Сорен Брунак
Сорен Брунак | |
|---|---|
 Сорен Брунак выступает на конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» в 2016 году. | |
| Рожденный | 1958 (65–66 лет) [ 5 ] |
| Национальность | датский |
| Альма-матер | Копенгагенский университет Технический университет Дании |
| Известный | Разработка вычислительных инструментов для интеграции данных на молекулярном и фенотипическом уровнях. [ нужна ссылка ] |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Системная биология Медицинская информатика [ 4 ] |
| Учреждения | Копенгагенский технический университет Дании |
| Диссертация | Физика компьютера (1987) |
| Веб-сайт | www |
Сёрен Брунак (род. 1958) — датский учёный-биолог и физик, работающий в области биоинформатики , системной биологии и медицинской информатики . [ 4 ] Он является профессором системной биологии заболеваний в Копенгагенском университете и профессором биоинформатики в Техническом университете Дании. В качестве директора по исследованиям в Центре исследований белков Фонда Ново Нордиск при Медицинской школе Копенгагенского университета он возглавляет исследовательскую работу, в которой данные системной биологии на молекулярном уровне сочетаются с фенотипическими данными из сектора здравоохранения, такими как электронные записи пациентов, информация реестра. и анкеты биобанка. Основная цель состоит в том, чтобы понять основу сетевой биологии для упорядоченных по времени сопутствующих заболеваний и различить корреляции заболеваний, связанных с лечением, и других сопутствующих заболеваний в траекториях заболевания. Сёрен Брунак также занимает должность специалиста по медицинской информатике в Ригшоспиталете, столичном регионе Дании. [ нужна ссылка ]
Образование
[ редактировать ]Сёрен Брунак получил степень магистра наук по физике в 1987 году в Институте Нильса Бора при Копенгагенском университете. [ 6 ] и его доктор философии. Степень доктора вычислительной биологии в 1991 году на кафедре структурных свойств материалов Датского технического университета , [ нужна ссылка ] и в 2002 году доктор фил. ( Honoris causa ) факультета естественных наук Стокгольмского университета . [ нужна ссылка ]
Карьера
[ редактировать ]Сёрен Брунак был в 1993 году директором-основателем Центра анализа биологических последовательностей при Техническом университете Дании . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Крупный, ранний центр биоинформатики, существующий более 20 лет. В 2007 году Сёрен Брунак вместе с Маттиасом Манном был директором-основателем Центра исследований белка Фонда Ново Нордиск на факультете здравоохранения и медицинских наук Копенгагенского университета, ведущего центра по изучению человеческих белков, имеющих терапевтическую ценность. .
Он участвовал в работе научных консультативных комитетов нескольких научных организаций, таких как Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL, Гейдельберг), Ensembl Европейского института биоинформатики и Wellcome Trust Sanger Institute (председатель), [ нужна ссылка ] Консультативный комитет по биоинформатике при Европейском институте биоинформатики (председатель), Институте Пастера , Институте молекулярной генетики Макса Планка (Берлин), Лаборатории науки для жизни (Стокгольм) и Швейцарском институте биоинформатики.
