БиоМОБИ

БиоМОБИ
Первоначальный выпуск	21 сентября 2001 г.
Написано в	Перл
Тип	Биоинформатика
Лицензия	Художественная лицензия и GPL
Веб-сайт	биомоби .org

BioMOBY — реестр веб-сервисов, используемых в биоинформатике . Он обеспечивает взаимодействие между хостами биологических данных и аналитическими службами путем аннотирования служб терминами, взятыми из стандартных онтологий. BioMOBY выпускается под лицензией Artistic License . ^{[ 1 ]}

Проект БиоМОБИ

Проект BioMoby начался на конференции «Модель организма: создай свой собственный интерфейс базы данных» (MOBY-DIC) , проходившей в Эмме Лейк, Саскачеван , 21 сентября 2001 года. Он возник в результате разговора между Марком Д. Уилкинсоном и Сюзанной Льюис во время Gene Ontology. встречи разработчиков в Институте Карнеги в Стэнфорде , где обсуждались и сравнивались функциональные возможности инструментов аннотации генома Genquire и Apollo. Отсутствие простого стандарта, который позволил бы этим инструментам взаимодействовать с множеством источников данных, необходимых для точного аннотирования генома, было критической потребностью обеих систем.

Финансирование проекта BioMOBY впоследствии было предоставлено Genome Prairie (2002-2005 гг.), Genome Alberta (2005 г.), частично через Genome Canada , некоммерческую организацию, возглавляющую канадские инициативы X-omic.

Существует два основных направления проекта BioMOBY. Один из них основан на веб-сервисах, а другой использует технологии семантической сети. В этой статье будут относиться только к спецификациям веб-службы. Другая ветка проекта, Semantic Moby , описана в отдельной записи.

Моби

Проект Moby определяет три онтологии , которые описывают типы биологических данных, форматы биологических данных и типы анализа биоинформатики. Большая часть интероперабельного поведения, наблюдаемого в Moby, достигается посредством онтологий объекта (формат данных) и пространства имен (тип данных).

Онтология пространства имен MOBY основана на списке сокращений перекрестных ссылок проекта Gene Ontology. Это просто список сокращений различных типов идентификаторов, используемых в биоинформатике. Например, Genbank имеет идентификаторы «gi», которые используются для перечисления всех записей последовательностей — в онтологии пространства имен это определяется как «NCBI_gi».

Онтология объектов MOBY — это онтология, состоящая из отношений IS-A, HAS-A и HAS между форматами данных. Например, DNASequence IS-A GenericSequence и HAS-A String, представляющие текст последовательности. Все данные в Moby должны быть представлены как объект MOBY определенного типа. XML-сериализация этой онтологии определяется в API Moby таким образом, что любой данный узел онтологии имеет предсказуемую структуру XML.

Таким образом, между этими двумя онтологиями поставщик услуг и/или клиентская программа могут получить часть Moby XML и сразу узнать как его структуру, так и его «намерение» (семантику).

Последним основным компонентом Moby является реестр веб-сервисов MOBY Central. ^{[ 2 ]} MOBY Central знает об онтологиях объектов, пространств имен и служб и, таким образом, может сопоставлять потребителей, имеющих данные Moby, с поставщиками услуг, которые утверждают, что используют этот тип данных (или какой-либо совместимый онтологический тип данных) или выполняют конкретная операция над ним. Такое « семантическое соответствие » помогает гарантировать, что в запросе к реестру идентифицируются только соответствующие поставщики услуг, и, более того, гарантирует, что имеющиеся данные могут быть переданы этому поставщику услуг дословно . Таким образом, взаимодействие между потребителем и поставщиком услуг может быть частично или полностью автоматизировано, как показано в Gbrowse Moby. ^{[ 3 ]} и клиенты Ахава соответственно. ^{[ 4 ]}

BioMOBY и RDF/OWL

не использует стандарты RDF или OWL W3C BioMOBY в своей основной деятельности . Частично это связано с тем, что ни один из этих стандартов не был стабильным в 2001 году, когда проект начался, а частично потому, что библиотечная поддержка этих стандартов не была «товарной» ни на одном из наиболее распространенных языков (например, Perl и Java) в то время. .

