Дэвид Санкофф
Дэвид Санкофф | |
|---|---|
 Дэвид Санкофф на выставке «Модели и алгоритмы эволюции генома» в 2013 году, Бромонт, Квебек. | |
| Рожденный | 31 декабря 1942 г. |
| Национальность |  канадец |
| Альма-матер | Университет Макгилла (бакалавр, магистр, доктор философии) |
| Известный | |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
| Диссертация | Историческая лингвистика как случайный процесс (1969) |
| Докторантура | Дональд Эндрю Доусон [5] |
| Веб-сайт | Альбукерке |
Дэвид Санкофф (родился 31 декабря 1942 г.) — канадский математик, биоинформатик , ученый-компьютерщик и лингвист. Он занимает кафедру канадских исследований в области математической геномики на факультете математики и статистики Университета Оттавы и одновременно назначен на факультет биологии и в Школу информационных технологий и инженерии. Он был одним из редакторов-основателей научного журнала Language Variation and Change (Кембридж). [6] и входит в редакционные коллегии ряда журналов по биоинформатике, компьютерной биологии и лингвистике. [7] [8] [9] [10] Санкофф наиболее известен своим новаторским вкладом в компьютерную лингвистику и компьютерную геномику . [3] Его считают одним из основоположников биоинформатики . В частности, он сыграл ключевую роль во внедрении динамического программирования. [11] для выравнивания последовательностей и других проблем вычислительной биологии . По Павла Певзнера , словам [2] « Майкл Уотерман и Дэвид Санкофф ответственны за превращение биоинформатики из «коллекции штампов» плохо определенных проблем в строгую дисциплину с важными биологическими приложениями».
Образование
[ редактировать ]Санкофф опубликовал свою первую статью в 1963 году. [12] когда он был студентом факультета математики в Университете Макгилла . Начав со своих докторских исследований, он разработал математические формулировки ряда ключевых концепций социально- и исторической лингвистики, включая глоттохронологию , [13] анализ переменных правил (совместно с Генриеттой Седергрен), [14] рынок лингвистический [15] и переключение кода . [16]
Карьера и исследования
[ редактировать ]После получения докторской степени. Получив степень доктора математики, Санкофф начал свою академическую карьеру в Монреальском университете в 1969 году. В 1971 году Санкофф заинтересовался сравнением молекулярных последовательностей. [11] и разработал первый с квадратичным временем вариант алгоритма Нидлмана-Вунша для парного выравнивания последовательностей . [17] В 1973 году Санкофф и Роберт Седергрен разработали метод оценки филогении совместный и множественного выравнивания последовательностей 5S рибосомальной РНК . [18] заложив алгоритмические основы сравнительной геномики . В 1975 году Санкофф и Вацлав Хватал изучили поведение задачи о самой длинной общей подпоследовательности на случайных входных данных; [19] константы пропорциональности, возникающие в этом исследовании, стали известны как константы Хватала – Санкова .В 1980 году Роберт Седерген и Дэвид Санкофф создали первую исследовательскую группу по биоинформатике в Университете Монреаля . [20] Работы Санкова в области биоинформатики касаются вторичной структуры РНК , перестройки генома , выравнивания последовательностей , эволюции генома и филогенетики . [21]
Награды и почести
[ редактировать ]- Первый лауреат Международного общества вычислительной биологии в 2003 году. Премии старшего ученого [2]
- Избран членом Королевского общества Канады (1995 г.). [22]
- Избран членом ISCB Международным обществом вычислительной биологии в 2009 г. [1]
- Премия Марселя-Венсана (1977) [23]
- Премия Онтарио выдающемуся исследователю (2002 г.) [22]
- Премия Мемориала Уэлдона (2004 г.) [24]
- Университета Оттавы за выдающиеся достижения в области исследований Премия [25] (2013)
- Почетный доктор Тель-Авивского университета (2014 г.). [26]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с Мейзел, М. (2006). «ISCB чтит Майкла С. Уотермана и Матье Бланшетта» . PLOS Вычислительная биология . 2 (8): е105. Бибкод : 2006PLSCB...2..105M . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020105 . ПМК 1526462 .
