Сюзанна Льюис

Сюзанна Льюис
Сюзанна Льюис
Известный	Биомедицинские онтологии
Награды	Член AAAS
	Научная карьера
Учреждения	Национальная лаборатория Лоуренса Беркли
Веб-сайт	Берклибоп .github .что /люди /Сюзанна-Льюис /

Сюзанна (Сьюзи) Э. Льюис до выхода на пенсию в 2019 году была ученым и главным исследователем проекта Беркли кодом биоинформатики с открытым исходным , базирующегося в Национальной лаборатории Лоуренса Беркли. Льюис руководила разработкой открытых стандартов и программного обеспечения для аннотаций генома и онтологий . ^[2]^[3]^[4]

Образование

Льюис имеет магистра наук степени в области биологии и информатики . ^[5]

Исследовать

Она возглавляла группу, ответственную за систематическую аннотацию. ^[6] генома Drosophila melanogaster , включавшего развитие овода ^[7] конвейер аннотаций и структура базы данных, а также инструмент курирования аннотаций Apollo. ^[8] Работа Льюиса по аннотации генома также включает в себя инструментальную роль в GASP. ^[9] мероприятия по оценке сообщества для оценки современного состояния аннотации генома, разработки Gbrowse ^[10] genome Browser и центр координации данных проекта modENCODE . ^[11] Помимо своей работы в области аннотации генома, Льюис была лидером в разработке открытых биомедицинских онтологий (OBO). ^[12] Национальный центр биомедицинской онтологии (NCBO), ^[13]^[14] вклад в Онтологию генов ^[15] Онтология последовательности , ^[16] Онтологии анатомии уберона, ^[17] и разработку открытого программного обеспечения для редактирования и навигации по онтологиям, такого как AmiGO, ^[18] OBO-Edit ^[19] и Фенот.

