САМСОН
 | Тема этой статьи может не соответствовать рекомендациям Википедии по известности продуктов и услуг . ( март 2018 г. ) |
 | |
 Основной пользовательский интерфейс. | |
| Разработчик(и) | ОдинАнгстрем |
|---|---|
| Стабильная версия | САМСОН 2023 / 2023 г. |
| Написано в | С++ ( Кт ) |
| Операционная система | Windows , macOS , Linux |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярный дизайн |
| Лицензия | Собственный [1] |
| Веб-сайт | www |
SAMSON ( Программное обеспечение для адаптивного моделирования и моделирования наносистем ) — это компьютерная программная платформа для молекулярного дизайна, разрабатываемая OneAngstrom , а ранее — группой NANO-D во Французском институте исследований в области компьютерных наук и автоматизации (INRIA). [2]
SAMSON имеет модульную архитектуру, которая делает его пригодным для различных областей нанонауки, включая материаловедение, [3] наука о жизни, [4] и дизайн лекарств [5] . [6] [7] [8] [9] [10] [11]
САМСОН Элементы
[ редактировать ]SAMSON Elements — это модули для SAMSON, разработанные с помощью пакета разработки программного обеспечения SAMSON (SDK). SAMSON Elements помогает пользователям выполнять задачи в SAMSON, включая построение новых моделей, выполнение расчетов, запуск интерактивного или автономного моделирования, а также визуализацию и интерпретацию результатов.
Элементы SAMSON могут содержать разные типы классов, включая, например:
- Приложения — общие классы с графическим пользовательским интерфейсом , расширяющие функции SAMSON.
- Редакторы — классы, которые получают события взаимодействия с пользователем для обеспечения функций редактирования (например, создания модели, деформации структуры и т. д.).
- Модели – классы, описывающие свойства наносистем (см. ниже).
- Парсеры — классы, которые могут анализировать файлы для добавления контента в граф данных SAMSON (см. ниже).
Элементы SAMSON предоставляют свои функции SAMSON и другим элементам через механизм самоанализа и, таким образом, могут быть интегрированы и конвейеризованы.
Моделирование и симуляция
[ редактировать ]SAMSON представляет наносистемы, используя пять категорий моделей:
- Структурные модели - описывают геометрию и топологию.
- Визуальные модели – обеспечивают графическое представление.
- Динамические модели - описывают динамические степени свободы.
- Модели взаимодействия – описывают энергии и силы.
- Модели свойств – описывают характеристики, которые не входят в первые четыре категории моделей.
Симуляторы (потенциально интерактивные) используются для построения физически обоснованных моделей и прогнозирования свойств.
График данных
[ редактировать ]Все модели и симуляторы интегрированы в иерархическую многоуровневую структуру, образующую граф данных SAMSON. Элементы SAMSON взаимодействуют друг с другом и с графом данных для выполнения задач моделирования и симуляции. Механизм сигналов и слотов позволяет узлам графа данных отправлять события при их обновлении, что позволяет разрабатывать, например, алгоритмы адаптивного моделирования. [12] [13] [14]
Язык спецификации узла
[ редактировать ]В SAMSON имеется язык спецификации узлов (NSL), который пользователи могут использовать для выбора узлов графа данных на основе их свойств. Примеры выражений NSL включают:
Hydrogen– выбрать все водороды (короткая версия:H)atom.chainID > 2– выбрать все атомы с идентификатором цепи строго больше 2 (короткая версия:a.ci > 2)Carbon in node.selected– выбрать все атомы углерода в текущем выделении (короткая версия:C in n.s)bond.order > 1.5– выбрать все облигации с порядком строго больше 1,5 (короткая версия:b.o > 1.5)node.type backbone– выбрать все магистральные узлы (короткая версия:n.t bb)O in node.type sidechain– выбрать все кислороды в узлах боковой цепи (короткая версия:O in n.t sc)"CA" within 5A of S– выберите все узлы с именем CA , которые находятся в пределах 5 ангстрем от любого атома серы (короткая версия:"CA" w 5A of S)node.type residue beyond 5A of node.selected– выбрать все узлы остатков за пределами 5 ангстрем текущего выбора (короткая версия:n.t r b 5A of n.s)residue.secondaryStructure helix– выбрать узлы остатков в альфа-спиралях (сокращенная версия:r.ss h)node.type sidechain having S– выберите узлы боковой цепи, которые имеют хотя бы один атом серы (короткая версия:n.t sc h S)H linking O– выбрать все атомы водорода, связанные с атомами кислорода (сокращенная версия:H l O)C or H– выберите атомы, которые являются углеродом или водородом
Функции
[ редактировать ]SAMSON разработан на C++ и реализует множество функций, упрощающих разработку элементов SAMSON, в том числе:
- Управляемая память
- Сигналы и слоты
- Сериализация
- Многоуровневая отмена-повтор
- Самоанализ
- Ссылки
- Система единиц
- Функторы и логика предикатов
- Генераторы исходного кода SAMSON Element
САМСОН Коннект
[ редактировать ]SAMSON, SAMSON Elements и SAMSON Software Development Kit распространяются через веб-сайт SAMSON Connect. [6] Сайт действует как хранилище элементов SAMSON, загружаемых разработчиками, а пользователи SAMSON выбирают и добавляют элементы из SAMSON Connect.
