Рон Шамир
Рон Шамир | |
|---|---|
 | |
| Рожденный | 29 ноября 1953 г. |
| Национальность | Израильский |
| Альма-матер | Тель-Авивский университет Еврейский университет Иерусалима Калифорнийский университет |
| Известный | Центр биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры Тель-Авивский университет, бакалавр наук. программа по биоинформатике Программное обеспечение расширителя [ нужна ссылка ] |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Проектирование и анализ алгоритмов Алгоритмическая теория графов |
| Учреждения | Тель-Авивский университет Школа компьютерных наук Блаватника |
| Докторантура | Ричард М. Карп Илан Адлер [2] |
| Веб-сайт | www |
Рон Шамир ( иврит : רון שמיר; родился 29 ноября 1953 года) — израильский профессор информатики , известный своими работами в области теории графов и вычислительной биологии . Он возглавляет кафедру биоинформатики имени Рэймонда и Беверли Саклер, а также является основателем и бывшим главой Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры в Тель-Авивском университете .
Биография [ править ]
Рон Шамир родился в Иерусалиме, Израиль, в 1953 году и был старшим сыном Варды и Рафаэля Шамиров. Сефарадская семья его отца жила в старом городе Иерусалима более 400 лет . Родители его матери были пионерами, приехавшими из России в Израиль в рамках Третьей алии в начале 1920-х годов. У него есть две младшие сестры, Дафна и Гадит.
Шамир учился в гимназии Рехавия в Иерусалиме 12 лет. В старшей школе он активно занимался скаутами и легкой атлетикой; Среди других достижений он выиграл чемпионат Иерусалимской средней школы по толканию ядра .
Шамир получил степень бакалавра наук. изучал математику и физику в Тель-Авивском университете (1973–1975) и получил степень в Еврейском университете в Иерусалиме (1975–1977). Позже он начал магистратуру. изучал исследование операций в Тель-Авивском университете под руководством Ури Йечиали, а затем присоединился к докторской программе в отделе IEOR Калифорнийского университета в Беркли , где учился с 1981 по 1984 год. Его докторская диссертация была написана под руководством Ричарда Карпа и Илан Адлер.
Исследования [ править ]
Ранние годы [ править ]
Шамир начал свое исследование [3] [4] [5] [6] карьера в исследовании операций, изучении задач оптимизации, связанных с линейным программированием и симплексным методом . Его докторская диссертация вместе с Адлером и Карпом была посвящена анализу среднего случая симплекс-метода и показала, что определенный вариант симплекса был квадратичным в рамках простой модели входных данных. [7] Аналогичные результаты были получены одновременно Майклом Тоддом и Адлером и Нимродом Мегиддо . Позже он работал с Дорит С. Хохбаум над эффективными алгоритмами для задач структурированной оптимизации. [8]
Алгоритмическая теория графов [ править ]
В начале 1990-х годов Шамир сосредоточил свое внимание на алгоритмической теории графов . Вместе со своим учеником Хаимом Капланом и Мартином Голумбиком он изучал задачи сэндвича с графами, [9] проблемы завершения графов и различные проблемы, связанные с интервальными графами . [10] [11] Одна из его статей по проблеме выполнимости интервалов позже была применена к изучению физического картирования ДНК ; [12] это ознаменовало его введение в область вычислительной биологии .
Биоинформатика [ править ]
Шамир использовал свой опыт в теории графов для разработки алгоритмов кластеризации для анализа проблем экспрессии генов . Его первая статья в этой области, написанная совместно с Эрезом Хартувом, представила алгоритм кластеризации HCS . [13] Его алгоритм CAST совместно с Зохаром Яхини и Амиром Бен-Дором был опубликован в 1999 году. [14] и привлек большое внимание биоинформатического сообщества; методы, описанные в статье, стали популярными для анализа геномных данных. Алгоритм кластеризации CLICK [15] с Родедом Шараном и алгоритмом SAMBA с Амосом Танаем и Родедом Шараном для бикластеризации [16] находятся в широком использовании.
Шамир расширил свои исследования, включив в них дополнительные аспекты биоинформатики, такие как анализ биологических сетей . [17] [18] перестройки генома , [19] мотива последовательности , поиск [20] [21] и регуляция транскрипции . [22] [23] Многие инструменты, разработанные в его лаборатории, доступны как часть пакета EXPANDER. [6] который обеспечивает интегрированную среду для анализа биологических данных с высокой пропускной способностью.
