Джутовый геном

Консорциум исследователей в Бангладеш успешно завершил проект секвенирования генома джутового растения .

В консорциум вошли Университет Дакки , Бангладешский научно-исследовательский институт джута и компания-разработчик программного обеспечения DataSoft Systems Bangladesh Ltd. ^{[ 1 ]} Он работал в сотрудничестве с Центром химической биологии Малайзийского научного университета и Гавайским университетом в Маноа .

16 июня 2010 года премьер-министр Бангладеш Шейх Хасина сообщила в парламенте , что бангладешские исследователи успешно завершили проект секвенирования генома, который, как ожидается, будет способствовать улучшению производства джутового волокна. ^{[ 2 ]}

История

Все началось в феврале 2008 года, когда Максудул Алам обратился к профессору Ахмаду Шамсулу Исламу , координатору GNOBB (Глобальной сети биотехнологов Бангладеш) по поводу возможности секвенирования генома джута. Научное сообщество Бангладеш, которое уже рассматривало возможность секвенирования генома джута, отреагировало на это предложение, что положило начало процессу. Весь процесс начался со множества длительных телефонных конференций между доктором Аламом и молекулярными биологами растений , профессорами Хасиной Хан и Зебой Ислам Серадж с факультета биохимии и молекулярной биологии Университета Дакки . Они установили связь с Гавайским университетом США и Научным университетом Малайзии для оказания технической поддержки и подготовили проектное предложение для сбора средств от различных учреждений. Вначале было много уверенности, но реальность была иной. На начальном этапе Центр исследования генома США и Университет науки Малайзии оказали техническую помощь в сборе исследовательских данных о джуте со всего мира. Для анализа огромного количества данных возникла необходимость в суперкомпьютере. По-прежнему существовала потребность в финансировании полевых исследований. Команда «Свапнаджатра» расстроена отсутствием должной поддержки. Стало трудно поддерживать вовлеченность членов команды. В 2009 году газета The Daily Prothom Alo опубликовала статью об исследовании, которое изменило все. Министр сельского хозяйства Матиа Чоудхури представил доктора Максудул Алама премьер-министру Шейх Хасине и заверил в дальнейшей поддержке. ^{[ 3 ]} Таким образом команда «Свапнаджатра» обрела уверенность и продолжила свою работу.

Ресурсы

Геномная ДНК (гДНК) из джута Тосса ( Corchorus olitorius O-4) использовалась для платформ высокопроизводительного секвенирования следующего поколения (NGS), включая 454 GS FLX, Illumina/Solexa и SOLiD. Для черновой сборки было использовано более чем 50-кратное покрытие (более 100 миллиардов A, C, G и T) данных секвенирования генома Джута. Для сбора и анализа необработанных данных использовалось несколько конвейеров сборки и аннотирования генома с открытым исходным кодом и коммерческих. Для проверки проекта генома транскриптома также был проведен анализ различные вычислительные ресурсы: от высокопроизводительного кластерного сервера до серверов Dell и Silicon Graphics SGI Altix-350 и 450. . Для анализа данных использовались ^{[ 4 ]}

См. также

Ссылки

^ «ДатаСофт Системс Бангладеш Лтд.» . Datasoft-bd.com . Проверено 19 мая 2015 г.
^ «Расшифрованный геном джута» . Дейли Стар . Проверено 19 мая 2015 г.
^ Своя жизнь, жизнь своей жизни . Протом Ало (на бенгали). 22 декабря 2014 года . Проверено 19 мая 2015 г.
^ «Как команде Свапноджаатра это удалось?» . сайт jutegenome.org . 22 июня 2010 года. Архивировано из оригинала 22 июня 2010 года . Проверено 27 апреля 2019 г.

Внешние ссылки

Геном джута

[1] «ДатаСофт Системс Бангладеш Лтд.» . Datasoft-bd.com . Проверено 19 мая 2015 г.

[2] «Расшифрованный геном джута» . Дейли Стар . Проверено 19 мая 2015 г.

[3] Своя жизнь, жизнь своей жизни . Протом Ало (на бенгали). 22 декабря 2014 года . Проверено 19 мая 2015 г.

[4] «Как команде Свапноджаатра это удалось?» . сайт jutegenome.org . 22 июня 2010 года. Архивировано из оригинала 22 июня 2010 года . Проверено 27 апреля 2019 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]