✖


Jump to content

Я не знаю Бирни

Я не знаю Бирни
CBE ФРС FMedSci
Юэн Бирни в 2014 году
Рожденный
Джон Фредерик Уильям Бирни [8] [9] [10]

( 1972-12-06 ) 6 декабря 1972 г. (51 год) [11] [12] [13] [14]
Паддингтон , Лондон , [13] Англия
Другие имена Я не знаю Бирни
Джон Бирни [7]
Образование Итонский колледж
Альма-матер
Известный
Супруг
Барли Лэйкок
( м. 2003 г.)
[13] [18]
Дети Два [13]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Диссертация Выравнивание последовательностей в биоинформатике   (2000)
Докторантура Ричард Дурбин [6]
Веб-сайт www .семья .и .uk /люди /человек / Эван-Бирни Отредактируйте это в Викиданных

Джон Фредерик Уильям Бирни (известный как Юэн Бирни) CBE FRS FMedSci [19] [20] (родился 6 декабря 1972 г.) [21] [11] [13] [14] является содиректором Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI), [22] [23] [24] в Хинкстоне , Кембриджшир , и заместителем генерального директора Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). [25] Он также является неисполнительным директором Genomics England . [26] председатель Глобального альянса по геномике и здоровью (GA4GH) [27] [28] и почетный биоинформатики . университета Кембриджского профессор [29] Бирни внес значительный вклад в геномику благодаря разработке инновационных инструментов биоинформатики и вычислительной биологии . [1] Ранее он работал младшим преподавателем в Wellcome Trust Sanger Institute . [30]

Образование [ править ]

Бирни получил частное образование в Итонском колледже в качестве стипендиата Оппидана . [13] [31] Прежде чем поступить в университет, Бирни прошел годовую стажировку в лаборатории Колд-Спринг-Харбор под руководством Джеймса Уотсона. [14] [32] и Адриан Крайнер . [32] [33] [34]

Бирни получил степень бакалавра гуманитарных наук в области биохимии в Оксфордском университете в 1996 году, где он учился на бакалавриате в Баллиол-колледже в Оксфорде . [13] [14] [35] Он защитил докторскую диссертацию в Институте Сэнгера под руководством Ричарда Дурбина. [6] когда он был аспирантом колледжа Святого Иоанна в Кембридже . [36] В его докторских исследованиях использовалось динамическое программирование . [37] конечные автоматы и вероятностные автоматы для выравнивания последовательностей . [6]

Будучи студентом, он проходил стажировку в офисе мэра Балтимора , а также в сфере финансовых услуг по оценке опционов для Швейцарской банковской корпорации . [31] [32] [ когда? ]

и Исследования карьера ​

2000 по 2003 год Бирни организовал научную лотерею С под названием GeneSweep . [38] [15] для сообщества геномиков, делая ставки на оценки общего числа генов (и некодирующей ДНК). [39] ) в геноме человека. [32] [40] [41]

Бирни является одним из основателей браузера генома Ensembl и других баз данных, а также сыграл роль в секвенировании генома человека в 2000 году и анализе функций генома в проекте ENCODE . [41] [42] Он сыграл роль в аннотировании последовательностей генома человека. [43] мышь, [44] курица [45] и ряд других организмов. Его исследовательская группа занимается вычислительной геномикой и межиндивидуальными различиями у человека и других животных . [18] [22] [24] [39] [46] [47] [48] [49] [50] [51]

Бирни известен своей ролью в консорциуме ENCODE . [5] [41] [52] [53] [54] [55] [56] До проекта ENCODE Бирни принимал непосредственное участие в создании ряда широко используемых инструментов биоинформатики и вычислительной биологии (PairWise, [57] ДжинВайз, [58] ГеномУайз, [59] ) или в сотрудничестве со студентами и постдоками , например Exonerate [60] (с Гаем Слейтером), Энредо (Хавьер Эрреро) [61] ), пекан (Бенедикт Патен [62] ), ассемблер «Бархат» (Дэниел Зербино [63] ) и CRAM (Маркус Си-Янг Фриц, [64] Раско Лейнонен [65] и Вадим Залунин). Бирни также участвовал в нескольких других проектах, включая Pfam. [66] база данных, ИнтерПро , [67] БиоПерл , [68] [69] и ХММЕР [70] и проект базы данных генома Ensembl . [71]

