Дэн Гасфилд

Дэн Гасфилд
Дэн Гасфилд
Рожденный	Дэниел Майер Гасфилд
Альма-матер	Калифорнийский университет, Беркли (бакалавр, доктор философии)
Известный	Проблема стабильного брака
Награды	Сотрудник IEEE (2015 г.) ; Сотрудник ISCB (2016 г.) ; Сотрудник ACM (2017) ;
	Научная карьера
Поля	Информатика ; Вычислительная биология
Учреждения	Калифорнийский университет в Дэвисе ; Йельский университет
Диссертация	Анализ чувствительности для комбинаторной оптимизации (1980)
Докторантура	Ричард Карп
Веб-сайт	сеть .cs .ucdavis .edu /~Гасфилд

Дэниел Майер Гасфилд — американский учёный-компьютерщик, заслуженный профессор компьютерных наук Калифорнийского университета в Дэвисе . Гасфилд известен своими исследованиями в области комбинаторной оптимизации и вычислительной биологии. ^[1]

Образование [ править ]

Гасфилд получил степень бакалавра компьютерных наук в Калифорнийском университете в Беркли в 1973 году. ^{[ нужна ссылка ]} получил степень магистра наук в области компьютерных наук в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе (UCLA) в 1975 году. ^{[ нужна ссылка ]} и степень доктора технических наук в Беркли в 1980 году; ^[3] его научным руководителем был Ричард Карп . ^[2]

и исследования Карьера

Гасфилд поступил на факультет компьютерных наук Йельского университета в 1980 году и ушел в 1986 году, чтобы присоединиться к кафедре компьютерных наук Калифорнийского университета в Дэвисе в качестве доцента. Гасфилд стал профессором компьютерных наук в 1992 году и возглавлял кафедру компьютерных наук Калифорнийского университета в Дэвисе с 2000 по 2004 год. Гасфилд был назван заслуженным профессором в 2016 году, что является высшим званием для всего кампуса Калифорнийского университета в Дэвис. ^[4]

Ранние работы Гасфилда были связаны с комбинаторной оптимизацией и ее практическим применением. Один из его первых крупных результатов был посвящен сетевому потоку, где он представил простую технику преобразования любого алгоритма сетевого потока в алгоритм, строящий дерево Гомори-Ху , используя всего пять добавленных строк псевдокода. ^[5] Другой вклад был в устойчивом сопоставлении, где он внес свой вклад в алгоритм полиномиального времени. ^[6] для проблемы эгалитарного стабильного брака , предложенной Дональдом Кнутом . Результатом работы Гасфилда по стабильному браку стала книга « Проблема стабильного брака: структура и алгоритмы» , написанная в соавторстве с Робертом Ирвингом . ^[7]

Начиная с 1984 года Гасфилд увлекся вычислительной биологией, что сделало Гасфилда одним из первых ученых-компьютерщиков, работавших в этой области. Его первый результат в области вычислительной биологии был опубликован в Йельском техническом отчете «Проблема дерева Штейнера в филогении» , который никогда не публиковался в журнале. Его первая опубликованная статья по вычислительной биологии «Эффективные алгоритмы для вывода эволюционной истории» первоначально была опубликована как технический отчет в 1988 году. ^[8] и впоследствии был опубликован в журнале Networks ; ^[9] эта статья сейчас является самой цитируемой из статей Гасфилда. Статья Гасфилда 1993 года о множественном выравнивании последовательностей. ^[10] это первая публикация, индексируемая в PubMed в разделе «вычислительная биология».

