Рафаэль Иризарри (ученый)
Рафаэль Ирисарри | |
|---|---|
 | |
| Рожденный | Рафаэль Анхель Иризарри |
| Альма-матер | |
| Известный | Биопроводник |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Статистика Биостатистика Наука о данных Геномика Эпигенетика [1] |
| Диссертация | Статистика и музыка: подгонка модели локальной гармоники к музыкальным звуковым сигналам (1998) |
| Докторантура | Дэвид Р. Бриллинджер [2] |
| Веб-сайт | Рафалаб |
Рафаэль Иризарри — профессор биостатистики в Гарвардской школе общественного здравоохранения им. Т.Ч. Чана и профессор биостатистики и вычислительной биологии в Институте рака Даны-Фарбера . [1] [3] [4] [5] Иризарри известен как один из основателей проекта Bioconductor .
Образование
[ редактировать ]Ирисарри получил степень бакалавра наук по математике в Университете Пуэрто-Рико в Рио-Пьедрас в 1993 году, а затем степень магистра гуманитарных наук в Калифорнийском университете в Беркли в 1994 году. Он продолжил обучение в Беркли, получив докторскую степень по статистике в 1998. Его докторская диссертация была посвящена использованию статистики для моделирования гармоний звуковых сигналов и была написана под руководством Дэвида Р. Бриллинджера . [2] [6] [7]
Исследования и карьера
[ редактировать ]Иризарри поступил в Школу общественного здравоохранения Блумберга Джонса Хопкинса в 1998 году, где его исследования были сосредоточены на геномике и вычислительной биологии . [6] Он работал над анализом и обработкой данных, полученных в результате экспериментов с микрочипами , и помог разработать метод Robust Multiarray Analysis (RMA) для анализа микрочипов в сотрудничестве со статистиком Терри Спидом и его коллегами; [8] позже этот метод был расширен как метод замороженного RMA (fRMA). [9] [10] Он также работал над анализом данных секвенирования следующего поколения .
Иризарри — один из основателей проекта Bioconductor , проекта программного обеспечения с открытым исходным кодом для анализа геномных данных на языке программирования R. [11] [12] [13] Он участвовал в разработке нескольких наиболее часто используемых пакетов Bioconductor, включая пакет affy для анализа данных микрочипов Affymetrix . [10] [14] [15]
Иризарри — разработчик и преподаватель онлайн-курса «Анализ данных для наук о жизни» на платформе edX Гарвардского университета ; на этом курсе обучается более 30 000 студентов в год. [10] [16]
Награды и почести
[ редактировать ]2009 г. Премия президента COPSS в области статистики. [17]
Премия Мортимера Шпигельмана 2009 г. от Американской ассоциации общественного здравоохранения. [18] [19] вручается выдающимся статистикам общественного здравоохранения в возрасте до 40 лет.
2017 года Премия Бенджамина Франклина в области биоинформатики за продвижение бесплатных материалов и методов в открытом доступе в области наук о жизни. [20] [21]
В 2020 году он был избран членом Международного общества вычислительной биологии . [22]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Публикации Рафаэля Иризарри, проиндексированные Google Scholar
- ^ Jump up to: а б Рафаэль Ирисарри в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ «Рафаэль Иризарри» . Физический факультет Гарвардского университета . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Рафаэль Ирисарри, доктор философии - DF/HCC» . Дана-Фарбер/Гарвардский онкологический центр . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ Циммер, Карл (1 июля 2016 г.). «Болезни роста в области эпигенетики, поскольку некоторые требуют капитального ремонта» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 30 августа 2017 г.
- ^ Jump up to: а б Ирисарри, Рафаэль. "О" . Лаборатория Рафаэля Иризарри .
- ^ Иризарри, Рафаэль (1998). Статистика и музыка: сопоставление модели локальной гармоники с музыкальными звуковыми сигналами (PDF) (докторская диссертация). OCLC 892825726 . S2CID 58781935 . ПроКвест 304424980 . Архивировано из оригинала (PDF) 12 августа 2017 г. Проверено 12 августа 2017 г. }
- ^ Певснер, Джонатан (2015). Биоинформатика и функциональная геномика (3-е изд.). Джон Уайли и сыновья. п. 488. ИСБН 978-1-118-58178-0 . Проверено 30 августа 2017 г.
