АМАП
| Разработчик(и) | Ариэль Шварц ( Калифорнийский университет в Беркли ), Лиор Пахтер ( Калифорнийский университет в Беркли ) |
|---|---|
| Стабильная версия | 2.0
|
| Операционная система | UNIX , Linux , Mac |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | Открытый исходный код |
| Веб-сайт | АМАП скачать |
AMAP — это программа множественного выравнивания последовательностей, основанная на отжиге последовательностей . [ 1 ] Этот подход заключается в построении множественного выравнивания по одному совпадению за раз, что позволяет обойти многие проблемы прогрессивного выравнивания. Параметры AMAP можно использовать для настройки компромисса между чувствительностью и специфичностью.
Программу можно использовать через веб-сервер AMAP или как отдельную программу, которую можно установить вместе с исходным кодом.
Ввод/вывод
[ редактировать ]Эта программа принимает последовательности в формате FASTA .
Выходной формат включает в себя: формат FASTA , Clustal .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ С. Шварц, А.; Пахтер, Л. (19 января 2007 г.). «Множественное выравнивание путем отжига последовательностей». Биоинформатика . 23 (2): e24–e29. doi : 10.1093/биоинформатика/btl311 .