мойЭксперимент
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | мойЭксперимент |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Департамент компьютерных наук Манчестерского университета |
| Первичное цитирование | Гобл и др. (2010) [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.myexperiment.org |
myExperiment — это социальный веб-сайт для исследователей, которые делятся объектами исследований, например, научными рабочими процессами . [2] [3] [4] [5]
Веб-сайт myExperiment был запущен в ноябре 2007 года и содержит значительную коллекцию научных рабочих процессов для различных систем рабочих процессов, в первую очередь Taverna , а также других инструментов, таких как Bioclipse . myExperiment имеет REST API и основан на базе кода Ruby on Rails с открытым исходным кодом . Он поддерживает связанные данные и имеет конечную точку SPARQL с интерактивным руководством. [6] [7] [8] [9]
Источник
[ редактировать ]Проектом myExperiment первоначально руководил Дэвид Де Рур в Университете Саутгемптона (позже Оксфордский университет ) и был одним из направлений деятельности консорциума myGrid, возглавляемого Кэрол Гобл из Манчестерского университета , Великобритания, и центра электронных исследований Южной Регионального Великобритании. консорциум во главе с Оксфордским центром электронных исследований . Первоначально он финансировался Jisc в рамках программы Virtual Research Environment и Microsoft Engineering Computing Initiative .
Съемка цифровых экспериментов
[ редактировать ]Хотя первоначальная идея myExperiment, возможно, заключалась в том, чтобы фиксировать вычислительные эксперименты как выполнение зарегистрированных рабочих процессов (передаваемых в настроенный API запуска рабочих процессов), на самом деле большинство пользователей myExperiment делились только определениями рабочих процессов, возможно, с файлами примеров.
Влияние на развитие объектов исследования
[ редактировать ]Онтология myExperiment [10] включены подробности социальных сетей, атрибуции, экспериментов и структур рабочих процессов. Эта работа сыграла важную роль в формировании идеи объектов исследования . [11] метод связанных данных для идентификации, агрегирования и обмена научной информацией. В онтологии myExperiment объект исследования был представлен как «пакет» типизированных связанных ресурсов, включая рабочие процессы.
С тех пор myExperiment был улучшен проектом Workflows Forever (Wf4Ever). [12] целью которого в 2011 году было предоставление новых функций для поддержки сохранения объектов исследований в сочетании с платформой цифровой библиотеки dLibra . [13] [14]
Совместная разработка Wf4Ever с системой рабочих процессов Taverna (в то время поддерживаемой myGrid ) привела к созданию онтологий Research Object Model. [15] Модель RO использует многие концептуальные идеи онтологии myExperiment, но на основе агрегации OAI-ORE в качестве центрального цифрового объекта и с основной целью воспроизводимости и интеграции с W3C моделью происхождения PROV , заменяющая модель RO была независимо от социальной сети в реестре рабочих процессов.
В 2019 году последующая разработка Research Object Crate (RO-Crate) заменила модель RO профилем Schema.org, сериализованным в JSON-LD , это было общей целью для научных результатов. Этот подход без онтологий лучше подходил для упаковки в ZIP-архив и был более доступен для разработчиков без опыта работы со связанными данными. [16]
Текущий статус
[ редактировать ]С 2024 года сайт myexperiment.org размещается на базе Манчестерского университета в лаборатории электронных наук профессора Кэрол Гобл в качестве устаревшего сервиса. [17]
С тех пор исследовательская группа запустила [18] [19] замена myExperiment — реестр рабочих процессов workflowhub.eu , [20] который использует профиль RO-Crate для публикации рабочих процессов вместе с их контекстом и зависимостями. В отличие от myExperiment, WorkflowHub, однако, не фокусируется на аспектах социальных сетей (помимо институциональной/проектной организации записей) и не пытается фиксировать какие-либо эксперименты .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гобл, Калифорния ; Бхагат, Дж.; Алексеев С.; Круикшанк, Д.; Михаэлидис, Д.; Ньюман, Д.; Боркум, М.; Беххофер, С.; Роос, М.; Ли, П.; Де Рур, Д. (2010). «MyExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами в области биоинформатики» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W677–W682. дои : 10.1093/nar/gkq429 . ПМК 2896080 . ПМИД 20501605 .
