МОЛКАС

Разработчик(и)	Сообщество разработчиков Molcas, поддерживаемое Лундским университетом.
Стабильная версия	8,6 / июнь 2023 г.
Операционная система	Linux , Unix , Microsoft Windows , Mac OS X
Тип	Вычислительная химия
Лицензия	академический
Веб-сайт	www.molcas.org

MOLCAS — это ab initio программа вычислительной химии , разработанная в рамках совместного проекта ряда международных институтов. MOLCAS разработан учеными для использования учеными. В первую очередь это не коммерческий продукт, и он не продается с целью заработать состояние своему владельцу ( Лундскому университету ).

Основное внимание в программе уделяется методам расчета общих электронных структур как в основном, так и в возбужденном состояниях. MOLCAS содержит коды для общих и эффективных многоконфигурационных расчетов SCF на уровне полного активного пространства (CASSCF), но также использует более ограниченные волновые функции MCSCF (RASSCF). На этом уровне теории также возможно оптимизировать геометрию равновесных и переходных состояний с использованием градиентных методов и рассчитать силовые поля и колебательные энергии. MOLCAS также содержит коды теории возмущений второго порядка CASPT2 и RASPT2.

История

Код MOLCAS был создан в конце 1980-х годов группой профессора Бьёрна О. Рооса из Лундского университета . Название программы представляет собой комбинацию Molecule (интегральный код Яна Альмлёфа ) и CAS (программа Complete Active Space, разработанная Бьёрном О. Роосом).

MOLCAS 2 был выпущен в 1992 году. Он распространялся на ленте для IBM VM/XA . Он содержит новый код конфигурационного взаимодействия (написанный Йеппе Олсеном), новый интегральный код (написанный Роландом Линдом) и связанного кластера код (написанный в Университете Коменского ). MOLCAS 4 (1999 г.) был первым выпуском, работающим в любой операционной системе Unix или Linux. В 2001 году был выпущен MOLCAS 5, в котором реализована распределенная модель разработки кода. ^[1]

В сентябре 2017 года большая часть кода MOLCAS была разветвлена как открытый исходный код (лицензия LGPL 2.1) под названием OpenMolcas. ^[2] Стабильная версия кода MOLCAS распространяется Лундским университетом .

Основные особенности

Основные функции MOLCAS можно найти на веб-сайте Molcas: руководство, ^[3] сборник обучающих материалов. ^[4] Существует несколько публикаций, посвященных возможностям различных версий MOLCAS: ^[5]

. ^[6]MOLCAS 7.2 прошел независимую экспертизу в обзорах компьютерного программного обеспечения JACS. ^[7]

Ab initio Хартри–Фока (HF), Теория функционала плотности (DFT), Теория возмущений Меллера–Плессе второго порядка , MCSCF , MRCI , CC , Многоконфигурационная эталонная теория возмущений 2-го порядка CASPT2 (включая MS и XMS) и волновые функции и энергии RASPT2
Аналитическая оптимизация геометрии градиента на основе волновых функций HF, DFT, CASSCF и RASSCF.
Методы разложения Холецкого (CD) и разрешения идентичности (RI) для HF, DFT, CASSCF, CC, MBPT2 и CASPT2.
Аналитические градиенты и векторы неадиабатической связи.
Техника вспомогательных базисных функций «на лету», атомный CD и атомный компактный CD.
Градиенты CD/RI для функционалов ДПФ.
Численная оптимизация геометрии градиента на основе волновых функций CASPT2.
Энергии возбужденного состояния для всех волновых функций и возбужденная оптимизированная геометрия из усредненных по состоянию волновых функций CASSCF.
Свойства перехода в возбужденных состояниях рассчитываются на уровне CASSCF/RASSCF с использованием уникального метода взаимодействия состояний RASSCF.
Эффекты растворителя можно учитывать с помощью модели сферической полости Онзагера или модели поляризуемого континуума (PCM).
Комбинированные расчеты КМ и молекулярной механики для таких систем, как белки и молекулярные кластеры.
Процедура NEMO для создания межмолекулярных силовых полей для моделирования MC/MD; эти силовые поля включают условия электростатики, индукции, дисперсии и обменно-отталкивания и основаны на расчетах для отдельных молекул.
Талли. Молекулярная динамика скачков по поверхности.
Метод локализации и характеристики конических пересечений и швов
MOLCAS имеет интерфейс с несколькими вычислительными кодами, включая коды DMRG. ^[8]^[9] CheMPS2), код MRCI COLUMBUS , код молекулярной динамики ^[10]
Существует несколько кодов графического интерфейса пользователя для MOLCAS: ^[11]^[12] и МолГУИ .