Текущие исследования Шамира сосредоточены на интегративном анализе гетерогенных биомедицинских данных с высокой пропускной способностью, перестройках генома при раке и регуляции генов.
ШИП [ править ]
SPIKE (Интегрированная система знаний сигнальных путей) — это база данных тщательно подобранных взаимодействий для определенных путей человека. [24] Шамира SPIKE был разработан группой вычислительной биологии в сотрудничестве с группой Йосефа Шилоха, лауреата премии Израиля за исследования в области системной биологии, и группой Карен Авраам , ведущего исследователя человеческой глухоты , из Тель-Авивского университета .
Дополнительные мероприятия [ править ]
Шамир входил в учредительный руководящий комитет собрания RECOMB. [25] ведущую теоретическую конференцию по биоинформатике и проработал на ней тринадцать лет. Он является соучредителем Израильского общества биоинформатики и вычислительной биологии и был президентом общества с 2004 по 2006 год. Он возглавляет Центр биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры при Тель-Авивском университете и возглавляет кафедру биоинформатики Раймонда и Беверли Саклер. . [26] Шамир также уделяет время образованию в области биоинформатики. Он разработал обширные конспекты лекций, которые широко используются в области вычислительной геномики (алгоритмы молекулярной биологии) и анализа экспрессии генов, ДНК-чипов и генных сетей. Он основал совместную программу бакалавриата по биоинформатике и информатике в Тель-Авивском университете; он преподает основные курсы программы и руководил многими магистрами наук. и доктор философии. студенты. Он также был соредактором книги «Биоинформатика для биологов». [27] с Павлом Алексеевичем Певзнером .
Студенты
Шамир был наставником более 80 аспирантов и постдокторантов, многие из которых сделали впечатляющую карьеру в академических кругах и промышленности. Среди его учеников в академических кругах - Хаим Каплан , Декель Цур , Далит Наор , Ицик Пеер , Родед Шаран , Амос Танай , Ади Акавиа , Реут Шалги , Рани Элькон , Ротем Сорек , Ирит Гат-Викс , Михал Зив-Укельсон , Игорь Улицкий. , Мукул Бансал , Мейрав Зехави , Ярон Оренштейн и Лианронг Пу .
Награды и почести [ править ]
- Достижения, удостоенные награды старшего научного сотрудника Международного общества вычислительной биологии. [28] (2022)
- Премия семьи Кадар за выдающиеся исследования, Тель-Авивский университет (2017).
- RECOMB «Награда «Испытание временем»» за статью 2004 г. «Идентификация белковых комплексов». [29] (2016)
- Избран членом ISCB Международным обществом вычислительной биологии. [1] (2012)
- Избран членом ACM Ассоциацией вычислительной техники. [30] (2012)
- RECOMB получил награду «Испытание временем» за статью 1999 года «Кластеризация моделей экспрессии генов». [31] (2011)
- Национальная премия Майкла Ландау в области биоинформатики [32] (2010)
- Кафедра биоинформатики Раймонда и Беверли Саклер Тель-Авивского университета [33] (2003)
- Премия ISMB за лучшую статью за статью «Выравнивание спектра». [34] (2000)
- Стипендия Алона Израильской академии наук и гуманитарных наук (1987).
Личная жизнь [ править ]
Шамир женат на Михале Орен-Шамире. [ когда? ] У них трое сыновей: Алон, Иттай и Йоав. Они живут в Реховоте , Израиль. [ нужна ссылка ]
Ссылки [ править ]
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
- ^ Рон Шамир в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ Бен-Дор, А.; Шамир, Р.; Яхини, З. (1999), «Кластеризация моделей экспрессии генов», Журнал вычислительной биологии , 6 (3–4): 281–297, CiteSeerX 10.1.1.34.5341 , doi : 10.1089/106652799318274 , PMID 10582567
- ^ Шаран, Р.; Марон-Кац, А.; Шамир, Р. (2000), «CLICK: алгоритм кластеризации с применением к анализу экспрессии генов», Intelligent Systems in Molecular Biology , 19 (14): 307–316, CiteSeerX 10.1.1.126.8500 , doi : 10.1093/биоинформатика/ btg232 , PMID 14512350 .
