Банк данных белков (формат файла)

ПДБ
Расширение имени файла	.pdb , .ент , .brk
Тип интернет-СМИ	химикат/x-pdb
Разработано	Банк данных по белкам
Тип формата	химический формат файла
Контейнер для	Трехмерная структура молекулы, третичная структура белка
Распространено на	ммCIF

Формат файла Protein Data Bank (PDB) — это текстовый формат файла, описывающий трехмерные структуры молекул, хранящиеся в Protein Data Bank , на смену которому теперь пришел формат mmCIF . Соответственно, формат PDB обеспечивает описание и аннотацию структур белков и нуклеиновых кислот, включая координаты атомов, присвоение вторичных структур, а также связность атомов. Кроме того, сохраняются экспериментальные метаданные. Формат PDB — это устаревший формат файла для банка данных белков , в котором с 2014 года данные о биологических макромолекулах хранятся в новом формате файлов PDBx/mmCIF . ^{[ 1 ]}

История

Формат файла PDB был изобретен в 1972 году. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} как удобочитаемый файл, который позволит исследователям обмениваться координатами атомов в данном белке через систему баз данных. Формат ширины фиксированных столбцов ограничен 80 или 140. ^{[ 4 ]} столбцы, основанные на ширине компьютерных перфокарт, которые ранее использовались для обмена координатами. ^{[ 5 ]} За прошедшие годы формат файла претерпел множество изменений и доработок. Последнее обновление формата файла PDB было выпущено в ноябре 2012 года (версия 3.30). ^{[ 6 ]}

Пример

Типичный PDB-файл, описывающий белок, состоит из сотен и тысяч строк, подобных следующей (взято из файла, описывающего структуру синтетического коллагеноподобного пептида ):

HEADER    EXTRACELLULAR MATRIX                    22-JAN-98   1A3I
TITLE     X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC DETERMINATION OF A COLLAGEN-LIKE
TITLE    2 PEPTIDE WITH THE REPEATING SEQUENCE (PRO-PRO-GLY)
...
EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION
AUTHOR    R.Z.KRAMER,L.VITAGLIANO,J.BELLA,R.BERISIO,L.MAZZARELLA,
AUTHOR   2 B.BRODSKY,A.ZAGARI,H.M.BERMAN
...
REMARK 350 BIOMOLECULE: 1
REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C
REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000
REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000
...
SEQRES   1 A    9  PRO PRO GLY PRO PRO GLY PRO PRO GLY
SEQRES   1 B    6  PRO PRO GLY PRO PRO GLY
SEQRES   1 C    6  PRO PRO GLY PRO PRO GLY
...
ATOM      1  N   PRO A   1       8.316  21.206  21.530  1.00 17.44           N
ATOM      2  CA  PRO A   1       7.608  20.729  20.336  1.00 17.44           C
ATOM      3  C   PRO A   1       8.487  20.707  19.092  1.00 17.44           C
ATOM      4  O   PRO A   1       9.466  21.457  19.005  1.00 17.44           O
ATOM      5  CB  PRO A   1       6.460  21.723  20.211  1.00 22.26           C
...
HETATM  130  C   ACY   401       3.682  22.541  11.236  1.00 21.19           C
HETATM  131  O   ACY   401       2.807  23.097  10.553  1.00 21.19           O
HETATM  132  OXT ACY   401       4.306  23.101  12.291  1.00 21.19           O
...

Заголовок, НАЗВАНИЕ и АВТОР: предоставить информацию об исследователях, определивших структуру; Для предоставления других типов информации доступны многочисленные другие типы записей.
ЗАМЕЧАНИЯ записи: могут содержать аннотации в произвольной форме, но также содержат стандартизированную информацию; например, REMARK 350 BIOMT записи описывают, как вычислить координаты экспериментально наблюдаемого мультимера на основе координат явно заданных координат одной повторяющейся единицы.
SEQRES-записи: дайте последовательности трех пептидных цепей (названных A, B и C), которые в этом примере очень короткие, но обычно охватывают несколько линий.
АТОМ-записи: описать координаты атомов, входящих в состав белка. Например, первая строка ATOM выше описывает атом альфа-N первого остатка пептидной цепи A, который представляет собой остаток пролина; первые три числа с плавающей запятой представляют собой координаты x, y и z и выражаются в единицах ангстремов . ^{[ 7 ]} Следующие три столбца — это занятость, температурный коэффициент и имя элемента соответственно.
HETATM записи: описывают координаты гетероатомов, то есть тех атомов, которые не входят в состав молекулы белка.