По состоянию на 2015 год Исследовательская группа Бирни занимается геномными алгоритмами и изучением межиндивидуальных различий как у человека, так и у других видов. Он руководил несколькими аспирантами [72] и постдокторанты , работавшие в его лаборатории. [73] [74] [75] [76] [64] [77] [78] [62] [79] [80] [81] [82] [83] Его исследования финансировались Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), Советом медицинских исследований (MRC). [84] Национальный институт исследования генома человека (NHGRI), [10] Wellcome Trust и Европейский Союз . [85]

Бирни работает консультантом в компании Oxford Nanopore Technologies. [86] и в научно-консультативном совете Института Эрлхэма (ранее TGAC) в Норидже. [87] [88] С 2022 года он входит в совет управляющих Итонского колледжа . [89] Он также входил в состав советов Исследовательского совета по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), Немецкого центра исследования рака (DKFZ), Института исследований рака (ICR), Института исследований рака Онтарио (OICR), Института Пастера и Рикена института . . [90]

Награды и почести [ править ]

В 2002 году Бирни был включен в список MIT Technology Review TR100 . 100 лучших новаторов мира в возрасте до 35 лет по версии [91] В 2003 году он прочитал первую лекцию Фрэнсиса Крика в Королевском обществе : [1] В 2005 году он был награжден премией Овертона от Международного общества вычислительной биологии (ISCB) за поддержку биоинформатики с открытым исходным кодом , вклад в сообщество BioPerl и руководство проектом аннотации генома Ensembl. [2] В 2005 году Бирни был удостоен премии Бенджамина Франклина в области биоинформатики : [92]

По словам номинантов, Бирни сыграл значительную роль в области открытого исходного кода в биоинформатике и науке. Он был решительным сторонником бесплатного доступа к информации о геноме для всех. Благодаря его работе в качестве соруководителя проекта Ensembl высококачественные аннотации генома стали доступны бесплатно в Интернете, что предотвратило классовую систему лабораторий, которые могут и не могут позволить себе платить за подписку на частные данные. Проект усердно работал над тем, чтобы сделать данные доступными различными способами, чтобы сделать их доступными и легко доступными для майнинга. Проект Ensembl с самого начала имел открытый исходный код, что позволяло исследователям и корпорациям повторно использовать и расширять программную систему. был сторонником открытой науки Бирни также . Вместе с Шоном Эдди он раскритиковал решения журналов разрешить публикацию статей без одновременного раскрытия данных о последовательностях генома. Он также является автором свободно доступного пакета инструментов Wise, которые являются важной частью конвейеров аннотации генома. Он является соруководителем набора инструментов для биоинформатики с открытым исходным кодом Bioperl, а также соучредителем и в настоящее время является президентом компании Фонд Open Bioinformatics — организация, поддерживающая разработку нескольких наборов инструментов для биоинформатики.

Бирни стал членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO). [3] в 2012 году [4] и избран членом Королевского общества (FRS) в 2014 году . [9] [1] В его свидетельстве об избрании и кандидатуре говорится: [19]

Юэн стал влиятельным специалистом в области геномики благодаря своим инновациям в анализе генома, как алгоритмическом , так и интегративном. Он написал первую устойчивую к ошибкам с учетом сплайсинга программу выравнивания белков , которая использовалась в человеческом и последующем анализе генома; он был соавтором одного из первых и наиболее широко используемых ассемблеров короткого чтения . Что касается интеграции данных , Юэн руководил анализом во многих геномных консорциумах, в частности ENCODE , возглавляющем интеграцию многих геномных анализов; например, сделать прогнозы энхансеров надежные , промоторов и их интеграции с областями, связанными с заболеванием. Он также является соавтором многих широко используемых ресурсов по биоинформатике.

Бирни был удостоен степени почетного доктора наук (DSc): в 2014 году Лондонского университета Брунеля. [93] а в 2021 году из Тартуского университета , [94] Эстония . В 2015 году Бирни был избран членом Академии медицинских наук (FMedSci). [20] Бирни был назначен кавалером Ордена Британской Империи (CBE) на церемонии вручения новогодних наград 2019 года . [95] [7]

Личная жизнь [ править ]

Бирни вышла замуж в 2003 году. [18] и имеет двоих детей. [13]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Анон (2014). «Доктор Юэн Бирни FMedSci FRS» . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 17 ноября 2015 года. Одно или несколько предыдущих предложений включают текст с веб-сайта royalsociety.org, где:

    Весь текст, опубликованный под заголовком «Биография» на страницах профиля стипендиата, доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 . -- «Правила, условия и политика Королевского общества» . Архивировано из оригинала 25 сентября 2015 года . Проверено 9 марта 2016 г. {{cite web}}: CS1 maint: bot: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )

