myGrid

консорциум myGrid
Формирование	2001
Тип	электронной науки организация
Цель	Разработка программных инструментов для ученых
Расположение	Департамент компьютерных наук Манчестерского университета ;
Главный следователь	Кэрол Гобл
Веб-сайт	www .mygrid .org .uk

Консорциум myGrid производит и использует набор инструментов, призванных «помочь электронным ученым заниматься наукой и ладить с учеными». Эти инструменты поддерживают создание электронных лабораторий и используются в таких разнообразных областях, как системная биология , социальные науки , музыка , астрономия , ^[1] мультимедиа и химия . ^[2]^[3]

Консорциум возглавляет Кэрол Гобл с факультета компьютерных наук Манчестерского университета , Великобритания.

Инструменты, производимые и используемые myGrid

Инструменты, разработанные консорциумом myGrid, включают:

Рабочий стол Taverna для проектирования, редактирования и выполнения научных рабочих процессов. ^[4]^[5]^[6]
myExperiment для обмена рабочими процессами и связанными данными ^[7]
Биокаталог - публичный реестр веб-сервисов для ученых-биологов. ^[8]
Искать ^[9]^[10] создано в сотрудничестве с базой данных SysModb: системная биология микроорганизмов. ^[11]^[12] Поиск, обмен и обмен данными, моделями и процессами в системной биологии
МетодБокс ^[13]^[14] Просматривайте наборы данных и делитесь знаниями.
Правое поле ^[15]^[16] Распространение значения ваших данных путем встраивания аннотаций онтологий в электронные таблицы.
База данных почек и мочевых путей (KUPKB) ^[17]^[18]^[19]
Рабочие процессы навсегда (wf4ever) ^[20]^[21] Сохранение научного рабочего процесса

История

Консорциум состоит из трех отдельных этапов:

Этап 1

Консорциум был образован в 2001 году и объединил сотрудников университетов Манчестера , Саутгемптона , Ньюкасла , Ноттингема и Шеффилда , Европейской лаборатории молекулярной биологии – Европейского института биоинформатики. ^[22] (EMBL-EBI) в Кембридже, а также промышленные партнеры GlaxoSmithKline , Merck KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics и Cerebra (ранее Network Inference). Британский исследовательский совет по инженерным и физическим наукам профинансировал первую фазу проекта на сумму 3,5 миллиона фунтов стерлингов. ^[23]

На сегодняшний день разработка Grid сосредоточена на основных вопросах хранения, вычислений и управления ресурсами, необходимых для того, чтобы сделать информацию и инструменты глобального научного сообщества доступными в высокопроизводительной среде. Однако с точки зрения электронной науки цель Grid состоит в том, чтобы создать среду для сотрудничества и поддержки, которая позволяет географически распределенным ученым более эффективно достигать исследовательских целей. MyGrid будет проектировать, разрабатывать и демонстрировать функциональные возможности более высокого уровня по сравнению с существующей Grid-инфраструктурой, которые помогут ученым использовать сложные распределенные ресурсы.

В рамках проекта разработан инструментарий электронной науки под названием Taverna. ^[4]^[5]^[6] который поддерживает:

научный процесс экспериментального исследования, накопления фактов и усвоения результатов;
использование учеными информации сообщества; и
научное сотрудничество, позволяющее динамическим группам решать возникающие исследовательские проблемы.

В рамках проекта myGrid также был разработан myExperiment , позволяющий совместно использовать научные рабочие процессы из Taverna и других научных систем рабочих процессов .

Инструментальные средства Taverna поддерживают отдельных ученых, предоставляя средства персонализации, связанные с выбором ресурсов, управлением данными и внедрением процессов. Деятельность по проектированию и разработке будет основываться и оцениваться с использованием проблем биоинформатики, которая характеризуется высокораспределенным сообществом и множеством общих ресурсов инструментов. myGrid разработает две прикладные среды: одну, которая будет поддерживать отдельных ученых при анализе функциональных геномных данных, и другую, поддерживающую аннотацию базы данных шаблонов . Обе эти задачи требуют явного представления и реализации научных процессов и предъявляют сложные требования к производительности.

