MacVector
| Разработчик(и) | МакВектор, Инк. |
|---|---|
| Стабильная версия | 18,5
/ 28 октября 2022 г. |
| Операционная система | macOS |
| Платформа | Xcode |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | коммерческий |
| Веб-сайт | macvector.com |
MacVector — это коммерческое приложение для анализа последовательностей для компьютеров Apple Macintosh под управлением Mac OS X. Он предназначен для использования молекулярными биологами для анализа, проектирования, исследования и документирования своих экспериментов в лаборатории. MacVector 18.1 — это универсальный двоичный файл, способный работать на компьютерах Intel и Apple Silicon Mac.
Функции
[ редактировать ]MacVector — это набор алгоритмов анализа последовательностей, связанных с различными редакторами последовательностей, включая редактор одной последовательности, редактор выравнивания нескольких последовательностей и редактор контигов. MacVector старается использовать минимум окон и шагов для доступа ко всем функциям. Функции включают в себя:
- Выравнивание последовательностей ( ClustalW , Muscle и T-Coffee ) и редактирование.
- Поиск подпоследовательностей и открытых рамок считывания (ORF). анализ
- филогенетического дерева Построение UPGMA , объединение соседей с помощью начальной загрузки и консенсусных деревьев
- Поиск в базе данных в Интернете — поиск в общедоступных базах данных в NCBI, таких как Genbank , PubMed и UniProt .
- Выполните онлайн- поиск BLAST .
- Белковый анализ.
- Сборка контигов и хроматограмм редактирование
- Сопоставление кДНК с геномными шаблонами
- Создание точечных графиков ДНК-ДНК, белка-белка и ДНК-белка.
- Анализ ограничений — поиск и просмотр сайтов обрезания ограничений. Использует переваренные фрагменты для клонирования генов в векторы. Сохраняет историю расщепленных фрагментов, позволяя выполнять лигирование нескольких фрагментов.
- Дизайн праймера для ПЦР — простой дизайн и тестирование праймера. Также использует primer3
- Моделирование в агарозном геле .
- CRISPR- INDEL-анализ.
У MacVector есть плагин сборки contig под названием Assembler , который использует phred , phrap , Bowtie , SPAdes, Velvet и перекрестное сопоставление .
Начиная с версии 13.0.1 MacVector использует Sparkle для обновления между выпусками.
История
[ редактировать ]MacVector был первоначально разработан IBI в 1994 году. [1] В 1996 году она была приобретена Kodak, а затем и Oxford Molecular. [2] [3] Oxford Molecular была объединена с Accelrys в 2001 году. [4] Он был приобретен MacVector, Inc 1 января 2007 года. [5]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «MacVector: интегрированная программа анализа последовательностей для Macintosh» . Олсон С.А. Методы Мол Биол . (1994) 25,195-201.
- ^ «Программное обеспечение для секвенирования ДНК — специальный раздел объявлений» . Наука . 7 июня 1996 г.
- ^ http://findarticles.com/p/articles/mi_hb197/is_/ai_n5566980# [ мертвая ссылка ]
- ^ «О Accelrys, включая руководство компании, признание и новости» . Accelrys.com. 04.05.2009. Архивировано из оригинала 9 января 2010 г. Проверено 26 июля 2012 г.
- ^ «Accelrys – Дополнительные продукты» . Accelrys.com. Архивировано из оригинала 7 июня 2008 г. Проверено 24 июля 2012 г.