  2. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Информационный бюллетень ISCB 8-2 Доктор Юэн Бирни назван лауреатом премии Овертона 2005 года!» . Архивировано из оригинала 22 октября 2015 года.
  3. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Карманный справочник EMBO» (PDF) . Европейская организация молекулярной биологии. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 года.
  4. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2012). «ЧЛЕН EMBO: Юэн Бирни» . People.embo.org . Гейдельберг: Европейская организация молекулярной биологии.
  5. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Публикации Юэна Бирни , индексируемые Google Scholar Отредактируйте это в Викиданных
  6. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Бирни, Юэн (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   894597337 . EThOS   uk.bl.ethos.621653 . Архивировано (PDF) из оригинала 9 июля 2019 года . Проверено 19 ноября 2017 г. .
  7. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2018). «Джон БИРНИ: Профессор Джон Фредерик Уильям БИРНИ FRS» The London Gazette . Лондон. Архивировано из оригинала 28 декабря 2019 года.
  8. ^ Анон (4 ноября 1993 г.). «Джон Фредерик Уильям Бирни» . Вестник Оксфордского университета . 124 (4305). Издательство Оксфордского университета . Архивировано из оригинала 16 июня 2015 года.
  9. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2015). «Товарищество Королевского общества 1660-2015» . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 15 октября 2015 года.
  10. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Эван Бирни ОРЦИД   0000-0001-8314-8497
  11. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2017). «Итак, я Юэн Бирни» (PDF) . genome.gov . Национальный институт исследования генома человека . Архивировано из оригинала (PDF) 4 июля 2017 года.
  12. ^ Анон (2016). «Джон Фредерик Уильям БИРНИ, Eagle Genomics Limited» . Лондон: Дом компаний . Архивировано из оригинала 25 апреля 2016 года.
  13. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д и ж г час Анон (2015). «Бирни, доктор Джон Фредерик Уильям (Юэн)» . Кто есть кто (онлайн- изд. Oxford University Press ). А&С Черный. дои : 10.1093/ww/9780199540884.013.U281970 . (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании .)
  14. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Хопкин, Карен (июнь 2005 г.). «Принесите мне свои геномы: история Юэна Бирни» . Ученый . 19 (11): 60. Архивировано из оригинала 31 марта 2012 года . Проверено 10 июня 2011 г.
  15. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Пенниси, Э. (2003). «Геном человека: небольшое число выигрывает в пуле генной очистки». Наука . 300 (5625): 1484б–1484. дои : 10.1126/science.300.5625.1484b . ISSN   0036-8075 . ПМИД   12791949 . S2CID   82493401 . Значок закрытого доступа
  16. ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК   2212820 . ПМИД   17571346 .
  17. ^ Хаббард, Т .; Баркер, Д.; Бирни, Э .; Кэмерон, Г.; Чен, Ю.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Карвен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминецкий, Л.; Каспшик, А.; Леваслайхо, Х.; Лейнзаад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Пететт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Руст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. дои : 10.1093/нар/30.1.38 . ПМК   99161 . ПМИД   11752248 .
  18. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Пенниси, Элизабет (2012). «Профиль Юэна Бирни: большого говорящего в области геномики». Наука . 337 (6099): 1167–1169. дои : 10.1126/science.337.6099.1167 . ПМИД   22955814 .
  19. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Свидетельство о выборах EC/2014/06: Юэн Бирни, ФРС» . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 9 июля 2019 года.