Этап 2

На втором этапе, с 2006 по 2009 год, консорциум финансируется на сумму 2 миллиона фунтов стерлингов. ^[24] в рамках Open Middleware Infrastructure Institute .Членство в консорциуме было сконцентрировано в Манчестерском университете и EMBL-EBI .

Этап 3

Великобритании В декабре 2008 года Исследовательский совет по инженерным и физическим наукам одобрил предложение команды о продлении гранта. Грант составляет £1,15 млн. ^[25] и началось в январе 2009 года. Членами команды myGrid для этапа 3 являются Манчестерский университет и Саутгемптонский университет . Проект организован по 4 темам: управление знаниями для электронной науки, управление метаданными в электронных лабораториях, проектирование, управление и внедрение научных рабочих процессов, а также социальные вычисления для электронных ученых. Тема «Социальные вычисления» ориентирована на myExperiment. ^[7] Виртуальная исследовательская среда (VRE) для социального курирования и обмена объектами научных исследований .

Ссылки

^ Крюк, Р.Н.; Романьелло, М.; Уллгрен, М.; Ярвеляйнен, П.; Майсала, С.; Ойттинен, Т.; Саволайнен, В.; Солин, О.; Тюнеля, Дж.; Перон, М.; Иззо, К.; Лича, Т. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Астрофизические симпозиумы ESO Европейская Южная обсерватория. стр. 169. doi : 10.1007/978-3-540-76963-7_23 . ISBN 978-3-540-76962-0 .
^ Стивенс, РД ; Робинсон, Эй Джей; Гобл, Калифорния (2003). «MyGrid: Персонализированная биоинформатика на информационной сетке» . Биоинформатика . 19 : i302–i304. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1041 . ПМИД 12855473 .
^ Стивенс, РД ; Типни, HJ; Роу, CJ; Оинн, ТМ; Сенгер, М.; Лорд, PW; Гобл, Калифорния ; Брасс, А .; Тассабехджи, М. (2004). «Изучение синдрома Вильямса-Бойрена с использованием myGrid». Биоинформатика . 20 : i303–i310. doi : 10.1093/биоинформатика/bth944 . ПМИД 15262813 .
^ Jump up to: ^а ^б Халл, Д.; Уолстенкрофт, К.; Стивенс, Р .; Гобл, Калифорния ; Покок, MR; Ли, П.; Оинн, Т. (2006). «Таверна: Инструмент для построения и запуска рабочих процессов сервисов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W729–W732. дои : 10.1093/нар/gkl320 . ПМЦ 1538887 . ПМИД 16845108 .
^ Jump up to: ^а ^б Оинн, Т.; Гринвуд, М.; Аддис, М.; Альпдемир, Миннесота; Феррис, Дж.; Гловер, К.; Гобл, К. ; Годерис, А.; Халл, Д.; Марвин, Д.; Ли, П.; Лорд, П.; Покок, MR; Сенгер, М.; Стивенс, Р.; Випат, А.; Роу, К. (2006). «Таверна: Уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. дои : 10.1002/cpe.993 . S2CID 10219281 .
^ Jump up to: ^а ^б Оинн, Т.; Ли, П.; Келл, Д.Б .; Гобл, Калифорния ; Годерис, А.; Гринвуд, М.; Халл, Д.; Стивенс, Р .; Тури, Д.; Чжао, Дж. (2007). «Taverna/MyGrid: согласование системы рабочих процессов с сообществом медико-биологических наук» . Рабочие процессы для электронной науки . стр. 300–319. дои : 10.1007/978-1-84628-757-2_19 . ISBN 978-1-84628-519-6 .
^ Jump up to: ^а ^б Гобл, Калифорния ; Бхагат, Дж.; Алексеев С.; Круикшанк, Д.; Михаэлидис, Д.; Ньюман, Д.; Боркум, М.; Беххофер, С.; Роос, М.; Ли, П.; Де Рур, Д. (2010). «MyExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами в области биоинформатики» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W677–W682. дои : 10.1093/nar/gkq429 . ПМК 2896080 . ПМИД 20501605 .
