Дэвид Т. Джонс (биохимик)
Дэвид Джонс | |
|---|---|
 Дэвид Джонс в 2006 году | |
| Рожденный | Дэвид Тюдор Джонс ноябрь 1966 г. (57 лет) [2] |
| Национальность | Британский |
| Альма-матер |
|
| Известный | Распознавание складки белка Прогнозирование структуры белка |
| Награды | Университетская исследовательская стипендия Королевского общества (1995–1999) |
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | Университетский колледж Лондона Биркбек, Лондонский университет |
| Диссертация | Структурные подходы к анализу последовательностей белков (1993) |
| Докторантура |
|
| Веб-сайт | http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/ |
Дэвид Тюдор Джонс, FRS (1966 г.р.) [2] — профессор биоинформатики и руководитель группы биоинформатики в Университетском колледже Лондона . [3] Он также является директором Центра биоинформатики Блумсбери, который является совместным исследовательским центром UCL и Биркбека, Лондонского университета и который также предоставляет услуги по обучению биоинформатике и поддержке биомедицинских исследователей. В 2013 году он является членом редакционного совета журналов PLoS ONE , BioData Mining , Advanced Bioinformatics , Chemical Biology & Drug Design и Protein: Structure, Function and Bioinformatics . [ нужна ссылка ]
Образование
[ редактировать ]Джонс получил образование в Имперском колледже Лондона , где ему была присуждена степень бакалавра наук по физике . [ когда? ] [ нужна ссылка ] Он переехал в Королевский колледж Лондона, чтобы закончить магистра наук Степень в области биохимии [ когда? ] за ним последовал Университетский колледж Лондона , где ему была присуждена степень доктора философии в 1993 году. [4] для исследований под руководством Уильяма Р. Тейлора и Джанет Торнтон . [ нужна ссылка ]
Исследования и карьера
[ редактировать ]Основные исследовательские интересы Джонса [1] Речь идет о структуры белков прогнозировании и анализе , сворачивании белков , трансмембранном анализе белков, приложениях машинного обучения в биоинформатике и анализе генома, включая применение интеллектуальных программных агентов. [5] Он консультировал несколько различных компаний, в том числе GlaxoSmithKline , но его основной отраслевой опыт был в качестве соучредителя Inpharmatica Limited. [2] которая была основана в 1998 году как корпоративное подразделение Университетского колледжа Лондона. Компания использовала сочетание биоинформатики и хемоинформатики, чтобы изучить взаимосвязь между структурой и функцией белков, а также связывание химических групп с этими белками, что привело к открытию новых лекарств. [ нужна ссылка ]
РЕЗЬБОТКА
[ редактировать ]THREADER предоставляет метод [6] широко известен как распознавание складки белка ( нитей ), метод моделирования белков, который используется для моделирования тех белков, которые имеют ту же складку, что и белки известных структур. Ввод представляет собой аминокислотную последовательность с неизвестной структурой белка, затем THREADER выведет наиболее вероятную структуру белка для этой последовательности. Степень совместимости последовательности с предлагаемой структурой оценивается с помощью набора эмпирических потенциалов, полученных от белков известных структур.
Этой работе предшествовали Дэвид Бейкер и его коллеги, которые развили идею THREADER в форме метода Розетты , который имеет огромное влияние в этой области.
МЕМСАТ
[ редактировать ]МЕМСАТ [7] — подход к предсказанию положения сегментов трансмембранной спирали, основанный на распознавании топологических моделей белков. В методе используется набор статистических таблиц, полученных на основе хорошо охарактеризованных данных о мембранных белках, и у нас есть алгоритм динамического программирования для распознавания моделей топологии мембраны путем максимизации ожидания. Поскольку MEMSAT был первоначально построен еще в 1994 году, он привел к множеству улучшений в прогнозировании вторичной структуры. Самая новая версия — MEMSAT3, [8] выпущен в 2007 году. Он использует нейронную сеть для определения местоположения остатков на цитоплазматической стороне мембраны или в трансмембранных спиралях.
