Буркхард Рост
Буркхард Рост | |
|---|---|
 Буркхард Рост выступает на ISMB | |
| Рожденный | 11 июля 1961 г. Германия |
| Альма-матер | Гейдельбергский университет [7] |
| Известный |
|
| Супруг | Карима Джабали [9] |
| Награды | Александр фон Гумбольдт , профессор, лауреат премии ISCB Fellows [1] |
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
| Диссертация | Нейронные сети и эволюция - расширенное предсказание вторичной структуры белка (1994) |
| Докторантура | Крис Сандер [7] [8] |
| Веб-сайт | www |
Буркхард Рост — учёный, возглавляющий кафедру вычислительной биологии и биоинформатики факультета информатики Мюнхенского технического университета (ТУМ) . [10] Рост возглавляет исследовательскую секцию биоинформатики в Мюнхене, в которой участвуют ТУМ и Мюнхенский университет Людвига-Максимилиана (LMU) в Мюнхене. С 2007 по 2014 год Рост был президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [3] [11] [12] [13] [14] [15] [16]
Карьера
[ редактировать ]Первоначально Рост начал свою научную карьеру как физик-теоретик. После изучения физики в Гиссенском университете и физики, истории, философии и психологии в Гейдельбергском университете Рост получил степень доктора философии в Гейдельбергском университете за работу в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в 1994 году. [7] После исследовательской стажировки в EMBL и Европейском институте биоинформатики в Кембридже (Великобритания) в 1998 году он стал доцентом кафедры биохимии и молекулярной биофизики Колледжа хирургов и врачей Медицинского центра CU Колумбийского университета в городе Нью-Йорк . В 2000 году он стал доцентом Колумбийского университета , а в 2009 году принял назначение на должность заведующего кафедрой биоинформатики в Техническом университете Мюнхена . Он является членом Нью-Йоркской академии наук и президентом ISCB, Международного общества вычислительной биологии с 2007 по 2014 год. По состоянию на 2021 год [update]Рост является автором или соавтором более 300 научных публикаций с индексом Хирша Google Scholar, равным 100. [3] [11] [12] [13]
Исследовать
[ редактировать ]Исследования Роста были сосредоточены на объединении машинного обучения и эволюционной информации для прогнозирования аспектов, имеющих решающее значение для улучшения нашего понимания эволюции, структуры и функции белка. Примеры исследований, проводимых в его лаборатории, включают прогнозирование ферментативной активности (ECGO), партнеров по взаимодействию (ISIS, DISIS, PiNAT), субклеточной локализации (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), функциональных эффектов точечных мутаций/SNP (SNAP), неупорядоченных регионы (MD, NORSnet, Ucon), сегменты мембраны (PROF/PHDhtm), вторичная структура (PROF/PHD, RePROF, DSSPcont), [17] доступность растворителя (PROF/PHD, RePROF), внутренние контакты остаток-остаток (PROFcon) и кластеризация белков в семейства (CHOP). [18]
В настоящее время его внимание сосредоточено на прогнозировании эффектов отдельных мутаций, в основном на уровне несинонимичных изменений в кодирующих областях, то есть изменений одиночных нуклеотидов (или однонуклеотидных полиморфизмов ), которые изменяют аминокислотную последовательность.
Его группа посвятила себя тому, чтобы сделать свои инструменты доступными в Интернете, о чем свидетельствует первый интернет-сервер для прогнозирования структуры белков и анализа последовательностей Predictprotein . [6] он был спущен на воду в 1992 году и с тех пор постоянно находится в эксплуатации. Работа Роста была опубликована в ведущих рецензируемых научных журналах , включая Nature , [8] [19] [20] [21] Наука , [22] ПЛОС Генетика . [23]
ИСКБ
[ редактировать ]В 2007 году Рост был избран президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB), сменив на посту Михаила Грибскова . Рост занимал пост президента до 2014 года; его преемником стал Альфонсо Валенсия .
Конференции
[ редактировать ]Рост был сопредседателем крупнейшего ежегодного собрания по вычислительной биологии ISMB, Intelligent Systems for Molecular Biology , в 2007 ( Вена ), 2008 ( Торонто ), 2011 ( Вена ), 2012 ( Лонг-Бич ). [24] Он инициировал и участвовал в организации нескольких серий международных конференций за пределами обычного северного полушария, а именно ISCB Africa (2010: Бамако , Мали ; 2011: Кейптаун , Южная Африка ; 2013: Тунис , Тунис ) в сотрудничестве с Африканским Общество биоинформатики и вычислительной биологии , ISCB Латинской Америки (2010 г.: Монтевидео , Уругвай ; 2012 г.: Сантьяго-де-Чили , Чили ; 2014 г.: Рио-де-Жанейро , Бразилия ) и совсем недавно ISCB Asia (2011 г.: Куала-Лумпур , Малайзия ; 2012 г.: Шен) . Чжэнь , Китай ). [25]
Рост также был соорганизатором совещаний по критической оценке прогнозирования структуры белков (CASP) в 2002–2008 годах (CASP4-CASP8).