  20. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2015). «Доктор Юэн Бирни, FRS FMedSci» . acmedsci.ac.uk . Лондон: Академия медицинских наук. Архивировано из оригинала 6 июля 2015 года.
  21. ^ Сборник устной истории NHGRI: Интервью с Юэном Бирни на YouTube
  22. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Юэна Бирни Публикации из Европы PubMed Central
  23. ^ Паркхилл, Дж .; Бирни, Э ; Керси, П. (2010). «Геномная информационная инфраструктура после потопа» . Геномная биология . 11 (7): 402. doi : 10.1186/gb-2010-11-7-402 . ПМЦ   2926780 . ПМИД   20670392 .
  24. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Келлис, М ; Уолд, Б; Снайдер, член парламента; Бернштейн, Бельгия; Кундадже, А; Маринов, Г.К.; Уорд, LD; Бирни, Э; Кроуфорд, GE; Деккер, Дж; Данэм, я; Ельницкий, LL; Фарнхэм, ПиДжей; Фейнгольд, Э.А.; Герштейн, М; Гиддингс, MC; Гилберт, DM; Гингерас, ТР; Грин, Эд; Гиго, Р; Хаббард, Т; Кент, Дж; Либ, доктор медицинских наук; Майерс, Р.М.; Пазин, МЮ; Рен, Б; Стаматояннопулос, Дж.А.; Венг, З; Уайт, КП; Хардисон, Р.К. (2014). «Определение функциональных элементов ДНК в геноме человека» . Труды Национальной академии наук . 111 (17): 6131–6138. Бибкод : 2014PNAS..111.6131K . дои : 10.1073/pnas.1318948111 . ПМК   4035993 . ПМИД   24753594 .
  25. ^ Херд, Эдит (2020). «Реструктуризация высшего руководства» . Embl.org . Гейдельберг: Европейская лаборатория молекулярной биологии.
  26. ^ Анон (2016). «Профессор Юэн Бирни назначен членом Совета по геномике Англии» . genomicsengland.co.uk . Геномика Англии. Архивировано из оригинала 11 июля 2017 года.
  27. ^ Юэн Бирни на X Отредактируйте это в Викиданных
  28. ^ Бирни, Юэн (2017). «О Юэне Бирни» . ewanbirney.com . Архивировано из оригинала 1 декабря 2017 года . Проверено 19 ноября 2017 г. .
  29. ^ Анон (12 декабря 2014 г.). «Почетные профессора» . Репортер Кембриджского университета . CLVV (5). Кембриджский университет. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 года.
  30. ^ Анон (2015). «Сэнгерский факультет» . Wellcome Trust Sanger Institute. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 года.
  31. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2015). «Доктор Юэн Бирни, ФРС» . thescientific23.com . Архивировано из оригинала 6 июля 2015 года.
  32. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Аль-Халили, Джим (2013). «The Life Scientific, Юэн Бирни» . bbc.co.uk. ​ Би-би-си .
  33. ^ Бирни, Э .; Кумар, С.; Крайнер, А. (1992). «Предположительный гомолог U2AF65 у S. cerevisiae» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (17): 4663. doi : 10.1093/nar/20.17.4663 . ПМК   334203 . ПМИД   1408772 .
  34. ^ Бирни, Юэн (10 февраля 2013 г.). «Ученые и их эмоции: взлеты… и падения: вычислительный биолог описывает радость от прорыва – и страдания от несовершения – в то время как трое других ученых рассказывают нам, как их работа влияет на их эмоции» . theguardian.com . Лондон: Наблюдатель.
  35. ^ Анон (2012). «Возраст генома, Юэн Бирни во Floreat Domus» . balliol.ox.ac.uk . Газета Баллиол-колледжа. Архивировано из оригинала 24 февраля 2012 года.
  36. ^ Смаглик, Пол (2012). «Поворотный момент: Юэн Бирни» . Природа . 482 (7383): 123–728. дои : 10.1038/nj7383-123a . S2CID   144288448 .
  37. ^ Бирни, Юэн; Дурбин, Ричард (1997). «Dynamite: гибкий язык генерации кода для методов динамического программирования, используемых при сравнении последовательностей». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 5 : 56–64. ПМИД   9322016 .
  38. ^ Пирсон, Хелен (2003). «Генетики напрасно играют в игры с числами» . Природа . 423 (6940): 576. Бибкод : 2003Natur.423..576P . дои : 10.1038/423576a . ISSN   0028-0836 . ПМИД   12789304 . S2CID   54588944 .