База данных CATH
[ редактировать ]Джонс участвовал в ранней стадии разработки базы данных CATH вместе с Кристиной Оренго и Джанет Торнтон. [9] который представляет собой иерархическую доменную классификацию белковых структур в Банке данных белков , где четырьмя основными уровнями иерархии являются: класс, архитектура, топология и гомологическое суперсемейство. База данных CATH использует комбинацию автоматических и ручных методов. [10] [11]
GenTHREADER
[ редактировать ]GenTHREADER [12] — это более быстрый и мощный инструмент для распознавания складок белка, который можно применять как к целым, так и к отдельным последовательностям белков. В методе используется традиционный алгоритм выравнивания последовательностей для создания выравниваний, а затем выравнивание будет оцениваться с помощью методов многопоточности. На последнем этапе каждая модель будет оцениваться нейронной сетью для измерения уровня достоверности предлагаемого прогноза. Появление GenTHREADER позволило провести ряд улучшений. [13] До сих пор, [ когда? ] сейчас доступно несколько улучшенных методов: mGenTHREADER, pDomTHREADER и pGenTHREADER. [14] [15]
ПСИПРЕД
[ редактировать ]Это сервер, объединяющий несколько методов прогнозирования структуры. Он включает в себя недавно реализованный метод, также известный как PSIPRED (предсказание вторичной структуры белка), метод прогнозирования вторичной структуры белка, а также другие методы прогнозирования трансмембранной топологии (MEMSAT3) и распознавания складок (GenTHREADER). Пользователи отправляют последовательность белка, выполняют любой интересующий прогноз и получают результаты по электронной почте. [16]
Академическая служба
[ редактировать ]С 1996 года Джонс принимал участие во многих исследовательских комитетах, в том числе: Исследовательском совете по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC) , Исследовательском совете по инженерным и физическим наукам (EPSRC) , Совете медицинских исследований (MRC) и Исследовательских советах Великобритании . [ нужна ссылка ] Его исследования финансировались BBSRC, The Wellcome Trust , Elsevier , EPSRC, MRC, Королевским обществом , Европейской комиссией , AstraZeneca , GlaxoSmithKline и Sun Microsystems . [3]
Награды и почести
[ редактировать ]Джонс получил престижную университетскую исследовательскую стипендию Королевского общества с 1995 по 1999 год. [3] В 2022 году Джонс был избран членом Международного общества вычислительной биологии. [17] и член Королевского общества в 2023 году. [18]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Публикации Дэвида Т. Джонса , индексируемые Google Scholar
- ^ Jump up to: а б с н (2012). «Дэвид ДЖОНС Инфарматика» . www.companyhouse.gov.uk . Дом компаний . Архивировано из оригинала 7 марта 2017 года.
- ^ Jump up to: а б с Джонс, Дэвид (2015). «Профессор Дэвид Джонс в UCL по информатике» . ucl.ac.uk. Университетский колледж Лондона. Архивировано из оригинала 7 мая 2016 года.
- ^ Джонс, Дэвид Тюдор (1993). Структурные подходы к анализу последовательностей белков . london.ac.uk (докторская диссертация). Лондонский университет . OCLC 941025790 .
- ^ Джонс, Дэвид Т.; Тейлор, Уильям Р.; Торнтон, Джанет М. (1992). «Быстрое создание матриц данных о мутациях из белковых последовательностей». Биоинформатика . 8 (3): 275–282. дои : 10.1093/биоинформатика/8.3.275 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 1633570 .
- ^ Джонс, DT; Тейлор, WR; Торнтон, Дж. М. (1992). «Новый подход к распознаванию складки белка». Природа . 358 (6381): 86–89. Бибкод : 1992Natur.358...86J . дои : 10.1038/358086a0 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 1614539 . S2CID 4266346 .
