Тэнди Варноу
Тэнди Варноу | |
|---|---|
 Тэнди Уорноу выступает на конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии » (ISMB) в 2018 году. | |
| Рожденный | Тэнди Джо Варноу |
| Альма-матер | Калифорнийский университет в Беркли (бакалавр, доктор философии) |
| Супруг | Джордж Чако |
| Дети | 2 |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Информатика Вычислительная биология Филогенетика Метагеномика Множественное выравнивание последовательностей [1] |
| Учреждения | Университет Иллинойса в Урбане-Шампейне Пенсильванский университет Техасский университет |
| Диссертация | Комбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев (1991) |
| Докторантура | Юджин Лоулер [2] |
| Другие научные консультанты | Майкл Уотерман Саймон Таваре [ нужна ссылка ] |
| Докторанты | Луай Нахле [3] |
| Веб-сайт | Тэнди |
Тэнди Уорноу — американский учёный-компьютерщик, заслуженный профессор кафедры инженерных наук Грейнджера в Университете Иллинойса в Урбане-Шампейне . [4] [5] Она известна своими работами по реконструкции эволюционных деревьев как в биологии, так и в исторической лингвистике , а также методами множественного выравнивания последовательностей. [6]
Биография
[ редактировать ]Уорноу училась в бакалавриате и аспирантуре по математике в Калифорнийском университете в Беркли , получив в 1984 году степень бакалавра и доктора философии. [2] в 1991 году под руководством Юджина Лоулера . Другими членами ее диссертационного комитета были Ричард Карп , Мануэль Блюм , Дэн Гасфилд и Дэвид Гейл . [2]
Исследования и карьера
[ редактировать ]После постдокторских исследований в Университете Южной Калифорнии с 1991 по 1992 год (постдокторские руководители Майкл Уотерман и Саймон Таваре ) и в Национальных лабораториях Сандия в Альбукерке с 1992 по 1993 год она заняла должность преподавателя в Пенсильванском университете , где оставалась до переезда. в 1999 году в Техасский университет. В 2014 году Варнов присоединилась к профессорско-преподавательскому составу Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне (UIUC), где она является почетным заведующим кафедрой инженерных наук Грейнджера и заместителем заведующего кафедрой компьютерных наук. Варнов имеет любезные назначения на кафедрах биологии животных, биоинженерии, электротехники и вычислительной техники, энтомологии, математики, биологии растений и статистики. [5] [7]
В 1995 году исследования Варноу, Дональда Ринге и Энн Тейлор из Пенсильванского университета, основанные на точных филогенетических вычислениях, предоставили комплексную теорию времени возникновения ранних подразделений индоевропейских языков . Их расчеты подтвердили индо-хеттскую гипотезу , согласно которой первым из этих подразделений, отделившихся от остальных индоевропейских языков, были анатолийские языки . Их результаты также подтверждают греко-армянскую гипотезу, согласно которой армянский язык и греческий язык образуют подсемейство индоевропейских. Они вписали германские языки в эволюционное древо индоевропейских языков, ранее считавшееся проблематичным, предполагая, что протогерманский язык был тесно связан с балто-славянскими языками, но затем был изменен в результате миграции на запад германских племен, которые их привели. в контакте с носителями италийского и кельтского языков. [8] Этот идеальный подход к филогении позже был расширен Варновом и его коллегами, чтобы обеспечить возможность необнаруженных заимствований между языками, так что эволюция языка моделируется с помощью сети, а не дерева. [9]
В 2009 году Варнов и ее коллеги выпустили свое программное обеспечение SATé для совместной оценки выравнивания множественных биологических последовательностей и эволюционных деревьев. [10] Их программное обеспечение менее прочно основано на твердых математических принципах, чем некоторые предыдущие методы совместной оценки (например, BAli-Phy [11] ), но работает значительно быстрее, позволяя быстро строить высокоточные деревья и трассы для тысяч видов. Для сравнения, медленная работа предыдущих методов ограничивала их сравнением только десятков видов одновременно. [12] [13]
Ее работа с 2014 года была сосредоточена на трех темах: масштабирование множественных выравниваний последовательностей для сверхбольших наборов данных, оценка дерева видов с использованием нескольких генов (и решение проблемы гетерогенности дерева генов из-за неполной сортировки линий ) и метагеномика. Ее основной вклад в эти темы включает метод PASTA для совместной оценки выравниваний и деревьев, который улучшает SATé и может производить высокоточные выравнивания до 1 000 000 последовательностей. [14] Она также разработала метод ASTRAL для оценки дерева видов, который является статистически последовательным методом построения деревьев видов при наличии неполной сортировки линий. [15]
Награды и почести
[ редактировать ]Уорноу был назван почетным профессором инженерных наук Грейнджера в 2020 году и профессором-основателем технических наук в 2014 году (оба в UIUC), а в 2010 году он был удостоен звания профессора компьютерных наук Дэвида Брутона-младшего в Техасском университете в Остине . [5] Уорноу также получил стипендию Фонда Джона Саймона Гуггенхайма в 2011 году, стипендию Института Рэдклиффа в 2003 году, стипендию Фонда Дэвида и Люсиль Паккард в 1996 году и премию молодого исследователя NSF в 1994 году. [5] В 2015 году она была названа членом Ассоциации вычислительной техники (ACM) «За вклад в математическую теорию, алгоритмы и программное обеспечение для крупномасштабной молекулярной филогенетики и исторической лингвистики». [16] В 2017 году она была избрана членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [17] Она была включена в класс стипендиатов Американской ассоциации содействия развитию науки 2021 года . [18]
Личная жизнь
[ редактировать ]Матерью Уорноу была известный архивариус Джоан Уорноу-Блюетт , а отцом — Мортон Уорноу, сын лидера группы Марка Уорноу и племянник композитора Рэймонда Скотта . [19] Ее сестра-близнец — Киммен Шоландер , исследователь биоинформатики и почетный преподаватель Калифорнийского университета. Она замужем за Джорджем Чако, доцентом-исследователем компьютерных наук Грейнджерского инженерного колледжа UIUC . [20] и у них двое детей, дочери Кристин и Менака. [19]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Публикации Тэнди Варноу, индексируемые Google Scholar.
