Биоклипс
 | |
| Разработчик(и) | Проект Биоклипс |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 17 ноября 2005 г [1] |
| Стабильная версия | 2.6.2 (4 ноября 2016 г ) [±] |
| Предварительный выпуск | 2.6.2 RC (15 апреля 2016 г. ) [±] |
| Тип | Хеминформатика , биоинформатика |
| Лицензия | Публичная лицензия Eclipse |
| Веб-сайт | www  |
Проект Bioclipse — это Java основанная на с открытым исходным кодом визуальная платформа для химио- и биоинформатики, основанная на Eclipse Rich Client Platform (RCP). [2] [3]
О
[ редактировать ]Biclipse получил возможность создания сценариев в 2009 году. [4] и версия для командной строки в 2021 году. [5]
Как и любое приложение RCP, Bioclipse использует архитектуру плагинов, которая наследует базовые функции и визуальные интерфейсы от Eclipse, такие как справочная система, обновления программного обеспечения , настройки, кросс-платформенное развертывание и т. д. С помощью своих плагинов Bioclipse предоставляет функции для химио- и биоинформатики, а также точки расширения, которые легко могут быть расширены другими, возможно, проприетарными плагинами для обеспечения дополнительной функциональности.
Продукт
[ редактировать ]Первая стабильная версия Bioclipse включает плагин Chemistry Development Kit (CDK) для обеспечения хемоинформатического бэкэнда, плагин Jmol для 3D-визуализации молекул и плагин BioJava для анализа последовательностей. Недавно платформа R , используя StatET, [6] и OpenTox были добавлены. [7]
Bioclipse разработан в результате сотрудничества Протеохемометрической группы кафедры фармацевтических биологических наук Упсальского университета , Швеция, Кристофа Стейнбека группы Европейского института биоинформатики и кафедры аналитической химии Лейденского университета , но также включает расширения, разработанные в других академических институтах. , включая Каролинский институт и Маастрихтский университет . [8] Разработку поддерживает Международная ассоциация биоклипов. [9]
Язык сценариев Bioclipse
[ редактировать ]Язык сценариев Bioclipse (BSL) — это среда сценариев, в настоящее время основанная на JavaScript и Groovy . Он расширяет язык сценариев с помощью менеджеров, которые обертывают функциональность сторонних библиотек, как упоминалось выше. Таким образом, эти сценарии предоставляют средства для совместного использования результатов анализа в Bioclipse, например, на MyExperiment.org . Bioclipse определяет ряд основных типов данных, которые поддерживают менеджеры, что позволяет использовать информацию между этими менеджерами.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Биоклипс — просмотрите/Биоклипс на SourceForge.net» .
- ^ Ола Спьют, Тобиас Хельмус, Эгон Л. Уиллигхаген, Стефан Кун, Мартин Эклунд, Йоханнес Вагенер, П. Мюррей-Раст , Кристоф Стейнбек, Ярл Э.С. Викберг, Bioclipse: инструментарий с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики , BMC Bioinformatics, 2007 , 8 . дои : 10.1186/1471-2105-8-59
- ^ Хасан, Мехеди (24 января 2023 г.). «20 лучших инструментов биоинформатики для систем Linux» . UbuntuPIT . Проверено 14 сентября 2023 г.
- ^ Ола Спьют, Джонатан Альварссон, Арвид Берг, Мартин Эклунд, Стефан Кун, Карл Масак, Гиллейн Торранс, Йоханнес Вагенер, Эгон Л. Уиллигхаген, Кристоф Стейнбек и Ярл Э.С. Викберг, Bioclipse 2: платформа интеграции с возможностью сценариев для наук о жизни , BMC Биоинформатика, 2009 , 10 , дои : 10.1186/1471-2105-10-397
- ^ Уиллигхаген, Эгон (23 июня 2021 г.). «Bacting: версия Bioclipse следующего поколения для командной строки» . Журнал программного обеспечения с открытым исходным кодом . 6 (62): 2558. Бибкод : 2021JOSS....6.2558W . дои : 10.21105/joss.02558 .
- ^ Спьют, О.; Георгиев В.; Карлссон, Л.; Альварссон, Дж.; Берг, А.; Уиллигхаген, Э.; Викберг, JES; Эклунд, М. (2012). «Биоклипс-Р: Интеграция управления и визуализации биологических данных со статистическим анализом» . Биоинформатика . 29 (2): 286–289. doi : 10.1093/биоинформатика/bts681 . ПМЦ 3546796 . ПМИД 23178637 .
- ^ Уиллигхаген, Эль; Желязкова Н.; Харди, Б.; Графстрем, РЦ; Спьют, О. (2011). «Вычислительная токсикология с использованием интерфейса прикладного программирования OpenTox и Bioclipse» . Исследовательские заметки BMC . 4 : 487. doi : 10.1186/1756-0500-4-487 . ПМК 3264531 . ПМИД 22075173 .
- ^ «Лаборатория Биоклипса» . Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г. Проверено 2 февраля 2010 г.
- ^ Пресс-релизы Уппсальского университета: Двойные награды за ИТ/биотехнологические системы. Архивировано 8 августа 2007 г., в Wayback Machine.
