ТераХем

ТераХем
Разработчик(и)	ПетаХем
Первоначальный выпуск	май 2010 г .; 14 лет назад
Стабильная версия	1.93П / 16 августа 2017 г .; 6 лет назад
Написано в	С , ХВОСТ
Операционная система	Линукс
Платформа	x86-64 , NVIDIA графические процессоры
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Собственное коммерческое программное обеспечение
Веб-сайт	петахим .с

TeraChem — это вычислительной химии программа для , разработанная для CUDA с поддержкой Nvidia графических процессоров . Первоначальная разработка началась в Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн и впоследствии была коммерциализирована. В настоящее время его распространяет компания PetaChem, LLC, расположенная в Кремниевой долине . ^[1] По состоянию на 2020 год пакет программного обеспечения все еще находится в активной разработке.

Основные функции

TeraChem способна к быстрой ab initio молекулярной динамике и может использовать теории функционала плотности методы (DFT) для наноразмерных биомолекулярных систем с сотнями атомов . ^[2] Все используемые методы основаны на гауссовских орбиталях , с целью повышения производительности на современном (2010-е годы) компьютерном оборудовании . ^[3]

Освещение в прессе

Chemical and Engineering News Журнал (C&EN) Американского химического общества впервые упомянул о разработке TeraChem осенью 2008 года. ^[4]
Недавно ^{[ двусмысленный ]}В журнале C&EN есть тематическая статья, посвященная молекулярному моделированию на GPU и TeraChem. ^[5]
Согласно сообщению 2010 года в блоге Nvidia , TeraChem была протестирована и показала в 8-50 раз лучшую производительность, чем General Atomic and Molecular Structure System ( GAMESS ). В этом тесте TeraChem выполнялся на настольном компьютере с четырьмя (4) графическими процессорами Tesla, а GAMESS работал на кластере из 256 четырехъядерных процессоров. ^[6]
TeraChem доступен бесплатно через тест-драйв графического процессора.

Основная история выпусков

2017

ТераХем версия 1.93P

Поддержка графических процессоров Maxwell и Pascal (например, Titan X-Pascal, P100)

Использование нескольких базисных наборов для разных элементов $multibasis

Использование методов поляризуемого континуума для основных и возбужденных состояний.

2016

ТераХем версия 1.9

Поддержка карт Maxwell (например, GTX 980, Titan X)

Эффективные основные потенциалы (и градиенты)

Теория функционала плотности, зависящая от времени

Модели континуальной сольватации (COSMO)

2012

ТераХем версия 1.5

Полная поддержка функций поляризации : энергия, градиенты, динамика ab initio и функционалы ДПФ с коррекцией по диапазону (CAMB3LYP, wPBE, wB97x)

2011

TeraChem версия 1.5a (предварительная версия)

Альфа-версия с полной поддержкой d-функций: энергии, градиентов, динамики ab initio.

TeraChem version 1.43b-1.45b

Бета- версия с функциями поляризации для расчета энергии (уровни HF/DFT), а также другими улучшениями.

ТераХем версия 1.42

Эта версия была впервые развернута на Национального центра суперкомпьютерных приложений (NCSA) суперкомпьютере Lincoln для Национального научного фонда (NSF) пользователей TeraGrid , как объявлено в пресс-релизе NCSA .

2010

ТераХем версия 1.0
ТераХем версия 1.0b

Сообщается, что самую первую бета-версию скачали более 4000 раз.

Список публикаций

Перенос заряда и поляризация в сольватированных белках из молекулярной динамики ab initio И. С. Уфимцев, Н. Люэр и Т. Дж. Мартинес. Journal of Physical Chemistry Letters, Vol. 2, 1789–1793 (2011)
Электронная структура в возбужденном состоянии с одиночными конфигурациями взаимодействия и нестационарная теория функционала плотности Тамма-Данкова на графических процессорах К. М. Исборн, Н. Люэр, И. С. Уфимцев и Т. Дж. Мартинес Журнал химической теории и вычислений, Vol. 7, 1814–1823 (2011)
Динамическая точность для интегральной оценки отталкивания электронов на графических процессорах (GPU) Н. Люэр, И. С. Уфимцев и Т. Дж. Мартинес Журнал химической теории и вычислений, Vol. 7, 949-954 (2011)
Квантовая химия на графических процессорах. 3. Аналитические градиенты энергии и основные принципы молекулярной динамики И. С. Уфимцев и Т. Дж. Мартинес. Журнал химической теории и вычислений, Vol. 5, 2619-2628 (2009)
Квантовая химия на графических процессорах. 2. Прямая реализация самосогласованного поля И.С. Уфимцев и Т.Дж. Мартинес Журнал химической теории и вычислений, Vol. 5, 1004–1015 (2009)
Квантовая химия на графических процессорах. 1. Стратегии двухэлектронной интегральной оценки И. С. Уфимцев и Т. Дж. Мартинес Журнал химической теории и вычислений, Vol. 4, 222–231 (2008)
Графические процессоры для квантовой химии И. С. Уфимцев и Т. Дж. Мартинес Вычисления в науке и технике, Vol. 10, 26–34 (2008)
Получение и характеристика стабильных водных фуллеренов высшего порядка Нирупам Айх, Джозеф Р.В. Флора и Навид Б. Салех. Нанотехнология, Vol. 23, 055705 (2012)
Заполненные пятиугольники и правило счета электронов для фуллеренов бора Крегг Д. Куорлз, Черно Б. Ках, Рози Н. Гунасингхе, Риза Н. Мусин и Сяо-Цянь Ван Журнал вычислений химической теории, Vol. 7, 2017–2020 (2011)
Анализ чувствительности кластерных моделей для расчета энергии адсорбции органических молекул на минеральных поверхностях М. П. Андерссон и СЛС Стипп Журнал физической химии C, Vol. 115, 10044–10055 (2011)
Дисперсионные поправки в борном бакиболе и нанотрубках Рози Н. Гунасингхе, Черно Б. Ках, Крегг Д. Куорлз и Сяо-Цянь Ван Applied Physics Letters 98, 261906 (2011) * Структурная и электронная стабильность фуллерена B80 Сяо в форме волейбольного мяча -Цянь Ван Физический обзор B 82, 153409 (2010)
Ab initio Молекулярно-динамическое моделирование кетоцианиновых красителей в органических растворителях Анджей Эйлмес Конспект лекций по информатике, 7136/2012, 276-284 (2012)
Уравнение состояния модельной клетки клатрата метана Рубен Сантамария, Хуан-Антонио Мондрагон-Санчес и Сим Бохими J. Phys. хим. А, как можно скорее (2012)

См. также

Ссылки

^ "Дом" . petachem.com .
^ «ПетаХим» . www.petachem.com .
^ «Руководство пользователя TeraChem 1.41 | PDF | Молекулярная орбиталь | Теория функционала плотности» . Скрибд .
^ http://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/86/i38/html/8638sci5.html
^ http://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/88/i44/html/8844sci1.html
^ «Мир параллельный» .

[1] "Дом" . petachem.com .

[2] «ПетаХим» . www.petachem.com .

[3] «Руководство пользователя TeraChem 1.41 | PDF | Молекулярная орбиталь | Теория функционала плотности» . Скрибд .

[4] ttp://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/86/i38/html/8638sci5.html

[5] ttp://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/88/i44/html/8844sci1.html

[6] «Мир параллельный» .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]