Ричард Бонно

Ричард Бонно — американский компьютерный биолог и специалист по данным, чьи основные исследования проводятся в следующих областях: обучение сетей на основе данных функциональной геномики, прогнозирование и проектирование белковой и пептидодимиметической структуры, а также применение науки о данных в социальных сетях. Профессор Нью-Йоркского университета , он занимает должности на кафедре биологии, в Центре науки о данных и в Институте математических наук Куранта .

Биография

Бонно — вице-президент по машинному обучению для открытия лекарств в Genentech и руководитель группы системной биологии в центре вычислительной биологии в Институте Флэтайрон . Ранее он был директором Центра науки о данных Нью-Йоркского университета .

Научная работа

В области предсказания структуры Бонно был одним из первых авторов кода Rosetta, одного из первых кодов, продемонстрировавших способность предсказывать структуру белка в отсутствие гомологии последовательностей. ^[1]^[2] Используя IBM World Community Grid для сворачивания целых протеомов, его группа также применила предсказание структуры к проблеме аннотации генома и протеома. ^[3]^[4]^[5]

Его группа внесла ключевой вклад в области анализа геномных данных, сосредоточив внимание на двух основных областях: 1. методы сетевого вывода, которые раскрывают динамику и топологию на основе данных, и 2. методы, которые изучают зависимые от условий совместно регулируемые группы путем интеграции различных геномиков. типы данных. ^[6]

В 2013 году он и его коллеги из Нью-Йоркского университета начали проект по изучению влияния использования социальных сетей на политические взгляды и участие, применяя методы из ряда академических дисциплин. Проект « Социальные сети и политическое участие» (SMaPP) опирается как на данные опросов, так и на общедоступные данные социальных сетей для решения ряда вопросов, касающихся причинных процессов, которые определяют политическое участие.

Сетевой вывод и системная биология

Вместе с Вестиеном Торссоном, Дэвидом Рейссом и Нитином Балигой он разработал Inferelator и cMonkey, два алгоритма, которые сыграли решающую роль в попытках изучить полногеномную модель регуляторной сети Halobacterium . Балига и Бонно использовали свою модель для прогнозирования полногеномной транскрипционной динамики реакции клетки на новую среду (публикация в журнале Cell в декабре 2007 г.). Эта работа представляет собой первую полностью управляемую данными реконструкцию регуляторной сети клеток, включающую изучение кинетических/динамических параметров, а также топологии сети.

Ссылки

^ Ренфрю П.Д., Кэмпбелл Г., Штраус СЕМ, Бонно Р. (2011) Встреча разработчиков Rosetta 2010: Макромолекулярное предсказание и дизайн соответствуют воспроизводимой публикации. PLoS ONE 6(8): e22431
^ Ренфрю П.Д., Чой Э.Дж., Бонно Р., Кульман Б. (2012) Включение неканонических аминокислот в Rosetta и использование в разработке вычислительного белково-пептидного интерфейса. PLoS ONE 7 (3): e32637.
^ Дрю К., Уинтерс П., Баттерфосс Г.Л., Берстис В., Аплингер К., Армстронг Дж., Риффл М., Швайгофер Э., Боверманн Б., Гудлетт Д.Р., Дэвис Т.Н., Шаша Д., Мальмстрем Л., Бонно Р., Genome Res. 2011 ноябрь; 21(11):1981-94.
^ Проект сворачивания протеома: предсказание структуры и функции в масштабе протеома (2011) Кевин Дрю, Патрик Уинтерс, GlennL. Баттерфосс, Викторс Берстис, Кит Аплингер, Джонатан Армстронг, Майкл Риффл, Эрик Швайгофер, Билл Боверманн, Дэвид Р. Гудлетт, Триша Н. Дэвис, Деннис Шаша, Ларс Мальмстрем и Ричард Бонно. Геномные исследования, 8 августа 2011 г.)
^ Бонно, Р., Фаччиотти, М.Т., Рейсс, DJ, Мадар А., Балига, Н.С. и др. Прогностическая модель транскрипционного контроля физиологии в свободноживущей клетке. (2007) Клетка. 131 декабря: 1354–1365 гг.
^ Мария Чиофани, Авив Мадар, Каролина Галан, Маклин Селларс, Киран Мейс, Флоренсия Паули, Ашиш Агарвал, Венди Хуанг, Кристофер Н. Паркурст, Майкл Мюратет, Ким М. Ньюберри, Сара Медоуз, Алекс Гринфилд, И Ян, Прети Джайн, Фрэнсис К. Киригин, Кармен Бирчмайер, Эрвин Ф. Вагнер, Кеннет М. Мерфи, Ричард М. Майерс, Ричард Бонно, Дэн Р. Литтман. Cell, 12 октября 2012 г. (Том 151, Выпуск 2, стр. 289-303)