  39. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Холл, Стивен С. (2012). «Путешествие в недра генетики. То, что когда-то называлось мусорной ДНК, оказалось таит в себе скрытые сокровища», — говорит компьютерный биолог Юэн Бирни. Научный американец . 307 (4): 80–82, 84. doi : 10.1038/scientificamerican1012-80 . ПМИД   23029896 .
  40. ^ Пертеа, М.; Зальцберг, СЛ (2010). «Между курицей и виноградом: Оценка количества генов человека» . Геномная биология . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . ПМК   2898077 . ПМИД   20441615 .
  41. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Граур, Д. ; Чжэн, Ю.; Прайс, Н.; Азеведо, РБР; Зуфалл, РА; Эльхайк, Э. (2013). «О бессмертии телевизоров: «функция» в геноме человека согласно неэволюционному евангелию ENCODE» . Геномная биология и эволюция . 5 (3): 578–590. дои : 10.1093/gbe/evt028 . ПМЦ   3622293 . ПМИД   23431001 .
  42. ^ «КОДИРОВКА: Энциклопедия элементов ДНК» на YouTube
  43. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фицхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ISSN   0028-0836 . ПМИД   11237011 .
  44. ^ Чинвалла, Арканзас; Уотерстон, LL; Линдблад-То, К.Д.; Бирни, Джорджия; Роджерс, Луизиана; Абриль, РС; Агарвал, штат Техас; Агарвала, LW; Эйнскоу, скорая помощь; Александерссон, доктор юридических наук; Ан, ТЛ; Антонаракис, МЫ; Эттвуд, Джо; Берч, Миннесота; Бейли, К.Х.; Барлоу, CS; Бек, TC; Берри, Б.; Биррен, Дж.; Блум, Э.; Борк, Р.Х.; Ботчерби, MC; Брей, РК; Брент, СП; Браун, П.; Браун, Э.; Булт, Б.; Бертон, Т.; Батлер, генеральный директор; и др. (2002). «Первичное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши» . Природа . 420 (6915): 520–562. Бибкод : 2002Natur.420..520W . дои : 10.1038/nature01262 . ПМИД   12466850 .
  45. ^ Эйрас, Э.; Раймонд, А.; Кастело, Р.; Пока, Дж. М.; Камара, Ф.; Фличек, П.; Хакл, Э.Дж.; Парра, Г.; Стейнберг, Д.Д.; Висс, Дж.; Роджерс, Дж.; Антонаракис, SE; Бирни, Э.; Гиго, Р.; Брент, MR (2005). «Обнаружение генов в геноме курицы» . БМК Биоинформатика . 6 : 131. дои : 10.1186/1471-2105-6-131 . ПМЦ   1174864 . ПМИД   15924626 .
  46. ^ «Черчилль-Колледж: Биографии: Юэн Бирни» . chu.cam.ac.uk. ​Архивировано из оригинала 3 апреля 2011 года.
  47. ^ Гольдман, Н.; Бертоне, П.; Чен, С.; Дессимоз, К. ; Лепруст, Э.М.; Сипос, Б.; Бирни, Э. (2013). «На пути к практичному, высокоемкому и не требующему особого обслуживания хранению информации в синтезированной ДНК» . Природа . 494 (7435): 77–80. Бибкод : 2013Natur.494...77G . дои : 10.1038/nature11875 . ПМЦ   3672958 . ПМИД   23354052 .
  48. ^ «Интервью с Юэном Бирни: основным докладчиком на конференции по биоинформатическим технологиям О'Рейли» . oreilly.com . О'Рейли Медиа . Архивировано из оригинала 27 мая 2015 года.
  49. ^ Публикации Юэна Бирни , индексируемые библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  50. ^ Юпп, С; Мэлоун, Дж; Боллеман, Дж; Брандизи, М; Дэвис, М; Гарсия, Л; Голтон, А; Гехант, С; Лайбе, К; Редаски, Н; Вималаратне, С.М.; Мартин, М; Ле Новер, Н.; Паркинсон, Х; Бирни, Э ; Дженкинсон, AM (2014). «Платформа EBI RDF: связанные открытые данные для наук о жизни» . Биоинформатика . 30 (9): 1338–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btt765 . ПМЦ   3998127 . ПМИД   24413672 .
  51. ^ Марти-Солано, М; Бирни, Э ; Бриль, А; Делла Паскуа, О; Китано, Х ; Монс, Б ; Ксенарий, я; Санс, Ф (2014). «Интегративное управление знаниями для расширения фармацевтических исследований и разработок». Nature Reviews Открытие лекарств . 13 (4): 239–40. дои : 10.1038/nrd4290 . ПМИД   24687050 . S2CID   20972353 .
  52. ^ Келлис, М .; Уолд, Б.; Снайдер, член парламента; Бернштейн, Бельгия; Кундае, А.; Маринов, Г.К.; Уорд, LD; Бирни, Э.; Кроуфорд, GE; Деккер, Дж.; Данэм, И.; Ельницкий, LL; Фарнхэм, ПиДжей; Фейнгольд, Э.А.; Герштейн, М.; Гиддингс, MC; Гилберт, DM; Гингерас, ТР; Грин, Эд; Гиго, Р.; Хаббард, Т.; Кент, Дж.; Либ, доктор медицинских наук; Майерс, Р.М.; Пазин, МЮ; Рен, Б.; Стаматояннопулос, Дж.; Венг, З.; Уайт, КП; Хардисон, Р.К. (2014). «Ответ Брюне и Дулитлу: как отдельные эффекты, так и элементы причинно-следственной роли могут влиять на биологию человека и болезни» . Труды Национальной академии наук . 111 (33): Е3366. Бибкод : 2014PNAS..111E3366K . дои : 10.1073/pnas.1410434111 . ISSN   0027-8424 . ПМК   4143047 . ПМИД   25275169 .