См. также
[ редактировать ]- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Он засмеялся
- Джмол
- Плесень
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Молекель
- Пимол
- РасМол
- UCSF Химера
- Визуальная молекулярная динамика (ВМД)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ "Условия эксплуатации" . САМСОН Коннект . Проверено 30 мая 2020 г.
- ^ НАНО-Д - ИНРИА
- ^ Контрерас, М. Леонор; Вильярроэль, Игнасио; Розас, Роберто (2021). «Автоматическое создание моделей зигзагообразных углеродных нанотрубок, содержащих дефекты геккелита» . Интеллектуальные вычисления . Конспекты лекций по сетям и системам. Том. 284. стр. 371–377. дои : 10.1007/978-3-030-80126-7_28 . ISBN 978-3-030-80125-0 . S2CID 238030853 .
- ^ Мостафа, Амр А.; Эль-Рахман, Сохейр Н. Абд; Шехата, Саид; Абдаллах, Нагла А.; Омар, Ханна С. (2021). «Оценка воздействия нового биостимулятора на повышение устойчивости к листовертке и рост растений фасоли обыкновенной» . Научные отчеты 11 (1): 20020. doi : 10.1038/s41598-021-98902-z . ПМЦ 8501134 . ПМИД 34625596 .
- ^ Баразорда-Ккауана, Харуна Люкс; Недялкова, Мирослава; Мас, Франческ; Мадурга, Серджио (2021). «Выявление влияния низкого pH на основную протеазу SARS-CoV-2 с помощью молекулярно-динамического моделирования» . Полимеры . 284 (21): 3823. doi : 10.3390/polym13213823 . hdl : 2445/182421 . ПМИД 34771379 .
- ^ Jump up to: а б САМСОН Коннект
- ^ Доступен SAMSON 0.7.0 - Mac в химии
- ^ RDKit в SAMSON - Mac в химии
- ^ Воше, Ален К.; Райхер, Маркус (2016). «Молекулярная склонность как движущая сила исследовательских исследований реакционной способности». Журнал химической информации и моделирования . 56 (8): 1470–1478. arXiv : 1604.06748 . doi : 10.1021/acs.jcim.6b00264 . ПМИД 27447367 . S2CID 3549945 .
- ^ Воше, Ален К.; Райхер, Маркус (2017). «Направление орбитальной оптимизации от локальных минимумов и седловых точек в сторону более низкой энергии». Журнал химической теории и вычислений . 13 (3): 1219–1228. arXiv : 1701.00128 . дои : 10.1021/acs.jctc.7b00011 . ПМИД 28207264 . S2CID 4406796 .
- ^ Мяо, Хайчао; Де Льяно, Элиза; Зоргер, Йоханнес; Ахмади, Ясаман; Кекич, Тадия; Айзенберг, Тобиас; Греллер, М. Эдуард; Баришич, Иван; Виола, Иван (2017). «Многомасштабная визуализация и масштабно-адаптивная модификация наноструктур ДНК» (PDF) . Транзакции IEEE по визуализации и компьютерной графике . 24 (1): 1014–1024. дои : 10.1109/TVCG.2017.2743981 . ПМИД 28866510 . S2CID 9479885 .
- ^ Артемова Светлана; Редон, Стефан (2012). «Адаптивно-ограниченное моделирование частиц» . Письма о физических отзывах . 109 (19): 190–201:1–5. Бибкод : 2012PhRvL.109s0201A . doi : 10.1103/PhysRevLett.109.190201 . ПМИД 23215362 .
- ^ Боссон, Маэл; Грудинин Сергей; Бужу, Ксавье; Редон, Стефан (2012). «Интерактивное физически обоснованное структурное моделирование углеводородных систем». Журнал вычислительной физики . 231 (6): 2581–2598. Бибкод : 2012JCoPh.231.2581B . CiteSeerX 10.1.1.592.5537 . дои : 10.1016/j.jcp.2011.12.006 . S2CID 15942141 .
- ^ Боссон, Маэл; Грудинин Сергей; Редон, Стефан (2013). «Блочно-адаптивная квантовая механика: адаптивный подход «разделяй и властвуй» к интерактивной квантовой химии». Журнал вычислительной химии . 34 (6): 492–504. дои : 10.1002/jcc.23157 . ПМИД 23108532 . S2CID 2298570 .