ШИФТКОР

ШИФТКОР
Содержание
Описание	Для повторной привязки химического сдвига белка
Типы данных ; захвачен	Ввод данных : присвоение химических сдвигов в формате BMRB или SHIFTY и соответствующая трехмерная структура белка (формат PDB); Вывод данных : присвоения химического сдвига с коррекцией по эталону.
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты
Лаборатория	Доктор Дэвид Вишарт
Первичное цитирование
Доступ
Веб-сайт	http://shiftcor.wishartlab.com/
Разнообразный
Политика курирования	Курируется вручную (последнее обновление: 2003 г.)

SHIFTCOR (коррекция сдвига) — это свободно доступный веб-сервер, а также отдельная компьютерная программа для повторной привязки химического сдвига белков . ^[1] Привязка к химическому сдвигу является особенно распространенной проблемой в биомолекулярном ЯМР: до 25% существующих ЯМР присвоений химического сдвига используются неправильно. ^[1] Некоторые из этих проблем привязки могут привести к систематическим ошибкам от 1,0 до 2,5 частей на миллион (особенно при химических сдвигах 13C и 15N). Ошибки такого масштаба могут нанести ущерб любой попытке сравнить распределение белков или структурно интерпретировать химические сдвиги . Определить, какие белки неправильно назначены или неправильно упомянуты, может быть непросто, как и исправить ошибки после их обнаружения. Программа SHIFTCOR была разработана для оказания помощи в выявлении и устранении проблем с привязкой к химическому сдвигу . В частности, он сравнивает, идентифицирует, корректирует и повторно ссылается на химические сдвиги основной цепи 1H, 13C и 15N пептидов и белков путем сравнения наблюдаемых химических сдвигов с предсказанными химическими сдвигами, полученными на основе трехмерной структуры (с использованием координат PDB ) белка(ов). представляющий интерес ^[1][1]. Прогнозируемые химические сдвиги рассчитываются с помощью программы ShiftX . ^[2] Программа SHIFTCOR изначально использовалась для создания базы данных правильно переназначенных присвоений химических сдвигов белков, называемой RefDB. ^[1] RefDB — это доступная через Интернет база данных, содержащая более 2000 правильных соотношений химических сдвигов белков. Первоначально SHIFTCOR был доступен только как отдельная программа, но с тех пор был выпущен для общего использования в качестве веб-сервера.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Чжан, Х; Нил, С.; Уишарт, Д.С. (2003). «RefDB: База данных единых химических сдвигов белков». Дж. Биомол. ЯМР . 25 (3): 173–195. дои : 10.1023/А:1022836027055 . ПМИД 12652131 . S2CID 12786364 .
^ Нил, С; Нип, А.; Чжан, Х.; Уишарт, Д.С. (2003). «Быстрый и точный расчет химических сдвигов белков 1H, 13C и 15N». Дж. Биомол. ЯМР . 26 (3): 215–240. дои : 10.1023/A:1023812930288 . ПМИД 12766419 . S2CID 29425090 .

Внешние ссылки

Эта биофизике статья по незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid12652131-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Чжан, Х; Нил, С.; Уишарт, Д.С. (2003). «RefDB: База данных единых химических сдвигов белков». Дж. Биомол. ЯМР . 25 (3): 173–195. дои : 10.1023/А:1022836027055 . ПМИД 12652131 . S2CID 12786364 .

[pmid12766419-2] Нил, С; Нип, А.; Чжан, Х.; Уишарт, Д.С. (2003). «Быстрый и точный расчет химических сдвигов белков 1H, 13C и 15N». Дж. Биомол. ЯМР . 26 (3): 215–240. дои : 10.1023/A:1023812930288 . ПМИД 12766419 . S2CID 29425090 .

[1]

[2]