  53. ^ Бирни, Юэн (2012). «Создание ENCODE: уроки для проектов по работе с большими данными» . Природа . 489 (7414): 49–51. Бибкод : 2012Natur.489...49B . дои : 10.1038/489049а . ПМИД   22955613 . S2CID   32178490 .
  54. ^ Данэм, И.; Бернштейн, А.; Бирни, Сан-Франциско; Данэм, Пи Джей; Грин, Калифорния; Гюнтер, Ф.; Снайдер, CB; Фритце, С.; Харроу, Дж.; Каул, Р.; Хатун Дж.; Ладжуа, БР; Ландт, С.Г.; Ли, БК; Паули, Ф.; Розенблум, КР; Сабо, П.; Сафи, А.; Саньял, А.; Шореш, Н.; Саймон, Дж. М.; Песня, Л.; Тринклейн, Северная Дакота; Альтшулер, РЦ; Бирни, Э.; Браун, Дж. Б.; Ченг, К.; Джебали, С.; Донг, X.; и др. (2012). «Комплексная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека» . Природа . 489 (7414): 57–74. Бибкод : 2012Natur.489...57T . дои : 10.1038/nature11247 . ПМЦ   3439153 . ПМИД   22955616 .
  55. ^ Консорциум проекта ENCODE (2011). Беккер П.Б. (ред.). «Руководство пользователя по Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE)» . ПЛОС Биология . 9 (4): e1001046. дои : 10.1371/journal.pbio.1001046 . ПМК   3079585 . ПМИД   21526222 . Значок открытого доступа
  56. ^ Юэн Бирни на DBLP библиографическом сервере Отредактируйте это в Викиданных
  57. ^ Бирни, Э .; Томпсон, Дж.; Гибсон, Т. (1996). «PairWise и SearchWise: поиск оптимального выравнивания при одновременном сравнении профиля белка со всеми рамками трансляции ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (14): 2730–2739. дои : 10.1093/нар/24.14.2730 . ПМЦ   145991 . ПМИД   8759004 .
  58. ^ Бирни, Э .; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте по аннотациям дрозофилы» . Геномные исследования . 10 (4): 547–548. дои : 10.1101/гр.10.4.547 . ПМК   310858 . ПМИД   10779496 .
  59. ^ Бирни, Э .; Клэмп, М.; Дурбин, Р. (2004). «GeneWise и Genomewise» . Геномные исследования . 14 (5): 988–995. дои : 10.1101/гр.1865504 . ПМК   479130 . ПМИД   15123596 .
  60. ^ Слейтер, Г.; Бирни, Э. (2005). «Автоматическое создание эвристик для сравнения биологических последовательностей» . БМК Биоинформатика . 6:31 . дои : 10.1186/1471-2105-6-31 . ПМК   553969 . ПМИД   15713233 .
  61. ^ Патен, Б.; Эрреро, Дж.; Бил, К.; Фицджеральд, С.; Бирни, Э. (2008). «Энредо и пекан: множественное выравнивание на основе согласованности всего генома млекопитающих с паралогами» . Геномные исследования . 18 (11): 1814–1828. дои : 10.1101/гр.076554.108 . ПМЦ   2577869 . ПМИД   18849524 . Значок открытого доступа
  62. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Патен, Бенедикт Джон (2006). Крупномасштабное множественное выравнивание и обнаружение связанных с транскрипцией паттернов в геномах позвоночных (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890155216 . EThOS   uk.bl.ethos.612811 .
  63. ^ Зербино, ДР; Бирни, Э. (2008). «Бархат: Алгоритмы сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брёйна» . Геномные исследования . 18 (5): 821–829. дои : 10.1101/гр.074492.107 . ISSN   1088-9051 . ПМК   2336801 . ПМИД   18349386 .
  64. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Фриц, Маркус (2011). Использование данных высокопроизводительного секвенирования ДНК для геномного анализа (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890152397 . EThOS   uk.bl.ethos.610819 . Архивировано из оригинала 30 августа 2018 года . Проверено 30 августа 2018 г.