Влияние Гасфилда на первые дни компьютерных исследований в области алгоритмической вычислительной биологии существенно. Он был членом группы по программе исследования генома человека Министерства энергетики США в 1991 году и членом руководящего комитета специального года Рутгерс-Принстонского центра DIMACS по математической поддержке молекулярной биологии с 1994 по 1995 год. соорганизатор Дагштульской конференции по молекулярной биоинформатике. Он был членом редакционной коллегии Журнала вычислительной биологии с момента его основания в 1996 году. В Калифорнийском университете в Дэвисе он входил в группу из трех человек, которая предложила создать Центр геномики Калифорнийского университета в Дэвисе, и был членом руководящего комитета Центра геномики (1999–2003) и помог создать междисциплинарное сообщество биологов и ученых-компьютерщиков, совместно работающих над проблемами геномики. Наконец, в 2004 году Гасфилд помог предложить транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике. (TCBB), один из немногих журналов, специально ориентированных на информатику и математических исследователей, работающих в области вычислительной биологии. Он был его главным редактором-основателем до 2009 года. ^[11] а затем в качестве председателя Руководящего комитета TCBB. Совсем недавно он был приглашенным ученым в Институте теории вычислений Саймонса в Калифорнийском университете в Беркли во время двух семестровых программ (сначала по эволюции, а затем по алгоритмическим задачам в геномике). Кроме того, Гасфилд был научным руководителем или наставником постдокторантов для многих известных ученых-компьютерщиков, работающих в области вычислительной биологии, в том числе профессора Оливера Юленштейна (Университет штата Айова), ^{[ нужна ссылка ]} Д-р Пол Хортон (Токио), ^{[ нужна ссылка ]} Проф. Мин-Янг Као (Северо-Западный университет), ^{[ нужна ссылка ]} Проф. Джон Кечечиоглу (Аризона), ^{[ нужна ссылка ]} Проф. Юн С. Сонг (Калифорнийский университет в Беркли и Пенсильванский университет), ^{[ нужна ссылка ]} Проф. Р. Рави (КМУ), проф. Йенс Стойе (Билефельд), проф. Лушэн Ван (Городской университет Гонконга) ^{[ нужна ссылка ]}и профессор Юфэн Ву (Университет Коннектикута). ^{[ нужна ссылка ]}

Гасфилд внес значительный вклад в сравнение и анализ молекулярных последовательностей. ^[12] филогенетическое дерево и вывод филогенетической сети, ^[13] гаплотипирование последовательностей ДНК, ^[14]^[15]^[16] задача идеальной филогении с несколькими состояниями с использованием теории хордальных графов, ^[17] и быстрые алгоритмы сворачивания РНК. ^[18] С 2014 года он занимается применением и развитием целочисленного линейного программирования в вычислительной биологии.

Гасфилд наиболее известен своей книгой «Алгоритмы для строк, деревьев и последовательностей: информатика и вычислительная биология» . ^[19] который обеспечивает всестороннее представление алгоритмических основ анализа молекулярных последовательностей для ученых-компьютерщиков и цитировался более 8000 раз. ^[1] Эта книга помогла определить и развить пересечение информатики и вычислительной биологии. Его вторая книга по вычислительной биологии посвящена филогенетическим сетям. ^[20] которые представляют собой теоретико-графовые модели эволюции, выходящие за рамки классической древовидной модели и предназначенные для рассмотрения биологических процессов, таких как гибридизация, рекомбинация и горизонтальный перенос генов .

Его третья книга по вычислительной биологии была опубликована в 2019 году. Целочисленное линейное программирование в вычислительной и системной биологии: текст и курс начального уровня (Cambridge University Press, 2019. ISBN 9781108421768 ) объясняет, почему и каким образом целочисленное линейное программирование является ценным методом решения вычислительных задач в биологии. К нему прилагается более пятидесяти компьютерных программ, которые генерируют необходимые неравенства для большинства тем, обсуждаемых в книге. Впоследствии Гасфилд и его студенты исследовали возможность использования решателей выполнимости для эффективного решения биологических задач, где целочисленное программирование было неэффективным.

