Nematode.net

Nematode.net — общедоступный ресурс, посвященный изучению паразитических нематод . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Он возник в результате проекта Expressed Sequence Tag (EST), который начался в Институте генома университета Медицинской школы Вашингтонского . Сайт был запущен в 2000 году в поддержку проекта «Геномный подход к паразитам типа нематод». ^{[ 3 ]} финансируется Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний ( NIAID ). Он был создан для обеспечения доступа к данным этого проекта и в качестве более широкого ресурса для научного сообщества, изучающего паразитических нематод. ^{[ 4 ]}

История

Первой секвенированной модельной нематодой была Caenorhabditis elegans . Это также был первый полностью секвенированный геном многоклеточного организма . ^{[ 5 ]} Nematode.net опирается на эти усилия, чтобы сделать доступными последовательности генов медицински и экономически значимых паразитических нематод. ^{[ 4 ]} Человеческие паразитические нематоды, или круглые черви, имеют широкомасштабные глобальные последствия для здоровья, вызывая бремя болезней, превышающее малярию и туберкулез . ^{[ 6 ]} Нематоды, паразитирующие на растениях, ежегодно наносят ущерб урожаям во всем мире на сумму более 100 миллиардов долларов. ^{[ 7 ]}

Инструменты

Когда Nematode.net запустился в 2000 году, он предоставил доступный для поиска репозиторий последовательностей EST нематод, которые не были доступны где-либо еще. ^{[ 4 ]} Теперь сайт также предоставляет инструменты для просмотра белков и метаболических путей. ^{[ 8 ]} и платформа сравнительной геномики , которая может помочь в исследованиях лекарств, вакцин и пестицидов от нематод. ^{[ 9 ]}

Инструменты, доступные на Nematode.net, включают:

HelmCoP — онлайн-ресурс, призванный помочь исследователям разработать стратегии определения приоритетов в отношении лекарств, вакцин и пестицидов, а также предоставить полезную платформу для сравнительной геномики . ^{[ 10 ]}
NemaBLAST — инструмент, позволяющий сопоставить определенную пользователем белковую или нуклеотидную последовательность с транскриптами нематод или считываниями кДНК , организованными организмом или библиотекой. ^{[ 11 ]}
NemaPath — инструмент для изучения метаболических (и других) путей у различных нематод. В режиме одного организма этот инструмент заполняет изображения путей путем сопоставления транскриптов или генов с идентификаторами KEGG Orthology (KO), которые, как известно, существуют в этом пути. В режиме двойного организма этот инструмент позволяет сравнивать использование путей любых двух нематод в базе данных. Также доступны сравнительные обзоры по конкретным хостам и кладам. ^{[ 12 ]}
NemaGene - инструмент интеллектуального анализа данных, позволяющий пользователю искать транскрипты по имени или исследовать экспрессию транскриптов по стадиям жизненного цикла в данном организме. ^{[ 13 ]}
NemaFam - набор консервативных участков белков, связанных с нематодами. ^{[ 14 ]}
NemaBrowse — средство просмотра данных о генах, предсказанных на основе геномов нематод. ^{[ 15 ]}
NemaSNP — онлайн-ресурс, демонстрирующий генетические вариации среди популяций нематод. ^{[ 16 ]}

