база данных модификаций РНК
Эти базы данных модификации РНК представляют собой совокупность баз данных, веб-порталов и серверов, используемых для модификации РНК. Модификация РНК происходит во всех живых организмах и является одним из наиболее эволюционно консервативных свойств РНК. [1] [2] [3] Во всех живых организмах охарактеризовано более 100 различных типов модификаций РНК. Он может влиять на активность, локализацию и стабильность РНК и связан с раком и болезнями человека. [1] [2] [3] [4]
Базы данных модификации РНК
[ редактировать ]| Имя | Описание | тип | Связь | Ссылки |
|---|---|---|---|---|
| RMBase | RMBase предназначен для декодирования ландшафта модификаций РНК, идентифицированных на основе данных высокопроизводительного секвенирования (Pseudo-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, RiboMeth-seq, след) . Он продемонстрировал тысячи модификаций РНК, локализованных в мРНК, регуляторных нкРНК (например, днРНК, микроРНК), сайтах-мишенях микроРНК, сайтах связывания РНК-связывающих белков (RBP) и SNP, связанных с заболеванием . | база данных | веб-сайт | [5] |
| МОДОМИКА | MODOMICS — это база данных модификаций РНК, которая предоставляет исчерпывающую информацию о химической структуре модифицированных рибонуклеозидов, путях их биосинтеза , ферментах, модифицирующих РНК, и расположении модифицированных остатков в последовательностях РНК. | база данных | веб-сайт | [6] |
| РНКмоды | RNAmods служит центром сбора информации, касающейся естественных модификаций РНК. | база данных | веб-сайт | [7] |
| . | ||||
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Ли, С; Мейсон, CE (2013). «Основной регуляторный ландшафт модификаций РНК» . Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 15 : 127–50. doi : 10.1146/annurev-genom-090413-025405 . ПМИД 24898039 .
- ^ Перейти обратно: а б Песня, CX; Йи, С; Он, С (октябрь 2012 г.). «Картирование недавно выявленных вариантов нуклеотидов в геноме и транскриптоме» . Природная биотехнология . 30 (11): 1107–16. дои : 10.1038/nbt.2398 . ПМЦ 3537840 . ПМИД 23138310 .
- ^ Перейти обратно: а б Мейер, К.Д.; Джеффри, SR (апрель 2014 г.). «Динамический эпитранскриптом: N6-метиладенозин и контроль экспрессии генов» . Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 15 (5): 313–26. дои : 10.1038/nrm3785 . ПМЦ 4393108 . ПМИД 24713629 .
- ^ Джонхаут, Ники; Тран, Джулия; Смит, Мартин Александр; Шонрок, Николь; Мэттик, Джон С; Новоа, Ева Мария (30 августа 2017 г.). «Картина модификации РНК при заболеваниях человека» . РНК : рна.063503.117. дои : 10.1261/rna.063503.117 . ПМЦ 5688997 .
- ^ Сан, Вашингтон; Ли, Дж. Х.; Лю, С; Ву, Дж; Чжоу, Х; Цюй, Л.Х.; Ян, Дж. Х. (11 октября 2015 г.). «RMBase: ресурс для расшифровки ландшафта модификаций РНК на основе данных высокопроизводительного секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 : gkv1036. дои : 10.1093/нар/gkv1036 . ПМЦ 4702777 . ПМИД 26464443 .
- ^ Махницка, Массачусетс; Милановска, К; Осман Оглу, О; Пурта, Э; Курковска, М; Ольховик, А; Янушевский, В; Калиновский, С; Дунин-Горкавич, С; Ротер, К.М.; Хельм, М; Буйницкий, Дж. М.; Грожан, Х. (декабрь 2012 г.). «МОДОМИКС: база данных путей модификации РНК — обновление 2013 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D262-7. дои : 10.1093/nar/gks1007 . ПМЦ 3531130 . ПМИД 23118484 .
- ^ Кантара, Вашингтон; Крейн, П.Ф.; Розенски, Дж; Макклоски, Дж.А.; Харрис, Калифорния; Чжан, X; Вандей, ФА; Фабрис, Д; Агрис, PF (декабрь 2010 г.). «База данных модификации РНК, RAMDB: обновление 2011 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D195-201. дои : 10.1093/нар/gkq1028 . ПМК 3013656 . ПМИД 21071406 .