Таверна Апач
 | |
 Таверна Верстак | |
| Разработчик(и) | Apache Software Foundation ( myGrid для 2.x) |
|---|---|
| Стабильная версия | 3.1 / 1 июля 2016 г |
| Репозиторий | |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
| Тип | Система научного документооборота |
| Лицензия | Лицензия Apache 2.0 ( LGPL для 2.x) |
| Веб-сайт | таверна |
Apache Taverna была программным инструментом с открытым исходным кодом для проектирования и выполнения рабочих процессов , первоначально созданным проектом myGrid под названием Taverna Workbench , а затем проектом инкубатора Apache . Taverna позволяла пользователям интегрировать множество различных программных компонентов, включая WSDL SOAP или REST веб-сервисы , например, предоставляемые Национальным центром биотехнологической информации , Европейским институтом биоинформатики , Банком данных ДНК Японии (DDBJ) , SoapLab, BioMOBY и EMBOSS . Набор доступных сервисов не был ограничен, и пользователи могли импортировать описания новых сервисов в Taverna Workbench. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]
Taverna Workbench предоставила настольную среду разработки и механизм реализации научных рабочих процессов. Механизм рабочего процесса Taverna также был доступен отдельно, в виде Java API, инструмента командной строки или сервера.
Таверна использовалась пользователями во многих областях, таких как биоинформатика , [9] [10] хеминформатика , [11] медицина , астрономия , [12] социальные науки , музыка и сохранение цифровых данных . [13]
Некоторые из сервисов, которые можно использовать в рабочих процессах Taverna, можно найти через Биокаталог — публичный, централизованный и курируемый реестр веб-сервисов медико-биологических наук. Рабочими процессами Taverna также можно было поделиться с другими людьми через сайт для ученых myExperiment социальный веб- . [14] BioCatalogue и myExperiment — еще два продукта консорциума myGrid .
Taverna использовалась более чем в 350 организациях по всему миру, как академических, так и коммерческих. По состоянию на 2011 год различные версии Taverna было скачано более 80 000 раз.
20 февраля 2020 года Apache Incubator закрыл проект и удалил код со своего веб-сайта. [15]
Возможности
[ редактировать ]Рабочие процессы Taverna могут вызывать общие SOAP / WSDL или REST веб-службы , а также более конкретные веб-службы SADI, BioMart, BioMoby и SoapLab . Он также может вызывать R статистические службы , локальный код Java, внешние инструменты на локальных и удаленных компьютерах (через ssh ), выполнять XPath и другие манипуляции с текстом, импортировать электронную таблицу и включать вложенные рабочие процессы.
Taverna Workbench включает в себя возможность отслеживать выполнение рабочего процесса и проверять происхождение полученных данных, раскрывая детали выполняемого рабочего процесса в виде графа происхождения W3C PROV -O RDF . [16] в структурированном объектов исследования пакете [17] ZIP- файл, который включает входные и выходные данные, промежуточные значения и определение выполняемого рабочего процесса; вместе этот формат называется TavernaProv . [18]
Taverna включает возможность поиска сервисов, описанных в Биокаталоге, для вызова из рабочих процессов. Однако для включения в рабочие процессы службы не обязательно должны быть описаны в биокаталоге, поскольку их можно добавить из WSDL описания веб-службы или ввести как шаблон REST URI .
Taverna также включает возможность поиска рабочих процессов на myExperiment . Taverna Workbench может загружать, изменять и запускать рабочие процессы, обнаруженные в myExperiment, а также загружать созданные рабочие процессы, чтобы делиться ими с другими, используя социальные аспекты myExperiment.
Рабочие процессы Taverna не обязательно выполнять в Taverna Workbench. Рабочие процессы также могут запускаться:
- командной строки инструмент выполнения
- сервер удаленного выполнения, который позволяет запускать рабочие процессы Taverna на других машинах, в вычислительных сетях, облаках, с веб-страниц и порталов.
- онлайн-дизайнер и исполнитель рабочих процессов OnlineHPC
Taverna позволяет осуществлять конвейерную и потоковую передачу данных. [19] Это означает, что нижестоящие службы рабочего процесса могут запускаться сразу после получения первого элемента данных, не дожидаясь, пока весь список данных станет доступен от вышестоящих служб и итераций. Службы Taverna выполняются параллельно, когда это возможно, поскольку рабочие процессы Taverna в первую очередь управляются данными, а не контролем. [20]
Сообщество открытого исходного кода
[ редактировать ]Taverna — проект с открытым исходным кодом с 2003 года. [21] с участием представителей нескольких академических и отраслевых учреждений. В октябре 2014 года Taverna стала независимым проектом -инкубатором Apache . [15] и сменил название на Apache Taverna (инкубирующая) . Проект разрабатывает Apache Taverna 3.x, [22] какая лицензия изменилась с LGPL 2.1 на Apache License 2.0 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Таверна Apache в инкубаторе Apache
- Домашняя страница таверны (архив до Apache)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Белхаджджам К., Вольстенкрофт К., Корчо О., Оинн Т., Тано Ф., Уильям А., Гобл С. (2008). «Управление метаданными в системе рабочего процесса таверны» . 2008 Восьмой международный симпозиум IEEE по кластерным вычислениям и сетям (CCGRID) . стр. 651–656. дои : 10.1109/CCGRID.2008.17 . ISBN 9780769531564 . S2CID 9996653 .
- ^ Ли П., Кастрилло Дж.И., Веларде Г., Вассинк И., Сойланд-Рейес С., Оуэн С. и др. (август 2008 г.). «Выполнение статистического анализа количественных данных в рабочих процессах Taverna: пример использования R и maxdBrowse для идентификации дифференциально экспрессируемых генов на основе данных микрочипов» . БМК Биоинформатика . 9 : 334. дои : 10.1186/1471-2105-9-334 . ПМК 2528018 . ПМИД 18687127 .