Награды и почести
[ редактировать ]В 2009 году Росту было присвоено звание профессора Фонда Александра фон Гумбольдта. В 2015 году он стал членом ISCB. [26] В 2016 году он был удостоен награды «За выдающийся вклад в ISCB». [25]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Категория: Члены Международного общества вычислительной биологии
- ^ Радивояк, П.; Кларк, WT; Орон, ТР; Шнос, AM; Виткоп, Т.; Соколов А.; Грейм, К.; Функ, К.; Верспур, К.; Бен-Гур, А.; Панди, Г.; Юнес, Дж. М.; Талвалкар, AS; Репо, С.; Соуза, МЛ; Пиовесан, Д.; Касадио, Р.; Ван, З.; Ченг, Дж.; Фанг, Х.; Гоф, Дж.; Коскинен, П.; Тёрёнен, П.; Ноксо-Койвисто, Дж.; Холм, Л.; Коццетто, Д.; Бьюкен, DWA; Брайсон, К.; Джонс, DT; и др. (2013). «Крупномасштабная оценка вычислительного предсказания функций белка» . Природные методы . 10 (3): 221–227. дои : 10.1038/nmeth.2340 . ПМЦ 3584181 . ПМИД 23353650 .
- ^ Jump up to: а б с Публикации Буркхарда Роста, индексируемые Google Scholar
- ^ Рост, Б.; Сандер, К. (1994). «Объединение эволюционной информации и нейронных сетей для предсказания вторичной структуры белка». Белки: структура, функции и генетика . 19 (1): 55–72. дои : 10.1002/прот.340190108 . ПМИД 8066087 . S2CID 15203189 .
- ^ Рост, Б.; Сандер, К. (1993). «Прогнозирование вторичной структуры белка с точностью более 70%». Журнал молекулярной биологии . 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418 . дои : 10.1006/jmbi.1993.1413 . PMID 8345525 .
- ^ Jump up to: а б с Рост, Б.; Ячдав, Г.; Лю, Дж. (2004). «Сервер PredictProtein» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W321–W326. дои : 10.1093/nar/gkh377 . ПМК 441515 . ПМИД 15215403 .
- ^ Jump up to: а б с Руст, Буркхард (1994). Нейронные сети и эволюционная информация: улучшенное предсказание вторичной структуры белка (кандидатская диссертация). Гейдельбергский университет. OCLC 311916999 .
- ^ Jump up to: а б Рост, Б.; Сандер, К. (1992). «Жюри возвращается к предсказанию структуры» . Природа . 360 (6404): 540. Бибкод : 1992Natur.360..540R . дои : 10.1038/360540b0 . ПМИД 1281284 . S2CID 4234785 .
- ^ «Высокооплачиваемая профессура Гумбольдта для нового ведущего исследователя TUM» (на немецком языке). 15 октября 2008 года . Проверено 21 мая 2021 г.
- ^ «Добро пожаловать в Ростлаб! | ROSTLAB.ORG» . www.rostlab.org . Проверено 21 мая 2021 г.
- ^ Jump up to: а б Буркхард Рост на DBLP библиографическом сервере
- ^ Jump up to: а б Публикации Буркхарда Роста, индексируемые Microsoft Academic
- ^ Jump up to: а б Публикации Бурхарда Роста индексируются в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Рост, Б. (1999). «Сумеречная зона выравнивания белковых последовательностей» . Белковая инженерия . 12 (2): 85–94. дои : 10.1093/протеин/12.2.85 . ПМИД 10195279 .
- ^ Бейтман, А .; Келсо, Дж.; Митчен, Д.; Макинтайр, Г.; Ди Доменико, ТС; Абил, Т.; Логан, Д.В.; Радивояк, П.; Рост, Б. (2013). «Конкурс Википедии ISCB по вычислительной биологии» . PLOS Вычислительная биология . 9 (9): e1003242. Бибкод : 2013PLSCB...9E3242B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003242 . ПМЦ 3777890 . ПМИД 24068913 .