- ^ Jump up to: а б Публикации Дэвида Санкоффа , проиндексированные Google Scholar
- ^ : Санкофф, Дэвид (2008). «Как предсказать эволюцию двуязычного сообщества» . Мейерхофф, Мириам и Наоми Надь (ред.), Социальная жизнь в языке – социолингвистика и многоязычные речевые сообщества: прославляя работу Джиллиан Санкофф (стр. 179–194) . Амстердам: Джон Бенджаминс .
- ^ Дэвид Санкофф в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ Сали, Тальямонте (2 ноября 2015 г.). На волнах: история вариационной социолингвистики . Чичестер, Западный Суссекс, Великобритания. ISBN 9781118455166 . OCLC 921307274 .
{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка ) - ^ «БМК Биоинформатика» . Проверено 8 июня 2019 г.
- ^ «Журнал биоинформатики и вычислительной биологии» . Проверено 8 июня 2019 г.
- ^ «Журнал вычислительной биологии» . Проверено 8 июня 2019 г.
- ^ «Молекулярная филогенетика и эволюция, том 43» . Проверено 8 июня 2019 г.
- ^ Jump up to: а б Санкофф, Д. (2000). «Раннее внедрение динамического программирования в вычислительную биологию» . Биоинформатика . 16 (1): 41–47. дои : 10.1093/биоинформатика/16.1.41 . ПМИД 10812476 .
- ^ Фризен, доктор медицинских наук; Санкофф, Д.; Симинович, Л. (1963). «Радиобиологические исследования вируса коровьей оспы». Вирусология . 21 (3): 411–424. дои : 10.1016/0042-6822(63)90203-4 . ПМИД 14081366 .
- ^ Санкофф, Дэвид (1970). «О скорости замены словесных связей». Язык . 46 (3): 564–569. CiteSeerX 10.1.1.667.3279 . дои : 10.2307/412307 . JSTOR 412307 .
- ^ Седергрен, HJ; Д. Санкофф (1974). «Переменные правила: результативность как статистическое отражение компетентности». Язык . 50 (2): 333–355. CiteSeerX 10.1.1.665.3156 . дои : 10.2307/412441 . JSTOR 412441 .
- ^ : Санкофф, Д.; С. Лаберж (1978). «Лингвистический рынок и статистическое объяснение изменчивости». В Д. Санкоффе (ред.), Лингвистические вариации: модели и методы (стр. 239-250) . Нью-Йорк: Академическая пресса.
- ^ Санкофф, Дэвид; Шана Поплак (1981). «Формальная грамматика для переключения кода». Статьи по лингвистике . 14 (1): 3–46. CiteSeerX 10.1.1.667.3175 . дои : 10.1080/08351818109370523 .
- ^ Санкофф, Д. (1972). «Сопоставление последовательностей при ограничениях удаления-вставки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 69 (1): 4–6. Бибкод : 1972PNAS...69....4S . дои : 10.1073/pnas.69.1.4 . ПМЦ 427531 . ПМИД 4500555 .
- ^ Санкофф, Д; К. Морель; Р. Дж. Седергрен (1973). «Эволюция 5S РНК и неслучайность замены оснований». Новая биология природы . 245 (147): 232–234. дои : 10.1038/newbio245232a0 . ПМИД 4201431 .
- ^ Хватал, Вацлав ; Санкофф, Дэвид (1975), «Самые длинные общие подпоследовательности двух случайных последовательностей», Journal of Applied Probability , 12 (2): 306–315, doi : 10.2307/3212444 , JSTOR 3212444 , MR 0405531 , S2CID 250345191 .
- ^ «История Центра Роберта Седергрена» . Проверено 25 августа 2013 г.
- ^ Анон (2003). «Премия старшего научного сотрудника ISCB Санкоффу» . iscb.org/iscb-awards . Архивировано из оригинала 3 марта 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Дэвид Санкофф» . Исследовать . Проверено 3 ноября 2020 г.
- ^ «Премия Акфа Терезы Гуэн-Декари (премия Марселя-Венсана до 2013 года)» . Acfas PRICE (на французском языке). 2019 . Проверено 19 сентября 2020 г.
- ^ Профессор Анджела Маклин награждена медалью Уэлдона . 17 мая 2018 г.
- ^ «Дэвид Санкофф — награда за выдающиеся достижения в области исследований» . Архивировано из оригинала 24 сентября 2014 года . Проверено 25 августа 2013 г.
- ^ «Сооснователь биоинформатики получит звание почетного доктора» . Математика . 11.06.2019 . Проверено 3 ноября 2020 г.