Программное обеспечение молекулярной визуализации, способное отображать файлы PDB.

Программное обеспечение для 3D-анимации, способное отображать файлы PDB.

См. также

Формат химического файла
ScientificPython — предоставляет интерфейс для Python.
Программное обеспечение для моделирования молекулярной механики

Ссылки

^ Берман, Хелен М.; Клейвегт, Джерард Дж.; Накамура, Харуки; Маркли, Джон Л. (1 октября 2014 г.). «Архив Protein Data Bank как открытый ресурс данных» . Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 28 (10): 1009–1014. дои : 10.1007/s10822-014-9770-y . ISSN 1573-4951 . ПМК 4196035 . ПМИД 25062767 .
^ «wwPDB: Формат файла» . www.wwpdb.org .
^ «ФОРМАТЫ ЗАПИСИ ФАЙЛОВ БАЗЫ ДАННЫХ БЕЛКОВ» (PDF) . Проверено 9 июня 2024 г.
^ «ФОРМАТЫ ЗАПИСИ ФАЙЛОВ БАЗЫ ДАННЫХ БЕЛКОВ» (PDF) . Проверено 9 июня 2024 г.
^ Берман, Хелен М. (2008). «Банк данных о белках: историческая перспектива» . Акта Кристаллографика . 64 (Часть 1): 88–95. дои : 10.1107/S0108767307035623 . ISSN 2053-2733 . ПМИД 18156675 .
^ «wwPDB: форматы файлов и PDB» . Банк данных по белкам . Проверено 15 января 2024 г.
^ «Формат wwPDB версии 3.3: Координатное сечение» . Архивировано из оригинала 28 февраля 2012 г. Проверено 23 марта 2012 г.

Внешние ссылки

Руководство по формату PDB Это текущая версия (3.3) спецификации формата PDB.
PDBML Более новый альтернативный формат файлов на основе XML для молекулярных координат.
Банк данных белков RCSB
Банк данных по белкам в Европе
База данных молекулярного моделирования (MMDB) от NCBI
Проект восстановления wwPDB от wwPDB
MakeMultimer Онлайн-инструмент для расширения записей BIOMT в файлах PDB.
Приложение Molecules для iPad/iPhone для отображения файлов PDB
Макромолекулярная библиотека Python (mmLib) — библиотека Python , способная читать и записывать форматы файлов PDB.

[1] Берман, Хелен М.; Клейвегт, Джерард Дж.; Накамура, Харуки; Маркли, Джон Л. (1 октября 2014 г.). «Архив Protein Data Bank как открытый ресурс данных» . Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 28 (10): 1009–1014. дои : 10.1007/s10822-014-9770-y . ISSN 1573-4951 . ПМК 4196035 . ПМИД 25062767 .

[2] «wwPDB: Формат файла» . www.wwpdb.org .

[3] «ФОРМАТЫ ЗАПИСИ ФАЙЛОВ БАЗЫ ДАННЫХ БЕЛКОВ» (PDF) . Проверено 9 июня 2024 г.

[4] «ФОРМАТЫ ЗАПИСИ ФАЙЛОВ БАЗЫ ДАННЫХ БЕЛКОВ» (PDF) . Проверено 9 июня 2024 г.

[5] Берман, Хелен М. (2008). «Банк данных о белках: историческая перспектива» . Акта Кристаллографика . 64 (Часть 1): 88–95. дои : 10.1107/S0108767307035623 . ISSN 2053-2733 . ПМИД 18156675 .

[6] «wwPDB: форматы файлов и PDB» . Банк данных по белкам . Проверено 15 января 2024 г.

[pdbformat9-7] «Формат wwPDB версии 3.3: Координатное сечение» . Архивировано из оригинала 28 февраля 2012 г. Проверено 23 марта 2012 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]