- ^ «Добро пожаловать в Ростлаб» . rostlab.org. Архивировано из оригинала 21 декабря 2014 г.
- ^ Рост, Б. (1996). «PHD: Прогнозирование одномерной структуры белка с помощью нейронных сетей на основе профилей». Компьютерные методы анализа макромолекулярных последовательностей . Методы энзимологии. Том. 266. С. 525–539. дои : 10.1016/s0076-6879(96)66033-9 . ISBN 9780121821678 . ПМИД 8743704 .
- ^ Лю, Дж.; Рост, Б. (1 июля 2004 г.). «CHOP: анализ белков на структурные домены» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Веб-сервер): W569–W571. дои : 10.1093/nar/gkh481 . ПМЦ 441619 . ПМИД 15215452 .
- ^ Чен, Ю.Х.; Ху, Л.; Пунта, М.; Бруни, Р.; Хиллерих, Б.; Клосс, Б.; Рост, Б.; Любовь, Дж.; Сигельбаум, SA; Хендриксон, Вашингтон (2010). «Гомологическая структура анионного канала SLAC1 для закрытия устьиц в листьях» . Природа . 467 (7319): 1074–1080. Бибкод : 2010Natur.467.1074C . дои : 10.1038/nature09487 . ПМК 3548404 . ПМИД 20981093 .
- ^ Цао, Ю; Джин, X; Хуанг, Х; Деребе, МГ; Левин, Э.Дж.; Кабалисваран, В.; Пан, Ю; Пунта, М; Любовь, Дж; Венг, Дж; Быстрый, М; Да; Клосс, Б; Бруни, Р; Мартинес-Хакерт, Э; Хендриксон, Вашингтон; Рост, Б; Джавич, Дж.А.; Раджашанкар, КР; Цзян, Ю; Чжоу, М (2011). «Кристаллическая структура переносчика ионов калия ТркХ» . Природа . 471 (7338): 336–40. Бибкод : 2011Natur.471..336C . дои : 10.1038/nature09731 . ПМК 3077569 . ПМИД 21317882 .
- ^ Цао, Ю.; Джин, X.; Левин, Э.Дж.; Хуанг, Х.; Зонг, Ю.; Быстрый, М.; Венг, Дж.; Пан, Ю.; Любовь, Дж.; Пунта, М.; Рост, Б.; Хендриксон, Вашингтон; Джавич, Дж.А.; Раджашанкар, КР; Чжоу, М. (2011). «Кристаллическая структура связанного с фосфорилированием переносчика сахаридов» . Природа . 473 (7345): 50–54. Бибкод : 2011Природа.473...50C . дои : 10.1038/nature09939 . ПМК 3201810 . ПМИД 21471968 .
- ^ Карнинчи, П; Касукава, Т; Катаяма, С; Гоф, Дж .; Фрит, MC; Маэда, Н.; Ояма, Р; Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, К; Кодзиус, Р; Симокава, К; Баич, В.Б.; Бреннер, SE ; Баталов С; Форрест, Арканзас; Заволан, М; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Айдинис, В; Аллен, Дж. Э.; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р .; Атуралия, РН; Бейли, ТЛ; Бансал, М; Бакстер, Л; Бейзель, КВ; Берсано, Т; и др. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–63. Бибкод : 2005Sci...309.1559F . дои : 10.1126/science.1112014 . ПМИД 16141072 . S2CID 8712839 .
- ^ Лю, Дж.; Гоф, Дж .; Рост, Б. (2006). «Отличие кодирующих белок от некодирующих РНК с помощью машин опорных векторов» . ПЛОС Генетика . 2 (4): е29. дои : 10.1371/journal.pgen.0020029 . ПМК 1449884 . ПМИД 16683024 .
- ^ Линиал, М.; Месиров, Дж.П.; Моррисон Маккей, BJ; Рост, Б. (2008). «ISMB 2008 Торонто» . PLOS Вычислительная биология . 4 (6): e1000094. Бибкод : 2008PLSCB...4E0094L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . ПМК 2427177 . ПМИД 18584023 .
- ^ Jump up to: а б «Выдающийся вклад в ISCB 2016: Буркхард Рост» . www.iscb.org . Проверено 21 мая 2021 г.
- ^ «Знакомьтесь с выпуском стипендиатов ISCB 2015 года» . Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала 20 февраля 2015 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Ростлаба сайт
- Буркхард Рост на TEDx : Персонализированное здоровье: использование силы многообразия TEDx )
- Премия Александра фон Гумбольдта