Его пятая книга ^{[ нужны разъяснения ]} будет опубликовано издательством Cambridge Press в январе 2024 года. Оно озаглавлено « Доказано невозможное: элементарные доказательства глубокой невозможности от Эрроу, Белла, Чайтина, Гёделя, Тьюринга и других» . В нем представлены полные и строгие доказательства глубоких теорем, устанавливающих невозможность в ряде тематических областей (в физике, экономике, науке о данных, информатике, математике, логике), используя только арифметику и простую логику. Представленные доказательства построены на простейших и наглядных доказательствах, встречающихся в литературе, теорем, которые первоначально считались очень трудными и предназначены только для специалистов. Идея книги состоит в том, что более современные доказательства этих теорем намного проще и легче, и, когда они представлены неспециалистам, их может понять любой человек, имеющий не более чем среднее образование и обладающий дисциплиной, позволяющей следовать строгой логике. аргумент (ручка в руке). ^{[ нужна ссылка ]}

Награды и почести [ править ]

Гасфилд был назначен научным сотрудником Института инженеров по электротехнике и электронике (IEEE) в 2015 году. ^[21] за вклад в комбинаторную оптимизацию и вычислительную биологию . В 2016 году Гасфилд был избран членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). ^[22] за «его выдающийся вклад в вычислительную биологию, особенно за его алгоритмическую работу по построению эволюционных деревьев, анализу молекулярных последовательностей, проблемам оптимизации в популяционной генетике, сворачиванию РНК и целочисленному программированию в биологии». В 2016 году Гасфилд был удостоен звания заслуженного профессора Калифорнийского университета в Дэвисе, что является высшим званием для всего кампуса. В 2017 году он был избран членом ACM . ^[23]

Ссылки [ править ]

↑ Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б ^с Публикации Дэна Гасфилда, проиндексированные Google Scholar
↑ Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Дэн Гасфилд в проекте «Математическая генеалогия»
↑ Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Гасфилд, Дэниел Майер (1980). Анализ чувствительности для комбинаторной оптимизации (кандидатская диссертация). Калифорнийский университет, Беркли. OCLC 40134251 .
^ «Дэн Гасфилд» . web.cs.ucdavis.edu . Архивировано из оригинала 17 июня 2017 года . Проверено 23 января 2019 г.
^ Гасфилд. Очень простые методы анализа потоков в сети для всех пар. СИАМ Дж. Компьютер. 1990 год
^ Р.В. Ирвинг, П. Лезер и Д. Гасфилд, «Эффективный алгоритм для «оптимального» стабильного брака», Журнал ACM, Vol. 34, выпуск 3, июль 1987 г., страницы 532–543.
^ Гасфилд, Дэн; Ирвинг, Роберт (1999). Проблема стабильного брака: структура и алгоритмы . МТИ Пресс. ISBN 0-262-07118-5 .
^ «Информатика – Калифорнийский университет в Дэвисе» . Cs.ucdavis.edu . 4 октября 2018 г. Проверено 23 января 2019 г.
^ Д. Гасфилд, «Эффективные алгоритмы построения эволюционных деревьев», Networks 1991. два : 10.1002/net.3230210104
^ Д. Гасфилд, «Эффективные методы выравнивания множественных последовательностей с гарантированными границами ошибок», Бюллетень по математической биологии, Vol. 55, № 1, 141-154, 1993 г.
^ Дэн Гасфилд. «Введение в транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике» (PDF) . Компьютер.орг . Архивировано из оригинала (PDF) 3 апреля 2015 года . Проверено 23 января 2019 г.
^ Гасфилд и Дж. Стой. «Алгоритмы линейного времени для поиска и представления всех тандемных повторов в строке», JCSS, 2004 г.
^ Гасфилд Д., Эддху С. и Лэнгли К., 2004. «Оптимальная и эффективная реконструкция филогенетических сетей с ограниченной рекомбинацией». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии, 2 (01), стр. 173-213.
^ Гасфилд. «Гаплотипирование как совершенная филогения: концептуальная основа и эффективные решения». Материалы РЕКОМБ 2002.
^ Гасфилд, Д. (2003). «Вывод гаплотипов путем чистой экономии». В комбинаторном сопоставлении с образцом (стр. 144–155). Шпрингер Берлин/Гейдельберг.
^ Д. Гасфилд, «Вывод гаплотипов из выборок диплоидных популяций: сложность и алгоритмы». Журнал вычислительной биологии 8, вып. 3 (2001): 305-323.
^ Гасфилд. «Проблема идеальной филогении с множеством состояний с отсутствующими и удаляемыми данными: решения с помощью целочисленного линейного программирования и теории хордальных графов». Журнал вычислительной биологии, 2010.
^ Ю. Фрид и Гасфилд. «Простой, практичный и полный $O(n^{3}\log n)$ -временной алгоритм сворачивания РНК с использованием ускорения четырех русских». Алгоритмы для молекулярной биологии, 2010
^ Гасфилд, Дэн (1999). Алгоритмы на строках, деревьях и последовательностях: информатика и вычислительная биология . Издательство Кембриджского университета . дои : 10.1017/CBO9780511574931 . ISBN 0-521-58519-8 . S2CID 61800864 .
^ Гасфилд, Дэн (2014). Рекомбинаторика: алгоритмы графов предковой рекомбинации и явных филогенетических сетей . МТИ Пресс. ISBN 9780262027526 .
^ «Высокий парень, 2015 г.» (PDF) . Справочник участников IEEE .
^ «Стипендиаты ISCB» . Iscb.org . Проверено 23 января 2019 г.
^ ACM награждает стипендиатов 2017 года за вклад в трансформацию и развитие технологий в эпоху цифровых технологий , Ассоциация вычислительной техники, 11 декабря 2017 г. , получено 13 ноября 2017 г.