- ^ Jump up to: а б с Варнау, Тэнди Джо (1991). Комбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев (кандидатская диссертация). Калифорнийский университет, Беркли. OCLC 25765772 . ПроКвест 303937362 .
- ^ Нахле, Луай (2004). Филогенетические сети (кандидатская диссертация). Техасский университет в Остине. HDL : 2152/2126 .
- ^ Тэнди Варноу Официальный сайт
- ^ Jump up to: а б с д «Биографическая справка Тэнди Варноу» (PDF) . , получено 10 сентября 2020 г.
- ^ Варноу, Тэнди (2017), Вычислительная филогенетика: введение в разработку методов оценки филогении , Cambridge University Press, ISBN 9781107184718
- ^ Тэнди Джо Варноу в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ Джонсон, Джордж (2 января 1996 г.), «Новое генеалогическое древо построено для индоевропейцев» , New York Times .
- ^ Нахле, Луай; Ринге, Дональд А.; Варнау, Тэнди (2005). «Совершенные филогенетические сети: новая методология реконструкции эволюционной истории естественных языков». Язык . 81 (2): 382–420. CiteSeerX 10.1.1.65.1791 . дои : 10.1353/lan.2005.0078 . S2CID 162958 .
- ^ Лю, К.; Рагхаван, С.; Нелесен, С.; Линдер, ЧР; Варнов, Т. (18 июня 2009 г.). «Быстрая и точная крупномасштабная оценка выравниваний последовательностей и филогенетических деревьев». Наука . 324 (5934): 1561–1564. Бибкод : 2009Sci...324.1561L . дои : 10.1126/science.1171243 . ПМИД 19541996 . S2CID 8667974 .
- ^ Сушард, Марк; Ределингс, Бен (2006). «BAli-Phy: одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогении» . Биоинформатика . 22 (16): 2047–2048. doi : 10.1093/биоинформатика/btl175 . ПМИД 16679334 .
- ^ «Метод вычисления эволюционных деревьев может произвести революцию в эволюционной биологии» , ScienceDaily , 18 июня 2009 г.
- ^ Клок, Джо (1 июля 2009 г.), «Как построить лучшее древо жизни: нетрадиционный подход к анализу молекулярных последовательностей позволяет исследователям создавать более крупные эволюционные деревья» , Seed , заархивировано из оригинала 4 июля 2009 г.
- ^ Мирараб, С.; Нгуен, Н.; Го, С.; Ван, Л.-С.; Ким, Дж.; Варнов, Т. (2014). «ПАСТА: сверхбольшое множественное выравнивание последовательностей нуклеотидных и аминокислотных последовательностей» . Журнал вычислительной биологии . 22 (5): 377–386. дои : 10.1089/cmb.2014.0156 . ПМЦ 4424971 . ПМИД 25549288 .
- ^ Мирараб, С.; Варнов, Т. (2015). «ASTRAL-II: оценка дерева видов на основе объединения со многими сотнями таксонов и тысячами генов» . Биоинформатика . 31 (12): и44–и52. doi : 10.1093/биоинформатика/btv234 . ПМЦ 4765870 . ПМИД 26072508 .
- ^ «Стипендиаты ACM названы за инновации в области вычислений, способствующие развитию технологий в эпоху цифровых технологий» . АКМ. 8 декабря 2015 г. Архивировано из оригинала 9 декабря 2015 г. Проверено 9 декабря 2015 г.
- ^ «13 февраля 2017 г.: Международное общество вычислительной биологии назвало семь членов классом стипендиатов ISCB 2017 г.» . www.iscb.org . Проверено 13 февраля 2017 г.
- ^ «Стипендиаты 2021 года» . Американская ассоциация содействия развитию науки . Проверено 28 января 2022 г.
- ^ Jump up to: а б "Семья" . Университет Иллинойса в Урбане-Шампейне . Архивировано из оригинала 25 июля 2021 г. Проверено 17 апреля 2023 г.
- ^ «Джордж Чако» . Университет Иллинойса в Урбане-Шампейне . Архивировано из оригинала 28 января 2023 г. Проверено 17 апреля 2023 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Живые люди
- Американские биоинформатики
- Американские женщины-компьютерщики
- Американские ученые-компьютерщики
- Эволюционные биологи
- Женщины-биологи-эволюционисты
- Исторические лингвисты
- Выпускники Колледжа литературы и науки Калифорнийского университета в Беркли
- Преподаватель Пенсильванского университета
- Техасский университет на факультете Остина
- Члены Ассоциации вычислительной техники 2015 г.
- Члены Международного общества вычислительной биологии
- Члены Американской ассоциации содействия развитию науки
- Американские женщины-ученые
- Американские женщины 21 века