Линкольн Стейн

Линкольн Стейн
Линкольн Стейн
	Линкольн Штейн с (крайний справа) Альфонсо Валенсией (крайний слева) и Сарой Тейхманн (в центре) на конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии » (ISMB) в 2016 году в Орландо, Флорида .
Рожденный	Линкольн Дэвид Стейн ; 1960 (63–64 года)
Альма-матер	Гарвардский университет (доктор философии)
Награды	Премия Бена Франклина (2004) ; Сотрудник ISCB (2016 г.) ;
	Научная карьера
Поля	Геномная информатика
Учреждения	Институт онкологических исследований Онтарио ; Гарвардская медицинская школа ; Институт Уайтхеда ; Лаборатория Колд-Спринг-Харбор ;
Диссертация	Клонирование генов, регулирующих развитие, Schistosoma mansoni (1989).
Веб-сайт	UCITS .на .что /следователи / Линкольн-Штайн

Линкольн Дэвид Стейн учёный и профессор биоинформатики — и вычислительной биологии в Институте исследования рака Онтарио . ^[2]^[4]^[5]

Образование

Штейн получил степень доктора медицины в Гарвардской медицинской школе и докторскую степень по клеточной биологии в Гарвардском университете. В 1989 году ^[6] по программе MD-PhD . Его диссертация исследовала клонирование генов Schistosoma mansoni . ^[6]

Карьера

С 1992 по 1997 год он был директором отдела информатики Массачусетского технологического института (MIT) Центра генома Уайтхеда Института биомедицинских исследований . С 1998 по 2004 год он был доцентом лаборатории Колд-Спринг-Харбор . С 2007 года работает в Институте исследования рака Онтарио. ^{[ нужна ссылка ]}

Исследовать

Текущие исследовательские проекты Штейна ^[2]^[5] включить Реактом , ^[7] ВормБейс , ^[7] БиоПерл , ^[8] Грамен, ^[9] КОДИРОВАТЬ , ^[10]^[11]^[12] База данных типовых модельных организмов , ^[13] последовательности Онтология ^[14] и облачные вычисления . ^[15]

Штейн также является первоначальным разработчиком CGI.pm и участником mod_perl , который широко используется в языке программирования Perl для веб-приложений, а также во многих других модулях Perl и связанных с ними книгах. ^[16]^[17]^[18]^[19]^[20]