[gs-1] Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б ^с Публикации Дэна Гасфилда, проиндексированные Google Scholar

[mathgene-2] Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Дэн Гасфилд в проекте «Математическая генеалогия»

[phd-3] Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Гасфилд, Дэниел Майер (1980). Анализ чувствительности для комбинаторной оптимизации (кандидатская диссертация). Калифорнийский университет, Беркли. OCLC 40134251 .

[4] «Дэн Гасфилд» . web.cs.ucdavis.edu . Архивировано из оригинала 17 июня 2017 года . Проверено 23 января 2019 г.

[5] Гасфилд. Очень простые методы анализа потоков в сети для всех пар. СИАМ Дж. Компьютер. 1990 год

[6] Р.В. Ирвинг, П. Лезер и Д. Гасфилд, «Эффективный алгоритм для «оптимального» стабильного брака», Журнал ACM, Vol. 34, выпуск 3, июль 1987 г., страницы 532–543.

[stable-7] Гасфилд, Дэн; Ирвинг, Роберт (1999). Проблема стабильного брака: структура и алгоритмы . МТИ Пресс. ISBN 0-262-07118-5 .

[8] «Информатика – Калифорнийский университет в Дэвисе» . Cs.ucdavis.edu . 4 октября 2018 г. Проверено 23 января 2019 г.

[9] Д. Гасфилд, «Эффективные алгоритмы построения эволюционных деревьев», Networks 1991. два : 10.1002/net.3230210104

[10] Д. Гасфилд, «Эффективные методы выравнивания множественных последовательностей с гарантированными границами ошибок», Бюллетень по математической биологии, Vol. 55, № 1, 141-154, 1993 г.

[11] Дэн Гасфилд. «Введение в транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике» (PDF) . Компьютер.орг . Архивировано из оригинала (PDF) 3 апреля 2015 года . Проверено 23 января 2019 г.

[12] Гасфилд и Дж. Стой. «Алгоритмы линейного времени для поиска и представления всех тандемных повторов в строке», JCSS, 2004 г.

[13] Гасфилд Д., Эддху С. и Лэнгли К., 2004. «Оптимальная и эффективная реконструкция филогенетических сетей с ограниченной рекомбинацией». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии, 2 (01), стр. 173-213.

[14] Гасфилд. «Гаплотипирование как совершенная филогения: концептуальная основа и эффективные решения». Материалы РЕКОМБ 2002.

[15] Гасфилд, Д. (2003). «Вывод гаплотипов путем чистой экономии». В комбинаторном сопоставлении с образцом (стр. 144–155). Шпрингер Берлин/Гейдельберг.

[16] Д. Гасфилд, «Вывод гаплотипов из выборок диплоидных популяций: сложность и алгоритмы». Журнал вычислительной биологии 8, вып. 3 (2001): 305-323.