  65. ^ Лейнонен, Р.; Ахтар Р.; Бирни, Э.; Бонфилд, Дж.; Бауэр, Л.; Корбетт, М.; Ченг, Ю.; Демиральп, Ф.; Фарук, Н.; Гудгейм, Н.; Гибсон, Р.; Хоад, Г.; Хантер, К.; Джанг, М.; Леонард, С.; Лин, К.; Лопес, Р.; Магуайр, М.; Маквильям, Х.; Плейстер, С.; Радхакришнан, Р.; Собхани, С.; Слейтер, Г.; Тен Хупен, П.; Валентин, Ф.; Воган, Р.; Залунин В.; Зербино, Д.; Кокрейн, Г. (2009). «Улучшение услуг Европейского архива нуклеотидов» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D39–D45. дои : 10.1093/nar/gkp998 . ПМЦ   2808951 . ПМИД   19906712 .
  66. ^ Бейтман, А .; Бирни, Э .; Черрути, Л.; Дурбин, Р. ; Этвиллер, Л.; Эдди, С .; Гриффитс-Джонс, С.; Хау, К.; Маршалл, М.; Зоннхаммер, Эль (2002). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 276–280. дои : 10.1093/нар/30.1.276 . ПМК   99071 . ПМИД   11752314 .
  67. ^ Апвейлер, Р .; Эттвуд, Теннесси ; Байрох, А. ; Бейтман, А .; Бирни, Э .; Бисвас, М.; Бучер, П.; Черутти, Л.; Корпет, Ф.; Кронинг, доктор медицины; Дурбин, Р.; Фальке, Л.; Флейшманн, В.; Гузи, Дж.; Хермякоб, Х.; Хуло, Н.; Йонассен, И.; Кан, Д.; Канапин А.; Каравидопулу, Ю.; Лопес, Р.; Маркс, Б.; Малдер, Нью-Джерси; Оинн, ТМ; Паньи, М.; Слуга, Ф.; Сигрист, CJ; Здобнов, Э.М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации по семействам белков, доменам и функциональным сайтам» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 37–40. дои : 10.1093/нар/29.1.37 . ПМК   29841 . ПМИД   11125043 .
  68. ^ Стаич, Дж. Э.; Блок, Д.; Булез, К.; Бреннер, С .; Червиц, С.; Дагдигян, К.; Фюллен, Г.; Гилберт, Дж.; Корф, И.; Лапп, Х.; Лехваслайхо, Х.; Матсалла, К.; Мунгалл, CJ; Осборн, Б.И.; Покок, MR; Шаттнер, П.; Сенгер, М.; Штейн, Л.Д. ; Ступка, Е.; Уилкинсон, доктор медицины; Бирни, Э. (2002). «Набор инструментов BioPerl: модули Perl для наук о жизни» . Геномные исследования . 12 (10): 1611–1618. дои : 10.1101/гр.361602 . ПМК   187536 . ПМИД   12368254 .
  69. ^ Анон (2013). «Юэн Бирни — BioPerl» . bioperl.org . Архивировано из оригинала 12 декабря 2012 года.
  70. ^ Бейтман, А.; Бирни, Э .; Дурбин, Р. ; Эдди, С .; Финн, Р.; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профиль HMM соответствуют большинству белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 260–262. дои : 10.1093/нар/27.1.260 . ПМК   148151 . ПМИД   9847196 .
  71. ^ Фличек, П.; Ахмед, И.; Амоде, MR; Баррелл, Д.; Бил, К.; Брент, С.; Карвалью-Сильва, Д.; Клэпхэм, П.; Коутс, Г.; Фэрли, С.; Фицджеральд, С.; Гил, Л.; Гарсия-Жирон, К.; Гордон, Л.; Урлиер, Т.; Хант, С.; Ютманн, Т.; Кахари, АК; Кинан, С.; Коморовская, М.; Кулеша, Е.; Лонгден, И.; Морел, Т.; Макларен, ВМ; Муффато, М.; Наг, Р.; Овердуин, Б.; Пиньятелли, М.; Причард, Б.; Причард, Э. (2012). «Ансамбль 2013» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д48–Д55. дои : 10.1093/nar/gks1236 . ПМЦ   3531136 . ПМИД   23203987 .
  72. ^ Бирни, Юэн (10 апреля 2018 г.). «Лучший подарок руководителю…» twitter.com . Архивировано из оригинала 10 апреля 2018 года . Проверено 30 августа 2018 г.
  73. ^ Мейер, Ханна Верена (2018). Генетическая ассоциация многомерных признаков . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. дои : 10.17863/CAM.26456 . OCLC   1064682860 . EThOS   uk.bl.ethos.753477 .
  74. ^ Тейлор, Деннис Леланд (2018). Генетический анализ молекулярных особенностей скелетных мышц . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. дои : 10.17863/CAM.21243 . EThOS   uk.bl.ethos.744632 . Значок бесплатного доступа
  75. ^ О'Рейли, Пол Ф. (2009). Обнаружение недавнего положительного отбора у людей в полногеномном масштабе . jisc.ac.uk (докторская диссертация). Имперский колледж Лондона. OCLC   757093727 . EThOS   uk.bl.ethos.511880 . Архивировано из оригинала 30 августа 2018 года.
  76. ^ Этвиллер, Лоуренс Мишель (2004). Вычислительные исследования цис-регуляции у эукариот (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890156758 . EThOS   uk.bl.ethos.613876 .
  77. ^ Хоффман, Майкл Милнер (2008). Количественная оценка эволюции и естественного отбора в некодирующей последовательности позвоночных . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. дои : 10.17863/CAM.13940 . OCLC   885435476 . EThOS   uk.bl.ethos.604139 . Значок открытого доступа
