Стивен Зальцберг
Стивен Зальцберг | |
|---|---|
 Стивен Зальцберг на конференции Biological Data Science (CSHL) в 2018 году | |
| Рожденный | Стивен Ллойд Зальцберг 1960 (63–64 года) |
| Альма-матер | Йельский университет Гарвардский университет |
| Известный | мерцание [3] МУМмер [4] АМОС-ассемблер [5] Галстук-бабочка [6] Цилиндр [7] |
| Супруг | Клаудия Пасха [8] |
| Награды | Премия Бена Франклина (2013) |
| Научная карьера | |
| Учреждения | Университет Мэриленда, Колледж-Парк Институт геномных исследований Университет Джонса Хопкинса |
| Диссертация | Обучение на вложенных обобщенных примерах (1989) |
| Докторантура | Уильям Аарон Вудс [1] |
| Докторанты | |
| Другие известные студенты | Olga Troyanskaya [2] |
| Веб-сайт | Зальцберг-лаборатория |
Стивен Ллойд Зальцберг (1960 г.р.) — американский компьютерный биолог и ученый-компьютерщик , заслуженный профессор агентства Bloomberg биомедицинской инженерии, информатики и биостатистики в Университете Джонса Хопкинса , где он также является директором Центра вычислительной биологии.
Ранняя жизнь и образование
[ редактировать ]Зальцберг родился в 1960 году и был одним из четырех детей в семье Германа Зальцберга, заслуженного профессора психологии, и Адель Зальцберг, школьной учительницы на пенсии. [9] Зальцберг учился на бакалавриате в Йельском университете , где в 1980 году получил степень бакалавра гуманитарных наук по английскому языку. В 1981 году он вернулся в Йельский университет и получил степени магистра наук и магистра философии в области компьютерных наук в 1982 и 1984 годах соответственно. После нескольких лет работы в стартап-компании он поступил в Гарвардский университет , где получил степень доктора философии. в области компьютерных наук в 1989 году. [10]
Карьера
[ редактировать ]После получения степени бакалавра он работал в местной энергетической компании в Южной Каролине , где приобрел опыт программирования с использованием мейнфреймов IBM . [11] Он также изучил COBOL и IBM Assembler. Затем он присоединился к бостонскому стартапу в области искусственного интеллекта , получив степень магистра в области компьютерных наук. [11]
После получения докторской степени Зальцберг поступил на работу в Университет Джонса Хопкинса в качестве доцента кафедры компьютерных наук, а в 1997 году получил звание доцента. С 1998 по 2005 год он возглавлял отдел биоинформатики в Институте биоинформатики. Genomic Research — один из крупнейших в мире центров секвенирования генома. Затем Зальцберг поступил на факультет компьютерных наук в Университете Мэриленда в Колледж-Парке , где он был профессором компьютерных наук Хорвица , а также директором Центра биоинформатики и вычислительной биологии. В 2011 году Зальцберг вернулся в Университет Джонса Хопкинса в качестве профессора медицинского факультета. С 2014 года — профессор кафедры биомедицинской инженерии медицинского факультета; факультет компьютерных наук Инженерной школы Уайтинга; и на факультете биостатистики Школы общественного здравоохранения Блумберга. [8] [12] [13]
В 2013 году Зальцберг получил премию Бенджамина Франклина. [14] в биоинформатике .
В марте 2015 года он был удостоен звания заслуженного профессора Bloomberg в Университете Джонса Хопкинса за достижения в качестве междисциплинарного исследователя и выдающиеся достижения в обучении следующего поколения ученых. [15] Звание выдающегося профессора Bloomberg было учреждено в 2013 году благодаря подарку Майкла Блумберга . [16] Зальцберг занимает совместные должности в Инженерной школе Джонса Хопкинса Уайтинга , Медицинской школе Джонса Хопкинса и Школе общественного здравоохранения Блумберга Джонса Хопкинса .
Исследовать
[ редактировать ]Зальцберг был выдающимся ученым в области биоинформатики и вычислительной биологии с 1990-х годов. Он внес большой вклад в поиска генов алгоритмы , в частности в GLIMMER. [17] программа поиска бактериальных генов, а также несколько связанных программ для поиска генов у животных, растений и других организмов. Он также был лидером в исследованиях сборки геномов и руководил сборкой десятков геномов, как больших, так и малых. Он был участником проекта генома человека. [18] а также многие другие геномные проекты, включая геном малярии ( Plasmodium falciparum ) и геном модельного растения Arabidopsis thaliana . В 2001–2002 годах он и его коллеги секвенировали сибирскую язву , которая использовалась при атаках сибирской язвы в 2001 году . Они опубликовали свои результаты в журнале Science в 2002 году. [19] Эти результаты помогли ФБР отследить источник атак до единственного флакона в Ft. Детрик во Фредерике, штат Мэриленд.