- ^ Джонс, DT; Тейлор, WR; Торнтон, Дж. М. (1994). «Подход к распознаванию модели для прогнозирования структуры и топологии цельноспирального мембранного белка». Биохимия . 33 (10): 3038–3049. дои : 10.1021/bi00176a037 . ISSN 0006-2960 . ПМИД 8130217 .
- ^ Джонс, DT (2007). «Повышение точности прогнозирования топологии трансмембранных белков с использованием эволюционной информации» . Биоинформатика . 23 (5): 538–544. doi : 10.1093/биоинформатика/btl677 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 17237066 .
- ^ Оренго, Калифорния; Мичи, AD; Джонс, С; Джонс, DT; Суинделлс, МБ; Торнтон, Дж. М. (1997). «CATH – иерархическая классификация белковых доменных структур» . Структура . 5 (8): 1093–1109. дои : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . ISSN 0969-2126 . ПМИД 9309224 .
- ^ Оренго, Калифорния; Мартин, AM; Хатчинсон, Г.; Джонс, С.; Джонс, DT; Мичи, AD; Суинделлс, МБ; Торнтон, Дж. М. (1998). «Классификация белка в базе данных доменных структур CATH» . Акта Кристаллогр. Д. 54 (6): 1155–1167. дои : 10.1107/s0907444998007501 . ПМИД 10089492 .
- ^ Кафф, Алабама; Силлито, И.; Льюис, Т.; Клегг, AB; Ренцш, Р.; Фернем, Н.; Пеллегрини-Калаче, М.; Джонс, Д.; Торнтон, Дж.; Оренго, Калифорния (2010 г.). «Расширение CATH: расширение охвата вселенной белковых структур и связь структуры с функцией» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (База данных): D420–D426. дои : 10.1093/нар/gkq1001 . ISSN 0305-1048 . ПМК 3013636 . ПМИД 21097779 .
- ^ Джонс, Дэвид Т. (1999). «GenTHREADER: эффективный и надежный метод распознавания белковых сгибов геномных последовательностей». Журнал молекулярной биологии . 287 (4): 797–815. дои : 10.1006/jmbi.1999.2583 . ISSN 0022-2836 . ПМИД 10191147 . S2CID 6057225 .
- ^ «Биоинформатика UCL-CS: обзор PSIPRED» . Bioinf.cs.ucl.ac.uk . Проверено 7 марта 2017 г.
- ^ Макгаффин, LJ; Джонс, DT (2003). «Усовершенствование метода GenTHREADER для распознавания геномных складок» . Биоинформатика . 19 (7): 874–881. doi : 10.1093/биоинформатика/btg097 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 12724298 .
- ^ Лобли, А.; Садовский, Мичиган; Джонс, DT (2009). «pGenTHREADER и pDomTHREADER: новые методы улучшения распознавания складки белков и распознавания суперсемейств» . Биоинформатика . 25 (14): 1761–1767. doi : 10.1093/биоинформатика/btp302 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 19429599 .
- ^ Макгаффин, LJ; Брайсон, К.; Джонс, DT (2000). «Сервер предсказания структуры белка PSIPRED» . Биоинформатика . 16 (4): 404–405. дои : 10.1093/биоинформатика/16.4.404 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 10869041 .
- ^ «28 апреля 2022 г.: ISCB поздравляет и представляет класс стипендиатов 2022 года!» . www.iscb.org . Проверено 17 июня 2022 г.
- ^ «Дэвид Джонс» . royalsociety.org . Проверено 24 мая 2023 г.
- 1966 года рождения
- Живые люди
- Британские биоинформатики
- Преподаватели Университетского колледжа Лондона
- Британские биологи XX века
- Британские биологи XXI века
- Члены Королевского общества
- Выпускники Имперского колледжа Лондона
- Выпускники Королевского колледжа Лондона
- Выпускники Университетского колледжа Лондона