ДревоБАЗА

ДревоБАЗА ^{[ 1 ]} являлся хранилищем филогенетических данных, опубликованных в научных журналах . В филогенетических исследованиях собираются или генерируются исследовательские данные, такие как сравнительные наблюдения (например, матрицы состояний признаков или множественные выравнивания последовательностей ), сделанные для набора таксонов , метаданные об этих таксонах и филогенетические деревья , которые, как предполагается, лучше всего описывают эволюционные отношения. между таксонами.

Миссия

Целью проекта TreeBASE было предоставление стабильных записей и идентификаторов для этих данных, чтобы другие сотрудники могли ссылаться на свои депонированные данные в своих публикациях, а другие ученые могли находить эти данные и использовать их для проверки оригинального исследования или для включения или расширить их в дальнейших анализах.

История и финансирование

Проект стартовал в 1994 году. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} при финансовой поддержке Национального научного фонда США . После этого прототипа в рамках CIPRES была начата его модернизация. ^{[ 4 ]} проект. Эта новая версия была выпущена в марте 2010 года и поддерживается, в частности, проектом pPOD. ^{[ 5 ]} который профинансировал добавление интерфейса веб-сервиса RESTful со средствами поиска CQL , ^{[ 6 ]} и Национальный центр эволюционного синтеза (NESCent), в котором размещалась база данных и веб-сервер.

Зимой 2010 года TreeBASE была реорганизована и стала ассоциироваться с Фондом исследований филоинформатики. ^{[ 7 ]}

В 2022 году TreeBASE был отключен от сети из-за проблем с безопасностью, которые невозможно было устранить с помощью ресурсов проекта; будущее базы данных неопределенно. ^{[ 8 ]}

Ссылки

^ «ДеревоБАЗА» . Проверено 5 апреля 2011 г.
^ Сандерсон, MJ; М. Дж. Донохью; В. Пиль; Т. Эрикссон (1994). «TreeBASE: прототип базы данных филогенетического анализа и интерактивный инструмент для просмотра филогении жизни». Американский журнал ботаники . 81 (6): 183. JSTOR 2445447 .
^ Пиль, WH; М. Дж. Донохью; М. Дж. Сандерсон (2002). «TreeBASE: база данных филогенетических знаний». К совместимому «Каталогу жизни» с видами-партнерами 2000 Азия Океания. Отчет об исследовании Национального института экологических исследований (171): 41–47.
^ «Киберинфраструктура для филогенетических исследований» . Проверено 5 апреля 2011 г.
^ «обработка PhylOData» . Проверено 5 апреля 2011 г.
^ Вос, Рутгер А.; Хилмар Лапп; Уильям Х. Пил; Вэл Таннен (2010). «TreeBASE2: Восстание машин» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2010.4600 .
^ «Фонд исследований филоинформатики» . Проверено 5 апреля 2011 г.
^ «Мысли о смерти TreeBASE (?)» . 11 мая 2022 г. Проверено 16 мая 2022 г.

Эта базам данных статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] «ДеревоБАЗА» . Проверено 5 апреля 2011 г.

[2] Сандерсон, MJ; М. Дж. Донохью; В. Пиль; Т. Эрикссон (1994). «TreeBASE: прототип базы данных филогенетического анализа и интерактивный инструмент для просмотра филогении жизни». Американский журнал ботаники . 81 (6): 183. JSTOR 2445447 .

[3] Пиль, WH; М. Дж. Донохью; М. Дж. Сандерсон (2002). «TreeBASE: база данных филогенетических знаний». К совместимому «Каталогу жизни» с видами-партнерами 2000 Азия Океания. Отчет об исследовании Национального института экологических исследований (171): 41–47.

[4] «Киберинфраструктура для филогенетических исследований» . Проверено 5 апреля 2011 г.

[5] «обработка PhylOData» . Проверено 5 апреля 2011 г.

[6] Вос, Рутгер А.; Хилмар Лапп; Уильям Х. Пил; Вэл Таннен (2010). «TreeBASE2: Восстание машин» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2010.4600 .

[7] «Фонд исследований филоинформатики» . Проверено 5 апреля 2011 г.

[8] «Мысли о смерти TreeBASE (?)» . 11 мая 2022 г. Проверено 16 мая 2022 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]