Зальцберг вместе с Дэвидом Липманом и Лоне Симонсеном в 2003 году начали проект секвенирования генома гриппа — проект по секвенированию и предоставлению доступа к геномам тысяч изолятов вируса гриппа. [20] [21]
Вскоре после появления секвенирования нового поколения (NGS) в середине 2000-х годов исследовательская лаборатория Зальцберга и его сотрудники разработали набор высокоэффективных и точных программ для выравнивания последовательностей NGS с большими геномами и для сборки последовательностей из RNA-Seq. эксперименты. К ним относится пакет «Tuxedo», включающий программы Bowtie , TopHat и Cufflinks, которые за годы, прошедшие с момента их публикации, цитировались десятки тысяч раз.
Зальцберг также активно выступал против лженауки , писал редакционные статьи и появлялся в печатных СМИ на эту тему. С 2010 года ведёт колонку в Forbes . журнале [22] по науке, медицине и лженауке, где опубликовал сотни статей, получивших десятки миллионов просмотров. Его работа в Forbes получила в 2012 году премию Роберта П. Баллеса в области критического мышления. [23]
Зальцберг был одним из основателей Кембриджской рабочей группы в 2014 году, которая была создана, чтобы выразить тревогу научного сообщества по поводу создания легко передаваемых и заразных вирусов (также называемых исследованием усиления функциональности ) и вероятности случайного лабораторного выброса. . [24]
Публикации
[ редактировать ]Зальцберг является автором или соавтором более 300 научных публикаций. [25] У него более 300 000 цитирований в Google Scholar и индекс Хирша 159. [26] В 2014 году и каждый год с тех пор (по крайней мере, до 2022 года) Зальцберг выбирался для включения в HighlyCited.com, рейтинг, составленный Институтом научной информации ученых, которые входят в число 1% наиболее цитируемых в своей предметной области в течение предыдущего года. десять лет. Он также был выбран для этого списка, когда он был впервые создан в 2001 году. Этот список высоко цитируемых исследователей продолжается в Clarivate , и Зальцберг также был включен в список в 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 и 2023 годах. [27]
Высокоцитируемые статьи (более 10 000 цитирований)
[ редактировать ]- 2012 с Б. Лэнгмидом, Быстрое выравнивание чтения с пробелами с помощью Bowtie 2 , в: Nature Methods . Том. 9, № 4; 357.
- 2009 Совместно с Б. Лэнгмидом, К. Трапнеллом, М. Попом, Сверхбыстрое и эффективное для памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека , в: Геномная биология . Том. 10, № 3; 1–10.
- 2001 г. с Дж. К. Вентером, доктором медицины Адамсом, Э. В. Майерсом, П. В. Ли, Р. Дж. Муралом и др., Последовательность человеческого генома , в: Science . Том. 291, № 5507; 1304–1351.
- 2015 г. с Д. Кимом, Б. Лэнгмидом, HISAT: выравниватель для быстрого сращивания с низкими требованиями к памяти , в: Nature Methods Vol. 12, 357–360. (2015)
- 2010 г. совместно с К. Трапнеллом, Б. А. Уильямсом, Дж. Пертеа, А. Мортазави, Дж. Кваном, М. Дж. Ван Бареном, Б. Дж. Уолдом, Л. Пачтером, Сборка транскриптов и количественная оценка с помощью RNA-Seq выявляют неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференциации клеток , в: Nature Biotechnology . Том. 28, № 5; 511–515.
- 2009 г. совместно с К. Трапнеллом, Л. Пачтером, TopHat: обнаружение соединений сплайсинга с помощью RNA-Seq , в: Биоинформатика . Том. 25, № 9; 1105–1111.
- 2013 г. с Д. Кимом, Дж. Пертеа, К. Трапнеллом, Х. Пиментелем, Р. Келли, TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов , в: Биология генома . Том. 14, № 4; 1–13.
- 2012 г. с К. Трапнеллом, А. Робертсом, Л. Гоффом, Дж. Пертеа, Д. Кимом, Д. Р. Келли, Х. Пиментелем, Дж. Л. Ринном, Л. Пахтером. Дифференциальный анализ экспрессии генов и транскриптов в экспериментах по секвенированию РНК с помощью TopHat и Cufflinks , в: Nature Protocols . Том. 7, № 3; 562-578.
- 2011 с Т. Магочом. FLASH: быстрая корректировка длины коротких ридов для улучшения сборок генома , в: Биоинформатика . Том. 27, № 21; 2957-2963.