- Танай, А.; Шаран, Р.; Шамир, Р. (2000), «Обнаружение статистически значимых бикластеров в данных об экспрессии генов», Bioinformatics , 18 (1): S136–S144, doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 , PMID 12169541
- ^ Шаран, Р.; Марон-Кац, А.; Шамир, Р. (2003), «CLICK and EXPANDER: система кластеризации и визуализации данных об экспрессии генов», Bioinformatics , 19 (14): 1787–1799, CiteSeerX 10.1.1.126.8500 , doi : 10.1093/bioinformatics/btg232 , ПМИД 14512350
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Улицкий, Игорь; Марон-Кац, Ади; Шавит, Чайка; Сагир, Дорит; Линхарт, Хаим; Элкон, Ран; Танай, Амос; Шаран, Родед; Шайло, Йосеф; Шамир, Рон (2010), «Экспандер: от экспрессионных микрочипов к сетям и функциям» , Nature Protocols , 5 (2): 303–22, doi : 10.1038/nprot.2009.230 , PMID 20134430 , S2CID 3504270
- ^ Адлер, Илан; Карп, Ричард М.; Шамир, Рон (1987), «Симплексный вариант решения линейной программы m × d за ожидаемое количество поворотных шагов O (min (m ^ 2, d ^ 2))», Journal of Complexity , 3 (4): 372– 387, номер домена : 10.1016/0885-064X(87)90007-0
- ^ Хохбаум, Дорит С .; Шамир, Рон (1991). «Сильно полиномиальные алгоритмы для задачи планирования с высокой множественностью». Исследование операций . 39 (4): 648–653. дои : 10.1287/опре.39.4.648 . ISSN 0030-364X .
- ^ Голумбик, Мартин Чарльз; Каплан, Хаим; Шамир, Рон (1995), «Проблемы сэндвича с графами», Journal of Algorithms , 19 (3): 449–473, CiteSeerX 10.1.1.12.8158 , doi : 10.1006/jagm.1995.1047
- ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон (1996), «Пропускная способность, пропускная способность и проблемы завершения правильных интервальных графов с небольшими кликами», SIAM Journal on Computing , 25 (3): 540–561, CiteSeerX 10.1.1.34.9275 , doi : 10.1137/S0097539793258143
- ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон; Тарьян, Роберт Э. (1999), «Разрешимость параметризованных задач завершения на хордальных, строго хордальных и правильных интервальных графах», SIAM Journal on Computing , 28 (5): 1906–1922, CiteSeerX 10.1.1.12.2803 , doi : 10.1137/S0097539796303044
- ^ Голумбик, MC; Каплан, Х.; Шамир, Р. (1994), «О сложности физического картирования ДНК», Успехи в прикладной математике , 15 (3): 251–261, doi : 10.1006/aama.1994.1009
- ^ Хартув, Э.; Шамир, Р. (2000), «Алгоритм кластеризации, основанный на связности графов», Information Processing Letters , 76 (4–6): 175–181, CiteSeerX 10.1.1.17.1450 , doi : 10.1016/S0020-0190(00) 00142-3
- ^ Бен-Дор, Амир; Шамир, Рон; Яхини, Зохар (1999), «Кластеризация моделей экспрессии генов», Журнал вычислительной биологии , 6 (3–4): 281–97, CiteSeerX 10.1.1.34.5341 , doi : 10.1089/106652799318274 , PMID 10582567
- ^ Шаран, Р.; Шамир, Р. (2000), «CLICK: алгоритм кластеризации с применением к анализу экспрессии генов», Proceedings ISMB '00 , 8 : 307–316C, PMID 10977092
- ^ Танай, А.; Шаран, Р.; Шамир, Р. (2000), «Обнаружение статистически значимых бикластеров в данных об экспрессии генов», Bioinformatics , 18 (1): S136–S144, doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 , PMID 12169541
- ^ Улицкий И.; Шамир, Р. (2007), «Идентификация функциональных модулей с использованием сетевой топологии и данных с высокой пропускной способностью», BMC Systems Biology , 1 (8): 8, doi : 10.1186/1752-0509-1-8 , PMC 1839897 , PMID 17408515