[17] Гасфилд. «Проблема идеальной филогении с множеством состояний с отсутствующими и удаляемыми данными: решения с помощью целочисленного линейного программирования и теории хордальных графов». Журнал вычислительной биологии, 2010.

[18] Ю. Фрид и Гасфилд. «Простой, практичный и полный $O(n^{3}\log n)$ -временной алгоритм сворачивания РНК с использованием ускорения четырех русских». Алгоритмы для молекулярной биологии, 2010

[algo-19] Гасфилд, Дэн (1999). Алгоритмы на строках, деревьях и последовательностях: информатика и вычислительная биология . Издательство Кембриджского университета . дои : 10.1017/CBO9780511574931 . ISBN 0-521-58519-8 . S2CID 61800864 .

[recomb-20] Гасфилд, Дэн (2014). Рекомбинаторика: алгоритмы графов предковой рекомбинации и явных филогенетических сетей . МТИ Пресс. ISBN 9780262027526 .

[21] «Высокий парень, 2015 г.» (PDF) . Справочник участников IEEE .

[22] «Стипендиаты ISCB» . Iscb.org . Проверено 23 января 2019 г.

[23] ACM награждает стипендиатов 2017 года за вклад в трансформацию и развитие технологий в эпоху цифровых технологий , Ассоциация вычислительной техники, 11 декабря 2017 г. , получено 13 ноября 2017 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

v т и Члены Международного общества вычислительной биологии по годам избрания
2009	David Haussler David Lipman Webb Miller David Sankoff Temple Smith Janet Thornton Michael Waterman
2010	Russ Altman Lawrence Hunter Eugene Myers Chris Sander Gary Stormo Alfonso Valencia
2011	Michael Ashburner Phil Bourne Søren Brunak Richard Durbin
2012	Bonnie Berger Peter Karp Jill Mesirov Pavel Pevzner Ron Shamir Martin Vingron Gunnar von Heijne
2013	Pierre Baldi David Eisenberg Minoru Kanehisa Satoru Miyano Ruth Nussinov Steven Salzberg
2014	Amos Bairoch Ewan Birney Nir Friedman Robert Gentleman Andrej Šali
2015	Rolf Apweiler Cyrus Chothia Julio Collado-Vides Mark Gerstein Des Higgins Thomas Lengauer Michael Levitt Burkhard Rost
2016	Helen M. Berman Steven Brenner Dan Gusfield Barry Honig Janet Kelso Michal Linial Christine Orengo Aviv Regev Lincoln Stein Sarah Teichmann Anna Tramontano Shoshana Wodak Haim Wolfson
2017	Alex Bateman Andrea Califano Daphne Koller Anders Krogh William Noble Lior Pachter Olga Troyanskaya Tandy Warnow
2018	Patricia Babbitt Terry Gaasterland Hanah Margalit Yves Moreau Bernard Moret William Pearson Mona Singh Mike Steel
2019	Vineet Bafna Eleazar Eskin Xiaole Shirley Liu Marie-France Sagot
2020	Serafim Batzoglou Judith Blake Mark Borodovsky Rita Casadio Paul Flicek Osamu Gotoh Rafael Irizarry Laxmi Parida Katherine Pollard Ben Raphael Zhiping Weng Xuegong Zhang
2021	Atul Butte A. Keith Dunker Eran Halperin Wolfgang Huber Sorin Istrail Christina Leslie Ming Li Núria López Bigas Dana Pe'er Teresa Przytycka Eytan Ruppin Gustavo Stolovitzky
2022	Barbara Bryant Sean Eddy Mikhail Gelfand Takashi Gojobori Trey Ideker David Jones Fran Lewitter Jun Liu Debora Marks Mihai Pop Reinhard Schneider

Базы данных авторитетного контроля
International	ISNI VIAF WorldCat
National	Germany Israel Belgium United States Czech Republic Netherlands
Academics	Association for Computing Machinery DBLP Google Scholar MathSciNet Mathematics Genealogy Project ORCID
Other	IdRef

Образование [ править ]

и исследования Карьера ​

Награды и почести [ править ]

Ссылки [ править ]

и исследования Карьера