Награды и почести

Штейн был награжден премией Бенджамина Франклина (биоинформатика) в 2004 году. ^[21] избрало его членом ISCB В 2016 году Международное общество вычислительной биологии . ^[1]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Публикации Линкольна Стайна , проиндексированные Google Scholar
^ «116663444» .
^ «Институт Онтарио по исследованию рака» . Архивировано из оригинала 22 апреля 2011 г.
^ Jump up to: ^а ^б Публикации Линкольна Стайна индексируются в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
^ Jump up to: ^а ^б Штейн, Линкольн Дэвид (1989). Клонирование генов, регулирующих развитие, Schistosoma mansoni . harvard.edu (докторская диссертация). Гарвардский университет. OCLC 23368773 .
^ Jump up to: ^а ^б Крофт, Д.; О'Келли, Дж.; Ву, Г.; Хау, Р.; Гиллеспи, М.; Мэтьюз, Л.; Коди, М.; Гарапати, П.; Гопинатх, Г.; Джассаль, Б.; Юп, С.; Калацкая И.; Махаджан, С.; Мэй, Б.; Ндегва, Н.; Шмидт, Э.; Шамовский В.; Юнг, К.; Бирни, Э.; Хермякоб, Х.; д'Эстахио, П.; Штейн, Л. (2010). «Реактом: база данных реакций, путей и биологических процессов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D691–D697. дои : 10.1093/нар/gkq1018 . ПМК 3013646 . ПМИД 21067998 .
^ Стаич, Дж. Э.; Блок, Д.; Булез, К.; Бреннер, С .; Червиц, С.; Дагдигян, К.; Фюллен, Г.; Гилберт, Дж.; Корф, И.; Лапп, Х.; Лехваслайхо, Х.; Матсалла, К.; Мунгалл, CJ; Осборн, Б.И.; Покок, MR; Шаттнер, П.; Сенгер, М.; Штейн, Л.Д. ; Ступка, Е.; Уилкинсон, доктор медицины; Бирни, Э. (2002). «Набор инструментов BioPerl: модули Perl для наук о жизни» . Геномные исследования . 12 (10): 1611–1618. дои : 10.1101/гр.361602 . ПМК 187536 . ПМИД 12368254 .
^ Уэр, ДХ; Джайсвал, П.; Ни, Дж.; Яп, IV; Пан, X.; Кларк, Кентукки; Тейтельман, Л.; Шмидт, Южная Каролина; Чжао, В.; Чанг, К.; Картинхур, С.; Штейн, Л.Д.; МакКоуч, С.Р. (2002). «Грамен, инструмент для геномики трав» . Физиология растений . 130 (4): 1606–1613. дои : 10.1104/стр.015248 . ПМК 1540266 . ПМИД 12481044 .
^ Герштейн М.Б. , Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Йип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А.; и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE» . Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G . дои : 10.1126/science.1196914 . ПМЦ 3142569 . ПМИД 21177976 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Консорциум modENCODE, Рой С., Эрнст Дж., Харченко П.В., Херадпур П., Негре Н., Итон М.Л., Ландолин Дж.М., Бристоу К.А., Ма Л.; и др. (2010). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью modENCODE дрозофилы» . Наука . 330 (6012): 1787–1797. Бибкод : 2010Sci...330.1787R . дои : 10.1126/science.1198374 . ПМК 3192495 . ПМИД 21177974 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Контрино, С.; Смит, Р.Н.; Бутано, Д.; Карр, А.; Ху, Ф.; Лайн, Р.; Резерфорд, К.; Кальдеримис, А.; Салливан, Дж.; Карбон, С.; Кефарт, ET; Ллойд, П.; Стинсон, Э.О.; Вашингтон, Нидерланды; Перри, доктор медицины; Рузанов П.; Жа, З.; Льюис, SE; Штейн, Л.Д.; Миклем, Г. (2011). «ModMine: Гибкий доступ к данным modENCODE» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1082–D1088. дои : 10.1093/nar/gkr921 . ПМК 3245176 . ПМИД 22080565 .
^ Штейн, Л.Д. ; Мунгалл, К.; Шу, С.; Коди, М.; Мангоне, М.; День, А.; Никерсон, Э.; Стаич, Дж. Э.; Харрис, ТВ; Арва, А.; Льюис, С. (2002). «Общий браузер генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма» . Геномные исследования . 12 (10): 1599–1610. дои : 10.1101/гр.403602 . ПМК 187535 . ПМИД 12368253 .
^ Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р. ; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ 1175956 . ПМИД 15892872 .
^ Штейн, Л.Д. (2010). «Аргументы в пользу облачных вычислений в геномной информатике» . Геномная биология . 11 (5): 207. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-207 . ПМК 2898083 . ПМИД 20441614 .
^ Штейн, Линкольн Д. (1998). Официальное руководство по программированию с использованием CGI. pm: [стандарт создания веб-скриптов] . Нью-Йорк: Уайли. ISBN 978-0-471-24744-9 .
^ Дуг Макихерн; Штейн, Линкольн Д. (1999). Написание модулей Apache с помощью Perl и C. Севастополь, Калифорния: О'Рейли. ISBN 978-1-56592-567-0 .
^ Штейн, Линкольн Д. (2001). Сетевое программирование на Perl . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-61571-5 .
^ Штейн, Линкольн Д. (1997). Как настроить и поддерживать веб-сайт . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-63462-4 .
^ Штейн, Линкольн Д. (1998). Веб-безопасность: пошаговое справочное руководство . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-63489-1 .
^ http://www.bioinformatics.org/franklin/2004/ Премия Бенджамина Франклина 2004 г. присуждена Линкольну Д. Штайну

[fellows-1] Jump up to: ^а ^б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.

[googlescholar-2] Jump up to: ^а ^б ^с Публикации Линкольна Стайна , проиндексированные Google Scholar

[3] «116663444» .

[4] «Институт Онтарио по исследованию рака» . Архивировано из оригинала 22 апреля 2011 г.

[scopus-5] Jump up to: ^а ^б Публикации Линкольна Стайна индексируются в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)

[steinphd-6] Jump up to: ^а ^б Штейн, Линкольн Дэвид (1989). Клонирование генов, регулирующих развитие, Schistosoma mansoni . harvard.edu (докторская диссертация). Гарвардский университет. OCLC 23368773 .