^ Бхагат, Дж.; Танох, Ф.; Нзуобонтане, Э.; Лоран, Т.; Орловский Дж.; Роос, М.; Уолстенкрофт, К.; Алексеев С.; Стивенс, Р.; Петтифер, С.; Лопес, Р.; Гобл, Калифорния (2010). «Биокаталог: универсальный каталог веб-сервисов для наук о жизни» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W689–W694. дои : 10.1093/nar/gkq394 . ПМК 2896129 . ПМИД 20484378 .
^ Уолстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Дю Пре, Ф.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Гобл, К. ; Снуп, Дж.Л. (2011). «ПОИСК». Методы системной биологии . Методы энзимологии. Полный. 500. стр. 629–655. дои : 10.1016/B978-0-12-385118-5.00029-3 . ISBN 9780123851185 . ПМИД 21943917 .
^ «Ищите науку | Для поиска, обмена и обмена данными, моделями и процессами в системной биологии» . Проверено 21 июня 2012 г.
^ Бут, ИК (2007). «SysMO: Назад в будущее» . Обзоры природы Микробиология . 5 (8): 566. doi : 10.1038/nrmicro1719 . ПМИД 17632975 .
^ «О программе | SysMO-DB» . Проверено 21 июня 2012 г.
^ Тью, С.; Джарвис, П.; Эйнсворт, Дж.; Бьюкен, И. (2010). «Атлас и методология ожирения: на пути к открытой системе для обмена рабочими процессами сбора данных в области общественного здравоохранения». Исследования в области медицинских технологий и информатики . 160 (Часть 1): 496–500. ПМИД 20841736 .
^ «Домашняя страница MethodBox» . Архивировано из оригинала 18 сентября 2011 года . Проверено 21 июня 2012 г.
^ Уолстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Хорридж, М.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Сноп, Дж.Л.; Дю Пре, Ф.; Гобл, К. (2011). «RightField: встраивание аннотаций онтологий в электронные таблицы» . Биоинформатика . 27 (14): 2021–2022. doi : 10.1093/биоинформатика/btr312 . ПМИД 21622664 .
^ «RightField.org.uk | SysMO-DB» . Проверено 21 июня 2012 г.
^ Кляйн, Дж.; Юпп, С.; Мулос, П.; Фернандес, М.; Баффин-Мейер, Б.; Каземайу, А.; Чаая, Р.; Чаронис, А.; Баскандс, Ж.-Л.; Стивенс, Р.; Шанстра, JP (2012). «КУПКБ: новое веб-приложение для доступа к мультиомным данным о заболеваниях почек» . Журнал ФАСЭБ . 26 (5): 2145–2153. дои : 10.1096/fj.11-194381 . ПМИД 22345404 . S2CID 16645167 .
^ Юпп, С.; Кляйн, Дж.; Шанстра, Дж.; Стивенс, Р. (2011). «Развитие базы знаний о почках и мочевыводящих путях» . Журнал биомедицинской семантики . 2 (Дополнение 2): S7. дои : 10.1186/2041-1480-2-S2-S7 . ПМК 3102896 . ПМИД 21624162 .
^ «База знаний о почках и мочевыводящих путях» . Проверено 21 июня 2012 г.
^ «Дом – wf4ever» . Проверено 21 июня 2012 г.
^ Беххофер, С.; Бьюкен, И.; Де Рур, Д .; Миссье, П.; Эйнсворт, Дж.; Бхагат, Дж.; Коуч, П.; Круикшанк, Д.; Делдерфилд, М.; Данлоп, И.; Гэмбл, М.; Михаэлидис, Д.; Оуэн, С.; Ньюман, Д.; Суфи, С.; Гобл, К. (2011). «Почему ученым недостаточно связанных данных» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 29 (2): 599. doi : 10.1016/j.future.2011.08.004 . S2CID 16783450 .
^ «Проект myGrid в EBI» . Архивировано из оригинала 10 ноября 2012 года.
^ «myGrid: прямая поддержка электронного ученого GR/R67743/01» . Проверено 20 июня 2012 г.
^ «myGrid: узел OMII-UK (mymes: промежуточное программное обеспечение myGrid для электронных ученых) EP/D044324/1» . Проверено 20 июня 2012 г.
^ «myGrid: платформа для обновления электронной биологии EP/G026238/1» . Проверено 20 июня 2012 г.

