Мельбурн Биоинформатика

Мельбурн Биоинформатика
Прежние имена	Викторианская инициатива по вычислениям в области медико-биологических наук (VLSCI)
Учредил	2008
Расположение	Университет Мельбурна ; Уровень 1, Бедфорд-стрит, 21, Северный Мельбурн , Виктория , Австралия
Принадлежности	Университет Мельбурна
Веб-сайт	mdhs.unimelb.edu.au/melbournebioinformatics

Мельбурнская биоинформатика (ранее Викторианская инициатива по вычислениям в области наук о жизни, VLSCI) является центром знаний в области вычислительных наук о жизни. Он обеспечивает поддержку биоинформатики для всех исследователей и студентов в широком спектре проектов и услуг местного и национального значения. Исследователи могут взаимодействовать с Мельбурнской биоинформатикой посредством обучения и консультаций с экспертами, что может привести к сотрудничеству в проектах с научными сотрудниками Мельбурнского университета.

История

VLSCI был создан в рамках планов правительства штата Виктория по поддержке биотехнологий и был включен в список ключевых инфраструктурных проектов в Плане действий по биотехнологии штата Виктория на 2011 год. ^{[ 1 ]} Это была инициатива правительства штата Виктория стоимостью 100 миллионов долларов в партнерстве с Мельбурнским университетом и Исследовательской лабораторией IBM в области медико-биологических наук в Мельбурне. ^{[ 2 ]} В число других основных заинтересованных сторон входили ключевые институты здравоохранения и медицинских исследований штата Виктория, крупные университеты и государственные исследовательские организации. ^{[ 1 ]}

В 2015 году VLSCI перешла на новую модель управления после получения еще 6,65 млн долларов от правительства штата Виктория. Первая исследовательская лаборатория IBM в области наук о жизни располагалась в VLSCI в течение 5 лет. После переезда в близлежащие офисы IBM Research Australia сотрудники Collaboratory продолжили работу над рядом проектов в рамках более широкого партнерства Мельбурнского университета и IBM под новым названием Melbourne Bioinformatics. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Высокопроизводительный петамасштабный вычислительный центр Melbourne Bioinformatics был доступен исследователям из Виктории , работающим в различных университетах и исследовательских институтах Мельбурна. В 2017 году кластеры вошли в число 500 лучших в мире. ^{[ 5 ]} Технические эксперты были в штате, чтобы максимально повысить удобство работы пользователей, восполнить пробелы в навыках в исследовательских группах, наладить необходимое междисциплинарное исследовательское сотрудничество и предоставить навыки для масштабирования проектов для эффективного использования предоставляемой вычислительной мощности. Проводилось постоянное развитие навыков и обучение в области вычислительной биологии , молекулярного моделирования и биоинформатики.

Компьютеры

На пике своего развития пиковая вычислительная мощность VLSCI работала на мощности 855 терафлопс. В число систем входили Barcoo, IBM iDataPlex x86, Merri, IBM iDataPlex x86 и Avoca, включающие 4 стойки IBM Blue Gene/Q .

Пиковый вычислительный комплекс

Центр пиковых вычислений VLSCI (PCF) предоставил высокопроизводительную вычислительную инфраструктуру и экспертные знания в области вычислений исследователям в области медико-биологических наук по всей Виктории. PCF имел тесно связанные кластеры с очень быстрыми дисковыми подсистемами, пиковая производительность которых в настоящее время составляла 855 терафлопс. Чтобы помочь исследователям максимально эффективно использовать вычислительное время и максимально эффективно использовать выделенные ресурсы, PCF собрал команду системных администраторов, программистов и специалистов по приложениям, к которым можно было обратиться через систему запросов на помощь.

Вычислительный центр медико-биологических наук

Вычислительный центр медико-биологических наук VLSCI (LSCC) физически располагался в Мельбурнском университете и Университете Ла-Троба , и многие сотрудники работали в различных исследовательских институтах, включая Институт инфекций и иммунитета Питера Доэрти (Институт Доэрти), в течение некоторой части своей недели. . LSCC представлял собой распределенный пул знаний и инфраструктуры для компьютерных исследований в области биологических наук, обслуживающий исследовательские учреждения в области биологических наук по всей Виктории. Целью проекта было содействие исследовательскому сотрудничеству и поддержке относительно небольшого числа конкретных внешних проектов; выступать в качестве источника общих ресурсов, программных платформ и опыта для поддержки исследователей в области медико-биологических наук; предлагать исследовательскую подготовку, образование и карьерный рост биоинформатикам и компьютерным биологам, чтобы поддержать развитие викторианского исследовательского сообщества в области вычислительных наук о жизни; и поддержите развитие биологических вычислений в Виктории в целом.

Галактика Австралия

Мельбурнская биоинформатика совместно с QFAB Bioinformatics , QCIF и Университета Квинсленда совместно Исследовательским вычислительным центром построили и эксплуатируют Galaxy Australia, которая является основной особенностью виртуальной лаборатории геномики.

См. также

Национальная вычислительная инфраструктура

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б «Викторианский план действий в области биотехнологии на 2011 год» . Трове . Виктория. Департамент инноваций, промышленности и регионального развития. 2011 . Проверено 2 августа 2018 г.
^ Лим, Джейсон. «Правительство штата Виктория в Австралии является образцом инноваций» . Форбс . Проверено 3 августа 2018 г.
^ «VLSCI перезапускается под названием Melbourne Bioinformatics» . emblaustralia.org . ЭМБЛ Австралия . Проверено 3 августа 2018 г.
^ Лони, Эндрю (20 февраля 2017 г.). «VLSCI становится Мельбурнской биоинформатикой: письмо директора» (PDF) . emblaustralia.org . ЭМБЛ Австралия . Проверено 3 августа 2018 г.
^ «Австралийские облака врываются в топ-500 вычислительных кластеров» . АйТньюс . Проверено 3 августа 2018 г.

[:0-1] Jump up to: ^а ^б «Викторианский план действий в области биотехнологии на 2011 год» . Трове . Виктория. Департамент инноваций, промышленности и регионального развития. 2011 . Проверено 2 августа 2018 г.

[2] Лим, Джейсон. «Правительство штата Виктория в Австралии является образцом инноваций» . Форбс . Проверено 3 августа 2018 г.

[3] «VLSCI перезапускается под названием Melbourne Bioinformatics» . emblaustralia.org . ЭМБЛ Австралия . Проверено 3 августа 2018 г.

[4] Лони, Эндрю (20 февраля 2017 г.). «VLSCI становится Мельбурнской биоинформатикой: письмо директора» (PDF) . emblaustralia.org . ЭМБЛ Австралия . Проверено 3 августа 2018 г.

[5] «Австралийские облака врываются в топ-500 вычислительных кластеров» . АйТньюс . Проверено 3 августа 2018 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]