[ReferenceA-7] Jump up to: ^а ^б Крофт, Д.; О'Келли, Дж.; Ву, Г.; Хау, Р.; Гиллеспи, М.; Мэтьюз, Л.; Коди, М.; Гарапати, П.; Гопинатх, Г.; Джассаль, Б.; Юп, С.; Калацкая И.; Махаджан, С.; Мэй, Б.; Ндегва, Н.; Шмидт, Э.; Шамовский В.; Юнг, К.; Бирни, Э.; Хермякоб, Х.; д'Эстахио, П.; Штейн, Л. (2010). «Реактом: база данных реакций, путей и биологических процессов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D691–D697. дои : 10.1093/нар/gkq1018 . ПМК 3013646 . ПМИД 21067998 .

[8] Стаич, Дж. Э.; Блок, Д.; Булез, К.; Бреннер, С .; Червиц, С.; Дагдигян, К.; Фюллен, Г.; Гилберт, Дж.; Корф, И.; Лапп, Х.; Лехваслайхо, Х.; Матсалла, К.; Мунгалл, CJ; Осборн, Б.И.; Покок, MR; Шаттнер, П.; Сенгер, М.; Штейн, Л.Д. ; Ступка, Е.; Уилкинсон, доктор медицины; Бирни, Э. (2002). «Набор инструментов BioPerl: модули Perl для наук о жизни» . Геномные исследования . 12 (10): 1611–1618. дои : 10.1101/гр.361602 . ПМК 187536 . ПМИД 12368254 .

[9] Уэр, ДХ; Джайсвал, П.; Ни, Дж.; Яп, IV; Пан, X.; Кларк, Кентукки; Тейтельман, Л.; Шмидт, Южная Каролина; Чжао, В.; Чанг, К.; Картинхур, С.; Штейн, Л.Д.; МакКоуч, С.Р. (2002). «Грамен, инструмент для геномики трав» . Физиология растений . 130 (4): 1606–1613. дои : 10.1104/стр.015248 . ПМК 1540266 . ПМИД 12481044 .

[10] Герштейн М.Б. , Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Йип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А.; и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE» . Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G . дои : 10.1126/science.1196914 . ПМЦ 3142569 . ПМИД 21177976 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[11] Консорциум modENCODE, Рой С., Эрнст Дж., Харченко П.В., Херадпур П., Негре Н., Итон М.Л., Ландолин Дж.М., Бристоу К.А., Ма Л.; и др. (2010). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью modENCODE дрозофилы» . Наука . 330 (6012): 1787–1797. Бибкод : 2010Sci...330.1787R . дои : 10.1126/science.1198374 . ПМК 3192495 . ПМИД 21177974 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[12] Контрино, С.; Смит, Р.Н.; Бутано, Д.; Карр, А.; Ху, Ф.; Лайн, Р.; Резерфорд, К.; Кальдеримис, А.; Салливан, Дж.; Карбон, С.; Кефарт, ET; Ллойд, П.; Стинсон, Э.О.; Вашингтон, Нидерланды; Перри, доктор медицины; Рузанов П.; Жа, З.; Льюис, SE; Штейн, Л.Д.; Миклем, Г. (2011). «ModMine: Гибкий доступ к данным modENCODE» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1082–D1088. дои : 10.1093/nar/gkr921 . ПМК 3245176 . ПМИД 22080565 .

[13] Штейн, Л.Д. ; Мунгалл, К.; Шу, С.; Коди, М.; Мангоне, М.; День, А.; Никерсон, Э.; Стаич, Дж. Э.; Харрис, ТВ; Арва, А.; Льюис, С. (2002). «Общий браузер генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма» . Геномные исследования . 12 (10): 1599–1610. дои : 10.1101/гр.403602 . ПМК 187535 . ПМИД 12368253 .

[14] Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р. ; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ 1175956 . ПМИД 15892872 .

[15] Штейн, Л.Д. (2010). «Аргументы в пользу облачных вычислений в геномной информатике» . Геномная биология . 11 (5): 207. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-207 . ПМК 2898083 . ПМИД 20441614 .

[16] Штейн, Линкольн Д. (1998). Официальное руководство по программированию с использованием CGI. pm: [стандарт создания веб-скриптов] . Нью-Йорк: Уайли. ISBN 978-0-471-24744-9 .

