Бсофт
Bsoft — это набор программ и платформа для разработки программного обеспечения для обработки изображений и молекулярной обработки в структурной биологии. К проблемам структурной биологии применяется модульная конструкция, позволяющая быстро разрабатывать новые алгоритмы без таких проблем, как файловый ввод-вывод. Он предоставляет легкодоступный интерфейс и ресурс, который может использоваться и использовался в других пакетах. Некоторые рабочие процессы, такие как анализ одиночных частиц и томография, поддерживаются обменом параметрами, а также возможностью выполнять распределенную обработку в гетерогенных кластерах компьютеров.
Технические детали
[ редактировать ]Версия: 1.8.8
Поддержка ОС: Unix (Mac OS X, IRIX, Linux, AIX, Solaris, Tru64), OpenVMS .
Поддержка формата:
- Изображения: BioRad, Brix, CCP4 , цифровые инструменты, цифровая микрофотография, DSN6, EM, Goodford, GRD, Imagic, JPEG , MFF, Image Magick , MRC , PIC, PIF, PNG , Spider, Suprim, TIFF , RAW
- Параметры микрофотографии: STAR (словарь Bsoft), XML (схема Bsoft), EMX (схема формата обмена EM).
- Последовательности: EMBL, Fasta, Genbank, Phylip, PIR, STAR, Text.
- Молекулярное моделирование: Gromacs, PDB , STAR/mmCIF, Text, WAH.
- Общее моделирование: маркерная модель Chimera, STAR (словарь Bsoft), XML (схема Bsoft).
Публикации
[ редактировать ]- Хейманн Дж.Б. (2001) Bsoft: Обработка изображений и молекул в электронной микроскопии. Журнал структурной биологии 133 (2/3), 156–169.
- Хейманн Дж.Б. и Белнап Д.М. (2007)Bsoft: Обработка изображений и молекулярное моделирование для электронной микроскопии. Журнал структурной биологии 157 (1), 3–18.
- Хейманн Дж.Б., Кардоне Дж., Винклер Д.С. и Стивен А.С. (2008)Вычислительные ресурсы для криоэлектронной томографии в Bsoft. Журнал структурной биологии 161 (3), 232–242.
- Хейманн Дж. Б. (2018) Рекомендации по использованию Bsoft для реконструкции и проверки биомолекулярных структур с высоким разрешением по электронным микрофотографиям. Белковая наука 27(1), 159-171.
- Хейманн Дж. Б. (2018) Реконструкция и проверка одиночных частиц с использованием Bsoft для Map Challenge. Журнал структурной биологии 204 (1), 90-95.