Анализ сходства
Анализ сходств (ANOSIM) — непараметрический статистический тест, широко используемый в области экологии . Впервые тест был предложен К. Р. Кларком. [1] как тест типа ANOVA , где вместо работы с необработанными данными используется ранжированная матрица различий .
Учитывая матрицу ранговых различий между набором образцов, каждый из которых принадлежит одному месту (например, одной группе лечения ), ANOSIM проверяет, можем ли мы отвергнуть нулевую гипотезу о том, что сходство между местами больше или равно сходству внутри каждый сайт.
Тестовая статистика R рассчитывается следующим образом:
где r B — среднее ранговое сходство пар образцов (или повторов), происходящих из разных сайтов, r W — среднее ранговое сходство пар среди повторов внутри сайтов, а M = n ( n − 1)/2, где n это количество образцов.
Статистика теста R ограничена значениями от -1 до 1, где положительные числа предполагают большее сходство внутри сайтов, а значения, близкие к нулю, представляют собой отсутствие различий между сайтами и сходство внутри сайтов. Отрицательные значения R предполагают большее сходство между участками, чем внутри участков, и могут повысить вероятность неправильного распределения образцов по участкам.
В целях проверки гипотезы , когда нулевая гипотеза состоит в том, что сходство внутри сайтов меньше или равно сходству между сайтами, статистика R обычно сравнивается с набором значений R', которые достигаются посредством случайного перетасовки меток сайтов. между выборками и вычислением результирующего R' , повторяемого много раз. Процент случаев, когда фактический R превосходил перестановок, полученные в результате значения R', представляет собой p-значение для фактической R. статистики
Ранжирование различий в ANOSIM и NMDS (неметрическое многомерное масштабирование) идет рука об руку.Сочетание обоих методов дополняет визуализацию групповых различий наряду с проверкой значимости . [2]
ANOSIM реализован в нескольких статистических программах, включая PRIMER, пакет R Vegan. [3] и ПРОШЛОЕ.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кларк, КР (1993). «Непараметрический многомерный анализ изменений в структуре сообщества». Австралийская экология . 18 (1): 117–143. дои : 10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x . ISSN 1442-9985 .
- ^ Буттиджич, Пьер Луиджи; Раметт, Альбан (2014). «Руководство по статистическому анализу в микробной экологии: ориентированный на сообщество живой обзор многомерного анализа данных» . ФЭМС Микробиология Экология . 90 (3): 543–550. дои : 10.1111/1574-6941.12437 . hdl : 21.11116/0000-0001-C4CA-E . ISSN 0168-6496 . ПМИД 25314312 .
- ^ «Веган: пакет R для общественных экологов» . Проверено 13 июня 2023 г.