КП/ННЛС

CP/NNLS , что означает «ChromoPainter (CP) неотрицательные наименьшие квадраты (NNLS)», представляет собой статистический метод, используемый в генетике . «ChromoPainter» — это название инструмента для поиска гаплотипов в данных о последовательностях, в котором каждая особь «окрашивается» как комбинация всех остальных последовательностей. Он используется в анализе главных компонентов (PCA) для создания сводок данных или датирования событий примесей. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Неотрицательный метод наименьших квадратов (NNLS) — это разновидность регрессионного анализа , целью которого является поиск наилучшей возможной корреляции между большим набором зависимых переменных. Здесь он используется в рамках функций ChromoPainter.

CP/NNLS часто используется вместе с qpAdm . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Ссылки

^ Лоусон, Дэниел Джон; Хеллентал, Гарретт; Майерс, Саймон; Фалуш, Дэниел (январь 2012 г.). «Вывод о структуре населения с использованием данных плотных гаплотипов» . ПЛОС Генетика . 8 (1): e1002453. дои : 10.1371/journal.pgen.1002453 . ISSN 1553-7404 . ПМК 3266881 . ПМИД 22291602 .
^ Лоусон, Дэниел. «Хроможивописец» . люди.maths.bris.ac.uk .
^ Ярве, Мари; и др. (22 июля 2019 г.). «Сдвиги в генетическом ландшафте Западной Евразийской степи, связанные с началом и концом скифского господства» . Современная биология . 29 (14): 2430–2441.e10. дои : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822 . ПМИД 31303491 .
^ Сааг, Лехти; и др. (3 июля 2020 г.). «Изменения генетического происхождения при переходе от каменного века к бронзовому веку на восточноевропейской равнине» . Достижения науки . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . дои : 10.1126/sciadv.abd6535 . ПМЦ 7817100 .

[1] Лоусон, Дэниел Джон; Хеллентал, Гарретт; Майерс, Саймон; Фалуш, Дэниел (январь 2012 г.). «Вывод о структуре населения с использованием данных плотных гаплотипов» . ПЛОС Генетика . 8 (1): e1002453. дои : 10.1371/journal.pgen.1002453 . ISSN 1553-7404 . ПМК 3266881 . ПМИД 22291602 .

[2] Лоусон, Дэниел. «Хроможивописец» . люди.maths.bris.ac.uk .

[3] Ярве, Мари; и др. (22 июля 2019 г.). «Сдвиги в генетическом ландшафте Западной Евразийской степи, связанные с началом и концом скифского господства» . Современная биология . 29 (14): 2430–2441.e10. дои : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822 . ПМИД 31303491 .

[4] Сааг, Лехти; и др. (3 июля 2020 г.). «Изменения генетического происхождения при переходе от каменного века к бронзовому веку на восточноевропейской равнине» . Достижения науки . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . дои : 10.1126/sciadv.abd6535 . ПМЦ 7817100 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]