[1] Крюк, Р.Н.; Романьелло, М.; Уллгрен, М.; Ярвеляйнен, П.; Майсала, С.; Ойттинен, Т.; Саволайнен, В.; Солин, О.; Тюнеля, Дж.; Перон, М.; Иззо, К.; Лича, Т. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Астрофизические симпозиумы ESO Европейская Южная обсерватория. стр. 169. doi : 10.1007/978-3-540-76963-7_23 . ISBN 978-3-540-76962-0 .

[2] Стивенс, РД ; Робинсон, Эй Джей; Гобл, Калифорния (2003). «MyGrid: Персонализированная биоинформатика на информационной сетке» . Биоинформатика . 19 : i302–i304. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1041 . ПМИД 12855473 .

[3] Стивенс, РД ; Типни, HJ; Роу, CJ; Оинн, ТМ; Сенгер, М.; Лорд, PW; Гобл, Калифорния ; Брасс, А .; Тассабехджи, М. (2004). «Изучение синдрома Вильямса-Бойрена с использованием myGrid». Биоинформатика . 20 : i303–i310. doi : 10.1093/биоинформатика/bth944 . ПМИД 15262813 .

[t1-4] Jump up to: ^а ^б Халл, Д.; Уолстенкрофт, К.; Стивенс, Р .; Гобл, Калифорния ; Покок, MR; Ли, П.; Оинн, Т. (2006). «Таверна: Инструмент для построения и запуска рабочих процессов сервисов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W729–W732. дои : 10.1093/нар/gkl320 . ПМЦ 1538887 . ПМИД 16845108 .

[t2-5] Jump up to: ^а ^б Оинн, Т.; Гринвуд, М.; Аддис, М.; Альпдемир, Миннесота; Феррис, Дж.; Гловер, К.; Гобл, К. ; Годерис, А.; Халл, Д.; Марвин, Д.; Ли, П.; Лорд, П.; Покок, MR; Сенгер, М.; Стивенс, Р.; Випат, А.; Роу, К. (2006). «Таверна: Уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. дои : 10.1002/cpe.993 . S2CID 10219281 .

[t3-6] Jump up to: ^а ^б Оинн, Т.; Ли, П.; Келл, Д.Б .; Гобл, Калифорния ; Годерис, А.; Гринвуд, М.; Халл, Д.; Стивенс, Р .; Тури, Д.; Чжао, Дж. (2007). «Taverna/MyGrid: согласование системы рабочих процессов с сообществом медико-биологических наук» . Рабочие процессы для электронной науки . стр. 300–319. дои : 10.1007/978-1-84628-757-2_19 . ISBN 978-1-84628-519-6 .

[myexpnar-7] Jump up to: ^а ^б Гобл, Калифорния ; Бхагат, Дж.; Алексеев С.; Круикшанк, Д.; Михаэлидис, Д.; Ньюман, Д.; Боркум, М.; Беххофер, С.; Роос, М.; Ли, П.; Де Рур, Д. (2010). «MyExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами в области биоинформатики» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W677–W682. дои : 10.1093/nar/gkq429 . ПМК 2896080 . ПМИД 20501605 .

[8] Бхагат, Дж.; Танох, Ф.; Нзуобонтане, Э.; Лоран, Т.; Орловский Дж.; Роос, М.; Уолстенкрофт, К.; Алексеев С.; Стивенс, Р.; Петтифер, С.; Лопес, Р.; Гобл, Калифорния (2010). «Биокаталог: универсальный каталог веб-сервисов для наук о жизни» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W689–W694. дои : 10.1093/nar/gkq394 . ПМК 2896129 . ПМИД 20484378 .