Исследовать
[ редактировать ]Основные исследования Брунака находятся в области биоинформатики , системной биологии и медицинской информатики . В частности, прогнозирование на основе машинного обучения и общая область интегративной системной биологии, где гетерогенные данные молекулярного уровня сочетаются с фенотипическими данными из сектора здравоохранения. Общая цель — понять механизмы заболевания на уровне биологии белковых сетей. Дополнительной областью внимания являются вариации протеома человека и точная медицина, где исследуются профили побочных реакций на лекарства у конкретного пациента и различие между корреляциями заболеваний, связанных с лечением, и другими сопутствующими заболеваниями. Группа занимается исследованиями, не основанными на гипотезах, в которых огромные объемы данных, полученные из самых разных экспериментальных технологий, объединяются и анализируются с целью сделать открытия, которые вытекают из этих данных, а не являются результатом конкретных экспериментов, предназначенных для подтверждения или опровержения данных. гипотезы. Группа Брунака также на протяжении многих лет занимала высокие позиции в машинное обучение и разработал множество широко используемых методов прогнозирования, включая SignalP, TargetP, NetGene, NetPhos, NetOглик, NetNES, distanceP и многие другие. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] По состоянию на 2017 год [update], по данным Google Scholar , [ 4 ] его наиболее цитируемые рецензируемые публикации были опубликованы в Журнале молекулярной биологии . [ 11 ] [ 14 ] Белковая инженерия , [ 10 ] и природа [ 15 ] и природные методы . [ 16 ]
Избранные книжные издания
[ редактировать ]- Нейронные сети — компьютеры с интуицией [ 17 ]
- Биоинформатика: подход машинного обучения [ 18 ]
- Иммунологическая биоинформатика [ 19 ]
Награды и почести
[ редактировать ]Брунак был членом Датской академии естественных наук с 1997 года, членом Совета директоров Международного общества вычислительной биологии (ISCB) с 2001 по 2004 год, Датской академии технических наук с 2002 года, Датской королевской Общества наук и литературы с 2004 года и Шведской королевской академии наук с 2016 года. Он является членом Международного общества вычислительной биологии. (2009 г.) и член Европейской организации молекулярной биологии в 2009 г. [ 1 ] Брунак получил премию старшего научного сотрудника ISCB [ 2 ] из Международного общества вычислительной биологии в 2016 году и избран членом ISCB в 2011 году. [ 3 ] В 2013 году он был награжден золотой медалью Юлиуса Томсена. [ 20 ] и Реж. Премия Иба Хенриксена за выдающиеся научные достижения в 2002 году. [ 21 ] Он был удостоен премии Виллума Канна Расмуссена за исследования в области естественных и технических наук (2006 г.). [ 22 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Анон (2009). «Сорен Брунак» . People.embo.org . Европейская организация молекулярной биологии . Проверено 28 марта 2017 г.
- ^ Jump up to: а б Фогг, Кристиана Н.; Ковац, Дайан К. (2016). «Сообщение ISCB: Достижение ISCB в 2016 году в виде награды старшего ученого, врученной Сёрену Брунаку». Биоинформатика . 32 (11): 1758–1759. doi : 10.1093/биоинформатика/btw291 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 27246924 . (требуется подписка)
- ^ Jump up to: а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с Публикации Сёрена Брунака , проиндексированные Google Scholar
- ^ «Брунак, Сёрен» . Виаф.орг . Проверено 28 марта 2017 г.
- ^ Брунак, Сорен (1987). Компьютерная физика (магистерская диссертация). Копенгаген: Институт Нильса Бора. OCLC 476113238 .
- ^ «Сотрудники – ДТУ Биоинформатика» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 марта 2017 г.
- ^ «Сорен Брунак» . www.mva.org . Архивировано из оригинала 21 ноября 2007 г.
- ^ Публикации Сёрена Брунака , индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Jump up to: а б Нильсен, Х.; Энгельбрехт, Дж.; Брунак, С.; Фон Хейне, Г. (1997). «Идентификация прокариотических и эукариотических сигнальных пептидов и предсказание мест их расщепления» . Инженерный дизайн и отбор белков . 10 : 1–6. дои : 10.1093/белок/10.1.1 . ПМИД 9051728 .
- ^ Jump up to: а б Дырлов Бендцен, Ю.; Нильсен, Х.; Фон Хейне, Г .; Брунак, С. (2004). «Улучшенное предсказание сигнальных пептидов: SignalP 3.0». Журнал молекулярной биологии . 340 (4): 783–795. CiteSeerX 10.1.1.165.2784 . дои : 10.1016/j.jmb.2004.05.028 . ПМИД 15223320 .
- ^ Брунак, С.; Энгельбрехт, Дж.; Кнудсен, С. (1990). «Нейронная сеть обнаруживает ошибки в назначении сайтов сплайсинга мРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (16): 4797–4801. дои : 10.1093/нар/18.16.4797 . ПМК 331948 . ПМИД 2395643 .
- ^ Брунак, С.; Энгельбрехт, Дж.; Кнудсен, С. (1990). «Очистка генных баз данных» . Природа . 343 (6254): 123. Бибкод : 1990Natur.343..123B . дои : 10.1038/343123a0 . ПМИД 2296305 . S2CID 4353367 .