Награды и почести

В 2005 году Льюис была избрана членом Американской ассоциации содействия развитию науки в знак признания ее вклада в науку в области информации, вычислений и коммуникаций. ^[1]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б «Новости и заметки AAAS» . Архивировано из оригинала 18 марта 2013 г. Проверено 16 июня 2012 г.
^ «Номинации на премию Бенджамина Франклина за открытый доступ в области наук о жизни 2012» . Архивировано из оригинала 12 января 2013 г.
^ «Сьюзи Льюис — BioPerl» . Архивировано из оригинала 5 февраля 2012 г.
^ «Проект генома дрозофилы Беркли BDGP: контактная информация» . Архивировано из оригинала 16 марта 2012 г.
^ «Сюзанна Льюис: Проекты с открытым исходным кодом в области биоинформатики Беркли (BBOP)» . Архивировано из оригинала 23 октября 2012 г.
^ Мисра, С.; Кросби, М.; Мунгалл, К.; Мэтьюз, Б.; Кэмпбелл, К.; Градецкий, П.; Хуанг, Ю.; Каминкер, Дж.; Миллберн, Г.; Прочник, С.Э.; Смит, CD; Тупи, Дж.Л.; Уитфид, Э.Дж.; Байрактароглу, Л.; Берман, BP; Беттанкур, БР; Цельникер, SE; Де Грей, AD; Дрисдейл, РА; Харрис, Нидерланды; Рихтер, Дж.; Руссо, С.; Шредер, Эй.Дж.; Шу, SQ; Стэплтон, М.; Ямада, К.; Эшбернер, М.; Гелбарт, ВМ; Рубин, генеральный менеджер; Льюис, SE (2002). «Аннотация эухроматического генома Drosophila melanogaster: систематический обзор» . Геномная биология . 3 (12): исследование0083.research0081–83.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0083 . ПМК 151185 . ПМИД 12537572 .
^ Мунгалл, CJ; Мисра, С.; Берман, BP; Карлсон, Дж.; Фризе, Э.; Харрис, Н.; Маршалл, Б.; Шу, С.; Каминкер, Дж.С.; Прочник, С.Э.; Смит, CD; Смит, Э.; Тупи, Дж.Л.; Виль, К.; Рубин, генеральный менеджер; Льюис, SE (2002). «Интегрированный вычислительный конвейер и база данных для поддержки аннотации последовательности всего генома» . Геномная биология . 3 (12): исследование0081.research0081–81.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0081 . ПМК 151183 . ПМИД 12537570 .
^ Льюис, SE ; Сирл, С.М.; Харрис, Н.; Гибсон, М.; Лиер, В.; Рихтер, Дж.; Виль, К.; Байрактароглир, Л.; Бирни, Э .; Кросби, Массачусетс; Каминкер, Дж.С.; Мэтьюз, BB; Прочник, С.Э.; Смити, CD; Тупи, Дж.Л.; Рубин, генеральный менеджер; Мисра, С.; Мунгалл, CJ; Клэмп, Мэн (2002). «Apollo: Редактор аннотаций последовательностей» . Геномная биология . 3 (12): исследование0082.research0081–82.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0082 . ПМК 151184 . ПМИД 12537571 .
^ Риз, МГ; Хартцелл, Г.; Харрис, Нидерланды; Олер, У.; Абриль, Дж. Ф.; Льюис, SE (2000). «Оценка аннотации генома Drosophila melanogaster» . Геномные исследования . 10 (4): 483–501. дои : 10.1101/гр.10.4.483 . ПМК 310877 . ПМИД 10779488 .
^ Штейн, Л.Д. ; Мунгалл, К.; Шу, С.; Коди, М.; Мангоне, М.; День, А.; Никерсон, Э.; Стаич, Дж. Э.; Харрис, ТВ; Арва, А.; Льюис, С. (2002). «Общий браузер генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма» . Геномные исследования . 12 (10): 1599–1610. дои : 10.1101/гр.403602 . ПМК 187535 . ПМИД 12368253 .
^ Вашингтон, Нидерланды; Стинсон, Э.О.; Перри, доктор медицины; Рузанов П.; Контрино, С.; Смит, Р.; Жа, З.; Лайн, Р.; Карр, А.; Ллойд, П.; Кефарт, Э.; Маккей, С.Дж.; Миклем, Г.; Штейн, Л.Д.; Льюис, SE (2011). «Центр координации данных modENCODE: уроки по сбору подробных деталей эксперимента» . База данных . 2011 : бар023. дои : 10.1093/база данных/bar023 . ПМК 3170170 . ПМИД 21856757 .
^ Смит, Б .; Эшбернер, М .; Росс, К.; Бард, Дж.; Баг, В.; Сестерс, В.; Голдберг, LJ; Эйлбек, К.; Ирландия, А.; Мунгалл, CJ; Леонтис, Н.; Рокка-Серра, П.; Руттенберг, А.; Сансоне, ЮАР; Шойерманн, Р.Х.; Шах, Н.; Ветцель, Польша; Льюис, С. (2007). «The OBO Foundry: Скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных» . Природная биотехнология . 25 (11): 1251–1255. дои : 10.1038/nbt1346 . ПМК 2814061 . ПМИД 17989687 .
^ Мусен, Массачусетс; Ной, Н.Ф.; Шах, Нью-Хэмпшир; Ветцель, Польша; Чут, CG; Рассказ, М. -А.; Смит, Б.; И Нкбо, Т. (2011). «Национальный центр биомедицинской онтологии» . Журнал Американской ассоциации медицинской информатики . 19 (2): 190–195. дои : 10.1136/amiajnl-2011-000523 . ПМЦ 3277625 . ПМИД 22081220 .
^ Рубин, Д.Л.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Мисра, С.; Вестерфилд, М.; Эшбернер, М .; Сим, И.; Чут, CG; Стори, Массачусетс; Смит, Б.; Дэй-Рихтер, Дж.; Ной, Н.Ф.; Мусен, Массачусетс; Мусен, Массачусетс (2006). «Национальный центр биомедицинской онтологии: развитие биомедицины посредством структурированной организации научных знаний» (PDF) . OMICS: Журнал интегративной биологии . 10 (2): 185–198. дои : 10.1089/omi.2006.10.185 . ПМИД 16901225 . S2CID 14097452 .
^ Ботштейн, Д .; Черри, Дж. М.; Эшбернер, М .; Болл, Калифорния; Блейк, Дж.А.; Батлер, Х.; Дэвис, AP; Долински, К.; Дуайт, СС; Эппиг, Дж. Т.; Харрис, Массачусетс; Хилл, ДП; Иссель-Тарвер, Л.; Касарскис А.; Льюис, С .; Матезе, Дж. К.; Ричардсон, Дж. Э.; Рингвальд, М.; Рубин, генеральный менеджер ; Шерлок, Г. (2000). «Онтология генов: инструмент для объединения биологии. Консорциум генной онтологии» . Природная генетика . 25 (1): 25–29. дои : 10.1038/75556 . ПМК 3037419 . ПМИД 10802651 .
^ Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р. ; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ 1175956 . ПМИД 15892872 .
^ Мунгалл, CJ; Торняй, К.; Гкутос, Г.В.; Льюис, SE ; Гендель, Массачусетс (2012). «Уберон, интегративная онтология анатомии многих видов» . Геномная биология . 13 (1): С5. дои : 10.1186/gb-2012-13-1-r5 . ПМЦ 3334586 . ПМИД 22293552 .
^ Карбон С., Ирландия А., Мангалл С.Дж., Шу С., Маршалл Б., Льюис С.; Хаб АмиГО; Рабочая группа по веб-присутствию (2008). «AmiGO: Онлайн-доступ к данным онтологий и аннотаций» . Биоинформатика . 25 (2): 288–289. doi : 10.1093/биоинформатика/btn615 . ПМК 2639003 . ПМИД 19033274 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Дэй-Рихтер, Дж.; Харрис, Массачусетс; Гендель, М.; Льюис, С. (2007). «OBO-Edit — редактор онтологий для биологов». Биоинформатика . 23 (16): 2198–2200. doi : 10.1093/биоинформатика/btm112 . ПМИД 17545183 .

