Гэри Стормо
Гэри Стормо | |
|---|---|
 Гэри Стормо выступает на ISMB/ECCB 2013. | |
| Рожденный | Гэри Дин Стормо 1950 (73–74 года) Южная Дакота, США [1] |
| Альма-матер | Калифорнийский технологический институт Университет Колорадо в Боулдере |
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Генетика Молекулярная биология |
| Учреждения | Университет Колорадо в Боулдере Вашингтонский университет в Сент-Луисе |
| Диссертация | Компьютерная характеристика сайтов инициации трансляции в E. coli (1981) |
Гэри Стормо (1950 г.р.) — американский генетик и в настоящее время профессор Джозефа Эрлангера на кафедре генетики и Центре геномных наук и системной биологии Медицинской школы Вашингтонского университета в Сент-Луисе . [2] Его считают одним из пионеров биоинформатики и геномики . [3] [4] [5] Его исследования сочетают экспериментальные и вычислительные подходы с целью идентификации и прогнозирования регуляторных последовательностей в ДНК и РНК , а также их вклада в регуляторные сети, контролирующие экспрессию генов . [2]
Образование
[ редактировать ]Первоначально Стормо специализировался на физике в Калифорнийском технологическом институте , но на первом курсе переключился на биологию. [1] Он получил докторскую степень по молекулярной биологии в 1981 году в Университете Колорадо в Боулдере . [2]
Исследовать
[ редактировать ]После получения докторской степени Стормо остался в Университете Колорадо в качестве преподавателя на кафедре молекулярной, клеточной биологии и биологии развития, став профессором, а затем перешел в Вашингтонский университет в Сент-Луисе в 1999 году. [2] [3]
Исследование Стормо сочетает в себе экспериментальные и вычислительные подходы для понимания регуляции экспрессии генов. Его экспериментальная работа сосредоточена на взаимодействиях белок-ДНК и их роли в регуляции генов. Его вычислительная работа включает анализ этих взаимодействий и разработку алгоритмов распознавания образов для обнаружения регуляторных участков в ДНК и РНК.
В 1982 году Стормо и его коллеги представили матрицу весов позиций (PWM), которая сейчас широко используется для представления мотивов (паттернов) в биологических последовательностях. [6] Консенсусные последовательности ранее использовались для представления закономерностей в биологических последовательностях, но имели трудности с предсказанием новых случаев появления этих закономерностей. [7] Первое использование ШИМ было связано с открытием сайтов РНК , которые функционируют как сайты инициации трансляции . Преимущества ШИМ перед консенсусными последовательностями сделали ШИМ популярным методом представления закономерностей в биологических последовательностях и важным компонентом современных алгоритмов обнаружения мотивов . [8] [9]
Опубликовал более 150 научных работ. [3]
Роли и награды
[ редактировать ]Стормо входил в совет директоров Международного общества вычислительной биологии (ISCB) с 2000 по 2004 год, а в 2010 году был удостоен звания члена ISCB. [10] [11] В 2001 году он был избран членом Американской ассоциации медицинской информатики . [12]
Стормо был исполнительным редактором журнала «Биоинформатика» с 1994 по 1999 год. [12] В 2014 году он был назначен одним из первых почётных редакторов журнала «Биоинформатика» . [13] Стормо также работал заместителем главного редактора журнала PLOS Computational Biology . [14] В настоящее время он является соредактором журнала Current Protocols in Bioinformatics . [15]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Джонс, Нил С.; Певзнер, Павел А. (2004). Введение в алгоритмы биоинформатики . Кембридж, Массачусетс: MIT Press. п. 116 . ISBN 978-0-262-10106-6 .
- ^ Перейти обратно: а б с д «Гэри Стормо» . ISMB/ECCB 2013 . ИСКБ . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Вычислительные и экспериментальные подходы к моделированию регуляции генов @ uncCharlotte» . Университет Северной Каролины в Шарлотте, факультет биоинформатики и геномики . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ «Гэри Стормо, член Научно-консультативного совета по системной биологии, Gene Network Sciences Inc» . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ «LGRC - Консорциум исследований геномики легких - Мик Коррелл» . www.lung-genomics.org . Архивировано из оригинала 5 апреля 2015 года . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ Стормо, Гэри Д.; Шнайдер, Томас Д.; Золото, Ларри; Эренфойхт, Анджей (1982). «Использование алгоритма «Персептрон» для различения сайтов инициации трансляции в E. coli » . Исследования нуклеиновых кислот . 10 (9): 2997–3011. дои : 10.1093/нар/10.9.2997 . ПМК 320670 . ПМИД 7048259 .
- ^ Стормо, Джорджия (1 января 2000 г.). «Сайты связывания ДНК: представление и открытие». Биоинформатика . 16 (1): 16–23. дои : 10.1093/биоинформатика/16.1.16 . ПМИД 10812473 .
- ^ Синха, С. (27 июля 2006 г.). «При подсчете совпадений весовых матриц позиций в последовательности с применением к поиску различительных мотивов» . Биоинформатика . 22 (14): е454–е463. doi : 10.1093/биоинформатика/btl227 . ПМИД 16873507 .
- ^ Ся, Сюйхуа (2012). «Матрица весов позиций, сэмплер Гиббса и связанные с ними тесты значимости в характеристике и прогнозировании мотивов» . Научка . 2012 : 1–15. дои : 10.6064/2012/917540 . ПМЦ 3820676 . ПМИД 24278755 .
- ^ «Бывшие должностные лица и совет директоров» . www.iscb.org . ИСКБ . Проверено 17 января 2014 г.
- ^ «Стипендиаты ISCB» . www.iscb.org . ИСКБ. Архивировано из оригинала 28 марта 2015 года . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Гэри Д. Стормо, доктор философии, FACMI – AMIA» . www.amia.org . АМИА . Проверено 17 января 2014 г.
- ^ «15 лет «Биоинформатике» ». Биоинформатика . 30 (6): 747. 2014. doi : 10.1093/bioinformatics/btu076 . ПМИД 24642573 .
- ^ Сансом, Клэр; Моррисон Маккей, BJ; Борн, Филип Э. (18 июля 2008 г.). «ISCB чтит Дэвида Хаусслера и Авива Регева» . PLOS Вычислительная биология . 4 (7): e1000101. Бибкод : 2008PLSCB...4E0101S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000101 . ПМК 2536508 . ПМИД 18795145 .
- ^ Бейтман, Алекс; Пирсон, Уильям Р.; Штейн, Линкольн Д; Стормо, Гэри Д; Йейтс, Джон Р., ред. (2002). Современные протоколы в биоинформатике — Интернет-библиотека Wiley . Уайли. CiteSeerX 10.1.1.419.8061 . дои : 10.1002/0471250953 . ISBN 9780471250951 .
