пернатый

пернатый
Разработчик(и)	Макс Бономи, Джованни Бюсси, Карло Камиллони, Гарет Трибелло
Первоначальный выпуск	2009 год ; 15 лет назад
Стабильная версия	2.7.1 / 16 апреля 2021 г .; 3 года назад
Репозиторий	github .с /пернатый /пернатый2
Написано в	C++ (также доступны привязки для C , Fortran и Python )
Операционная система	Линукс , МакОС
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	ГНУ ЛГПЛ
Веб-сайт	www .пернатый .org

PLUMED — это библиотека с открытым исходным кодом, реализующая расширенные алгоритмы выборки, различные методы свободной энергии и инструменты анализа для молекулярной динамики моделирования . Он предназначен для использования вместе с ACEMD, AMBER , DL_POLY, GROMACS , LAMMPS , NAMD , OpenMM , ABIN, CP2K , i-PI, PINY-MD и Quantum ESPRESSO , но его также можно использовать вместе с анализа и визуализации инструментами . VMD , HTMD и OpenPathSampling. ^[1]^[2]

Кроме того, PLUMED можно использовать как автономный инструмент для анализа траекторий молекулярной динамики . графический интерфейс пользователя METAGUI. Доступен ^[3]

Коллективные переменные

PLUMED предлагает большую коллекцию коллективных переменных , которые служат описанием сложных процессов, происходящих во время моделирования молекулярной динамики, например, углов, положений, расстояний, энергий взаимодействия и полной энергии. ^[4]

Ссылки

^ Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Бюсси, Джованни; Камиллони, Карло; Попробуй, Давиде; Райтери, Паоло; Донадио, Давиде; Маринелли, Фабрицио; Пьетруччи, Фабио (01 октября 2009 г.). «PLUMED: портативный плагин для расчетов свободной энергии с помощью молекулярной динамики». Компьютерная физика. Коммуникации . 180 (10): 1961–1972. arXiv : 0902.0874 . Бибкод : 2009CoPhC.180.1961B . дои : 10.1016/j.cpc.2009.05.011 . ISSN 0010-4655 . S2CID 4852774 .
^ Трибелло, Гарет А.; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бюсси, Джованни (01 февраля 2014 г.). «ПЕРЬЯ 2: Новые перья для старой птицы». Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Бибкод : 2014CoPhC.185..604T . дои : 10.1016/j.cpc.2013.09.018 . ISSN 0010-4655 . S2CID 17904052 .
^ Бьярнес, Ксеви; Пьетруччи, Фабио; Маринелли, Фабрицио; Лайо, Алессандро (01 января 2012 г.). «METAGUI. Интерфейс VMD для анализа метадинамики и моделирования молекулярной динамики». Компьютерная физика. Коммуникации . 183 (1): 203–211. Бибкод : 2012CoPhC.183..203B . дои : 10.1016/j.cpc.2011.08.020 . ISSN 0010-4655 .
^ «ПЛЮМЕД: Введение» . www.plumed.org . Проверено 23 мая 2019 г.

Внешние ссылки

Эта статья о обеспечении для молекулярного моделирования незавершена . программном Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Бюсси, Джованни; Камиллони, Карло; Попробуй, Давиде; Райтери, Паоло; Донадио, Давиде; Маринелли, Фабрицио; Пьетруччи, Фабио (01 октября 2009 г.). «PLUMED: портативный плагин для расчетов свободной энергии с помощью молекулярной динамики». Компьютерная физика. Коммуникации . 180 (10): 1961–1972. arXiv : 0902.0874 . Бибкод : 2009CoPhC.180.1961B . дои : 10.1016/j.cpc.2009.05.011 . ISSN 0010-4655 . S2CID 4852774 .

[2] Трибелло, Гарет А.; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бюсси, Джованни (01 февраля 2014 г.). «ПЕРЬЯ 2: Новые перья для старой птицы». Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Бибкод : 2014CoPhC.185..604T . дои : 10.1016/j.cpc.2013.09.018 . ISSN 0010-4655 . S2CID 17904052 .

[3] Бьярнес, Ксеви; Пьетруччи, Фабио; Маринелли, Фабрицио; Лайо, Алессандро (01 января 2012 г.). «METAGUI. Интерфейс VMD для анализа метадинамики и моделирования молекулярной динамики». Компьютерная физика. Коммуникации . 183 (1): 203–211. Бибкод : 2012CoPhC.183..203B . дои : 10.1016/j.cpc.2011.08.020 . ISSN 0010-4655 .

[4] «ПЛЮМЕД: Введение» . www.plumed.org . Проверено 23 мая 2019 г.

[1]

[2]

[3]

[4]