[faaas-1] Jump up to: ^а ^б «Новости и заметки AAAS» . Архивировано из оригинала 18 марта 2013 г. Проверено 16 июня 2012 г.

[2] «Номинации на премию Бенджамина Франклина за открытый доступ в области наук о жизни 2012» . Архивировано из оригинала 12 января 2013 г.

[3] «Сьюзи Льюис — BioPerl» . Архивировано из оригинала 5 февраля 2012 г.

[4] «Проект генома дрозофилы Беркли BDGP: контактная информация» . Архивировано из оригинала 16 марта 2012 г.

[bbop-5] «Сюзанна Льюис: Проекты с открытым исходным кодом в области биоинформатики Беркли (BBOP)» . Архивировано из оригинала 23 октября 2012 г.

[6] Мисра, С.; Кросби, М.; Мунгалл, К.; Мэтьюз, Б.; Кэмпбелл, К.; Градецкий, П.; Хуанг, Ю.; Каминкер, Дж.; Миллберн, Г.; Прочник, С.Э.; Смит, CD; Тупи, Дж.Л.; Уитфид, Э.Дж.; Байрактароглу, Л.; Берман, BP; Беттанкур, БР; Цельникер, SE; Де Грей, AD; Дрисдейл, РА; Харрис, Нидерланды; Рихтер, Дж.; Руссо, С.; Шредер, Эй.Дж.; Шу, SQ; Стэплтон, М.; Ямада, К.; Эшбернер, М.; Гелбарт, ВМ; Рубин, генеральный менеджер; Льюис, SE (2002). «Аннотация эухроматического генома Drosophila melanogaster: систематический обзор» . Геномная биология . 3 (12): исследование0083.research0081–83.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0083 . ПМК 151185 . ПМИД 12537572 .

[7] Мунгалл, CJ; Мисра, С.; Берман, BP; Карлсон, Дж.; Фризе, Э.; Харрис, Н.; Маршалл, Б.; Шу, С.; Каминкер, Дж.С.; Прочник, С.Э.; Смит, CD; Смит, Э.; Тупи, Дж.Л.; Виль, К.; Рубин, генеральный менеджер; Льюис, SE (2002). «Интегрированный вычислительный конвейер и база данных для поддержки аннотации последовательности всего генома» . Геномная биология . 3 (12): исследование0081.research0081–81.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0081 . ПМК 151183 . ПМИД 12537570 .

[8] Льюис, SE ; Сирл, С.М.; Харрис, Н.; Гибсон, М.; Лиер, В.; Рихтер, Дж.; Виль, К.; Байрактароглир, Л.; Бирни, Э .; Кросби, Массачусетс; Каминкер, Дж.С.; Мэтьюз, BB; Прочник, С.Э.; Смити, CD; Тупи, Дж.Л.; Рубин, генеральный менеджер; Мисра, С.; Мунгалл, CJ; Клэмп, Мэн (2002). «Apollo: Редактор аннотаций последовательностей» . Геномная биология . 3 (12): исследование0082.research0081–82.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0082 . ПМК 151184 . ПМИД 12537571 .

[9] Риз, МГ; Хартцелл, Г.; Харрис, Нидерланды; Олер, У.; Абриль, Дж. Ф.; Льюис, SE (2000). «Оценка аннотации генома Drosophila melanogaster» . Геномные исследования . 10 (4): 483–501. дои : 10.1101/гр.10.4.483 . ПМК 310877 . ПМИД 10779488 .

[10] Штейн, Л.Д. ; Мунгалл, К.; Шу, С.; Коди, М.; Мангоне, М.; День, А.; Никерсон, Э.; Стаич, Дж. Э.; Харрис, ТВ; Арва, А.; Льюис, С. (2002). «Общий браузер генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма» . Геномные исследования . 12 (10): 1599–1610. дои : 10.1101/гр.403602 . ПМК 187535 . ПМИД 12368253 .