Прогнозирование структуры

Бонно, Р. и Бейкер, Д. (2001). Прогнозирование структуры белка Ab Initio: прогресс и перспективы. Анну. Преподобный Биофиз. Биомол. Структура. 30, 173–89.
Бонно, Р., Дилан Чивиан, Чарли Э.М. Штраусс, Кэрол Рол, Дэвид Бейкер. (2002) Предсказание De Novo трехмерных структур основных семейств белков. ЖМБ, 322(1):65-78.
Бонно Р., Балига Н.С., Дойч Э.В., Шеннон П., Худ Л. (2004)Комплексное предсказание структуры de novo в контексте системной биологии архей Halobacterium sp. НРК-1. Геномная биология. 5(8):Р52-68
Майк Боксем, Золтан Малига, Нильс Дж. Клитгорд, На Ли, Ирма Лемменс, Миеко Мана, Лоренцо Де Лихтервельде, Йорам Мул, Дидерик ван де Пеут, Максим Девос, Николя Симонис, Анн-Лор Шлайц, Мурат Кокол, Мухаммед А. Йилдирим , Тонг Хао, Чангюй Фан, Ченвэй Линь, Майк Типсворд, Кевин Дрю, Матильда Галли, Кан Риссорракрай, Дэвид Дрех-сел, Дэвид Э. Хилл, Ричард Бонно, Кристин К. Гунсалус, Фредерик П. Рот, Фабио Пиано, Ян Тавернье , Сандер ван ден Хеувел, Энтони А. Хайман, Марк Видал. Интерактомная сеть на основе белковых доменов для раннего эмбриогенеза C. elegans. (2008) Cell, 134(3) стр. 534 – 545 .
Андерсен-Ниссен Э., Смит К.Д., Бонно Р., Стронг Р.К., Адерем А. Консервативная поверхность Toll-подобного рецептора 5 распознает бактериальный флагеллин. (2007) J Exp Med. 19 февраля; 204(2): 393-403.

Геномика и системная биология

Бонно, Ричард. Изучение биологических сетей: от модулей к динамике. Природа Химическая Биология 4, 658–664 (2008)
Бонно Р., Рейсс Д.Д., Шеннон П., Худ Л., Балига Н.С., Торссон В. (2006)Инферелятор: процедура изучения экономных регуляторных сетей на основе наборов данных системной биологии de novo. Геном Биол. 7(5):R36.
Дэвид Дж. Рейсс, Нитин С. Балига, Бонно Р. (2006) Интегрированная бикластеризация гетерогенных полногеномных наборов данных. БМК Биоинформатика. 7(1):280.

Внешние ссылки

Страница доктора Бонно в Google Scholar

[1] Ренфрю П.Д., Кэмпбелл Г., Штраус СЕМ, Бонно Р. (2011) Встреча разработчиков Rosetta 2010: Макромолекулярное предсказание и дизайн соответствуют воспроизводимой публикации. PLoS ONE 6(8): e22431

[2] Ренфрю П.Д., Чой Э.Дж., Бонно Р., Кульман Б. (2012) Включение неканонических аминокислот в Rosetta и использование в разработке вычислительного белково-пептидного интерфейса. PLoS ONE 7 (3): e32637.

[3] Дрю К., Уинтерс П., Баттерфосс Г.Л., Берстис В., Аплингер К., Армстронг Дж., Риффл М., Швайгофер Э., Боверманн Б., Гудлетт Д.Р., Дэвис Т.Н., Шаша Д., Мальмстрем Л., Бонно Р., Genome Res. 2011 ноябрь; 21(11):1981-94.

[4] Проект сворачивания протеома: предсказание структуры и функции в масштабе протеома (2011) Кевин Дрю, Патрик Уинтерс, GlennL. Баттерфосс, Викторс Берстис, Кит Аплингер, Джонатан Армстронг, Майкл Риффл, Эрик Швайгофер, Билл Боверманн, Дэвид Р. Гудлетт, Триша Н. Дэвис, Деннис Шаша, Ларс Мальмстрем и Ричард Бонно. Геномные исследования, 8 августа 2011 г.)

[5] Бонно, Р., Фаччиотти, М.Т., Рейсс, DJ, Мадар А., Балига, Н.С. и др. Прогностическая модель транскрипционного контроля физиологии в свободноживущей клетке. (2007) Клетка. 131 декабря: 1354–1365 гг.

[6] Мария Чиофани, Авив Мадар, Каролина Галан, Маклин Селларс, Киран Мейс, Флоренсия Паули, Ашиш Агарвал, Венди Хуанг, Кристофер Н. Паркурст, Майкл Мюратет, Ким М. Ньюберри, Сара Медоуз, Алекс Гринфилд, И Ян, Прети Джайн, Фрэнсис К. Киригин, Кармен Бирчмайер, Эрвин Ф. Вагнер, Кеннет М. Мерфи, Ричард М. Майерс, Ричард Бонно, Дэн Р. Литтман. Cell, 12 октября 2012 г. (Том 151, Выпуск 2, стр. 289-303)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]