  78. ^ Мейнерт, Элисон Мария (2009). Функция и эволюция регуляторных элементов у позвоночных (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890148982 . EThOS   uk.bl.ethos.608495 .
  79. ^ Руклиса, Даце (2015). Крупномасштабные исследования геномных ассоциаций у плодовой мухи и человека (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890151540 . EThOS   uk.bl.ethos.610178 .
  80. ^ Тиммер, Сандер Виллем (2015). Понимание эпигенома с помощью системной генетики . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. дои : 10.17863/CAM.15988 . OCLC   903609296 . EThOS   uk.bl.ethos.637101 . Значок открытого доступа
  81. ^ Зербино, Дэниел Роберт (2009). Сборка и сравнение генома с использованием графов де Брёйна (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   890153795 . EThOS   uk.bl.ethos.611752 . Архивировано из оригинала 30 августа 2018 года.
  82. ^ «Международная программа PhD EMBL - выполненные диссертации | Обучение EBI» . Архивировано из оригинала 22 февраля 2013 года.
  83. ^ «Докторские диссертации EMBL-EBI» . ebi.ac.uk. ​Европейский институт биоинформатики.
  84. ^ «Гранты правительства Великобритании на исследования, предоставленные Юэну Бирни» . Суиндон: Исследовательские советы Великобритании . Архивировано из оригинала 4 июня 2015 года.
  85. ^ «Google Tech Talk 12 июля 2012 г.: Генетика и геномика человека: наука 21 века, Юэн Бирни» на YouTube
  86. ^ Куксон, Клайв (17 февраля 2012 г.). «Oxford Nanopore представляет мини-считыватель ДНК» . Файнэншл Таймс . Лондон. Архивировано из оригинала 11 декабря 2022 года . Проверено 20 октября 2014 г.
  87. ^ «Новый научно-консультативный совет TGAC: многопрофильный набор ключевых экспертов» . tgac.ac.uk. ​Центр геномного анализа, Норидж. Архивировано из оригинала 23 декабря 2015 года.
  88. ^ «Европейская лаборатория молекулярной биологии Юэна Бирни – Большие данные 2014 – MediaSpace – Стэнфордская медицина» . mediaspace.stanford.edu .
  89. ^ Уолдегрейв, Уильям (2022). «Руководящий орган Итона» . etoncollege.com . Архивировано из оригинала 16 июля 2023 года.
  90. ^ Анон (2024). «Юэн Бирни: заместитель генерального директора EMBL и содиректор EMBL» . ebi.ac.uk. ​Архивировано из оригинала 12 февраля 2024 года.
  91. ^ «Молодые новаторы до 35 лет, 2002 г.: Юэн Бирни, 29 лет» . Обзор технологий . 2002. Архивировано из оригинала 29 марта 2011 года . Проверено 22 июня 2011 г.
  92. ^ «Пресс-релиз: Юэн Бирни выигрывает премию Бенджамина Франклина 2005 года в области биоинформатики» . биоинформатика.org .
  93. ^ «В знак признания выдающихся заслуг перед наукой доктору Юэну Бирни присвоена почетная степень доктора наук» . brunel.ac.uk . Университет Брюнеля в Лондоне . Архивировано из оригинала 21 апреля 2015 года.
  94. ^ «Тартуский университет присвоил профессору Юэну Бирни звание почетного доктора биоинформатики за его выдающуюся исследовательскую работу, международное сотрудничество и роль защитника открытой науки» . www.ut.ee. ​ Тартуский университет .
  95. ^ «Кембридж в списке новогодних наград 2019 года» . cam.ac.uk. ​Кембриджский университет. 28 декабря 2018 г.

В эту статью включен текст , доступный по лицензии CC BY 4.0 .

Академические офисы
Предшественник Директор Европейского института биоинформатики
2015 – настоящее время 		Действующий президент
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ewan_Birney&oldid=1232192593"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 454339442974290ed3e239b75ec82451__1719914100
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/45/51/454339442974290ed3e239b75ec82451.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Ewan Birney - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)