Ссылки

^ Мартин Дж., Абубакер С., Хейзер Э., Тейлор К.М., Митрева М. (2012) Обновление Nematode.net 2011: добавление наборов данных и инструментов с данными секвенирования следующего поколения. «Исследование нуклеиновых кислот». 40 (Проблема с базой данных): D720-D728.
^ Мартин Дж., Абубакер С., Уайли Т., Инь Ю., Ван З., Митрева М. (2009) Обновление Nematode.net, 2008 г.: улучшения, обеспечивающие более эффективный анализ данных и сравнительную геномику нематод. Исследования нуклеиновых кислот. 37 (приложение 1): Д571-Д578.
^ Информация о проекте НИЗ «Геномный подход к паразитам типа нематод»
^ Jump up to: ^а ^б ^с Уайли Т., Мартин Дж., Данте М., Митрева М., Клифтон С.С., Чинвалла А., Уотерстон Р.Х., Уилсон Р.К., МакКартер Дж.П. (2004) Nematode.net: инструмент для навигации по последовательностям исследований нуклеиновых кислот паразитических и свободноживущих нематод . 32 (приложение 1): Д423-Д426.
^ Консорциум секвенирования C. elegans . (1998) Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии. Наука. 11 декабря;282(5396): 2012–8.
^ Хотез П.Дж., Бриндли П.Дж., Бетони Дж.М., Кинг CH, Пирс Э.Дж., Джейкобсон Дж. (2008) Гельминтные инфекции: великие забытые тропические болезни. Журнал клинических исследований. Апрель 118(4):1311-21.
^ Джасмер Д.П., Гроверс А., Смант, Г. (2003) Взаимодействие паразитических нематод с млекопитающими и растениями. Анну. Преподобный Фитопатол. 41, 245–270.
^ Уайли Т., Мартин Дж., Абубакер С., Инь Ю, Мессина Д., Ван З., МакКартер Дж. П., Митрева М. (2009) NemaPath: онлайн-исследование метаболических путей нематод на основе KEGG. БМК Геномика . 4;9:525.
^ Абубакер С., Мартин Дж., Тейлор С.М., Митрева М. (2011) HelmCoP: онлайн-ресурс по функциональной геномике гельминтов и определению приоритетов в отношении лекарств и вакцин. ПЛОС Один . 6(7):e21832. Epub, 8 июля 2011 г.
^ «ХелмКоП» . Nematode.net .
^ «НЕМАБЛАСТ» . Nematode.net .
^ «НемаПат» . Nematode.net .
^ «НемаГен» . Nematode.net .
^ «НемаФам» . Nematode.net .
^ «НемаБраузер» . Nematode.net .
^ «НемаСНП» . Nematode.net .

Внешние ссылки

Официальный сайт

[1] Мартин Дж., Абубакер С., Хейзер Э., Тейлор К.М., Митрева М. (2012) Обновление Nematode.net 2011: добавление наборов данных и инструментов с данными секвенирования следующего поколения. «Исследование нуклеиновых кислот». 40 (Проблема с базой данных): D720-D728.

[2] Мартин Дж., Абубакер С., Уайли Т., Инь Ю., Ван З., Митрева М. (2009) Обновление Nematode.net, 2008 г.: улучшения, обеспечивающие более эффективный анализ данных и сравнительную геномику нематод. Исследования нуклеиновых кислот. 37 (приложение 1): Д571-Д578.

[3] Информация о проекте НИЗ «Геномный подход к паразитам типа нематод»

[Nematode-4] Jump up to: ^а ^б ^с Уайли Т., Мартин Дж., Данте М., Митрева М., Клифтон С.С., Чинвалла А., Уотерстон Р.Х., Уилсон Р.К., МакКартер Дж.П. (2004) Nematode.net: инструмент для навигации по последовательностям исследований нуклеиновых кислот паразитических и свободноживущих нематод . 32 (приложение 1): Д423-Д426.

[5] Консорциум секвенирования C. elegans . (1998) Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии. Наука. 11 декабря;282(5396): 2012–8.

[6] Хотез П.Дж., Бриндли П.Дж., Бетони Дж.М., Кинг CH, Пирс Э.Дж., Джейкобсон Дж. (2008) Гельминтные инфекции: великие забытые тропические болезни. Журнал клинических исследований. Апрель 118(4):1311-21.

[7] Джасмер Д.П., Гроверс А., Смант, Г. (2003) Взаимодействие паразитических нематод с млекопитающими и растениями. Анну. Преподобный Фитопатол. 41, 245–270.

[8] Уайли Т., Мартин Дж., Абубакер С., Инь Ю, Мессина Д., Ван З., МакКартер Дж. П., Митрева М. (2009) NemaPath: онлайн-исследование метаболических путей нематод на основе KEGG. БМК Геномика . 4;9:525.

[9] Абубакер С., Мартин Дж., Тейлор С.М., Митрева М. (2011) HelmCoP: онлайн-ресурс по функциональной геномике гельминтов и определению приоритетов в отношении лекарств и вакцин. ПЛОС Один . 6(7):e21832. Epub, 8 июля 2011 г.

[10] «ХелмКоП» . Nematode.net .

[11] «НЕМАБЛАСТ» . Nematode.net .

[12] «НемаПат» . Nematode.net .

[13] «НемаГен» . Nematode.net .

[14] «НемаФам» . Nematode.net .

[15] «НемаБраузер» . Nematode.net .

[16] «НемаСНП» . Nematode.net .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]