[17] Дуг Макихерн; Штейн, Линкольн Д. (1999). Написание модулей Apache с помощью Perl и C. Севастополь, Калифорния: О'Рейли. ISBN 978-1-56592-567-0 .

[18] Штейн, Линкольн Д. (2001). Сетевое программирование на Perl . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-61571-5 .

[19] Штейн, Линкольн Д. (1997). Как настроить и поддерживать веб-сайт . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-63462-4 .

[20] Штейн, Линкольн Д. (1998). Веб-безопасность: пошаговое справочное руководство . Бостон: Аддисон-Уэсли. ISBN 978-0-201-63489-1 .

[21] ttp://www.bioinformatics.org/franklin/2004/ Премия Бенджамина Франклина 2004 г. присуждена Линкольну Д. Штайну

[3]

[1]

[2]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

v т и Члены Международного общества вычислительной биологии по годам избрания
2009	David Haussler David Lipman Webb Miller David Sankoff Temple Smith Janet Thornton Michael Waterman
2010	Russ Altman Lawrence Hunter Eugene Myers Chris Sander Gary Stormo Alfonso Valencia
2011	Michael Ashburner Phil Bourne Søren Brunak Richard Durbin
2012	Bonnie Berger Peter Karp Jill Mesirov Pavel Pevzner Ron Shamir Martin Vingron Gunnar von Heijne
2013	Pierre Baldi David Eisenberg Minoru Kanehisa Satoru Miyano Ruth Nussinov Steven Salzberg
2014	Amos Bairoch Ewan Birney Nir Friedman Robert Gentleman Andrej Šali
2015	Rolf Apweiler Cyrus Chothia Julio Collado-Vides Mark Gerstein Des Higgins Thomas Lengauer Michael Levitt Burkhard Rost
2016	Helen M. Berman Steven Brenner Dan Gusfield Barry Honig Janet Kelso Michal Linial Christine Orengo Aviv Regev Lincoln Stein Sarah Teichmann Anna Tramontano Shoshana Wodak Haim Wolfson
2017	Alex Bateman Andrea Califano Daphne Koller Anders Krogh William Noble Lior Pachter Olga Troyanskaya Tandy Warnow
2018	Patricia Babbitt Terry Gaasterland Hanah Margalit Yves Moreau Bernard Moret William Pearson Mona Singh Mike Steel
2019	Vineet Bafna Eleazar Eskin Xiaole Shirley Liu Marie-France Sagot
2020	Serafim Batzoglou Judith Blake Mark Borodovsky Rita Casadio Paul Flicek Osamu Gotoh Rafael Irizarry Laxmi Parida Katherine Pollard Ben Raphael Zhiping Weng Xuegong Zhang
2021	Atul Butte A. Keith Dunker Eran Halperin Wolfgang Huber Sorin Istrail Christina Leslie Ming Li Núria López Bigas Dana Pe'er Teresa Przytycka Eytan Ruppin Gustavo Stolovitzky
2022	Barbara Bryant Sean Eddy Mikhail Gelfand Takashi Gojobori Trey Ideker David Jones Fran Lewitter Jun Liu Debora Marks Mihai Pop Reinhard Schneider

Базы данных авторитетного контроля
International	ISNI VIAF WorldCat
National	Norway France BnF data Germany Israel Belgium United States Japan Greece Netherlands Poland
Academics	CiNii DBLP Google Scholar ORCID
People	Trove
Other	IdRef

v т и Перл
People	Larry Wall Randal L. Schwartz Damian Conway Allison Randal Audrey Tang Sean M. Burke chromatic brian d foy Jesse Vincent
Things	CPAN Perl Foundation Perl Mongers PerlMonks archives module Perl VM YAPC
Frameworks	Bioperl Catalyst Dancer DBI DBIx::Class LWP Mojolicious Moose Plack PSGI Template Toolkit
Books	Programming Perl Learning Perl Intermediate Perl Perl Best Practices
Software	Amavis Argus @SSP AWStats BackupPC Bricolage Bugzilla Dada Mail ikiwiki Makepp Movable Type Munin OTRS Request Tracker SpamAssassin TWiki/Foswiki W3Perl Webmin
Related	Parrot Raku Rakudo rules MoarVM
Outline Category