Ссылки

^ Верязов, Валера; Видмарк, Пер-Улоф; Серрано-Андрес, Луис; Линд, Роланд; Роос, Бьёрн О. (2004). «2MOLCAS как платформа разработки программного обеспечения для квантовой химии». Международный журнал квантовой химии . 100 (4): 626–635. дои : 10.1002/qua.20166 .
^ «Объявление OpenMolcas» .
^ «Руководство Молкас» .
^ «Сборник обучающих программ Molcas» .
^ Карлстрем, Гуннар; Линд, Роланд; Мальмквист, Пер-Оке; Роос, Бьёрн О.; Райд, Ульф; Верязов, Валера; Видмарк, Пер-Улоф; Косси, Маурицио; Шиммельпфенниг, Бернд; Неоградий, Павел; Сейхо, Луис (2003). «MOLCAS: пакет программ для вычислительной химии». Вычислительное материаловедение . 28 : 222–239.
^ Аквиланте, Франческо; Аутчбах, Йохен; Карлсон, Ребекка К.; Чиботару, Ливиу Ф.; Делси, Микаэль Г.; Де Вико, Лука; Фдез. Гальван, Игнасио; Ферре, Николя; Фрутос, Луис Мануэль; Гальярди, Лаура; Гаравелли, Марко; Джуссани, Анджело; Хойер, Чад Э.; Ли Манни, Джованни; Лишка, Ганс; Ма, Дунся; Мальмквист, Пер Оке; Мюллер, Томас; Ненов, Артур; Оливуччи, Массимо; Педерсен, Томас Бондо; Пэн, Даолин; Плассер, Феликс; Причард, Бен; Райхер, Маркус; Ривальта, Иван; Шапиро, Игорь; Сегарра-Марти, Хавьер; Стенруп, Майкл; и др. (2016), «Molcas 8: Новые возможности для мультиконфигурационных квантово-химических расчетов в периодической таблице» (PDF) , Journal of Computational Chemistry , 37 (5): 506–541, doi : 10.1002/jcc.24221 , PMID 26561362
^ Дункан, Джеймс А. (2009). «МОЛКАС 7.2». Журнал Американского химического общества . 131 (6): 2416. дои : 10.1021/ja900300h . ПМИД 19173643 .
^ «Домашняя страница QCMaquis» .
^ «Блокировать домашнюю страницу» .
^ «Домашняя страница SHARC» .
^ «ПОСМОТРЕТЬ домашнюю страницу» .
^ «Портативный молекулярный просмотрщик ГВ» .

Внешние ссылки

[1] Верязов, Валера; Видмарк, Пер-Улоф; Серрано-Андрес, Луис; Линд, Роланд; Роос, Бьёрн О. (2004). «2MOLCAS как платформа разработки программного обеспечения для квантовой химии». Международный журнал квантовой химии . 100 (4): 626–635. дои : 10.1002/qua.20166 .

[2] «Объявление OpenMolcas» .

[3] «Руководство Молкас» .

[4] «Сборник обучающих программ Molcas» .

[5] Карлстрем, Гуннар; Линд, Роланд; Мальмквист, Пер-Оке; Роос, Бьёрн О.; Райд, Ульф; Верязов, Валера; Видмарк, Пер-Улоф; Косси, Маурицио; Шиммельпфенниг, Бернд; Неоградий, Павел; Сейхо, Луис (2003). «MOLCAS: пакет программ для вычислительной химии». Вычислительное материаловедение . 28 : 222–239.

[6] Аквиланте, Франческо; Аутчбах, Йохен; Карлсон, Ребекка К.; Чиботару, Ливиу Ф.; Делси, Микаэль Г.; Де Вико, Лука; Фдез. Гальван, Игнасио; Ферре, Николя; Фрутос, Луис Мануэль; Гальярди, Лаура; Гаравелли, Марко; Джуссани, Анджело; Хойер, Чад Э.; Ли Манни, Джованни; Лишка, Ганс; Ма, Дунся; Мальмквист, Пер Оке; Мюллер, Томас; Ненов, Артур; Оливуччи, Массимо; Педерсен, Томас Бондо; Пэн, Даолин; Плассер, Феликс; Причард, Бен; Райхер, Маркус; Ривальта, Иван; Шапиро, Игорь; Сегарра-Марти, Хавьер; Стенруп, Майкл; и др. (2016), «Molcas 8: Новые возможности для мультиконфигурационных квантово-химических расчетов в периодической таблице» (PDF) , Journal of Computational Chemistry , 37 (5): 506–541, doi : 10.1002/jcc.24221 , PMID 26561362

[7] Дункан, Джеймс А. (2009). «МОЛКАС 7.2». Журнал Американского химического общества . 131 (6): 2416. дои : 10.1021/ja900300h . ПМИД 19173643 .

[8] «Домашняя страница QCMaquis» .

[9] «Блокировать домашнюю страницу» .

[10] «Домашняя страница SHARC» .

[11] «ПОСМОТРЕТЬ домашнюю страницу» .

[12] «Портативный молекулярный просмотрщик ГВ» .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]