- 2000 г. в рамках Инициативы по геному арабидопсиса. Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana // Природа . Том. 408, № 6814; 796-815.
Награды
[ редактировать ]- За достижения в 2020 году премия старшего ученого Международного общества вычислительной биологии
- 2014–2022 Назван высоко цитируемым исследователем, Thomson Reuters/Clarivate
- 2018 г. избран членом Американской академии искусств и наук.
- Избранный член Ассоциации вычислительной техники (ACM) в 2020 г.
- 2013 г. Избранный научный сотрудник Международного общества вычислительной биологии.
- Премия Роберта Г. Баллеса 2013 г. в области критического мышления
- 2013 г. Премия Бенджамина Франклина (биоинформатика) за открытый доступ в области наук о жизни
- 2007 Hot 100 авторов, BioMed Central
- Сотрудник 2004 г., Американская ассоциация содействия развитию науки.
- Карьерная премия НИЗ 1996 года [28]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Стивен Зальцберг в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ Маллинз, Дж.; Моррисон Маккей, Б. (2011). «Международное общество вычислительной биологии удостоило Майкла Эшбернера и Ольги Троянской высшей награды в области биоинформатики/вычислительной биологии за 2011 год» . PLOS Вычислительная биология . 7 (6): e1002081. Бибкод : 2011PLSCB...7E2081M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . ПМК 3107244 .
- ^ Зальцберг, СЛ; Делчер, Алабама; Касиф, С.; Уайт, О. (1998). «Идентификация микробных генов с использованием интерполированных марковских моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (2): 544–548. дои : 10.1093/нар/26.2.544 . ПМЦ 147303 . ПМИД 9421513 .
- ^ Делчер, Алабама; Касиф, С.; Флейшманн, РД; Петерсон, Дж.; Уайт, О.; Зальцберг, СЛ (1999). «Выравнивание целых геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (11): 2369–2376. дои : 10.1093/нар/27.11.2369 . ПМК 148804 . ПМИД 10325427 .
- ^ Соммер, Д.Д.; Делчер, Алабама; Зальцберг, СЛ; Поп, М. (2007). «Минимус: быстрый и легкий ассемблер генома» . БМК Биоинформатика . 8:64 . дои : 10.1186/1471-2105-8-64 . ПМК 1821043 . ПМИД 17324286 .
- ^ Лэнгмид, Б.; Трапнелл, К.; Поп, М.; Зальцберг, СЛ (2009). «Сверхбыстрое и эффективное для памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека» . Геномная биология . 10 (3): 25 рандов. дои : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . ПМК 2690996 . ПМИД 19261174 .
- ^ Трапнелл, К.; Пахтер, Л .; Зальцберг, СЛ (2009). «TopHat: обнаружение соединений сплайсинга с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–1111. doi : 10.1093/биоинформатика/btp120 . ПМЦ 2672628 . ПМИД 19289445 .
- ^ Jump up to: а б ccb.jhu.edu Краткий биоэскиз
- ^ «Стивен Зальцберг: краткая биография» . Зальцбергская лаборатория . 21 февраля 2015 г. Проверено 3 июня 2021 г.
- ^ Зальцберг, Стивен Ллойд (1989). Обучение на вложенных обобщенных примерах (кандидатская диссертация). Гарвардский университет. ПроКвест 303755625 .
- ^ Jump up to: а б Фогг, Кристина; Ковац, Диана; Шамир, Рон (29 октября 2021 г.). «Достижения ISCB за 2020 год, отмеченные премией старшего научного сотрудника: Стивен Зальцберг» . Оксфордский академический . Проверено 26 июля 2023 г.
- ^ Редакционная статья об эволюции и гриппе, Philadelphia Inquirer.
- ^ «Выдающиеся профессорские звания Bloomberg | Стивен Зальцберг» . Исследовательский офис Джонса Хопкинса . 9 сентября 2016 г.
- ^ «Стивен Зальцберг о микробных геномах, открытом доступе, прививках от гриппа и генных патентах» .
- ^ «Благодаря званию выдающегося профессора Bloomberg Университет Джонса Хопкинса стремится способствовать межспециальному сотрудничеству в 2014 году» . 17 февраля 2014 г.
- ^ «Майкл Р. Блумберг выделяет 350 миллионов долларов Джонсу Хопкинсу на трансформационную академическую инициативу 2013» .
- ^ Делчер, А.; Хармон, Д.; Касиф, С.; Уайт, О.; Зальцберг, С. (1999). «Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (23): 4636–4641. дои : 10.1093/нар/27.23.4636 . ПМК 148753 . ПМИД 10556321 .