- ^ Оинн Т., Аддис М., Феррис Дж., Марвин Д., Сенгер М., Гринвуд М. и др. (ноябрь 2004 г.). «Таверна: инструмент для составления и реализации рабочих процессов биоинформатики» . Биоинформатика . 20 (17): 3045–54. doi : 10.1093/биоинформатика/bth361 . ПМИД 15201187 .
- ^ Оинн Т., Гринвуд М., Аддис М., Альпдемир М.Н., Феррис Дж., Гловер К. и др. (2006). «Таверна: Уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. дои : 10.1002/cpe.993 . S2CID 10219281 .
- ^ Халл Д., Уолстенкрофт К., Стивенс Р. , Гобл С. , Покок М.Р., Ли П., Оинн Т. (июль 2006 г.). «Таверна: инструмент для построения и запуска рабочих процессов сервисов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W729-32. дои : 10.1093/нар/gkl320 . ПМЦ 1538887 . ПМИД 16845108 .
- ^ Кавас Э., Сенгер М., Уилкинсон, доктор медицинских наук (ноябрь 2006 г.). «Расширения BioMoby для программного обеспечения управления и внедрения рабочих процессов Taverna» . БМК Биоинформатика . 7 : 523. дои : 10.1186/1471-2105-7-523 . ПМК 1693925 . ПМИД 17137515 .
- ^ Срок Дж, Качор Г, Тышкевич Ю, Кержек А.М. (май 2006 г.). «XQTav: процессор XQuery для среды Taverna» . Биоинформатика . 22 (10): 1280–1. doi : 10.1093/биоинформатика/btl101 . ПМИД 16551662 .
- ^ Уолстенкрофт К., Хейнс Р., Феллоуз Д., Уильямс А., Уизерс Д., Оуэн С. и др. (июль 2013 г.). «Пакет рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-сервисов на настольном компьютере, в Интернете или в облаке» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с веб-сервером): W557-61. дои : 10.1093/нар/gkt328 . ПМК 3692062 . ПМИД 23640334 .
- ^ Стивенс Р.Д. , Робинсон А.Дж., Гобл, Калифорния (2003). «myGrid: персонализированная биоинформатика на информационной сетке» . Биоинформатика . 19 (Приложение 1): i302-4. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1041 . ПМИД 12855473 .
- ^ Стивенс Р.Д. , Типни Х.Дж., Роу С.Дж., Оинн Т.М., Сенгер М., Лорд П.В. и др. (август 2004 г.). «Изучение синдрома Вильямса-Бойрена с использованием myGrid» . Биоинформатика . 20 (Приложение 1): i303-10. doi : 10.1093/биоинформатика/bth944 . ПМИД 15262813 .
- ^ Трушковски А., Джаясилан К.В., Нойманн С., Уиллигхаген Э.Л., Зелесный А., Стейнбек С. (декабрь 2011 г.). «Новые разработки в области химинформатики в открытой среде документооборота СДК-Таверна» . Журнал хеминформатики . 3:54 . дои : 10.1186/1758-2946-3-54 . ПМК 3292505 . ПМИД 22166170 .
- ^ Хук Р.Н., Романиелло М., Уллгрин М., Ярвелайнен П., Майсала С., Ойттинен Т. и др. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Астрофизические симпозиумы ESO Европейская Южная обсерватория. стр. 169–175. дои : 10.1007/978-3-540-76963-7_23 . ISBN 978-3-540-76962-0 .
- ^ Радич М., Шларб С., Молдруп-Далум П., Меджкуне Л. (2012). «Рабочие процессы исполняемого веб-контента для экспериментального выполнения» (PDF) .
- ^ Гобл К.А., Бхагат Дж., Алексеев С., Круикшанк Д., Михаэлидис Д., Ньюман Д. и др. (июль 2010 г.). «myExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W677-82. дои : 10.1093/nar/gkq429 . ПМК 2896080 . ПМИД 20501605 .
- ^ Jump up to: а б «Статус инкубации проекта таверны» . Инкубатор Апач . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 г.
- ^ Белхаджаме К., Чжао Дж., Гаррихо Д., Гарридо А., Сойланд-Кингс С., Альпер П., Корк О. (2013). «Технологический ПРОВ-корпус на базе Таверны и Крыльев» Материалы совместных семинаров EDBT/ICDT 2013 по - EDBT '13 . п. 331. дои : 10.1145/2457317.2457376 . ISBN 9781450315999 .
- ^ Сойланд-Рейес С., Гэмбл М., Хейнс Р. (5 ноября 2014 г.). «Пакет исследовательских объектов 1.0» (Спецификация) . www.researchobject.org . дои : 10.5281/zenodo.12586 . Проверено 28 января 2015 г.
- ^ Сойланд-Рейес, Стиан; Альпер, Пинар; Гобл, Кэрол (11 мая 2016 г.). «Отслеживание выполнения рабочего процесса с помощью TavernaProv» . zenodo.org . дои : 10.5281/zenodo.51314 .
- ^ «Неявная итерация» . Руководство пользователя Таверна 2.5 . myGrid. 9 сентября 2014 года. Архивировано из оригинала 22 марта 2015 года . Проверено 28 января 2015 г.
- ^ Сойланд-Рейес С. (13 декабря 2010 г.). «Параллельные вызовы служб» . Блог знаний о тавернах . сайт знанийblog.org . Проверено 28 января 2015 г.
- ^ Сойланд-Рейес С., Суфи С., Сиборн С. (23 сентября 2014 г.). «Предложение таверны» . Инкубатор вики . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 г.
- ^ «Скачать Apache Taverna» . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 г.