- ^ Эмануэльссон, Олоф; Нильсен, Генри; Брунак, Юг; фон Хейне, Гуннар (2000). «Прогнозирование субклеточной локализации белков на основе их N-концевой аминокислотной последовательности». Журнал молекулярной биологии . 300 (4): 1005–1016. дои : 10.1006/jmbi.2000.3903 . ISSN 0022-2836 . ПМИД 10891285 .
- ^ Цинь, Цзюньцзе; Ли, Жуйцян; Раес, Йерун; Арумугам, Маниможиян; Бургдорф, Кристоффер Солвстен; Маничан, Чайсаван; Нильсен, Трина; Понс, Николас; Левенес, Флоренция; Ямада, Такудзи; Менде, Дэниел Р.; Ли, Цзюньхуа; Сюй, Цзюньмин; Ли, Шаочуань; Ли, Дунфан; Цао, Цзяньцзюнь; Ван, Бо; Лян, Хуэйцин; Чжэн, Хуэйсун; Се, Иньлун; Тэп, Жюльен; Лепаж, Патрисия; Берталан, Марсело; Батто, Жан-Мишель; Хансен, Торбен; Ле Паслье, Дени; Линнеберг, Аллан; Нильсен, Х. Бьёрн; Пеллетье, Эрик; Рено, Пьер; Зихеритц-Понтен, Томас; Тернер, Кейт; Чжу, Хунмэй; Ю, Чанг; Ли, Шэнтин; Цзянь, Мин; Чжоу, Ян; Ли, Инжуй; Чжан, Сюцин; Ли, Сунган; Цинь, Нан; Ян, Хуанмин; Ван, Цзянь; Брунак, Сорен; Доре, Джоэл; Гуарнер, Франциско; Кристиансен, Карстен; Педерсен, Олуф; Паркхилл, Джулиан; Вайсенбах, Жан; Антолин, Мария; Артигенав, Франсуа; Блоттьер, Эрве; Боррюэль, Наталья; Брюльс, Томас; Казельяс, Франческ; Шерво, Кристиан; Калтроне, Антонелла; Делорм, Кристина; Денариаз, Жерар; Дервин, Розенн; Стронг, Мигель; Фрисс, Карстен; ван де Гухте, Мартен; Гедон, Эрик; Хаймет, Флоренция; Жаме, Александр; Жюст, Кэтрин; Качи, Галия; Клееребезем, Михель; Кнол, Ян; Кристенсен, Мишель; Лайек, Северин; Ле Ру, Карин; Леклерк, Марион; Маген, Эммануэль; Мело Минарди, Ракель; Узир, Раиш; Рескиньо, Мария; Санчес, Николас; Тимс, Себастьян; Торрехон, Тони; Варела, Энкарна; деВос, Виллем; Виноградский, Йоханан; Зутендаль, Эрвин; Борк, Пер; Эрлих, С. Душко; Ван, июнь (2010). «Каталог генов микробов кишечника человека, созданный с помощью метагеномного секвенирования» . Природа . 464 (7285): 59–65. Бибкод : 2010Natur.464...59. . дои : 10.1038/nature08821 . ISSN 0028-0836 . ПМЦ 3779803 . ПМИД 20203603 . (требуется подписка)
- ^ Петерсен, Томас Нордаль; Брунак, Сорен; фон Хейне, Гуннар; Нильсен, Хенрик (2011). «SignalP 4.0: распознавание сигнальных пептидов из трансмембранных областей» . Природные методы . 8 (10): 785–786. дои : 10.1038/nmeth.1701 . ISSN 1548-7091 . ПМИД 21959131 . S2CID 16509924 .
- ^ Брунак С., Лаутруп Б. (1990). Нейронные сети — компьютеры с интуицией . Мировое научное издательство. ISBN 978-9971-5-0939-2 . (также опубликовано на датском и немецком языках)
- ^ Балди П., Брунак С. (2001). Биоинформатика: подход машинного обучения (2-е изд.). МТИ Пресс. [ ISBN отсутствует ]
- ^ Лунд О., Нильсен М., Лундегаард С., Кесмир С., Брунак С. (2005). Иммунологическая биоинформатика . МТИ Пресс. [ ISBN отсутствует ]
- ^ «День памяти 2013 – ДТУ» .
- ^ «Награды исследователям» .
- ^ «Предыдущие лауреаты ежегодной премии» . 22 марта 2017 г.