- ^ Вентер, JC ; Адамс, М.; Майерс, Э.; Ли, П.; Мурал, Р.; Саттон, Г.; Смит, Х.; Янделл, М.; Эванс, К.; Холт, РА; Гокейн, доктор медицинских наук; Аманатидес, П.; Баллью, РМ; Хьюсон, Д.Х.; Вортман, младший; Чжан, К.; Кодира, CD; Чжэн, XH; Чен, Л.; Скупский, М.; Субраманиан, Г.; Томас, доктор медицинских наук; Чжан, Дж.; Габор Миклош, GL; Нельсон, К.; Бродер, С.; Кларк, АГ; Надо, Дж.; МакКьюсик, Вирджиния; и др. (2001). «Последовательность генома человека» . Наука . 291 (5507): 1304–1351. Бибкод : 2001Sci...291.1304V . дои : 10.1126/science.1058040 . ПМИД 11181995 .
- ^ Читай, ТД; Зальцберг, С.; Поп, М.; Шамуэй, М.; Умаям, Л.; Цзян, Л.; Хольцаппл, Э.; Буш, Дж.; Смит, К.; Шупп, Дж. М.; Соломон, Д.; Кейм, П.; Фрейзер, CM (2002). «Сравнительное секвенирование генома для открытия новых полиморфизмов у Bacillus anthracis» . Наука . 296 (5575): 2028–2033. Бибкод : 2002Sci...296.2028R . дои : 10.1126/science.1071837 . ПМИД 12004073 . S2CID 15470665 .
- ^ Гедин, Э.; Сенгамалай, Северная Каролина; Шамуэй, М.; Заборский Дж.; Фельдблюм, Т.; Суббу, В.; Спиро, диджей; Ситц, Дж.; Ку, Х.; Болотов П.; Дерновой, Д.; Татусова Т.; Бао, Ю.; Сент-Джордж, К.; Тейлор, Дж.; Липман, диджей; Фрейзер, КМ; Таубенбергер, Дж. К.; Зальцберг, СЛ (2005). «Крупномасштабное секвенирование человеческого гриппа раскрывает динамическую природу эволюции вирусного генома» . Природа . 437 (7062): 1162–1166. Бибкод : 2005Natur.437.1162G . дои : 10.1038/nature04239 . ПМИД 16208317 .
- ^ Холмс, ЕС; Гедин, Э.; Миллер, Н.; Тейлор, Дж.; Бао, Ю.; Сент-Джордж, К.; Гренфелл, Британская Колумбия; Зальцберг, СЛ; Фрейзер, CM; Липман, диджей; Таубенбергер, Дж. К. (2005). «Полногеномный анализ вируса гриппа А человека выявляет множественные стойкие линии и реассортацию среди последних вирусов H3N2» . ПЛОС Биология . 3 (9): е300. doi : 10.1371/journal.pbio.0030300 . ПМЦ 1180517 . ПМИД 16026181 .
- ^ Колонка Зальцберга в Forbes
- ^ «Авторы-скептики Стивен Зальцберг и Джо Никелл получат премию Баллеса в области критического мышления» . 14 июня 2013 г.
- ^ Бейкер, Николсон. (4 января 2021 г.). «Гипотеза лабораторной утечки На протяжении десятилетий ученые подключали вирусы по «горячему каналу» в надежде предотвратить пандемию, а не вызвать ее. Но что, если…?». Журнал New York Проверено 18 января 2021 г.
- ^ «Стивен Зальцберг, доктор философии, профессор биомедицинской инженерии» . Медицина Джонса Хопкинса . Проверено 3 июня 2021 г.
- ^ «Стивен Зальцберг» . ученый.google.com . Проверено 3 июня 2021 г.
- ^ «Высоко цитируемые исследователи» . publons.com . Проверено 3 июня 2021 г.
- ^ «Стивен Зальцберг, доктор философии, профессор биомедицинской инженерии» . Медицина Джонса Хопкинса . Проверено 4 мая 2021 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- genome.fieldofscience.com Научный блог Зальцберга
- Колонка Зальцберга в журнале Forbes
- cs.duke.edu Коллоквиум Duke Computer Science Стивен Зальцберг - включает биографию
- Программное обеспечение с открытым исходным кодом от лаборатории Зальцберга и других групп Центра вычислительной биологии Хопкинса.
- Живые люди
- Выпускники Йельского университета
- Выпускники Гарвардской школы инженерии и прикладных наук имени Джона А. Полсона
- Факультет биомедицинской инженерии Джонса Хопкинса
- Университет Мэриленда, факультет Колледж-Парк
- Американские биологи XXI века
- Американские биоинформатики
- Исследователи гриппа
- Еврейские учёные
- 1960 рождений
- Члены Американской ассоциации содействия развитию науки
- Члены Международного общества вычислительной биологии