Научное программное обеспечение OpenEye

Научное программное обеспечение OpenEye
Тип компании	Дочерняя компания
Промышленность	Компьютерное программное обеспечение ; Исследования и разработки ; Биотехнология ; Хеминформатика ;
Основан	1997 год ; 27 лет назад
Основатель	Энтони Николлс
Штаб-квартира	Санта-Фе, Нью-Мексико , Соединенные Штаты
Ключевые люди	Энтони Николлс (генеральный директор)
Количество сотрудников	130 (2022)
Родитель	Системы проектирования Cadence
Веб-сайт	www .eyesopen .с

OpenEye Scientific Software — американская компания-разработчик программного обеспечения, основанная Энтони Николлсом в 1997 году. ^[1] Он разрабатывает крупномасштабные для молекулярного моделирования приложения и наборы инструментов . После приобретения OpenEye компанией Cadence Design Systems за 500 миллионов долларов в сентябре 2022 года компания была переименована в OpenEye Cadence Molecular Sciences и работает как бизнес-подразделение Cadence. ^[2]^[1]

Объем

В первую очередь ориентированные на лекарств открытие и разработку , области применения включают создание конформации, стыковку , сравнение формы, заряд / электростатику , хеминформатику и визуализацию. Программное обеспечение разработано с учетом научной строгости, а также скорости, масштабируемости и независимости от платформы .

OpenEye предоставляет большую часть своих технологий в виде наборов инструментов, подходящих для индивидуальной разработки. Наборы инструментов доступны на нескольких языках: C++ , Python , Java и C# . ^{[ нужна ссылка ]}

Прикладное программное обеспечение

AFITT - Кристаллографическое уточнение и анализ.
ВЫВОД - Идентификация биоизостеров по форме, химическому составу и электростатическому сходству .
EON – Анализ химического сходства посредством сравнения электростатических наложений .
FastROCS — поиск 3D-форм молекул в реальном времени с использованием технологии графического процессора.
ФИЛЬТР – Молекулярный отбор и отбор на основе физических свойств или функциональной группы.
OEDocking — инструменты молекулярной стыковки, включая FRED (быстрая стыковка), HYBRID (стыковка, управляемая лигандами) и POSIT (предсказание положения, управляемое лигандами).
OMEGA — быстрое и точное создание конформеров для линейных и макроциклических молекул.
pKa Prospector — база данных высококачественных измерений pKa.
QUACPAC – Таутомеры, состояния протонирования и заряды малых молекул и белков .
ROCS — химического сходства посредством быстрого поиска 3D-формы молекул. анализ
SZMAP - Идентификация водных участков в месте связывания белка для улучшения активности лиганда.
СЗИБКИ - Быстрая оптимизация силового поля лигандов в газовой фазе , растворе или внутри активного центра белка .
VIDA — графический интерфейс пользователя, который визуализирует, анализирует и управляет корпоративными коллекциями молекулярных структур и информации.

Наборы инструментов

Библиотеки программирования, предоставляющие другим приложениям объектно-ориентированный доступ к заданному набору возможностей.

OEChem TK - Хеминформатика и обработка молекулярных 3D-данных.
OEDepict TK — Элегантная двухмерная визуализация структуры соединений.
OEDocking TK - Стыковка и скоринг.
Grapheme TK — расширенная визуализация структуры соединений.
GraphSim TK — 2D молекулярные отпечатки пальцев и расчеты сходства.
Lexichem TK — современное преобразование имен и структур соединений с поддержкой нескольких языков.
MolProp TK - 2D расчет и фильтрация молекулярных свойств.
QuacPac TK – поколение таутомеров.
Омега ТК – поколение конформеров.
Shape TK — сравнение форм молекул на основе 3D-наложений.
Spicoli TK - Быстрое создание и манипулирование молекулярной поверхностью.
Szmap TK - Взаимодействие воды в месте связывания.
Шикби Т.К. - Оптимизация обобщенных функций, например, оптимизация молекулярной структуры.
Zap TK — эффективный Пуассона-Больцмана решатель электростатики .

См. также

Вычислительная химия

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Виту, Тея (23 августа 2022 г.). «Фирма из Кремниевой долины стремится приобрести компанию OpenEye Scientific в Санта-Фе» . Санта-Фе, Нью-Мексико .
^ Келлер, Крис (1 сентября 2022 г.). «Компания из Санта-Фе приобретена в сделке на сумму около 500 миллионов долларов» . Американские городские деловые журналы .

«Загрузки и обновления: AFITT 2.3, GenBank 197.0 и банк данных белков» . БиоИнформ . ООО "Геномеб". 16 августа 2013 года . Проверено 28 августа 2013 г.
«Обзор компании OpenEye Scientific Software, Inc» . Блумберг Бизнесуик . Bloomberg LP Архивировано из оригинала 5 марта 2009 года . Проверено 28 августа 2013 г.
Ян, Джереми Дж. (осень 2011 г.). «Разработка программного обеспечения для хеминформатики: практические примеры» (PDF) . Школа информатики и вычислений Университета Индианы . Проверено 28 августа 2013 г.

Внешние ссылки

Официальный сайт

[sfnm-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Виту, Тея (23 августа 2022 г.). «Фирма из Кремниевой долины стремится приобрести компанию OpenEye Scientific в Санта-Фе» . Санта-Фе, Нью-Мексико .

[2] Келлер, Крис (1 сентября 2022 г.). «Компания из Санта-Фе приобретена в сделке на сумму около 500 миллионов долларов» . Американские городские деловые журналы .

[1]

[2]