Тем не менее, система BioMOBY демонстрирует то, что можно описать только как поведение, подобное семантической сети . Онтология объектов BioMOBY контролирует допустимые структуры данных точно так же, как онтология OWL определяет экземпляр данных RDF . BioMOBY Веб-службы используют и генерируют XML BioMOBY, ^{[ 5 ]} структура которого определяется онтологией объектов BioMOBY. Таким образом, веб-службы BioMOBY действуют как прототипы семантических веб-служб с 2001 года, несмотря на то, что они не используют возможные стандарты RDF/OWL.

Однако с 2006 года BioMOBY использует стандарты RDF/OWL для описания своих объектов, пространств имен, служб и реестра. Эти онтологии все чаще используются для управления поведением всех функций BioMOBY с использованием механизмов рассуждения DL.

Клиенты БиоМОБИ

Существует несколько клиентских приложений , которые могут выполнять поиск и просматривать реестр сервисов BioMOBY. Одним из самых популярных является верстак Taverna, созданный в рамках проекта MyGrid . Первым клиентом BioMOBY был Gbrowse Moby. ^{[ 6 ]} написан в 2001 году для обеспечения доступа к прототипной версии BioMoby Services. Gbrowse Moby, помимо того, что является браузером BioMoby, теперь работает в тандеме с рабочей средой Taverna для создания рабочих процессов SCUFL , отражающих сеанс просмотра Gbrowse Moby, которые затем можно запускать в среде с высокой пропускной способностью. Апплет Seahawk также предоставляет возможность экспортировать историю сеансов в виде рабочего процесса Taverna, что представляет собой функцию программирования на примерах . ^{[ 7 ]}

Клиент Ahab — это полностью автоматизированный инструмент интеллектуального анализа данных. ^{[ 4 ]} Учитывая отправную точку, он обнаружит и запустит все возможные службы BioMOBY и предоставит результаты в интерактивном интерфейсе.

См. также

Открытый фонд биоинформатики
SADI - платформа семантического автоматического обнаружения и интеграции

Ссылки

^ «Получение кода – BioMoby» .
^ «Центральный реестр МОБИ» . biomoby.open-bio.org . Архивировано из оригинала 31 июля 2021 года.
^ «Инициализация клиента MOBY-S» . mobycentral.icapture.ubc.ca. Архивировано из оригинала 10 ноября 2006 года.
^ Jump up to: ^а ^б «Развертывание Ахава» . bioinfo.icapture.ubc.ca . 17 июня 2006 г. Архивировано из оригинала 17 июня 2006 г.
^ «Онтология класса данных MOBY» . biomoby.open-bio.org . Архивировано из оригинала 31 июля 2021 года.
^ «Инициализация клиента MOBY-S» . moby.ucalgary.ca . Архивировано из оригинала 4 июня 2008 года.
^ «Апплет Seahawk — браузер веб-служб MOBY» . moby.ucalgary.ca . Архивировано из оригинала 29 июня 2007 года.

Веселое чтение

Гордон, Пол МК; Сенсен, Кристоф В. (18 июня 2007 г.). «Сихок: выход за рамки HTML в биоинформатическом анализе через Интернет» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 208. дои : 10.1186/1471-2105-8-208 . ISSN 1471-2105 . ПМК 1906838 . ПМИД 17577405 .

Внешние ссылки

[1] «Получение кода – BioMoby» .

[2] «Центральный реестр МОБИ» . biomoby.open-bio.org . Архивировано из оригинала 31 июля 2021 года.

[3] «Инициализация клиента MOBY-S» . mobycentral.icapture.ubc.ca. Архивировано из оригинала 10 ноября 2006 года.

[ahab-4] Jump up to: ^а ^б «Развертывание Ахава» . bioinfo.icapture.ubc.ca . 17 июня 2006 г. Архивировано из оригинала 17 июня 2006 г.

[5] «Онтология класса данных MOBY» . biomoby.open-bio.org . Архивировано из оригинала 31 июля 2021 года.

[6] «Инициализация клиента MOBY-S» . moby.ucalgary.ca . Архивировано из оригинала 4 июня 2008 года.

[7] «Апплет Seahawk — браузер веб-служб MOBY» . moby.ucalgary.ca . Архивировано из оригинала 29 июня 2007 года.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]