- ^ Беххофер, С.; Бьюкен, И.; Де Рур, Д .; Миссье, П.; Эйнсворт, Дж.; Бхагат, Дж.; Коуч, П.; Круикшанк, Д.; Делдерфилд, М.; Данлоп, И.; Гэмбл, М.; Михаэлидис, Д.; Оуэн, С.; Ньюман, Д.; Суфи, С.; Гобл, К. (2011). «Почему ученым недостаточно связанных данных» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 29 (2): 599. doi : 10.1016/j.future.2011.08.004 . S2CID 16783450 .
- ^ Де Рур, Д .; Гобл, К. ; Стивенс, Р. (2009). «Разработка и реализация виртуальной исследовательской среды myExperiment для социального обмена рабочими процессами» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 25 (5): 561–567. дои : 10.1016/j.future.2008.06.010 .
- ^ Рур, ДД ; Гобл, К. ; Бхагат, Дж.; Круикшанк, Д.; Годерис, А.; Михаэлидис, Д.; Ньюман, Д. (2008). «MyExperiment: Определение среды социальных виртуальных исследований». Четвертая международная конференция IEEE по электронной науке , 2008 г. (PDF) . стр. 182–189. doi : 10.1109/eScience.2008.86 . ISBN 978-1-4244-3380-3 . S2CID 11104419 .
- ^ Де Рур, Д .; Гобл, К. (2009). «Разработка программного обеспечения для расширения возможностей ученых» (PDF) . Программное обеспечение IEEE . 26 : 88–95. дои : 10.1109/MS.2009.22 . S2CID 33191938 .
- ^ «Как использовать SPARQL» . мойЭксперимент RDF . Архивировано из оригинала 26 марта 2019 года.
- ^ Гевин, Вирджиния (2008). «Новая сетевая связь: множество веб-сайтов делают общение ученых проще, чем когда-либо». Природа . 451 (7181): 1024–1025. дои : 10.1038/nj7181-1024a . ПМИД 18363200 .
- ^ Хендлер, Дж. (2008). «Новое изобретение академических публикаций, часть 3» . Интеллектуальные системы IEEE . 23 : 2–3. дои : 10.1109/MIS.2008.12 .
- ^ Штейн, Л.Д. (2008). «На пути к киберинфраструктуре для биологических наук: прогресс, видение и проблемы». Обзоры природы Генетика . 9 (9): 678–688. дои : 10.1038/nrg2414 . ПМИД 18714290 . S2CID 339653 .
- ^ «Онтология моего эксперимента» . Архивировано из оригинала 12 июля 2019 года.
- ^ Беххофер, С.; Бьюкен, И.; Де Рур, Д .; Миссье, П.; Эйнсворт, Дж.; Бхагат, Дж.; Коуч, П.; Круикшанк, Д.; Делдерфилд, М.; Данлоп, И.; Гэмбл, М.; Михаэлидис, Д.; Оуэн, С.; Ньюман, Д.; Суфи, С.; Гобл, К. (2011). «Почему ученым недостаточно связанных данных» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 29 (2): 599. doi : 10.1016/j.future.2011.08.004 . S2CID 16783450 .
- ^ «Дом – wf4ever» . Архивировано из оригинала 7 ноября 2012 года . Проверено 19 июня 2012 г.
- ^ https://www.newscientist.com/article/mg19225745.500-myspace-for-the-dudes-in-lab-coats.html MySpace для парней в лабораторных халатах из журнала New Scientist , выпуск 2574, стр. 29. 21 октября 2006 г.
- ^ http://www.timeshighereducation.co.uk/story.asp?storycode=404834 Статья Times Higher Education «Войдите в глобальную лабораторию: инструменты Web 2.0 позволяют исследователям обмениваться идеями, данными и результатами» Сары Коллинсон и Зои. Корбин в разделе «Разведывательные исследования», стр. 22 (1 января 2009 г.).
- ^ . дои : 10.1016/j.websem.2015.01.003 . hdl : 1887/78857 .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) ; Отсутствует или пусто|title=( помощь ) - ^ . arXiv : 2108.06503 . два : 10.3233/DS-210053 .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) ; Отсутствует или пусто|title=( помощь ) - ^ «мой эксперимент» . Лаборатория электронных наук . Проверено 15 июня 2024 г.
- ^ «Рабочий процессХаб» . Лаборатория электронных наук . Проверено 15 июня 2024 г.
- ^ «Рабочий процессХаб» . Офис открытых исследований . Манчестерский университет . Проверено 15 июня 2024 г.
- ^ Внедрение цифровых объектов FAIR в коллабораторию рабочих процессов EOSC-Life (отчет). Зенодо. 21 марта 2021 г. doi : 10.5281/zenodo.4605654 .