- ^ МакКолл, Миннесота; Болстад, БМ; Иризарри, РА (22 января 2010 г.). «Замороженный робастный многоматричный анализ (fRMA)» . Биостатистика . 11 (2): 242–253. doi : 10.1093/biostatistics/kxp059 . ПМЦ 2830579 . ПМИД 20097884 .
- ^ Jump up to: а б с «Объявление лауреата премии Бенджамина Франклина 2017 года» . Биоинформатика.org . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Рафаэль Иризарри» . edX . 20 декабря 2013 года . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ Джентльмен, Роберт С .; Кэри, Винсент Дж; Бейтс, Дуглас М; Болстад, Бен; Деттлинг, Марсель ; Дюдуа, Сандрин ; Эллис, Байрон; Готье, Лоран; Ге, Юнчао; Джентри, Джефф; Хорник, Курт; Хотхорн, Торстен; Хубер, Вольфганг; Якус, Стефано; Ирисарри, Рафаэль; Лейш, Фридрих; Ли, Ченг; Меклер, Мартин; Россини, Энтони Дж; Савицкий, Гюнтер; Смит, Колин; Смит, Гордон; Тирни, Люк; Ян, Жан Ю.Х.; Чжан, Цзяньхуа (2004). «Биокондуктор: разработка открытого программного обеспечения для вычислительной биологии и биоинформатики» . Геномная биология . 5 (10): 80 рандов. дои : 10.1186/gb-2004-5-10-r80 . ПМК 545600 . ПМИД 15461798 .
- ^ Мулекар, Мадхури (октябрь 2009 г.). «Статистики, отмеченные за вклад | Amstat News» . журнал.amstat.org . Проверено 30 августа 2017 г.
- ^ Ирисарри, Рафаэль; Готье, Лоран (2017). «Методы получения массивов олигонуклеотидов Affymetrix» . Биопроводник . doi : 10.18129/B9.bioc.affy . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ Готье, Л.; Коуп, Л.; Болстад, БМ; Иризарри, РА (10 февраля 2004 г.). «affy — анализ данных Affymetrix GeneChip на уровне зонда» . Биоинформатика . 20 (3): 307–315. doi : 10.1093/биоинформатика/btg405 . ПМИД 14960456 .
- ^ «Анализ данных для наук о жизни 1: Статистика и R» . Гарвардское онлайн-обучение . 10 апреля 2016 г. Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Президентская премия» . Комитет президентов статистических обществ . Архивировано из оригинала 6 декабря 2015 г. Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Проверка сложной биологии: как массивы могут дополнить ваши данные следующего поколения» . Научные вебинары . 5 декабря 2012 года . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Премия Мортимера Шпигельмана — РАЗДЕЛ СТАТИСТИКИ APHA» . сайты.google.com . Проверено 30 августа 2017 г.
- ^ «Премия Бенджамина Франклина» . Биоинформатика.org . Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «Рафаэль Иризарри выигрывает премию Бена Франклина 2017 года» . Гарвардская школа общественного здравоохранения им. Т.Ч. Чана, кафедра биостатистики . 11 апреля 2017 г. Архивировано из оригинала 12 августа 2017 г. Проверено 12 августа 2017 г.
- ^ «19 февраля 2020 г.: ISCB поздравляет и представляет класс стипендиатов 2020 года!» . www.iscb.org . Проверено 23 июня 2020 г.
- Живые люди
- Американские биоинформатики
- Университет Пуэрто-Рико, выпускники кампуса Рио-Пьедрас
- Выпускники Калифорнийского университета в Беркли
- Факультет Школы общественного здравоохранения Блумберга Джонса Хопкинса
- Факультет Гарвардской школы общественного здравоохранения им. Т.Ч.Чана
- Члены Американской статистической ассоциации
- R (язык программирования) люди