[9] Уолстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Дю Пре, Ф.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Гобл, К. ; Снуп, Дж.Л. (2011). «ПОИСК». Методы системной биологии . Методы энзимологии. Полный. 500. стр. 629–655. дои : 10.1016/B978-0-12-385118-5.00029-3 . ISBN 9780123851185 . ПМИД 21943917 .

[10] «Ищите науку | Для поиска, обмена и обмена данными, моделями и процессами в системной биологии» . Проверено 21 июня 2012 г.

[sysmo-11] Бут, ИК (2007). «SysMO: Назад в будущее» . Обзоры природы Микробиология . 5 (8): 566. doi : 10.1038/nrmicro1719 . ПМИД 17632975 .

[sysmoweb-12] «О программе | SysMO-DB» . Проверено 21 июня 2012 г.

[13] Тью, С.; Джарвис, П.; Эйнсворт, Дж.; Бьюкен, И. (2010). «Атлас и методология ожирения: на пути к открытой системе для обмена рабочими процессами сбора данных в области общественного здравоохранения». Исследования в области медицинских технологий и информатики . 160 (Часть 1): 496–500. ПМИД 20841736 .

[methodboxweb-14] «Домашняя страница MethodBox» . Архивировано из оригинала 18 сентября 2011 года . Проверено 21 июня 2012 г.

[15] Уолстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Хорридж, М.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Сноп, Дж.Л.; Дю Пре, Ф.; Гобл, К. (2011). «RightField: встраивание аннотаций онтологий в электронные таблицы» . Биоинформатика . 27 (14): 2021–2022. doi : 10.1093/биоинформатика/btr312 . ПМИД 21622664 .

[rightfieldweb-16] «RightField.org.uk | SysMO-DB» . Проверено 21 июня 2012 г.

[17] Кляйн, Дж.; Юпп, С.; Мулос, П.; Фернандес, М.; Баффин-Мейер, Б.; Каземайу, А.; Чаая, Р.; Чаронис, А.; Баскандс, Ж.-Л.; Стивенс, Р.; Шанстра, JP (2012). «КУПКБ: новое веб-приложение для доступа к мультиомным данным о заболеваниях почек» . Журнал ФАСЭБ . 26 (5): 2145–2153. дои : 10.1096/fj.11-194381 . ПМИД 22345404 . S2CID 16645167 .

[18] Юпп, С.; Кляйн, Дж.; Шанстра, Дж.; Стивенс, Р. (2011). «Развитие базы знаний о почках и мочевыводящих путях» . Журнал биомедицинской семантики . 2 (Дополнение 2): S7. дои : 10.1186/2041-1480-2-S2-S7 . ПМК 3102896 . ПМИД 21624162 .

[kupkbweb-19] «База знаний о почках и мочевыводящих путях» . Проверено 21 июня 2012 г.

[wf4everweb-20] «Дом – wf4ever» . Проверено 21 июня 2012 г.

[linkeddata-21] Беххофер, С.; Бьюкен, И.; Де Рур, Д .; Миссье, П.; Эйнсворт, Дж.; Бхагат, Дж.; Коуч, П.; Круикшанк, Д.; Делдерфилд, М.; Данлоп, И.; Гэмбл, М.; Михаэлидис, Д.; Оуэн, С.; Ньюман, Д.; Суфи, С.; Гобл, К. (2011). «Почему ученым недостаточно связанных данных» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 29 (2): 599. doi : 10.1016/j.future.2011.08.004 . S2CID 16783450 .

[22] «Проект myGrid в EBI» . Архивировано из оригинала 10 ноября 2012 года.

[23] «myGrid: прямая поддержка электронного ученого GR/R67743/01» . Проверено 20 июня 2012 г.

[24] «myGrid: узел OMII-UK (mymes: промежуточное программное обеспечение myGrid для электронных ученых) EP/D044324/1» . Проверено 20 июня 2012 г.

[25] «myGrid: платформа для обновления электронной биологии EP/G026238/1» . Проверено 20 июня 2012 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]