выравниванию и оценке филогении, которые сначала оценивают выравнивание без высококачественной оценки дерева, а затем оценивают дерево с учетом выравнивания.
BAli-Phy создает байесовское апостериорное распределение как для выравниваний, так и для дерева. Программное обеспечение показывает неопределенность как в выравнивании, так и в дереве. BAli-Phy использует для оценки методы Монте-Карло цепи Маркова . На запуск может уйти несколько дней.
Неопределенность выравнивания
[ редактировать ]Неопределенность выравнивания проистекает из двух основных источников: почти оптимального выравнивания и неопределенности эволюционных параметров. Эволюционные параметры включают длину ветвей, скорость замен, скорость вставок/делеций и саму филогению. Если точное значение этих параметров неизвестно, а оценка выравнивания чувствительна к параметру, то выравнивание не может быть известно с уверенностью.
Даже когда параметры эволюции полностью известны, многие различные выравнивания могут быть оптимальными или почти оптимальными. В этом случае исследователь не может быть уверен ни в одном выравнивании, а должен усреднять по множеству почти оптимальных выравниваний.
BAli-Phy может обрабатывать как почти оптимальную неопределенность выравнивания, так и неопределенность эволюционных параметров, интегрируя возможные выравнивания и значения параметров.
Ввод и вывод
[ редактировать ]BAli-Phy принимает последовательности нуклеотидов , аминокислот и кодонов в формате FASTA . Входные последовательности не обязательно должны быть выровнены. Поддерживаются неоднозначные нуклеотиды, такие как R и Y, а также неоднозначные аминокислоты B, Z и J.
Деревья выводятся в формате Ньюика . Трассы выводятся в формате FASTA. Выходные выравнивания включают информацию о гомологии последовательностей во внутренних узлах дерева.