[11] Вашингтон, Нидерланды; Стинсон, Э.О.; Перри, доктор медицины; Рузанов П.; Контрино, С.; Смит, Р.; Жа, З.; Лайн, Р.; Карр, А.; Ллойд, П.; Кефарт, Э.; Маккей, С.Дж.; Миклем, Г.; Штейн, Л.Д.; Льюис, SE (2011). «Центр координации данных modENCODE: уроки по сбору подробных деталей эксперимента» . База данных . 2011 : бар023. дои : 10.1093/база данных/bar023 . ПМК 3170170 . ПМИД 21856757 .

[12] Смит, Б .; Эшбернер, М .; Росс, К.; Бард, Дж.; Баг, В.; Сестерс, В.; Голдберг, LJ; Эйлбек, К.; Ирландия, А.; Мунгалл, CJ; Леонтис, Н.; Рокка-Серра, П.; Руттенберг, А.; Сансоне, ЮАР; Шойерманн, Р.Х.; Шах, Н.; Ветцель, Польша; Льюис, С. (2007). «The OBO Foundry: Скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных» . Природная биотехнология . 25 (11): 1251–1255. дои : 10.1038/nbt1346 . ПМК 2814061 . ПМИД 17989687 .

[13] Мусен, Массачусетс; Ной, Н.Ф.; Шах, Нью-Хэмпшир; Ветцель, Польша; Чут, CG; Рассказ, М. -А.; Смит, Б.; И Нкбо, Т. (2011). «Национальный центр биомедицинской онтологии» . Журнал Американской ассоциации медицинской информатики . 19 (2): 190–195. дои : 10.1136/amiajnl-2011-000523 . ПМЦ 3277625 . ПМИД 22081220 .

[14] Рубин, Д.Л.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Мисра, С.; Вестерфилд, М.; Эшбернер, М .; Сим, И.; Чут, CG; Стори, Массачусетс; Смит, Б.; Дэй-Рихтер, Дж.; Ной, Н.Ф.; Мусен, Массачусетс; Мусен, Массачусетс (2006). «Национальный центр биомедицинской онтологии: развитие биомедицины посредством структурированной организации научных знаний» (PDF) . OMICS: Журнал интегративной биологии . 10 (2): 185–198. дои : 10.1089/omi.2006.10.185 . ПМИД 16901225 . S2CID 14097452 .

[15] Ботштейн, Д .; Черри, Дж. М.; Эшбернер, М .; Болл, Калифорния; Блейк, Дж.А.; Батлер, Х.; Дэвис, AP; Долински, К.; Дуайт, СС; Эппиг, Дж. Т.; Харрис, Массачусетс; Хилл, ДП; Иссель-Тарвер, Л.; Касарскис А.; Льюис, С .; Матезе, Дж. К.; Ричардсон, Дж. Э.; Рингвальд, М.; Рубин, генеральный менеджер ; Шерлок, Г. (2000). «Онтология генов: инструмент для объединения биологии. Консорциум генной онтологии» . Природная генетика . 25 (1): 25–29. дои : 10.1038/75556 . ПМК 3037419 . ПМИД 10802651 .

[16] Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р. ; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ 1175956 . ПМИД 15892872 .

[17] Мунгалл, CJ; Торняй, К.; Гкутос, Г.В.; Льюис, SE ; Гендель, Массачусетс (2012). «Уберон, интегративная онтология анатомии многих видов» . Геномная биология . 13 (1): С5. дои : 10.1186/gb-2012-13-1-r5 . ПМЦ 3334586 . ПМИД 22293552 .

[18] Карбон С., Ирландия А., Мангалл С.Дж., Шу С., Маршалл Б., Льюис С.; Хаб АмиГО; Рабочая группа по веб-присутствию (2008). «AmiGO: Онлайн-доступ к данным онтологий и аннотаций» . Биоинформатика . 25 (2): 288–289. doi : 10.1093/биоинформатика/btn615 . ПМК 2639003 . ПМИД 19033274 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[19] Дэй-Рихтер, Дж.; Харрис, Массачусетс; Гендель, М.; Льюис, С. (2007). «OBO-Edit — редактор онтологий для биологов». Биоинформатика . 23 (16): 2198–2200. doi : 10.1093/биоинформатика/btm112 . ПМИД 17545183 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ВИАФ WorldCat
Национальный	Соединенные Штаты
академики	ДБЛП ОРЦИД