- ^ Мюллер, Ф.Дж.; Уильямс, Р.; Костка, Д.; Лоран, Л.; Улицкий И.; Лу, К.; Рао, М.С.; Шамир, Р.; Шварц, PH; Шмидт, НЕТ; Лоринг, Дж. Ф. (2008), «Регуляторные сети определяют фенотипические классы линий стволовых клеток человека», Nature , 455 (7211): 401–405, Bibcode : 2008Natur.455..401M , doi : 10.1038/nature07213 , PMC 2637443 , PMID 18724358
- ^ Каплан, Х.; Шамир, Р.; Тарьян, Р.Э. (1999), «Более быстрый и простой алгоритм сортировки знаковых перестановок путем разворота», SIAM Journal on Computing , 29 (3): 880–892, CiteSeerX 10.1.1.43.5245 , doi : 10.1137/s0097539798334207
- ^ Элкон, Р.; Линхарт, К.; Шаран, Р.; Шамир, Р.; Шайло, Ю. (2003), «Полногеномная идентификация регуляторов транскрипции in silico, контролирующих клеточный цикл в клетках человека», Genome Research , 13 (5): 773–780, doi : 10.1101/gr.947203 , PMC 430898 , PMID 12727897
- ^ Линхарт, К.; Гальперин Ю.; Шамир, Р. (2008), «Открытие фактора транскрипции и мотива микроРНК: платформа Amadeus и сборник целевых наборов многоклеточных животных», Genome Research , 18 (7): 1180–1189, doi : 10.1101/gr.076117.108 , PMC 2493407 , PMID 18411406
- ^ Танай, А.; Регев, А.; Шамир, Р. (2005), «Консервация и возможность развития в регуляторных сетях: эволюция рибосомальной регуляции у дрожжей», Proceedings of the National Academy of Sciences USA , 102 (20): 7203–7208, Bibcode : 2005PNAS..102.7203T , doi : 10.1073/pnas.0502521102 , PMC 1091753 , PMID 15883364
- ^ Белль, А.; Танай, А.; Битинка, Л.; Шамир, Р.; О'Ши, EK (2006), «Количественная оценка периода полураспада белка в протеоме почкующихся дрожжей», Proceedings of the National Academy of Sciences USA , 103 (35): 13004–9, Bibcode : 2006PNAS..10313004B , doi : 10.1073/pnas.0605420103 , PMC 1550773 , PMID 16916930
- ^ Пас, Арнон; Браунштейн Зиппора; Бер Яара; Бялик Шани; Дэвид Эяль; Сагир Дорит; Улицкий Игорь; Элкон Ран; Кимчи Ади; Авраам Карен Б; Шайло Йосеф; Шамир Рон (январь 2011 г.). «SPIKE: база данных тщательно подобранных сигнальных путей человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D793-9. дои : 10.1093/nar/gkq1167 . ПМК 3014840 . ПМИД 21097778 .
- ^ Руководящий комитет RECOMB , включая бывшего участника Рона Шамира. По состоянию на 12 января 2014 г.
- ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Члены руководящего комитета Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры
- ^ Певзнер, Павел; Шамир, Рон (2011), Биоинформатика для биологов , Cambridge University Press, ISBN 9781107648876
- ^ Фогг, Кристина (2022). «Достижения ISCB 2022 года по версии старшего научного сотрудника: Рон Шамир» . Биоинформатика . 38 (Приложение 1): i1–i2. doi : 10.1093/биоинформатика/btac339 . ПМЦ 9236576 . ПМИД 35758791 . Проверено 4 июня 2023 г.
- ^ Шаран, Родед; Идекер, Трей; Келли, Брайан; Шамир, Рон; Карп, Ричард М. (июль 2005 г.). «Идентификация белковых комплексов путем сравнительного анализа данных взаимодействия дрожжевых и бактериальных белков». Журнал вычислительной биологии . 12 (6): 835–846. CiteSeerX 10.1.1.139.231 . дои : 10.1089/cmb.2005.12.835 . ISSN 1066-5277 . ПМИД 16108720 .
- ^ Профиль сотрудника ACM , Ассоциация вычислительной техники
- ^ Лауреаты премии RECOMB . По состоянию на 12 января 2014 г.
- ^ Лауреаты премии Ландау за 2010 год. Архивировано 8 октября 2011 г. в Wayback Machine (иврит). По состоянию на 12 января 2014 г.
- ^ Стул Раймонда и Беверли Саклер в области биоинформатики . По состоянию на 12 января 2014 г.
- ^ Основные докладчики «Интеллектуальная система молекулярной биологии» (ISMB) , ISMB . По состоянию на 12 января 2014 г.
