ЦИАНА (программное обеспечение)

Оригинальный автор(ы)	Петер Гюнтерт
Стабильная версия	2.1 / 1 июля 2005 г .; 19 лет назад
Предварительный выпуск	3,96 / 5 марта 2013 г .; 11 лет назад
Операционная система	Linux , FreeBSD , Unix и подобные операционные системы, Microsoft Windows , Mac OS X
Тип	Вычислительная химия
Веб-сайт	www .с .org

CYANA ( комбинированный присвоения и динамики ) — это алгоритм для ЯМР ядерного приложений программа для автоматического расчета структуры биологических макромолекул на основе конформационных ограничений магнитного резонанса (ЯМР). Сочетание автоматизированной ядерной спектроскопии эффекта Оверхаузера (NOESY), определения перекрестных пиков, расчета структуры с быстрым алгоритмом динамики угла кручения.

Пакет CYANA включает в себя предыдущую систему DYANA, в которой используется имитация отжига в сочетании с молекулярной динамикой. в пространстве торсионных углов (динамика торсионных углов). Целевая функция используется в качестве потенциальной энергии, и система может отходить от локальных минимумов целевой функции, поскольку она связана с температурной ванной, которая медленно охлаждается от ее первоначальной высокой температуры. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Программное обеспечение написано на стандартном языке Fortran 77, а также имеет интерактивный командный язык, который позволяет использовать математические и символьные выражения Fortran 77, макросы, потоки управления и распараллеливание. Стандартные протоколы также написаны на этом командном языке и могут быть изменены пользователем без изменения исходного кода. ^{[ 3 ]}

Ссылки

^ Гюнтерт П., Мюменталер К. и Вютрих К. (1997). Динамика углов закручивания для расчета структуры ЯМР в новой программе DYANA. Журнал молекулярной биологии 273, 283–298.
^ Гюнтерт, П. (2004). Автоматический расчет структуры белка ЯМР с помощью CYANA. Методы молекулярной биологии . 278, 353-378.
^ Руководство ИНКЛАН

Внешние ссылки

Эта статья о обеспечении для молекулярного моделирования незавершена . программном Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Гюнтерт П., Мюменталер К. и Вютрих К. (1997). Динамика углов закручивания для расчета структуры ЯМР в новой программе DYANA. Журнал молекулярной биологии 273, 283–298.

[2] Гюнтерт, П. (2004). Автоматический расчет структуры белка ЯМР с помощью CYANA. Методы молекулярной биологии . 278, 353-378.

[3] Руководство ИНКЛАН

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]